도시개발구역 지정을 위한 사전평가 용역비가 토지관련 매입세액인지 여부

• 가. 청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인으로서 ○○도

○○ 시

○○ 동 산 ×××번지 일대 도시개발사업(이하 “쟁점사업”이라 함) 을 추진함에 있어

• 청구외

○○○○○○ (주)와 2007.3.20. 금융자문/주선계약을 체결한 후 자 문 료로 1,900백만원을 지급하였으며, 2007. 4.9. 청구외

○○○건축사 사무소(이 하 “

○○○ 건축사사무소”라 함)와 설계용역계약을 체결한 후 610백만원을 지급 하 였고, 청구외 (주)

○○○○○○ 와 용역계약을 체결 후 자문료로 460백만원 을 지급하는 등 총 2,970백만원을 지급하고 이에 대한 매입세액 297백만원을 매 출세액에서 공제하여 2007년 1기 부가가치세 확정신고를 하였다.

• 나. ○○ 지방국세청(이하 “조사청”이라 함)은 2008.10.20～11.6. 기간 중

○○ 세무서(이하 “처분청”이라 함)에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인이 공제 받은

○○○○○○ (주)와

○○○ 건축사사무소 및 (주)

○○○○○○ 로부 터의 매 입세액 297백만원에 대하여 토지관련 매입세액으로 보아 불공제대상이라 는 지적을 하였고 처분청에서는 2009.2.19. 부가가치세 376백만원을 경정․고지하 였다.

□ 청구법인이

○○○ 건축사사무소에 지급한 용역비 610백만원에 대한 매입세액(이하 “ 쟁점매입세액”이라 함)은 부동산을 신축 판매하기 위한 공통매입 세액에 해당하 므로 안분계산하여 공동주택건설 사업계획서의 국민주택규모이 하 주택의 비율인 23.35%만 면세관련 매입세액 불공제 대상이다.

• 가. 청구법인과

○○○ 건축사사무소가 체결한 건축물 설계계약서 제3조(용 역 범위)에 의하면

○○○건 축사사무소의 용역은 쟁점사업의 공동주택 공사를 위 한 제안서(설계부문) 작성 및 실시계획승인 신청에 필요한 설계도서를 작 성 하는 업무로서 국민주택규모 이하인 면세사업(23.35%)과 국민주택규모 이상 인 과세사업(76.65%)에 공통으로 제공되는 용역이다.

• 나. 청구법인이 2007.4.9.

○○○ 건축사사무소에 지급한 기획업무비 100백만원 은 쟁점사업에 필수적인 제안서 작성 및 설계도서 작성과 관련하여 지급한 금액으 로 쟁점사업을 위한 공통매입금액이다.

• 다. 또한, 도시개발사업 설계용역비로 지급한 510백만원도 쟁점사업과 관련 된 주민제안서에 대한 용역대금으로서 공통매입금액에 해당하며 2007.9월 주민제 안서를 납품받기 전인 2007.4.9. 세금계산서를 교부받았으나 세금계산서를 교부받은 날부터 7일 이내인 2007.4.13. 대가를 지급하여 부가가치세법 시행령 제54조 제2항 의 규정에 의한 선세금계산서에 해당하는 것이다. 라. 이와 같이 청구법인이

○○○ 건축사사무소에 지급한 용역대금은 쟁점 사 업인 부동산을 신축판매 하기 위한 공통매입금액에 해당하는 것이므 로 쟁점매입세액은 안분계산하여 공동주택 사업계획서 상 국민주택규모 이하 주택 이 차지하는 비율인 23.35%에 대하여만 매입세액 불공제하여야 함에 도 전액을 토지관련 매입세 액으로 보아 과세함은 부당하다.

□

○○○ 건축사사무소의 매입금액은 건축물의 설계용역과는 직접 관련 이 없 는 토지관련 매입금액이므로 이에 대한 매입세액 불공제는 정당하다.

• 가. 청구법인과

○○○ 건축사사무소와 2007.4.9. 체결한건축물의 설계계약서상에 명시된 각 용역의 범위와 용역비의 지불방법 등에 대한 세부내용을 살펴보면,

• 청구법인이

○○○ 건축사사무소에 최초로 지급한 100백만원은 도시개발 사업 기획업무 관련 비용으로서 설계용역 이외의 금액이라고 명시되어 있으 며

• 1단계 지급비용 510백만원은 도시개발구역 지정을 위해 제안서를 작성 하는 업무로서 사업시행인가 신청 이전에 지출한 비용이다.

• 나. 따라서, 쟁점매입세액을 건축물의 설계용역과는 직접 관련없는 토지관 련 매입세 액으로 보아 매입세액 불공제한 당초 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 사업시행자가 도시개발사업과 관련하여 건축사사무소에 지급한 용역비에 대한 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 등 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자 기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다 음 각호 의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매 입 세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매 입세액 2) 부가가치세법 시행령 제54조 【세금계산서의 교부특례】

② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교 부 하고 그 세금계산서 교부일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16 조 제1항에 따라 세금계산서를 교부한 것으로 본다(2007.2.28. 신 설) 3) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이 라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다 음 각호 의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용 에 관련된 매입세액 4) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매 입 세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되 어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산 식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예 정 신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안 분계산하고 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액

5. 재소비-141(2005.9.5) 사업자가 토지취득 전에 사업성 검토를 위한 토지적성평가용역, 생태계식 생조사용역, 환경영향평가용역 등의 사전평가용역을 제공받은 경우 토지의 취득 여부에 관계없이 동 사전평가용역비를 지급하면서 부담한 부가가치세는 부가가치 세법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의한 토지관련 매입세액에 해당하는 것임.

6. 국심2007서2743(2007.12.11) 청구법인은 아파트신축부지를 완전히 소유하지 않은 상태에서 공사시행자 의 지위에서 아파트건설사업계획 승인을 위하여 지구단위계획 수립용역, 교통영 향 평가용역 등의 계약을 체결하고 용역을 수행하게 한 후 쟁점용역비를 지급한 바, 쟁점용역비는 토지를 취득하기 전의 사전평가용역비로 보여지므로 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이 타당함(국심2005광3712, 20064.19. 국심2005부2482, 2006.1.3. 같은 뜻)

7. 서면3팀-690(2008.04.01) 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입 세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사 용되 어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정에 의해 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따란 계 산하는 것임(서삼-2826.2006.11.16. 같은 뜻)

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 200×.×.××. 설립하여 주택건설을 영위하는 법인으로서 쟁점 사 업을 추진하는 과정에서

○○○○○○ (주)와

○○○ 건축사사무소 및 (주)

○ ○○○○○ 에 용역을 의뢰하고 지급한 2,970백만원에 대한 매입세 액 297백만 원에 대하여 2007년 1 기 부가가치세 확정신고시 매출세액에서 공 제받은 사실 이 국세통합전산망 에 의하여 확인된다.

○ ○○○건축사 사무소에 지급한 510백만원의 거래내역

• 세금계산서 교부일자: 2007.4.9.

• 대금지급일자: 2007.4.13.

• 용역(주민제안서) 납품일자: 2007.9. 2) 청구법인이 제출한 쟁점사업 관련서류 및 주요내용은 아래 와 같다. 가) 시행사, 시공사, 금융자문사 제3자가 2007.2.27. 체결한 양해각서

○ 목적: 쟁점사업의 원활한 추진과 성공적인 완수를 위하여 당사자간 의 역할과 책임을 명확히 하고 기타 사업추진에 필요한 기본사항을 정하는데 그 목적이 있다.

○ 참여자의 역할

• 갑(청구법인): 쟁점사업의 시행 및 운영업무, 토지매입, 인허가업무, 기타 사업시행 관련 제반업무 및 비용부담

• 을[(주)

○○ ]: 쟁점사업의 공사목적물에 대한 시공 및 책임준공, 기타 시 공사로서 제반 업무지원

• 병[○○○○○○(주)]: 쟁점사업의 금융자문사로서 금융지원 또는 금융주 선 과 관련한 독점적 지위확보 나)

○○○○ 지구 공동주택건설 사업계획서(2007.3.)

○ 사업범위

• 위치:

○○ 도

○○ 시

○○ 동 산 ×××번지 일원

• 구역면적 98,267㎡, 사업면적 73,061㎡

• 사업내용: 공동주택(아파트) 건설사업 ․ 전용면적 85㎡: 332세대(23.35%) ․ 전용면적 85㎡이상: 718세대(76.65%)

• 사업시행자:

○○○○○ (주)

• 사업시행기간: 2007년 ～ 2011년

• 총 사업비: 3,176억원

• 다) 청구법인과 ○○○○○○(주)가 2007.3.20. 체결한 금융자문/주선계약서

○ 계약당사자: “갑” 청구법인, “을”

○○○○○○ (주) 제1조(목적) 본 계약의 목적은 “갑”이 추진하고 있는

○○ 도

○○ 시

○○ 동 산××× 번지 일대 도시개발사업(이하 “대상사업”이라 함다)에 대한 “을” 의 금융지원 또는 “을”의 금융주선(이한 “본건 금융주선 등”이라 한다)의 기본사항을 정하는데 있다. 제2조(금융자문사의 선정)

1. “갑”은 “을”을 “본건 금융주선 등”의 금융자문사로 선정하고 “을” 은 이를 수락한다.

2. “을”은 “본건 금융주선 등”의 금융자문사로서 다음과 같은 업무를 수 행 하기로 하며, “갑”은 “을”에게 “본건 금융주선 등”과 관련된 금 융자문 사 역할 담당을 본 계약체결일로부터 대상사업이 완료되는 날까지의 기 간(“독점적 지위 부여기간”)동안 독점적으로 부여한다.

• 가. 본건 금융지원 또는 기타 금융주선과 관련한 업무주관
• 나. 본건 금융지원을 원활하게 추진하기 위하여 자산유동화 증권을 발 행하는 경우에는 당해 유가증권 등 발행업무 주관
• 다. “본건 금융주선 등”의 업무가 원활히 수행될 수 있도록 “갑”과 함 께 관련 기관들의 업무에 대한 감독 및 조정업무 총괄 제3조(대상사업 및 대출규모) “본건 금융주선 등”의 대상사업은 “갑”이 추진하고 있는

○○ 도

○○ 시

○○ 동 산×××번지 일대 도시개발사업이며, “본건 금융주선 등”과 관련 된 대출금액은 총 380억원 내외로 한다. 또한, “갑”이 “을”에게 지급하는 금 융자문/주선수수료는 “을” 또는 “을”이 주선한 금융기관으로부터 “본건 금융주선 등”에 의하여 “갑”에 조달되는 대출금액 및 대출기간을 기준으로 지급하기로 하며 세부 지급조건은 본 계약서 별첨의 “Indicative Terms & Conditions”을 기준으로 하여 지급하기로 한다. 제9조(기타 사항)

1. 본 계약서에 언급되지 않은 사항은 본 계약서 별첨 의 “Indicative Terms & Conditions”를 따르기로 하며 “을”의 “본건 금융주선 등”의 진행은 영업상 합리적인 노력을 조건으로 한다. 라) 계약서 별첨 의 “Indicative Terms & Conditions”

○ 차주:

○○○○○ 주식회사 또는 신규설립 SPC

○ 대주:

○○○○○○ (주) 또는

○○○○○○ (주)가 주선한 금융기관

○ 대출금액: 총 380억원 내외

• 1차 (브릿지론): 약 380억, - 2차 (본 PF): 추후 협의

○ 금융자문/주선수수료

• 1차: 금융주선총액의 5%(VAT 별도)

• 2차: 금융주선총액의 2%(VAT 별도)

○ 수수료 지급시기: 대출금 최초 인출일

○ 인출선행 조건

• 1차: 사업부지에 대한 토지매매계약체결 80%이상이 완료된 후 일시인 출 3자양해각서(

○○○○○ 빌(주), (주)

○○,

○○○○○○ (주) 체결

• 2차: 시공사의 책임준공 및 채무인수에 대한 이사회회의록 징구 등

• 마) 청구법인과 ○○○건축사사무소가 2007.4.9. 체결한 건축물의 설계계약서

○ 계약당사자: 건축주 “갑” 청구법인, 건축사 “을”

○○○ 건축사사무 소

○ 계약금액: 일금 일십칠억원청(￦1,700,000,000)/VAT별도 제2조(용역기간) 설계용역업무의 수행기간은 계약일로부터 도시개발사업지구 내 공동 주 택 사업 착공일까지로 하며, 착공일부터 공동주택 준공시까지 별도 의 비용 이 발생되지 않는 범위 내에서 “갑”의 업무에 협조하여야 한다. 제3조(용역범위) “을”이 “갑”에게 제공할 용역의 범위는 1단계 도시개발구역지정을 위 한 제안서를 작성하는 단순업무 및 도시개발사업 구역지정에 따라 2단계 실시계획승인 신청에 필요한 건축물의 건축을 위한 설계도서를 작성 하 는 업무, 실시계획인가 승인에 따른 공동주택의 공사를 위한 설계도 서를 작성하는 업무(이하 “설계업무”라 한다)로 한다. 제4조(용역비의 지불방법) ⓛ 설계업무의 대가는 다음과 같이 이행함을 원칙으로 하되, “갑”과 “을”이 협의하여 추가․조정할 수 있다. 구분 지 불 시 기 비율 지불금액 비고 도시개발사업 기획업무

• 100백만원 설계용역외 금액 1 단 계 계약시 - 착수금 10.0% 170백만원 주민제안서 작성완료시(납품시) 20.0% 340백만원 소 계 30.0% 510백만원 2 단 계 도시개발구역지정 및 개발계획 결정 및 고시시 20.0% 340백만원 사업시행자 지정 및 실시계획인가 승인시 20.0% 340백만원 소 계 40.0% 680백만원 공동주택신축관련 착공신고시(착공도서 납품시) 20.0% 340백만원 착공일로부터 6개월 이내 5.0% 85백만원 사용승인신청시 5.0% 85백만원 소 계 30.0% 510백만원 합 계 100% 1,700백만원 * 청구일로부터 30일이내 현금정산 조건이며 VAT 별도금액임.

• 바) 청구법인이 ○○○건축사사무소로부터 2007.9. 납품받은 ○○시 ○○지구 도시개발구역지정 제안서의 내용(목차) 󰊱 도시개발구역지정 제안서 󰊲 도시개발구역 조사서 󰊳 개발계획의 내용에 관한 서류

• 개발계획(안), 공동주택건설 사업계획서, 환경성 검토서, 교통성 검토서, 사전재해 영향성 검토서 󰊴 기초조사 등에 관한 서류

• 인구현항 및 전망, 토지이용 및 지장물 현황, 주변지역 교통현황, 재해방 지대책, 상위․관련 계획, 녹지분포 현황 󰊵 토지면적 및 토지소유자의 동의에 관한 서류 󰊶 지장물 조서 󰊷 위치도 󰊸 구역계설정도 및 경계설정 사유 󰊹 도시관리계획 및 지구단위계획구역의 결정에 필요한 도서

• 도시관리계획 결정(변경)조서, 도시관리계획 결정(변경)도, 도시관리계획 용 도 지역 결정(변경)도, 도시관리계획 도시계획시설 결정(변경)도, 토지이용계획 도 󰊺󰋃 지적도 사본 및 임야도 사본 󰊺󰋄 편입농지 및 임야현황에 관한 조사자료

• 편입농지현황, 편입임야현황 󰊺󰋅 농지전용협의 요청서

• 사) 청구법인은 2007.11.16. ○○○○지구 도시개발구역지정 제안서를 ○○시에 제출하였으며 2008.11.14.

○○○○○ 로부터

○○○○ 지구 도시개발구역 지 정고시 를 받은 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

○ ○○○○ 지구 도시개발구역지정에 따른 승인조건

• 도시개발법 및 도시개발업무처리지침 준수

• 기타 관련법에 의한 절차 등의 제반조치 이행

• ○○ 도 도시계획위원회 심의결과 조건부 의결내용에 대한 이행 철저

• 지역도시과-×××(200×.×.×)호로 기 시행된 관계기관 및 관계부서의 협의사 항에 대한 이행 철저 3) 처분청에서는 조사청의 감사지적에 따라 청구법인의 쟁점매입세액에 대 하여 불공제하고 2009.2.19. 부가가치세 376백만원을 경정․고지한 사실이 국 세통 합전산망 및 심리자료에 의하여 확인된다.

4. 조사청에서 처분청에 대한 종합감사시 청구법인이 공제받은 매입세액 중 토지관련 매입세액으로 보아 불공제 대상으로 지적한 금액 및 불공제 근 거는 아래와 같이 심리자료에 나타나 있다. 《감사지적 불공제 매입세액 내역》 (천원) 매입처명 매입세액 불공제 근거 비고

○○○ 건축사사무소 61,000 도시개발사업 기획(설계용역제외) 및 개 발구역 지정을 위한 주민제안서 작성용역

매입세액

○○○○○○ (주) 190,000 토지취득을 위한 금융자문․주선용역비용 (주)

○○○○○○ 46,000 각종 측량, 개발계획, 환경․교통영향 평 가, 문화재 조사 관련 비용 합 계 297,000

• 라. 판단 1) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제60조 제6항 제1호․ 제3호에 의하면 토지의 형질변경 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토 지 의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세 액은 토지관련 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 2) 사업자가 토지를 취득하기 전에 지구단위계획수립용역, 교통영향평가용 역 등을 제공받은 경우 동 용역비를 지급하면서 부담한 부가가치세는 토지 관련 매입세액으로 해석(재소비-141, 2005.9.5. 외)되고 있다. 3) 청구법인이

○○○ 건축사사무소에 지급한 100백만원은 도시개발사업 기획 용로서 설계용역 이외의 금액이라고 명시되어 있으며, 1단계 지급비 용 510백만원도 청구법인이 도시개발구역 지정을 위한 제안서 작성비용으 로 사업시 행 인가신청 이 전에 지출한 것으로, 4) 이는 청구법인이 아파트 신축부지를 완전히 소유하지 않은 상태에서 공 사 시행자의 지위에서 도시개발구역 지정을 위한 사전평가 용 역비로 지급한 토지관련 비용으로 보아야 할 것이므로 이에 따른 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 당초 처분은 달리 잘못이 없 는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2 호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.