청구인의 소명자료 제출이 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당되는지 여부

청구인은 1992.1.4. 개업하여 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 000번지 ○○테크노파크 102-B02호에서 ○○산업이라는 상호로 자동차부품 제조업을 영위하는 사업자로서 2002년 제2기 과세기간 중 청구외 주식회사 ○○테크(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 매입세금계산서 3매(공급가액 80,770천원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2002년 제2기 부가가치세를 신고하면서 매입세액 공제를 하였다.

○○세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 2005년 5월부터 2008년 6월까지 쟁점거래처에 대한 세금계산서 유통과정 추적조사를 실시하여 쟁점거래처가 2001년 2기부터 2003년 2기까지 신고한 매출액 1,666,092천원 중 412,675천원, 매입액 251,161천원 중 177,248천원이 가공거래라고 확정하여 2008.8.4. 쟁점세금계산서를 처분청에 자료상거래 확정자료(80,770천원)로 통보하였다. 처분청은 조사관서의 자료통보에 따라 청구인이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 것으로 보아 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 2009.1.22. 청구인에게 2002년 2기 부가가치세 18,447,860원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.3. 이의신청을 거쳐 2009.4.29. 이 건 심사청 구를 하였

2005년 4월 쟁점거래처에 대한 세무조사와 관련하여 청구인은 조사관서로부터 쟁점세금계산서에 대한 소명요구를 받고 즉시 소명자료를 제출하였음에도 조사관서는 위 소명과 관련한 어떠한 처분이나 통보도 없어 청구인의 소명이 받아들여진 것이라고 판단하였는데, 조사관서는 2008년 11월에 자료통보를 하여 처분청에서 2009년 1월에 경정․고지처분을 하였는바, 과세관청의 견해표시는 명시적인 것뿐만 아니라 과세하지 아니한 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속된 묵시적인 것도 포함하는 것이라 할 것이어서 청구인이 소명자료를 제출한 2005년 4월부터 경정․고지처분을 한 2009년 1월까지 청구인에게 귀책사유가 없음에도 불구하고 가산세를 부과한 처분은 신의 성실의 원칙에 반하는 부당한 행정행위이므로, 동 기간의 납부불성실가산세 5,149,000원은 경정․고지한 세액에서 차감하여야 한다.

비록 조사관서에서 조사기간이 장기간 이루어졌다고는 하지만 적법한 절차에 따라 조사기간을 연장하였고, 청구인의 소명자료가 받아들여지지 않아 과세자료를 파생한 것으로 청구인이 쟁점세금계산서가 실제로 거래한 증빙자료라고 주장하는 차용증은 객관적인 증빙으로 볼 수 없고, 출금한 금액도 현금 등으로 인출되어 실제로 지급하였는지 여부가 불분명하므로 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 에 해당되는 쟁점세금계산서에 대하여 납부불성실가산세를 부과함은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조사관서에서 장기간 조사를 실시한 것이 신의성실 원칙에 반하는 부당한 행정행위인지, 청구인의 소명자료 제출이 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 생략) 2) 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략) 3) 부가가치세법 제22조 【가산세】

① ～ ④ (생략)

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 (이하 생략) 4) 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

• 다. 사실관계 1) 조사관서에서 청구인에게 쟁점거래처와의 거래내용에 대한 세금계산서 수취경위 조회 공문을 보내 2005.4.9.까지 회신하여 달라고 한 사실 및 청구인이 세금계산서․거래명세표․입금표․차용증 등의 사본을 조사관서에 회신한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 2) 청구인이 위에서 소명한 자료는 쟁점세금계산서가 정당한 거래라는 소명이었음이 확인되고, 청구인이 정당한 거래라고 소명한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 3) 조사관서는 2005.3.15. ～ 2005.4.30.인 쟁점거래처의 최초 조사기간을 대표자 연락두절 상태 및 자료 미제출, 거래처 조사를 이유로 다음과 같이 연장하고 쟁점거래처에 통지한 사실이 조사복명서․조사기간연장통지서 등 관련 증빙에 의하여 확인된
• 다. 연장 차수 결재일자 연장기간 통보일자 비 고 1 2005.04.28. 2005.06.30.까지 2005.04.29. 2 2005.06.30. 2005.08.31.까지 2005.06.30. 3 2005.08.31. 2005.10.31.까지 2005.08.31. 4 2005.10.31. 2005.12.31.까지 2005.10.31. 5 2005.12.31. 2006.02.28.까지 2005.12.31. 6 2005.02.28. 2006.04.30.까지 2005.02.28. 2007.04.23.까지 2007.04. 2007.07.31.까지 2007.07. 2007.09.30.까지 2007.09. 2007.12.31.까지 2007.12.17 2008.02.28.까지 2008.02.13. 2008.04.30.까지 2008.04. 2008.06.30.까지 2008.07.25. 2008.08.31.까지
• 라. 판 단 청구인은 조사관서에 2005년 4월에 쟁점세금계산서의 소명자료를 제출하였음에도 불구하고 처분청이 2009년 1월에 경정․고지처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 행정행위이므로 해당기간의 납부불성실가산세는 과세할 수 없다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것(대법원2000두5944, 2002.4.12. 같은 뜻)인데, 설령 처분청이 청구인에 대한 과세처분을 지연하여 청구인으로 하여금 과세처분을 빨리 했을 때보다 많은 납부불성실가산세를 부담하게 하였다고 하더라도, 청구인이 정당한 이유 없이 법에 규정된 납세의무를 위반한 이상, 처분청의 과세처분 지연이라는 사정만으로는 청구인에게 정당한 이유가 있다거나 처분청의 납부불성실가산세 부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없는 것(서울행정법원2008구합15862, 2008.11.12. 같은 뜻)으로, 조사관서에서 정당한 절차를 거쳐 쟁점거래처의 조사기간을 연장하였고, 그 조사기간 연장이 장기간에 걸쳐 이루어져 이를 과잉행위로 볼 수도 있으나, 조사기간 연장은 쟁점거래처와 관련된 사안일 뿐이고, 청구인이 비록 2005년 4월에 소명자료를 제출하였다고 하지만 당시 정당거래라는 소명을 하여 가공거래로 과세한 이 건 처분에 영향을 미친다거나 청구인에게 귀책사유가 없다는 사유가 되지 않는다 할 것이어서, 비록 청구인이 조사관서에 대한 쟁점세금계산서의 소명자료를 제출한 후 장기간이 지나서야 조사관서가 조사종료를 하고, 조사종료 후 처분청에 자료통보를 하여 처분청이 가공거래로 확정하여 과세한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.