쟁점건물의 양도시기

심사청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 1996.9.1.부터 경기도 ○○군 ○○면 ○○리 537-3번지 외 19필지 공장용지 등 57,429㎡, 같은 지상의 건물 8,435.84㎡(이하 토지는 “쟁점토지”라 하고, 건물은 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라한다)를 사업장으로 사용하며 벽돌 제조업을 영위하던 법인으로서 2005.3.22. 청구외 이○○(이하 “매수인”이라 한다)과 쟁점토지의 양도가액을 3,000백만원으로 하고, 쟁점건물은 2005년 12월까지 철거하는 것을 조건으로 하여 계약서를 작성한 후, 2005.4.21. 쟁점토지의 소유권을 이전하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2006.3.31. 2005사업연도에 대한 법인세를 신고하면서 쟁점토지를 1,710백만원에 양도한 것으로 신고하였으나, 2008.1.2. 쟁점토지를 3,000백만원에 양도하였다며 수정신고하였기에 현지확인을 실시하여 신고내용의 적정여부를 확인한 바, 쟁점건물이 멸실되지 않은 채 매수인이 사용수익하고 있고, 청구법인의 실제 운영자라고 주장하는 손○○도 매매가액 3,000백만원에는 쟁점건물의 양도가액이 포함되었음을 확인하고 있어 2005.4.21. 쟁점토지와 함께 쟁점건물도 양도된 것으로 보아 소득세법 제99조 의 규정에 의해 기준시가로 안분계산한 건물가액 992,090천원을 부가가치세 과세표준으로 계산하여 2009.2.2. 2005년 제1기 부가가치세 157,385천원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.22. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 부가가치세법 제9조 제1항 제2호 의 규정에 따라 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 이용가능하게 되는 때를 공급시기로 보아야 하며, 부동산의 경우에는 원칙적으로 ‘소유권이전등기일’이 공급시기이며, 소유권이전등기일 전에 ‘실제 명도일’을 공급시기로 보기 위해서는 매수인이 당해 부동산에 대하여 법률상으로나 사실상으로 이용가능하여야 하므로(국심 1986중2053, 1987.02.19, 대법 88누1745, 1989.03.28) 청구법인이 쟁점건물을 양도한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분청의 부과처분은 다음과 같은 사유로 부당하다.

1. 청구법인과 매수인은 2005.12월까지 쟁점건물을 멸실하는 조건으로 철거 보증금 3억원을 매수인에게 예치하고 매수인이 소유권이전청구권가등기를 하는 것을 특약으로 하여 2005.3.22. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결한 것으로서, 소유권이전청구권가등기는 순위보전의 효력만 있고 처분권은 없어 매수인에게 쟁점건물을 실질적으로 이용할 수 있는 권리가 없다 할 것이므로 쟁점건물은 양도가 이루어지지 않은 것으로 보아야 한다.

2. 청구법인은 2005사업연도 및 2006년 사업연도의 법인세 신고시 쟁점건물을 대차대조표 등 장부에 자산으로 기록하였으나 수정신고시 담당직원의 착오로 쟁점건물의 장부가액인 493,810천원을 손금산입한 것으로서 법인세신고 내역, 등기부등본 및 매매계약서의 내용이 상호 일치하므로 쟁점건물을 제외한 쟁점토지만이 양도된 것으로 판단하여야 한다.

3. 청구법인이 매수인에게 토지사용료를 지불한 것은 쟁점건물을 철거할 때까지 매수인의 사용이 제한되기 때문이며, 철거약정일 이후에도 쟁점건물을 철거하지 못하였기에 계속하여 지불한 것이고, 사용료를 수령하 였다고 하여 매수인이 쟁점건물을 사용․수익한 것으로 판단할 수 없

• 다. 4) 쟁점건물은 벽돌 제조공장으로서 매수인의 사업(귀금속 도․소매업)과는 관련이 없어 매수인은 쟁점건물을 사용하기 보다 건물신축을 위해 쟁점토지를 구입한 것으로 보아야 하며, 이미 철거보증금 3억원을 받았고, 소유권이전청구권가등기를 설정하고 있어 건물신축 전까지는 적극적으로 철거할 이유가 없어 매수인도 철거이행을 강제하지 아니한 것이다.

5. 쟁점건물 중 ○○리 536-1외 4필지 상의 건물(3,269.84㎡)은 2008.5.15. 멸실되었으나, 다른 건물(5,166㎡)은 경제여건 악화로 청구법인이 계약이행을 하지 못하자 매수인이 소유권이전 후 철거준비 중이다.

• 나. 위와 같은 이유로 쟁점건물은 계약시의 특약에 따라 철거하였거나 철거준비 중에 있어 부가가치세법상의 공급시기가 도래하지 않은 것으로 보아야 하고, 청구법인이 매월 지불한 임대료는 토지사용료임이 명백함에도 처분청이 이를 매수인이 쟁점건물까지 실질적으로 사용․수익한 것으로 보아 쟁점건물에 대한 부가가치세를 과세한 것은 부당하다.

• 가. 재화의 이동이 필요하지 않은 부동산의 공급시기는 이용가능하게 되는 때이며, 이 경우 이용가능하게 되는 때라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일을 말하는 것이나, 당사자가 특약에 의하여 부동산에 대한 잔금 지급 및 소유권이전등기 전에 실제 명도하여 사용․수익하게 되는 경우 실제로 사용․수익이 가능한 날을 공급시기로 보는 것이다.(제도46015-11929, 2001.07.06.외 다수),
• 나. 당초 청구법인은 쟁점토지를 청구외 이○○에게 1,710백만원에 양도한 것으로 신고하였다가, ◇◇지방국세청에서 실시한 이○○의 자금출처조사에서 양도가액이 3,000백만원으로 확인되자 2008.1.2. 당초 신고가액과의 차액 1,290백만원을 익금산입(기타)하고 쟁점건물의 장부가액 493백만원은 손금산입하는 수정신고서를 제출하였으며, 청구법인의 실질 대표자라고 주장하는 손○○는 쟁점 부동산의 양도대금 3,000백만원에는 건물가격이 포함된 것이라고 진술하였다.
• 다. 소유권이전청구권가등기는 통상 잔금 지급을 전제로 이루어지는 것이고, 이○○에 대한 자금출처조사시 ◇◇지방국세청에서 확인한 청구법인이 이○○에게 지급한 임대료(2005.4.21.～2005.12.20. 보증금 3억, 월세 6백만원, 2005.12.21.～2007.06.30. 보증금3억, 월세 5.5백만원)를 토지 사용료로만 보기에는 개연성이 부족하여 매수인이 가등기일인 2005.4.21.부터 쟁점건물을 사용․수익 중에 있으므로 부가가치세법상 공급시기가 도래한 것으로 판단하여 부가가치세법 시행령 제48조 의 2【과세표준의 안분계산】제4항의 규정에 따라 청구법인에게 2005년 1기 부가가치세 157,385천원을 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 계약시 건물은 철거하기로 약정하고 토지만을 양도하는 것으로 하였으나, 철거되지 아니한 쟁점건물을 매수인이 사용수익하고 있으므로 토지와 함께 양도한 것으로 보아 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때 2) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 3) 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정)

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.(단서 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 1996.9.1.개업하여 벽돌 제조업을 주업종으로 영위하던 법인으로서 2007.6.30. 폐업신고하였으며, 이 건 고지금액에 대하여 처분청은 2009.3.31. 전액 결손처분하였음이 국세청 통합전산망에 의해 확인된다.

2. 청구법인과 매수인이 2005.3.22. 작성한 매매계약서에 의하면 쟁점건물을 제외한 쟁점토지의 양도가액은 3,000백만원이고, 잔금지급일은 2005.4.21.이며, 특약사항은 청구법인이 쟁점건물을 2005.12월까지 철거하고, 보증금 300백만원을 잔금지급일에 매수인에게 예치하며, 매수인이 쟁점건물에 가등기하는 것으로 기재되어 있다. 3) 쟁점건물에 대한 건축물 대장 및 등기부등본에 의하면 청구법인은 1996.7.26. 경락을 원인으로 하여 소유권을 취득하였고, 2005.4.21. 이○○이 매매예약에 의한 소유권이전청구권가등기를 하였으며, 2008.5.15. ○○면 ○○리 536-1외 4필지상의 건물은 멸실하고, 2009.3.18. 같은 리 537-3외 7필지 상의 건물은 매수인이 가등기에 기한 본등기를 하였다. (㎡) 소재지 구조 용도 면적 사용승인일 멸실일

○○면 ○○리 537-3외 7필지 철골조 에너지이용시설 4,968 91.7.6 철근 콘크리트 후생복지시설 198

○○면 ○○리 536-1외 4필지 목조 공장 3,269.84 86.10.28 08.5.15

4. 청구법인은 2005사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 양도가액을 1,710백만원으로 신고하였으나, 2008.1.2. 2005사업연도의 법인세를 수정신고하면서 양도가액 3,000백만원과의 차액 1,290백만원은 계정과목 토지에 익금산입하고, 기타로 처분하였으며, 쟁점건물의 장부가액 493,810천원은 손금산입하였다.

5. ◇◇지방국세청에서 이○○의 자금출처 조사와 관련하여 확인한 임대료 내역은 다음과 같으며, 이○○은 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지 무신고한 부가가치세에 대하여 2008.6.2. 고지하자 전액납부하였다. 기 간 임대보증금 월 세 비고 2005.4.21. ～ 2005.12.20. 3억원 월 6백만원 2005.12.21. ～ 2007.6.30. 3억원 월 5.5백만원 6) 청구법인의 현지확인시 대표이사 손▷▷와의 문답내용을 기재한 문답서에 의하면 손○○가 실질적인 운영자로서, 자신은 2005.4월 쟁점부동산을 이○○에게 양도한 것도 몰랐다고 기재되어 있고, 손○○의 문답서에는 손○○ 자신이 실질적으로 회사를 운영하였다며, 2005.4월 쟁점부동산의 매매계약시 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 토지 및 건물가액이 별도로 구분된 것이 아니라 30억원에 일괄양도한 것이라고 기재되어 있다.

7. 매수인과 통화한 바 쟁점건물의 철거와 관련하여 청구법인과 별다른 논의는 없었고, 임차보증금과 멸실보증금은 동일한 것이며, 건물소유권이전 등기 후부터는 임차료로 15백만원을 수령하고 있다.

8. 현재 쟁점부동산에는 청구법인의 실질운영자라고 주장하는 손○○의 처 심∇∇가 적벽돌 제조업체인 □□□□□(주)를 2006.12.19.부터 운영하고 있는 것으로 국세청 통합전산시스템에 의하여 확인된다.

• 라. 판단 위 사실관계를 종합하여 살펴보면, 청구인은 쟁점건물이 계약시의 특약에 따라 철거하였거나 철거준비 중에 있으므로 부가가치세법상의 공급시기가 도래하지 않았다고 주장하고 있으나, 청구법인이 2008.1.2. 제출한 2005사업연도에 대한 법인세 수정신고서에 의하면 과소신고한 토지의 매매가액 1,290백만원을 익금산입하면서 쟁점건물의 장부가액 493,810천원을 손금산입한 사실이 있고, 철거약정기일인 2005년 12월까지는 쟁점토지만을 임차한 것이고, 그 이후에는 건물을 함께 임차한 것으로 볼 수도 있으나 철거약정기일 이전의 임차료가 더 높게 지불되고 있어 2005년도에도 쟁점건물을 함께 임차한 것으로 보는 것이 타당하다고 여겨지며, 또한 청구법인의 실제 운영자인 손○○도 쟁점토지와 건물을 함께 양도하고 매매대금 3,000백만원을 수령하였음을 확인하고 있어 매수인이 쟁점건물을 사용수익할 수 없어 부가가치세법상 공급시기가 도래하지 않았다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다. 따라서, 처분청이 쟁점건물의 공급시기를 2005년 제1기로 보아 경정한 이 건 부과처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.