쟁점매입세액을 매입세액이 불공제되는 토지관련매입세액으로 볼 수 있는지 여부

○○세무서장이 2008.9.1. 청구인에게 결정고지한 2008년 제1기분 부가가치세 4,572,230원은 (주)∇∇∇∇∇∇∇로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 53,636,364원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 이를 경정합니다.

• 가. 청구법인은 건설업(건축공사)을 주업으로 영위하는 법인으로서

○○○○ 시 ○○구 ○○동 80번지 일대 주상복합 개발사업(이하 “쟁점사 업”이라 한다)의 추진과 관련하여

○○○○ 시 □□□구 □□□동 13-5번지 소재 청구외 (주)∇∇∇∇∇∇∇(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 2008.4.10. 사업계획 수립부터 분양업무까지의 사무관리 용역계약(총 5,320백만원, 부가가치세 포함)을 체결하고, 쟁점거래처에게 계약금 590,000천원(부가가치세 포함, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급하고 수취한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 매입세액 53,636천원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 포함하여 54,998천원을 2008년 제1기 과세기간의 환급세액으로 신고하였다.

• 나. 처분청은 청구법인에 대한 환급현지확인조사를 실시하여 쟁점거래처와 사무관리 용역계약(지구단위계획수립, 정비사업 동의에 관한 업무대행, 행정대행용역, 각종 영향 평가 등)을 체결하고 지급한 쟁점금액을 시행사의 위치에 준하여 지급한 사전평가용역비로 보아 토지관련 매입세액이므로 관련 매입세액 53,636천원을 불공제하고 2008.9.1. 부가가치세 4,572천원을 경정․고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.11.28. 이의신청을 거쳐 2009.3.10. 이 건 심사청구를 제기하였다.

가. 청구법인이 시행하려고 하는 쟁점사업 지역은 도시환경정비사업 예정지구로서 ○○구의

○○ 로지구단위로 고시된 지역이며, 이 지역에는 추후 주상복합, 상업용 건물 및 국민주택이상의 아파트가 건축될 예정이며(국민주택이하의 주택은 지어지지 않음), 청구법인은 추후에 이곳의 건물 및 토지주들로 구성될 조합과 건축계약을 하여 주상복합 건물을 건축하려는 것으로 청구법인이 추후 공사할 건축은 전액이 과세매출이므로 공사비 전액에 대하여 세금계산서를 조합에 발행할 것이다. 나. 청구법인은 추후 구성될 조합과 건축계약을 체결할 경우 좀 더 유리한 위치에 있기 위하여 쟁점거래처와 용역계약을 하여 쟁점거래처로 하여금 관할 구청에 동의서 및 주민제안서를 수집․제출하게 하는 등 사업에 관한 전반적인 검토를 하여 청구법인에게 제출하도록 하고 있다. 다. 처분청의 이의신청 기각결정에 대하여 청구법인의 주장은 다음과 같다.

1. 처분청은 이의신청 결정문에서 쟁점용역이 “지구단위계획수립용역 등 토지를 취득하기 전의 사전평가용역비로서... ” 토지취득원가를 구성하는 토지관련 매입세액에 해당된다고 하고 있으나, 위 지구는 지주들만 해도 300명이 넘고 가격이 비싸서 처분청의 언급대로 청구법인은 토지를 취득할 여력이 없으며, 더욱이 토지와 건축물 등을 모두 매입하여 시행사의 지위로 사업하는 것은 불가능한 상황이다. 다만, 청구법인은 토지 및 건물주들이 구성하게 될 조합으로부터 건축공사만 도급받으려는 것뿐이다.

2. 쟁점거래처와 체결한 용역계약은 건물 및 지주(현재 조합은 결성되지 않음)와는 아무런 관련이 없으며 청구법인의 사업성 여부 검토를 위해 체결한 것이며, 토지주, 청구법인, 쟁점거래처와의 관계는 도표와 같다.

3. 청구법인이 제출한 매입세금계산서의 거래내용과 관련한 용역비의 구체적인 정산내용을 제시하지 못하고 있다고 처분청이 지적한 바, 그 지급액과 관련된 증빙으로 농협의 이체 영수증을 제출한다.

4. 토지관련 매입세액은 시행사가 토지 등을 구입하고 건물을 신축하여 건축물과 토지를 함께 공급하였을 때 발생하는 매입세액을 말하는 것으로 모든 토지를 구입하지 않으므로 청구법인은 시행사에 해당하지 않으며, 청구법인은 조합원 자격을 취득하기 위하여 극히 일부 토지(1.9%)를 구입하였다. 라. 청구법인은 도시환경정비사업 예정지구로 고시된 ○○구 ○○동 80번지 일대에서 주상복합개발사업을 계획하고 추진하기 위하여 쟁점거래처와 컨설팅계약을 한 사실이 있는 바, 이는 부가가치세가 과세되는 주상복합 건물의 건축과 관련하여 건축비 회수 등을 참고하기 위한 컨설팅이다. 마. 또한, 청구법인은 토지를 정리하여 토지로 양도하거나 순수토지로 개발하여 토지의 가치를 증대시키는 사업이 아니고, 추후에 부가가치세가 창출되는 과세물건을 건축하는 사업의 컨설팅이므로 토지매입세액과는 무관하다. 바. 청구법인은 앞으로의 사업성을 감안하여 용역계약을 한 것으로서 쟁점사업과 관련하여 조합원의 자격인 지분형식으로 참여할 계획이며, 계약서에 명시된 조문 등은 컨설팅회사인 쟁점거래처가 토지매입과 분양 등의 전반적인 사업내용을 컨설팅할 내용이다. 사. 또한, 자기의 사업을 위하여 사용한 재화 또는 용역의 공급이 타인소유 토지의 가치를 현실적으로 증가시키게 된다 하더라도 그 토지의 소유자가 아닌 경우에는 토지관련 매입세액에 해당된다 할 수 없어 매입세액으로 공제하여야 한다(

○○ 지방법원 2006구합 6

○○, 2007.1.11)는 판례에 따라 쟁점매입세액은 토지관련 매입세액에 해당되지 않는다.

청구법인이 쟁점거래처와 체결한 사무관리 용역계약(지구단위계획수립, 정비 사업 동의에 관한 업무대행, 행정대행용역, 각종 영향 평가 등)에 의하여 지급한 쟁점금액은 청구법인이 시행사의 지위에 준하여 지급한 사전평가 용역비로 서 서면3팀 -242(2006.02.06), 서면3팀-39(2008.01.07), 재경부 부가가치세제과-853 (2007.12.11) 등에 의하여 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세액이 토지관련 매입세액에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자 기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출 세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. (2002. 12. 30 개정)

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 3) 도시 및 주거환경정비법 제69조 【정비사업전문관리업의 등록】

① 정비사업의 시행을 위하여 필요한 다음 각호의 사항을 추진위원회 또는 조합으로부터 위탁받거나 이와 관련된 자문을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 자본․기술인력 등의 기준을 갖춰 시․도지사에게 등록 또는 변경 (대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경을 제외한다)등록하여야 한다.(단서 생략)

1. 조합 설립의 동의 및 정비사업의 동의에 관한 업무의 대행

2. 조합 설립인가의 신청에 관한 업무의 대행

3. 사업성 검토 및 정비사업의 시행계획서의 작성

4. 설계자 및 시공자 선정에 관한 업무의 지원

5. 사업시행인가의 신청에 관한 업무의 대행

6. 분양 및 관리처분계획의 수립에 관한 업무의 대행

7. 설계도서의 검토 및 공사비 변동내역의 검토

8. 그 밖에 조합의 업무 중 조합이 요청하는 것

• 다. 사실관계

1. 청구법인의 2008년 제1기 부가가치세 신고 및 결정내용과 개업일 이후 법인세 신고 수입금액은 다음과 같다. (표 생략)

2. 쟁점거래처는 정비사업전문관리업을 주종목으로 하여 2007.7.30. 개업한 법인으로서, 개업일 이후 부가가치세 신고․납부내역은 다음과 같으며, 도시 및 주거환경정비법 제69조 에서 규정한 정비사업전문관리업으로는 등록되지 않은 업체이다. (표 생략)

3. 주민제안서 등에 의하면 ○○구 ○○동 510-5번지 일대는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의해 도시관리계획 중 지구단위계획구역으로 고시된 지역이고, 청구법인이 추진 중인 쟁점사업지역은 9지구 특별계획구역 및 ○○동 80번지 일대로서 총면적은 44.664.9㎡이다.

4. 청구법인은 2008.5.29. 4필지 454.6㎡, 2008.9.30. 1필지 132㎡, 2008.11.7. 1필지 278㎡ 등 총 6필지, 864.6㎡(총면적의 1.9%)를 7,320백만원(임대 보증금 1,056백만원 포함)에 매입하여 보유하고 있다.

5. 처분청은 청구법인에 대한 환급현지확인조사를 실시하여 청구법인이 ○○구청에 지구단위계획 재정비 수립에 관한 제안서 등을 제출하는 것은 청구법인이 시행사의 지위에서 도시및주거환경정비법의 용역(지구단위계획수립, 정비사업동의에 관한 업무대행, 행정대행용역, 각종영향평가 등)을 외부 전문업체에 의뢰하여 제출한 것이고, 쟁점금액은 이에 기반하여 지급한 용역비이므로 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 가산세를 추징하였음이 현지확인점검표, 부가가치세 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

6. 청구법인과 쟁점거래처가 2008.4.10. 체결한 사무관리(PM)용역계약의 주요내용은 다음과 같다.(“갑”은 청구법인, “을”은 쟁점거래처임) 제1조(목적) 본 사업은

○○○○ 시 ○○구 ○○동 **번지 일대 주상복합개발사업을 “갑”이 도시 및 주거환경정비법, 도시환경정비사업에 토지 등 소유자의 방식으로 지주공동사업을 추진하며 “을”은 본 사업 시행에 따른 인허가 등 일체의 사무관리 용역을 수행한다. 제2조 (용역의 수행) “을”의 업무는 다음과 같다.

• 가. 사업계획 수립

• 사업 타당성 검토 및 개발환경 및 시장조사 분석

• 사업 마스터플랜(단계 MP 포함) 및 추진일정 수립

• Cash-Flow 수립 및 자금조달방안 강구(금융기관 PF 추진 포함)

• 도시계획사항, 법률, 세무, 회계 등 관련 제반사항과 Risk등 적정성 검토

• 기반시설 부담금 등 각종 공과금 산정 및 협의

• 나. 시행에 참여하는 부동산 등 소유자의 적정관리

• 부동산 등 소유자 동의서 징구, 민원처리 등

• 사업총회 개최 주민홍보 및 광고

• 사업부지의 사무실 운영 및 부동산지주 관리업무

• “갑”과 부동산소유자 등과의 공동사업 시행에 따른 제반관련 업무지원

• 다. 사업부지 확보 협조(본 사업에 부동산 지주로서 참여하는 부동산)

• 부동산 작업 부동산중개업자 관리 협조

• 사업부지 매입관리 협조 및 국․공유지 매입알선 협조

• 라. 인허가 업무

• 사업시행 업무(정부구역 지정입안 제안, 사업시행 인가, 관리처분계획 승인, 일반 분양업무)의 적극 추진

• 각종 공람 및 열람 업무

• 교통, 환경 등 각종 영향평가업무와 구역지정, 지구단위 포함 등 관련 인․허가 절차의 수행업무

• 인허가의 신청 등을 위한 총회 등 각종 회의 주관과 사업시행에 관련된 소유자의 서류징구

• 마. 관리처분계획에 따른 관련 분양업무

• 건물소유자분, 일반분양분 관리업무

• 관리처분 계획 수립 관련업무

• 분양 시장조사 분석 및 마케팅 전략 수립

• 바. 기타 계약 및 용역수행을 위한 “갑”의 지시나 요청사항의 수행 제3조(사업의 규모)

• 위치:

○○ 시 ○○구 ○○동 80번지 일대

• 사업부지 면적: 14,841평(건축연면적: 약 59,812평, 용적율: 325.56%)

• 지역지구: 준주거지역, 제3종일반주거지역, 지구단위계획구역

• 건축용도 및 규모: 공동주택, 판매시설로 지하2층, 지상35층 제4조(용역기간)

① 용역의 시기는 용역계약 체결일로부터 종기는 본 사업 준공 시까지로 한다. 제6조(용역비 지불방법) (표 생략) 제16조(특약사항)

⑤ 본 사업은 부동산 등의 소유자와 공동사업시행자로 도시환경정비사업의 방식으로 본 사업을 추진하는 것으로 본 계약체결이후 사업추진 방식이나 시행주체 등의 변경사항이 발생시 “갑”과 “을”은 적정한 방식으로 계약 목적을 달성할 수 있도록 하되 구체적인 사안은 “갑”과 “을”이 합의하에 한다.(필요한 경우에는 변경계약 또는 별도로 계약을 체결할 수 있다.)

⑥ 공동사업 시행자 추후 지정 등

• 가. 본 사업의 규모, 사업자금, 사업시기 등을 고려하여 “갑”은 본 사업을 공동으로 시행할 적정한 법인주체를 본 계약체결이후 결정하여 본 사업을 진행할 수 있다. 이 경우 “갑”과 추후 결정된 법인간에 본 사업의 공동 시행은 물론 사전변경에 따라 시행권 양도(양수)나 상호 법인합병도 가능하다.
• 나. 위 항의 경우 “갑”과 “을”간에 체결된 본 계약은 유효하며(“갑”은 이에 대하여 책임을 지고 “을”은 이의제기하지 아니 한다. 필요한 경우 3자간 본 계약과 동일한 내용의 변경계약을 체결할 수 있다) “갑”과 추후 결정된 시행사 법인은 본 계약서상 “갑”과 “을”은 동일한 지위로 본 계약에 의한 권리와 의무가 있다.

7. 청구법인과 쟁점거래처에서 2008.4월 작성한 ‘○○2지구 개발사업 프로젝트’의 주요 내용은 다음과 같다. 가)

○○구 ○○동 80번지 일대의 ○○지구 개발사업으로 전체면적은 14,837.6평, 실사용부지 11,059.5평, 기부채납(도로, 공원) 2,560.9평으로 연면적은 59,812평이며, 규모는 아파트 687세대(전용면적 30평이상 규모) 및 상가이다.

• 나) 사업시행방식은 자체매입사업방식과 도시환경정비사업방식 중 사업여건을 고려하여 도시환경정비사업방식으로 추진하되, 부지를 전체매입시에는 단독시행, 일부매입시에는 토지 등 소유자방식의 지주공동사업으로 시행한다.
• 다) 도정법 제38조(토지 등의 수용 또는 사용)에 의거 80%이상 동의시 사업시행자에게 토지, 물건 및 권리에 대한 수용 또는 사용권리를 부여함에 따라 토지 등 소유자방식의 경우 부동산을 수용하여 매입하는 것이 가능하고, 조합방식의 경우에도 매도청구가 가능하나, 전체사업부지 중 면적대비 20% 수준을 매입하여 “도시환경정비사업 중 토지 등 소유자 방식”으로 추진함이 타당할 것으로 사료된다. 라) 사업방식은 청구법인이 대기업을 편입하여 편입한 사업시행사로 하여금 전체사업을 주도하고, (주)∇∇∇∇∇∇∇는 사업의 PM사로 인허가 및 지주관리 등 제반업무를 책임대행하며, 시공사는 도시계획변경 진행정도와 현지작업 정도를 고려하여 국내 5대 건설회사 중 브랜드를 감안하여 최적의 업체를 선정한다. 8) 청구법인은 청구법인의

○○ 계좌에서 2008.4.10. 쟁점거래처의

○○ 은행 계 좌)로 2회로 나누어 총 590,000천원(타행처리번호 349, 351)의 용역비를 지급하였다.

9. 쟁점거래처는 청구법인과 용역계약을 체결하기 이전부터 주민제안동의서 징구 등의 관련 업무를 독자적으로 진행해 오던 회사로서, 계약일 이후 청구법인에게 ○○구청에서 실시하고 있는 지구단위계획 재정비 수립을 위한 설문조사와 관련하여 2008.2.25. ○○

○ 구청 등에 제안서 등을 접수하였다고 하였으나, 기준동의율(총 사유지의 2/3이상)에 미달하여 접수하지는 못하였다.

10. 쟁점거래처는 계약일 이후 2008.4.15.부터 2008.4.30.까지 ○○구청에서 실시한 설문조사에 대한 의견을 2008.5.25. ○○구청에 접수하였고, 사업진행과 건축에 관한 주민들의 이해를 돕기 위한 설명회를 2회 개최하였으며, 동의서 징구 등의 업무를 계속적으로 수행하여 2008.12.30. “♤♤로 9지구 특별계획구역 지구단위계획 변경 결정 제안”을

○○구청에 제출하였다.(동의서 징구비율 인원기준 70.56%, 면적기준 67.51%)

11. 2008.12.30. 제출한 주민제안서에 대하여 ○○구청은

○○ 시 등 관련부 서와 협의 결과를 2009.3.17. 청구법인 등에게 통보하면서 기존 지구단위 계획 및 주변지역과 조화되는 계획으로 수정하여 재신청하라고 하였다.

• ○○구청에 문의한 바, 이 지역은 조합도 결성되지 않았고, 개발사업의 초기단계이며, 청구법인 등이 제출한 제안서는 토지주 자격으로 제출한 주민의견일 뿐이며, 도시계획 반영여부는 미정인 것으로 확인된다.

• 이후에도 청구법인과 쟁점거래처는 주민들로부터 동의서 징구, 변경된 주민제안서 제출 및 사업설명회 등을 개최하였다.

• 라. 판단 위 사실관계에 의하면, 처분청은 쟁점용역이 토지관련매입세액에 해당되어 부가가치세 매입세액을 불공제하여야 한다는 주장이나, 청구법인이 공급받은 쟁점용역은 청구법인이 쟁점사업 추진을 위해 독자적으로 청구외법인에게 쟁점사업의 사업성 검토, 동의서 징구 및 지구단위계획 변경․제안 등의 용역을 의뢰하고 제공받은 것으로서 처분청이 제시하고 있는 “조합이 정비사업관리업자에게 의뢰하고 부담한 부가가치세 매입세액의 공제여부는 용역별로 사실판단”하도록 되어 있는 예규를 적용하기 위해서는 최소한 청구법인이 조합 또는 시행사의 지위에 해당되어야 할 것이나 청구법인이 조합 등에 해당된다는 증거가 없으며, 심리일 현재 조합은 결성되지 않았음이 확인되어 청구법인을 조합 또는 시행사의 지위로 보는 것은 불합리하다 할 것이다. 또한, 용역결과인 제안내용에 대하여도 구청의 승인 ․인가를 받지 않아 현실적으로 토지가치를 증가시켰다고 볼 수도 없으므로 쟁점매입세액은 불공제되는 토지관련 매입세액에 해당되지 않는 것으로 판단된다. 따라서 쟁점매입세액을 불공제하고 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분청의 이 건 부과처분은 잘못이라 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.