사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

청구법인은 철골 및 철근공사 등을 영위하는 건설업체로서 2004년 제1기에 청구외 ㈜○○토건(이하 “청구외법인”이라 한다)이 공급자로 기재되어 있고, 공급가액 합계가 334,016천원(이하 “쟁점매입”이라 한다)인 매입세금계산서 7매를 수취한 후 2004년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받고 법인세 신고시 쟁점매입액을 2004.

1. 1.～2004.

12.

31. 사업연도 손금에 산입하였다. 처분청은 2008.

1. 31.～2008.

3.

19. 청구법인에 대한 부가가치세 세무조사결과 쟁점매입 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2008.

5.

7. 청구법인에게 2004년 제1기 부가가치세 53,860,160원을 결정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.

7.

18. 이의신청을 거쳐 2008.

11.

17. 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점매입은 청구외법인으로부터 건설용역을 제공받은 정상거래이다.

1. 청구법인은 2004년 제1기에 ○○연립재건축공사 등의 토공사를 발주 받아 공사를 하였고, 이 중 일부인 잔토 및 토사운반용역(이하 “쟁점공사용역”이라 한다)을 청구외법인에 의뢰하여 공사용역을 제공받고 쟁점매입세금계산서를 수취하였다. 그리고 청구법인은 청구외법인에 쟁점매입 대금을 정상적으로 청구외법인의 하나은행 계좌로 이체하거나 청구법인이 발행한 어음으로 지급하였다.

2. 처분청은 청구법인이 쟁점매입을 청구외법인과 거래한 것이 아니고 청구외법인과는 아무런 관계가 없는 청구외 조○○(이하 “조○○”이라 한다)과 실거래를 한 것으로 판단하여 쟁점매입 관련 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 결정․고지하였으나, 청구법인은 조○○을 청구외법인의 직원(부장)으로 파악하였고, 청구외법인의 사업자등록증 사본, 인감증명서 등 관련서류를 요청한 결과 별다른 특이점을 발견하지 못하였다. 청구외법인이 청구법인에 공사용역을 제공할 당시 청구법인 소속이었던 청구외 장○○(이하 “장○○”이라 한다)이 조○○ 부장의 명함을 받았으나 관리소홀로 분실하였다. 또한 청구법인 직원 장○○이 조○○을 쟁점공사용역을 제공받기 전부터 알고 있었던 것은 사실이나, 조○○이 청구법인에 내방하여 자신이 청구외법인의 부장으로 재직하고 있다고 하면서 공사가 있으면 하청을 달라고 요청하였고 청구법인은 아무런 의심없이 조○○이 청구외법인의 부장으로 근무한 것으로 파악하고 청구외법인에 쟁점공사용역을 의뢰하게 되었다.

3. 처분청의 조사내용을 보면 청구법인이 청구외법인의 하나은행 계좌로 송금한 쟁점매입 대금을 조○○이 일부 공과금 상당액만 지급하고 전액 인출하여 갔다고 하였으나, 청구법인은 공사용역대금만 지급하면 의무가 끝나는 것이지 다른 법인의 자금흐름까지 관리․감독할 권리와 의무가 없으므로 이를 이유로 쟁점매입 거래를 부인하는 것은 부당하다.

4. 또한 처분청은 청구법인이 조○○에게 어음을 지급하였다고 이를 문제 삼고 있으나, 청구외법인의 현장 소장인 조○○을 공사 현장에서 만날 수 있고 조○○이 청구법인으로 방문하여서 조○○에게 지급한 것이며 청구외법인을 방문하여 공사대금을 지급할 수는 없다.

5. 청구법인 소속 직원인 청구외 유○○ 실장(이하 “유○○”라 한다)이 쟁점매입 대금으로 지급한 어음 중 일부를 다시 받아서 할인해 주었으나 이는 청구법인과는 무관하게 유○○ 개인이 할인해 준 것이므로 이러한 사실만으로 청구법인과 청구외법인 간의 거래를 부인하는 것은 부당하다.

6. 청구외법인이 청구법인에 지급한 리베이트는 청구법인이 2004년 제1기에 ○○연립재건축공사의 토공사를 청구외 ○○건설㈜로부터 발주받아 그 중 일부인 잔토 및 토사운반 용역을 청구외법인에 하청을 준 결과 공사를 잘 마무리해주어 다음 공사인 사당동대성빌라 재건축공사의 아파트공사 하청을 요청하면서 청구외법인으로부터 리베이트를 받은 것이다.

7. 결론적으로 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점매입에 해당하는 실제 공사용역를 제공받았으며, 청구법인과 청구외법인 중간에 조○○이 쟁점공사용역을 제공하였다면 청구법인은 아무 것도 모르는 선의의 피해자이므로 처분청이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 청구법인은 같은 사안에 대하여 중복조사를 받았으므로 처분청의 이 건 과세처분은 중복조사금지 규정 위배이다. 청구법인은 쟁점매입 거래에 대하여 2006. 3월에 처분청으로부터 세무조사를 받았으며 그 결과 쟁점매입은 정상거래로 조사 종결되었는데 2008. 2월에 같은 사안에 대하여 처분청에서 또 다시 세무조사를 하였고, 그 결과 이 건 부가가치세가 고지되었다. 2008. 2월 세무조사 결과를 보면 청구법인이 청구외법인과 거래한 것이 아니고 조○○과 실거래를 한 것으로 보아 쟁점매입 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하였다. 이러한 세무조사는 국세기본법 제81조의4 및 같은 법 시행령 제63조의 2에서 규정하고 있는 중복조사금지 규정에 위배된다. 따라서 이 건 부가가치세 과세처분은 취소함이 타당하다.

• 가. 청구법인은 쟁점매입 당시 조○○을 청구외법인의 직원으로 알고 있었다고 주장하나, 청구법인 직원인 장○○의 확인서에 의하면 장○○이 조○○을 쟁점매입 거래 발생 이전부터 알고 있었다는 내용이 있는 점과 세무조사 당시 조○○의 문답서․확인서를 보면 조○○이 청구법인으로부터 공사를 수주한 후 청구외법인 사업자등록번호를 이용하였다는 진술이 있는 점으로 보아 쟁점공사용역 계약 당시 청구법인은 쟁점공사용역계약을 청구외법인이 아닌 독립된 사업자 조○○과 한다는 사실을 알 수 있었다. 또한 쟁점매입대금 결제 흐름을 보면 청구외법인에 지급된 어음 및 수표가 청구법인 직원인 유○○ 및 장○○을 통하여 조○○에게 지급되었고 조○○이 청구법인 대표에게 계약 유지 조건으로 리베이트 2천만원을 지급한 사실로 보아 청구법인은 쟁점매입 거래 당시 거래 상대방이 청구외법인이 아니라 조○○임을 인식하였음을 알 수 있는 것이므로 청구법인이 선의의 피해자라고 하는 청구주장은 타당하지 않고 쟁점매입 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 정당하다.
• 나. 청구법인은 이 건 과세처분이 국세기본법 상의 중복조사금지 규정 위배라고 주장하나, 국세기본법 제81조의4 제2항 에 의하면 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 재조사를 할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 이 건 과세처분과 관련된 세무조사는 ○○지방국세청의 처분청에 대한 업무감사 결과 이루어진 것으로 감사결과 처분지시의 시정사항에는 재조사 근거인 조세탈루 혐의점을 적시하고 있고, ○○지방국세청의 청구외법인에 대한 조사내용에 의하면 청구외법인은 실거래로 위장하기 위하여 송금받은 대금 중 공급가액의 10%를 수수료로 공제한 후 거래처의 차명계좌 및 현금으로 되돌려 주었던 것으로 나타나며, 청구법인이 용역대금으로 지급한 지급어음 130,751천원을 청구법인의 직원 계좌로 돌려받은 사실, 처분청의 조사에서 청구법인의 직원인 유○○가 청구법인이 발행한 어음을 할인하는 점과 어음 할인 대금이 청구법인의 현장 소장 장○○ 계좌로 입금되는 점 등에 비추어 볼 때 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당한다고 할 수 있어 중복조사 금지 규정 위배라는 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점매입 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부와

② 위 과세처분과 관련된 세무조사가 국세기본법상 중복조사금지 규정의 위배인지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 3) 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조제1항제3호(제66조제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 4) 국세기본법 시행령 제63조의2 【중복조사의 금지】 법 제81조의4제2항에서 "기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의5 및 법 제81조의9의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

• 다. 사실관계

1. 처분청은 청구법인이 자료상인 청구외법인으로부터 쟁점매입세금계산서를 수취한 사실을 확인하고 2004.

1. 1.～2004.

12. 31.을 조사대상기간으로 하여 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사를 2006.

3. 8.부터 2006.

3. 28.까지 실시한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

2. 위 세무조사 종결시 처분청이 작성한 「부가가치세 경정조사 종결복명서(2006.

3. 28)」에 의하면 다음과 같은 내용을 알 수 있다.

• 가) 처분청은 청구법인이 2004.3.16. 발행한 약속어음 5매 액면 116,444,000원의 최종 수취인이 청구법인 직원 유○○로 확인되어 이에 대하여 조사하였고, 유○○의 확인서에 의하여 유○○가 개인적으로 어음을 할인해 준 것이라고 판단하였다.
• 나) 처분청은 청구법인이 쟁점공사용역 계약서를 청구외법인 부장으로 재직하고 있다는 조○○과 작성하였고, 계약시 조○○에게 사업자등록증명원 등을 요청하여 청구외법인의 실체를 확인하였으며, 공사대금 중 일부를 청구외법인 명의 은행계좌로 이체한 점 등으로 미루어 쟁점매입거래는 청구법인이 쟁점공사용역의 거래 상대방이 청구외법인이라고 믿고 거래한 정상적인 거래라고 판단하여 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사를 종결하였다.

3. 처분청은 청구법인에 대한 2006. 3월 조사가 부적정하다는 ○○지방국세청의 감사지적에 따라 2004.

1. 1.～2004.

6. 30.을 조사대상기간으로 하여 청구법인에 대한 부가가치세 일반부분조사를 2008.

1. 31.부터 2008.

3. 19.까지 실시하여 이 건 부가가치세를 결정․고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

4. 위 2008년 세무조사와 관련하여 작성된 조사서(2008.3.18)에 의하면, 쟁점매입대금 결제액 대부분이 실제 공사 실행자인 조○○에게 지급된 사실이 쟁점매입대금으로 지급한 어음 및 계좌이체로 지급한 금액에 대한 금융조사 결과 확인되고, 청구외법인에게는 부가가치세 및 일부 수수료만 유입된 것으로 확인되어 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 하여 매입세액을 불공제하였음을 알 수 있다.

5. 청구법인은 이 건 청구서에서 쟁점매입이 청구외법인과 실거래이고, 대금결제가 아래 표1과 같이 이루어 졌다고 주장하며 이에 대한 증빙으로 계좌 입금증과 어음사본 등을 제시하고 있다. 표1 쟁점매입 대금 결제 내역 (단위: 원) 일자 어음지급액 계좌이체액 어음번호 청구외법인계좌 2004.2.17 33,144,000 12229632 2004.2.17 12,420,000 하나 25 2004.3.16 78,291,000 17603146～9 2004.3.16 13,000,000 하나 36 2004.3.31 20,000,000 하나 36 2004.4.20 52,460,000 17603251～2 2004.4.20 19,700,000 하나 36 2004.6.17 72,720,000 22052555 2004.6.17 38,270,000 하나 36 2004.7.20 5,412,000 하나 36 2004.7.20 22,000,000 하나 36*** 합계 236,615,000 130,802,000

6. 작성일이 2003.

12. 29.로 되어 있는 쟁점공사용역 ‘약정서(토사운반 및 처리)’를 살펴보면 공사 현장명이 “○○연립재건축공사”로 되어 있고, 계약체결 당사자 서명란의 청구법인란에는 청구법인명과 “대표이사 노○○”이라 기재되어 있으며 청구법인 인감이 날인되어 있다. 또한 청구외법인란에는 “부장대리인 조○○”이라고 기재되어 있고 조○○ 개인 도장이 찍혀 있다.

7. 청구법인에 대한 조사시 작성된 조○○의 문답서(2008.3.19)를 보면 조○○이 아래와 같이 진술한 것으로 나타난다.

• 가) 쟁점공사용역 약정서에서 문구상으로는 조○○이 청구외법인의 대리인으로 기재되어 있지만 실제는 조○○이 청구외법인 명의를 빌린 것이다. 즉, 청구외법인 명의를 빌려서 조○○의 책임하에 쟁점공사용역을 청구법인에 제공한 것이다.
• 나) 조○○은 청구외법인 명의를 차용한 것에 대한 대가로 부가가치세와 세금계산서 가액의 15%정도를 수수료로 지급하였다.
• 다) 쟁점매입 대금이 청구외법인 계좌로 입금되면 조○○이 보관하고 있는 청구외법인 계좌로 부가가치세와 수수료를 공제한 금액이 즉시 이체되고 이 이체된 금액을 조○○이 인출하여 중기사업자들에게 지급하였다.
• 라) 청구법인은 중소건설업체로서 어음이 시장에서 할인받기 위해서는 고액의 할인료를 지급하여야 하므로 조○○이 잘 알고 있는 장○○ 소장에게 부탁하여 어음을 할인하였고, 자금주는 청구법인 유○○ 실장으로 알고 있다.
• 마) 청구법인과 잔토운반 공사를 계속 유지하고자 조○○이 청구법인 대표 노△△에게 리베이트로 2천만원을 지급하였다.
• 바) 조○○의 책임하에 잔토운반 공사가 이루어진 사실을 청구법인 현장소장인 장○○은 확실하게 알고 있었고, 청구법인 본사에서도 어느 정도 인지하고 있었다고 생각한다.

8. 청구법인에 대한 세무조사결과 2008.

3.

18. 작성된 처분청의 조사서에 의하면, 청구법인이 2004.

7.

20. 청구외법인의 하나은행 계좌에 쟁점공사용역대금 중 일부로 지급하였던 22,000,000원 중 20,000,000원이 당일 청구법인의 대표이사 청구외 노△△의 계좌로 이체된 사실이 금융조사결과 확인된 사실이 나타나고, 이 금액은 쟁점공사용역의 실제공자 조○○이 청구외 노△△에게 지급한 리베이트라고 판단하고 있다.

9. 청구법인에 대한 조사시 작성된 청구법인 현장소장 장○○의 문답서(2008.2.29)를 보면 장○○이 아래와 같이 진술한 것으로 나타난다.

• 가) 2004.

3.

16. 청구법인 직원 유○○의 개인 계좌에서 출금된 46,291,000원이 장○○의 계좌로 입금된 사유에 대하여 장○○은 청구외법인 조○○부장이 현장 경비(중기 사용료)가 급히 필요한데 조○○이 신용불량으로 은행거래가 곤란하여 어음할인된 금액 46,291,000원을 받아 줄 것을 간청하여 그렇게 된 것이라고 진술하였다.

• 나) 2004.

3.

18. 청구법인 직원 유○○의 개인 계좌에서 출금된 10,410,000원이 장○○의 계좌로 입금된 것에 대해서도 장○○은 그 사유가 위 2004.

3.

16. 입금된 46,291,000원과 같다고 진술하였다.

10. ○○지방국세청 감사관이 처분청에 대한 감사 결과, 청구법인에 대한 2006. 3월 세무조사와 관련하여 처분청에 보낸 ‘시정사항’에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

• 가) ○○지방국세청의 청구외법인에 대한 조사내용을 보면 실거래로 위장하기 위하여 청구외법인 계좌로 대금을 송금받아 부가가치세 10%를 공제후 돌려주거나, 스스로 무통장입금증을 만들어 거래처에 교부한 후 별도 수수료를 받는 방법으로 금융거래를 조작하였다 하여 청구외법인이 수취 및 발행한 세금계산서 가액 전액을 가공으로 확정하고 있고, 청구법인이 청구외법인에게 발행한 지급어음은 청구법인 직원(유○○ 등)이 최종 수취인임을 밝혀 자료통보하였다.
• 나) 청구법인은 무통장입금증 및 지급어음을 실거래의 근거로 제시하면서 지급어음의 수취인이 청구법인 직원인 까닭을 청구법인 직원이 개인적으로 어음을 할인하여 주었기 때문이라 하였으며, 청구외법인이 자료상이라 하여도 조○○을 청구외법인 직원으로 알았기 때문에 선의의 거래 당사자라는 주장이나 이는 가공거래를 정당화하려는 의례적인 소명으로 아래와 같이 객관성이 결여되어 있고, 청구외법인과의 쟁점매입 거래는 가공혐의가 상당함에도 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세조사를 실시하는 과정에서 재화․용역의 흐름, 금융추적(유○○, 장○○) 등 사실 확인 없이 그대로 인정하여 부가가치세조사를 종결한 사실이 있다.

(1) 청구법인은 거래대금 결제를 계좌입금(하나은행36, 하나은행 25)으로 130,802천원, 지급어음으로 236,611천원을 지급하였으나, ○○지방국세청장이 작성한 조사복명서에 의하면 청구외법인은 실거래를 위장하기 위하여 송금받은 대금 중 공급가액의 10%를 수수료로 공제 후 거래처의 차명계좌 및 현금으로 되돌려 주었던 것으로 나타나고 지급어음 130,751천원은 청구법인 직원의 계좌로 돌려받은 사실을 밝혀서 자료통보하고 있으므로 무통장입금증 130,802천원과 청구법인 직원의 계좌로 돌려받은 지급어음 130,751천원은 정상거래의 근거로 볼 수 없으며 나머지 지급어음 105,809천원 또한 금융조작 여부에 대한 조사가 필요함.

(2) 지급어음 116,444천원의 최종 수취인이 청구법인 직원(유○○)인 사유는 개인적으로 어음을 할인하여 주었기 때문이라는 주장에 대해 살펴보면, 첫째, 지급어음 만기일에 결제대금이 입금된 계좌를 밝히고 동 결제계좌와 유○○의 계좌(국민은행 008-21-***, 동일계좌인지 여부에 대한 조사가 없음) 간 연관성을 추적하여 위 국민은행 계좌가 청구법인의 부외계좌인지 및 청구외법인에게 지급어음을 교부한 후 되돌려 받았는지 여부를 가려 유○○가 실제 개인적으로 어음을 할인하여 주었는지를 판단하여야 함에도 단지 청구법인이 제시하는 유○○ 등의 확인서만을 근거로 하고 있으며, 둘째 유○○의 계좌에서 청구외법인계좌에 재입금된 46,665천원은 가공세금계산서 334,016천원(쟁점매입)의 수수에 따른 부가가치세 및 조○○의 일부 실제 작업비 등일 것으로 추정되고 청구법인 현장소장 장○○의 계좌에 송금 후 현금으로 출금하여 청구외법인에게 지급하였다는 56,701천원은 그 근거가 없으며 잔액 13,078천원에 대하여는 소명이 없는바, 지급어음 130,751천원(최종수취인이 청구외 윤○○으로 밝혀진 14,307천원 포함, 당초 조사내용 없음) 중 청구외법인계좌로 재입금액 46,665천원을 차감한 84,086천원은 청구법인의 손금으로 인정하기에 무리가 있음.

(3) ○○지방국세청장이 징취한 확인서에서 조○○은 청구법인이 발행한 지급어음을 청구외 이○○이 직접 수령하였고 세금계산서는 청구외 이○○으로부터 수령하여 단지 전달만 하였을 뿐이라고 진술하고 있는 사실, 청구법인과 청구외법인 간에 체결한 약정서에 청구외법인의 법인인감이 아닌 부장 대리인으로 조○○ 개인 도장이 날인되어 있는 사실, 선의의 거래 당사자임을 입증하기 위하여 명함, 신분증 등 조○○의 신원 및 신분을 확인할 수 있는 근거에 대한 소명이 없는 사실, 청구법인 발행 지급어음을 할인한 대금을 청구외법인 또는 조○○의 계좌에 직접 입금하지 않고 청구법인 직원인 장○○의 계좌에 입금한 사실, 건설업에서 중요시하는 하자담보를 위한 하자보증금, 보증보험 등에 대한 근거 제시가 없는 점 등을 고려할 때 조○○을 자료상의 직원으로 알았다는 주장은 설득력이 없음.

• 다) 이는 부가가치세조사업무를 바르게 하지 못한 것이니 처분청은 청구법인에 대하여 재조사계획을 수립하여 위 시정사항에서 적시하고 있는 혐의점에 대하여 면밀하게 조사할 것.

11. 청구외법인에 대한 ○○지방국세청장의 자료상조사 종결복명서(2005. 2월)에 의하면 청구외법인은 자료상으로 2003년 제1기부터 2004년 제2기까지 매출액 4,926백만원 전액이 실거래 없이 세금계산서만 발행한 가공거래임을 청구외법인의 실대표자 윤○○, 주○○, 이○○, 권○○ 등이 인정하였고, ○○지방국세청장은 청구외 윤○○과 범칙행위 관련자 등을 조세범처벌법 위반으로 고발하기로 한 사실이 나타난다. 또한 동 조사 종결복명서에 의하면 청구외법인은 거래처에서 청구외법인 계좌 등으로 대금을 송금하도록 하여 금융거래증빙을 조작한 후, 공급가액의 10%의 수수료 공제 후 다시 거래처의 차명계좌 및 현금으로 출금하는 수법으로 실거래를 위장하였다는 내용이 나타난다.

• 라. 판단

1. 쟁점① 관련, 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점매입에 해당하는 실제 공사용역를 제공받았으며, 조○○을 청구외법인의 직원(부장)으로 알았고, 조○○이 쟁점공사용역을 제공하였다면 청구법인은 아무 것도 모르는 선의의 피해자이므로 이 건 부가가치세 과세처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 조○○의 문답서(2008.3.19)에 의하면, 조○○이 쟁점공사용역 약정서에서 청구외법인의 명의를 빌린 것이고 쟁점공사용역은 자신의 책임하에 제공하였다고 진술한 점, ○○지방국세청장의 청구외법인 조사 결과에 의하면 청구외법인은 자료상으로서 검찰에 고발되고 매출액 전액이 허위인 것으로 조사된 점, 조○○은 청구외법인 명의를 차용한 것에 대한 대가로 부가가치세와 세금계산서 가액의 15%정도를 수수료로 지급하였다고 진술한 점 등에 비추어 볼 때 쟁점매입 세금계산서는 청구외법인이 용역을 제공한 사실이 없는 사실과 다른 세금계산서라 하겠다.
• 나) 또한, 조○○의 문답서(2008.3.19)에 의하면 조○○이 쟁점공사용역이 조○○의 책임하에 이루어진 사실을 청구법인 현장소장인 장○○이 확실하게 알고 있었다고 진술한 점, 조○○이 청구법인과 잔토운반 공사를 계속 유지하고자 청구법인 대표 노△△에게 리베이트로 2천만원을 지급하였다고 한 점, 조○○이 쟁점공사용역 대금으로 받은 어음을 청구법인 직원 유○○에게서 할인받고 동 할인된 자금이 장○○의 계좌로 입금된 사유에 대하여 장○○은 조○○이 신용불량으로 은행거래가 곤란하여 어음할인된 금액을 받아 줄 것을 간청하여 그렇게 된 것이라고 진술(2008.2.29. 문답서)하였으나 조○○이 청구외법인의 직원이라면 이러한 자금을 청구외법인 명의 예금통장에 입금하여 관리하면 되는 것인데 굳이 장○○의 계좌로 입금시켜 사용한 점에서 청구법인 직원인 장○○이 쟁점공사의 실사업자가 조○○이라는 사실을 알 수 있었을 것이라는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 조○○을 청구외법인의 직원(부장)으로 알았고, 조○○이 쟁점공사용역을 제공하였다면 청구법인은 아무 것도 모르는 선의의 피해자라는 청구주장은 설득력이 없다 하겠다.
• 다) 위와 같은 점을 종합하여 볼 때 처분청이 쟁점매입 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점② 관련, 청구법인은 이 건 과세처분이 국세기본법 상의 중복조사금지 규정 위배라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

• 가) ○○지방국세청장의 청구외법인 조사결과에 의하면 청구외법인은 자료상으로 2003년 제1기부터 2004년 제2기까지 매출액 4,926백만원 전액이 실거래 없이 세금계산서만 발행한 가공거래임이 밝혀졌고, 청구외법인은 거래처에서 청구외법인 계좌 등으로 대금을 송금하도록 하여 금융거래증빙을 조작한 후, 공급가액의 10% 상당을 수수료로 공제한 후 다시 거래처의 차명계좌 및 현금으로 출금하는 수법으로 실거래를 위장하였다고 하였다.
• 나) 통상적으로 법인 간에 공사계약을 체결할 경우 계약서에는 계약 당사 법인의 인감이 날인되는데, 청구법인이 제시한 쟁점공사용역 약정서(계약서)는 청구외법인의 법인인감이 아닌 청구외법인 “부장대리인”이라 기재하고 조○○ 개인 도장이 날인되어 있다.
• 다) 그리고 청구법인에 대한 당초 조사에서 청구법인의 직원인 유○○가 청구법인이 발행한 어음을 할인하였던 점과 할인된 어음대금이 청구법인의 현장 소장 장○○ 계좌로 입금된 점이 밝혀졌다.
• 라) 따라서 ○○지방국세청이 처분청에 대한 업무감사 결과 처분청에 보낸 시정사항에서 적시한 바와 같이 무통장입금증 130,802천원, 청구법인 직원 유○○의 계좌에 입금된 지급어음 대금 130,751천원은 정상거래의 근거로 볼 수 없으며 나머지 지급어음 105,864천원 또한 금융조작 여부에 대한 조사가 필요하다 할 것인데 청구법인에 대한 당초 조사시 처분청은 유○○의 계좌로 입금된 지급어음대금 130,751천원에 대하여 청구법인이 제시하는 유○○ 등의 확인서만을 근거로 유○○가 개인적으로 어음을 할인하여 주었기 때문이라고 판단하였고, 위 지급어음 결제대금의 자금흐름을 조사하여 유○○가 실제로 개인적으로 어음을 할인하여 주었는지를 판단하여야 함에도 처분청은 이에 대한 조사를 하지 않았다. 또한 당초 조사 시 처분청은 쟁점매입대금으로 지급된 어음 중 위 유○○ 계좌로 입금되지 않은 나머지 지급어음 대금 105,864천원 및 무통장입금액 130,802천원에 대해서도 ○○지방국세청의 청구외법인에 대한 조사내용에 비추어 볼 때 금융조작 여부에 대한 조사가 필요한데도 이에 대한 금융조사를 하지 않았다.
• 마) 위와 같은 이유 등으로 처분청은 ○○지방국세청의 업무감사 결과 지적을 받았고, 이에 따른 지시로 이루어진 청구법인에 대한 재조사에서 쟁점공사용역의 제공자는 청구외법인이 아닌 개인 조○○이고, 이러한 사실을 청구법인이 알고 있었던 것으로 밝혀져 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라 하여 이 건 부가가치세가 과세되었다. 바) 국세기본법 제81조의4 제2항 에 의하면 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 재조사를 할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 위와 “가)”에서 “마)”의 내용을 종합하여 볼 때 이 건 과세처분과 관련된 세무조사는 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당한다고 할 수 있어 중복조사 금지 규정 위배라는 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.