변경계약에 따라 정산한 차액을 수정신고하지 않는 것으로 보아 과세한 처분

청구인은 2006.4.8. 청구외 (주)☆☆☆(이하󰡒청구외법인󰡓이라 한다)와 ×× 도 ××시 ××구 ×동 ○○택지개발지구 ××× B/L ☆☆☆○○○○ ×동 ××층 ××호 상가(이하󰡒쟁점1상가󰡓라 한다)를 분양계약하여 2006.4.8.～2006.6.13. 간 계약금 및 중도금 472,160,000원(공급가액 433,352,000원, 부가가치세 38,808,000원)을 지불하고 청구외법인으로부터 공급가액 388,080,000원의 세금계산서를 교부받아 각 과세기간별로 처분청에 부가가치세 신고를 하여 부가가치세 38,808,000원을 환급받았다. 이후 청구인과 청구외법인은 분양 목적물을 같은건물 ×××호(이하󰡒쟁점2상가󰡓라 한다)로 변경하는 계약을 체결하였고, 이에 따라 청구외법인은 2007.2.3. 쟁점1상가와 쟁점2상가에 대한 건물분 공급가액 정산차액 84,880,000원에 대하여 감액 수정세금계산서(이하󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 발행하고 2007년 제1기분 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구인이 쟁점세금계산서에 대하여 2007년 제1기분 부가가치세신고를 아니함에 따라 청구인에게 2007년 제1기분 부가가치세 11,446,060원(가산세 2,958,060원 포함)을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008. 9. 4. 이 건 심사청구를 하였다.

주장

• 가. 처분청은 청구인에게 부가가치세를 환급해 주면서 또한 청구외법인이 부가가치세를 과다납부하였다고 하여 부가가치세를 환급해 주어서 이중으로 부가가치세를 환급하였다.
• 나. 처분청이 청구외법인에게 이 건 부가가치세액을 환급하였다면 당연히 청구인에게 부가가치세법 제21조 제1항 에 의하여 통지를 하거나 과세표준과 납부세액을 조사 결정하여야 한다.
• 다. 청구외법인은 쟁점세금계산서상의 부가가치세액 8,488,000원(이하󰡒쟁점부가가치세액󰡓이라 한다)을 부가가치세 신고시 공제하였음에도 동 금액을 청구인에게 반환하지도 않았고 통지도 하지 아니하였다.
• 라. 따라서, 처분청이 청구인 및 청구외법인에게 부가가치세 8,488,000원을 이중으로 환급하고, 이를 회수하기 위하여 청구인에게 부가가치세법 제19조 에 의한 확정신고를 하지 않았다고 하여 부가가치세와 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

청구인은 청구외법인과 당초 쟁점1상가를 계약하였다가 이보다 저렴한 쟁점2상가로 계약변경하였고, 그에 따른 차액 84,880,000원(공급가액)을 정산 받았으나 부가가치세 신고 및 매입세금계산서합계표 제출을 하지 아니하였으므로 이에 대한 가산세 적용하여 청구인에게 고지한 이 건 부가가치세는 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서에 대하여 부과한 이 건 부가가치세 처분이 적법한 지 여부

1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 2) 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

3. 상담3팀-796(2006.4.28) 사업자가 과세되는 건물을 신축하여 중간지급조건부로 공급하는 계약을체결한 후 공급시기가 도래한 계약금 및 중도금에 대하여 세금계산서를 교부 하였으나, 잔금시기가 도래하기 전에 당초 공급가액을 변경 계약하여 당초 공급가액과 차가감되는 금액을 잔금지급 시 정산하기로 한 경우 잔금분에 대하여는 그 변경된 계약내용에 따라 세금계산서를 교부할 수 있는 것입니다. 4) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치 세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 5) 부가가치세법 제22조 【가산세】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 6) 국세기본법 제47조의3 【과소신고가산세】

① 납세자(부가가치세법 제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "일반과소신고가산세액"이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 7) 국세기본법 제47조의5 【납부·환급불성실가산세】

① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다. 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 쟁점1상가에 대하여 지급한 계약금 및 중도금의 내용과 쟁점2상가의 분양계약 내용은 다음과 같이 확인되며, 이에 대하여는 처분청과 청구인간 다툼은 없다.

• 가) 쟁점1상가의 대금지급 내용 구 분 납부일자 금 액 부가가치세 합계금액 계약금

2006. 4. 8 123,815,000 11,088,000 134,903,000 중도금 1차

2006. 5.13 92,861,000 8,316,000 101,177,000 중도금 2차

2006. 5.13 92,861,000 8,316,000 101,177,000 중도금 3차

2006. 6.13 123,815,000 11,088,000 134,903,000 계 433,352,000 38,808,000 472,160,000 금액단위: 원

• 나) 쟁점2상가의 분양계약 내용 구 분 금 액 비 고 건 물 분 양 가 303,200,000 부가가치세 30,320,000 대 지 89,150,000 합계금액 422,670,000 금액단위: 원

2. 청구인은 2008.6.27. 쟁점상가의 계약변경으로 인한 대금정산과 관련하여청구외법인에게 통지서를 발송하였는 바 그 주요내용은 다음과 같다

• 가) 쟁점상가의 계약변경으로 인한 정산금액은 49,490,000원(쟁점1상가의 불입액 472,160,000원에서 쟁점2상가의 분양대금 422,670,000원을 차감한 금액) 임에도 2007.2.12. 41,012,940원을 송금하고 차액 8,477,060원을 송금하지 아니하였다.
• 나) 계약변경으로 인하여 세무서에 과다납부한 부가가치세 8,488,000원(쟁점1상가로 납부한 부가가치세 38,808,000원에서 쟁점2상가로 부담하여야 할 부가가치세 30,320,000원을 차감한 금액)을 회수하였으므로 동 금액을 반환하여야 함에도 이를 반환하지 아니함은 물론 이에 대한 통지도 하지 아니하여 부가가치세 확정신고와 부가가치세 납부를 하지 못하여 세무서로부터 부가가치세 11,446,060원을 납부하라는 통지를 받았는 바 위 금액을 청구하니 조속히 정산하여 주기 바란다.

3. 한편, 청구외법인은 상기 통지서에 대하여 2008.7.1. 청구인에게 회신을 하였으며 그 정산 및 회신내용은 다음과 같이 나타나 있다.

• 가) 대금정산내역 쟁점1상가 분양대금 ① 433,352,000 대출이자 ② 8,477,060 소계③ (①-②) 424,874,940 부가가치세 ④ 38,808,000 합 계 ⑤ = (①-②+④) 463,682,940 금액단위: 원 쟁점2상가 분양대금 ⑥ 392,350,000 부가가치세 ⑦ 30,320,000 소 계 ⑧ = (⑥+⑦) 422,670,000 반환금액 분양대금(③-⑥) 32,524,940 부가가치세(④-⑦) 8,488,000 소 계 (⑤-⑧) 41,012,940
• 나) 분양계약해제 후 세무서에 신고하여야 함을 호수변경 당시 통지하였으며 세금계산서는 청구인이 위임한 세무사에게 발송하였다.
• 다) 따라서, 이에 대한 신고를 하지 않아 발생된 문제에 대하여는 청구인에게 책임이 있다.

4. 위 사실내용과 관련법령을 종합하여 이 건 부가가치세 처분이 부당하다는청구인의 주장이 타당한지를 판단하여 보면

• 가) 사업자가 과세되는 건물을 신축하여 중간지급조건부로 공급하는 계약을 체결한 후 공급시기가 도래한 계약금 및 중도금에 대하여 세금계산서를 교부한 후 잔금시기가 도래하기 전에 당초 공급가액을 변경 계약하여 당초 공급가액과 차가감되는 금액을 잔금지급 시 정산하기로 한 경우 잔금분에 대하여는 그 변경된 계약내용에 따라 세금계산서를 교부할 수 있는 것인 바
• 나) 청구인과 청구외법인은 당초 쟁점1상가를 분양계약한 후 잔금시기가 도래하기 전에 쟁점2상가로 변경하는 분양계약을 체결하였고, 이에 따라 청구외법인이 당초 공급가액과 변경된 공급가액과의 차액 및 부가가치세 등을 청구인에게 정산하고 그에 따른 감액 수정세금계산서를 교부한 사실이 관련서류에 의하여 확인되고 있으므로 청구외법인이 쟁점세금계산서를 발행하여부가가치세를 신고한 것은 적법하다 할 것이고
• 다) 처분청은 청구인이 2007년 제1기분 확정신고시 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 신고를 하지 아니함에 따라 쟁점부가가치액에 세법에 규정된 세금계산서합계표 미제출가산세, 과소신고가산세, 납부불성실가산세 등을 가산하여 이 건 부가가치세를 과세하였는 바 상기 사실내용과 관련법령에 비추어 볼 때, 쟁점부가가치세액과 가산세가 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 5) 위 내용을 종합할 때, 처분청이 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.