조세특례제한법상 재활용매입세액 공제 대상이 되는지 여부

• 가. 청구법인은 ○○시 ○○동 ○○-1에서 고철, 도소매업을 영위하고 있는 사업자로서, 미등록사업자인 이○○ 등 195명(이하 “재활용수집업자” 라 한다)으로부터 2005년 1기 553,983,430원, 2005년 2기 313,421,960원, 2006년 1기 534,139,990원, 2006년 2기 415,357,900원 등 합계 1,816,903,280원을 매입(이하 “쟁점과세기간” 또는 “쟁점매입액”이라 한다)하고 쟁점매입액에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)에 의한 재활용재활용 매입세액으로 부가가치세 매출세액에서 공제하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점과세기간 중 재활용수집업자의 1역년 공급대가 금액이 48백만원(이하 “기준금액”이라 한다) 이상이 되어 일반과세사업자로 확인된 경우 동 매입금액에 대한 매입세액공제특례 적용을 배제하여 2008.2.4. 청구법인에게 부가가치세 2005년 제1기 56,514,510원, 2005년 제2기 30,692,130원, 2006년 제1기 50,157,720원, 2006년 제2기 37,305,290원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.7. 이의신청을 거쳐 2008.8.11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인이 신고한 재활용수집업자들은 청구법인 신고기준으로는 기준금액을 초과하지 않았다. 기준금액을 초과했는지 초과하지 않았는지는 재활용수집업자 이외에는 그 누구도 알 수 없으며, 그 부분에 대해서 처분청에서 기준금액 초과자인지 아니면 사업자인지 여부를 청구법인 신고당시 확인할 수 있거나 처분청에서 확인을 해주지도 않고 있다.
• 나. 일반적인 상거래 상 그리고 청구법인 이외의 타 사업자들 또한 이익실현을 위해 사업을 영위한 자들이다. 업종의 특성상 공급자에게 약자에 속한 청구법인이다 보니 사업자등록 여부를 물어 보거나 매출액이 1년에 얼마나 되는지 등을 물어보며 거래처와 거래할 수 없는 형편이다.
• 다. 재활용수집업자가 기준금액을 초과하는지 여부는 과세기간 종료후에나 청구법인이 신고한 내용으로 알 수 있을 것이고 사업자등록 유무도 알 수 있겠으나, 재활용수집업자에게 사업자 등록을 강요할 수 없는 형편이다. 이는 수많은 재활용수집업자들이 업계에 상존하는 한 어쩔 수 없다.
• 라. 청구법인의 신고는 재활용수집업자들에 대한 세적유무 및 1년 실적등을 확인할 수 있는 제도적인 장치가 마련되지 않는 한 이러한 문제점은 계속적으로 발생되는 사항임에도 청구법인에게 모든 것을 완벽하게 하여 신고하도록 하는 것은 사업하지 말라는 경우와 같고 이러한 벌칙으로 가산세까지 부담하게 하는 것은 청구법인 입장에서 억울하고 부당하다.
• 마. 설령, 처분청에서 미등록 재활용수집업자의 일반과세자 규모 거래분에 대하여 매입세액을 불공제 한다 하더라도 아래의 조특법 및 부가가치세법에 충실하여야 한다.

1. 조특법 제108조 및 동법 시행령 제110조에서 재활용폐자원의 매입세액공제를 받을 수 있는 대상자는 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하 는 자와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말하고

2. 여기서 간이과세자는 부가가치세법 제25조 제⑤항 “등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 4,800만원 미만인 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다”고 규정하고 있는바, 3)청구인이 재활용폐자원의 매입세액공제를 신청한 대상자들 또한 등록을 하지 아니한 개인사업자들이고 또한, 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 4,800만원 미만으로 청구인이 신고한 자료에서도 확인되고 있으나

4. 처분청은 사실 확인도 없는 상태에서 위에서 언급한 바와 같이 직전 1역년에 대한 공급대가의 합계액을 적용하지 않고 단순히 2005년 및 2006년 귀속 재활용폐자원 공급대상자들의 해당년도에 신고 된 금액만을 가지고 단순 적용하여 쟁점 재활용폐자원의 매입세액을 불공제로 판단한 것은 부당하다.

5. 또한 처분청의 판단내용 중 “공급자의 1역년의 공급대가 합계액이 4,800만원을 초과하여 일반과세자 규모에 해당되어 재활용폐자원 매입세액공제제도를 적용하기 어렵다”고 하였으나,

6. 관련 규정을 살펴보면 부가가치세법시행령 제74조 의 2 제①항의 간이과세 및 일반과세의 적용시기의 판단규정에서는 “간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 4,800만원에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다” 고 규정하고 있는바,

7. 이 또한 2005년 및 2006년 귀속 재활용폐자원 공급대상자들의 해당년도에 신고 된 금액을 기준으로 공급대가의 합계액을 적용하여 쟁점 재활용폐자원의 매입세액을 불공제로 판단한 것은 부당하다 할 것이다.

3. 처분청(감사관) 의견

• 가. 재활용수집업자들은 1역년의 공급대가가 48백만원 이상하는 일반사업자 규모에 해당되는 미등록사업자들로서, 이들은 계속적 반복적으로 재활용을 수집하여 다른 도소매업 사업자에게 공급하는 도매업을 영위하는 일반과세사업자에 해당하고
• 나. 이들이 사업자등록을 하지 아니하였더라도 청구법인은 일반과세사업자로 판단할 수 있으며, 조세특례제한법 제108조 및 동법 시행령 제110조에 의하면 “과세사업을 영위하지 아니하는 자” 와 “간이과세자” 로부터 재활용재활용 및 중고품을 취득하는 경우 매입세액을 공제하도록 하고 있으므로
• 다. 처분청이 기준금액을 초과하는 재활용수집업자들로부터 취득한 쟁점매입액에 대한 재활용재활용 매입세액 공제를 부인하고 경정결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 미등록 재활용수집업자의 1역년 공급대가 금액이 48백만원 미만인 경우 조세특례제한법의 매입세액공제 특례규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 등 1) 조세특례제한법 제108조 【재활용재활용등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례 】

① 재활용재활용 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용재활용 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용재활용에 대하여는 취득 가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다. 2) 조세특례제한법시행령 제110조 【 재활용재활용등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례 】

① 법 제108조 제1항에서 "기타 대통령령이 정하는 자"라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다. 3) 부가가치세법 제2조 【납세의무자】

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인·법인(국가·지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단·재단 기타 단체를 포함한다. 4) 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 "공급대가"라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 "간이과세자"라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자

2. 업종·규모·지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자

② 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.

③ 신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달될 것 으로 예상되는 때에는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 제3항의 규정에 의한 신고를 한 개인사업자는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규 정된 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이 과세자로 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제28조 제1항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 공급대가가 제1항에서 규정하는 금액이상인 개인사업자는 그 결정 또는 경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다. 5) 부가가치세법시행령 제74조 【간이과세의 범위】

① 법 제25조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 4천800만원을 말한다. 6) 부가가치세법시행령 제74조 의 2【간이과세 및 일반과세의 적용시기 】

① 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항의 규정에 의한 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다.

② 제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시전일까지 교부하여야 한다.

③ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용한다. 다만, 부동산임대업을 영위하는 사업자의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 일반과세자에 관한 규정을 적용한다.

④ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계
• 가. 청구법인의 개업부터 2006년 제2기까지 신고한 재활용매입금액 및 매입세액 현황이 아래와 같이 국세통합전산망에 의하여 확인된다. 과세기간 매 출 매 입 재활용매입세액

① ×8÷108 세금계산서 재활용

①

2003. 2 758,042,010 271,999,840 460,820,490 34,134,851

2004. 1 1,157,754,220 553,685,653 585,380,201 43,361,496

2004. 2 1,181,623,040 493,088,123 650,395,760 48,177,464

2005. 1 1,592,252,460 713,549,932 808,076,640 59,857,529

2005. 2 977,275,050 482,822,381 471,115,600 34,897,452

2006. 1 1,368,713,960 663,915,694 651,398,300 48,251,726

2006. 2 1,507,141,830 42,773,210 513,705,900 38,052,289

• 나. 처분청은 국세통합전산망 등을 통하여 청구법인이 신고한 재활용수집업자들에 대한 2005년 및 2006년 신고내역(청구법인외 사업자 신고분 포함) 을 확인하여 일반과세자 규모의 사업자를 밝혀내어 아래와 같이 재활용매입세액 특례규정 적용을 배제하였다.

1. 재활용수집업자 중 청구외 이○○ 등 23명은 1역년 재활용폐자원 공급대가 합계액이 4,800만원 미만으로 간이과세사업자 규모로 확인되었으며 이들로부터 매입한 금액은 2005년 1기 46,669,430원, 2005년 2기 23,298,200원, 2006년 1기 16,769,100원, 2006년 2기 16,088,700원으로 확인되었다.

2. 청구외 이○○ 등 23명을 제외한 172명의 경우 연간 재활용폐자원 공급대가 합계액이 4,800만원을 초과하므로 일반과세사업자 규모로 확인되었으며 이들로부터 매입한 금액은 2005년 1기 507,314,000원, 2005년 2기 290,123,760원, 2006년 1기 519,370,890원, 2006년 2기 399,269,200원으로 확인되었다.

3. 재활용수집업자가 일반과세사업자 규모의 실적을 영위하는 경우 조세특례제한법 상 재활용매입세액 특례규정을 적용할 수 없어 신고한 매입세액을 불공제하였다.

• 다. 청구인은 처분청이 재활용수집업자에 대한 매입세액을 불공제 한다 하더라도 아래와 같이 재활용수집업자가 부가가치세법25조 및 동법 시행령 74조의 2규정에 의한 간이과세자에 해당되는 과세기간의 거래실적에 대하여는 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있다.

1. 처분청이 2005년 2006년 거래실적에 의하여 일반과세자 기준에 해당된 재활용매입세액을 불공제 하였지만, 불공제 대상 재활용수집업자가 직전년도 또는 당해연도가 신규자로서 거래실적이 4,800만원 미만이 되어 간이과세자가 된다면 2005-2006년 거래실적에 대하여는 매입세액을 공제하여야 한다.

2. 즉, 신규과세기간의 실적이 4,800만원 미만이면 다음 1역년 과세기간의 거래실적 여부에 불구하고 최초 과세기간과 다음 1역년 과세기간은 무조건 간이과세자가 되므로 동 거래실적에 대하여는 재활용매입세액으로 공제가 가능하다는 것이다.

• 라. 심리과정에서 처분청이 재활용수집업자에 대한 재활용매입세액 불공제자 중 2003년부터 2006년까지 국세청에 신고한 실적을 조회한 결과 신규 사업자이고 간이과세자 지위에 해당된 자의 신고내용이 아래와 같이 확인되고 있다.(명세는 별첨)

1. 2005년 재활용매입세액 불공제 대상금액(867,405,390원) 중에는

• 가) 2004년 최초 신고자이며 기준금액미만인 수집업자로부터 매입금액 47건 338,213,040원(2005.1기분 228,339,280원과 2기분 109,873,760원): 공제대상
• 나) 2004년 최초 신고자이며 기준금액이상인 수집업자로부터 매입금액 92건 529,192,350원(2005.1기분 325,644,150원과 2기분 203,548,200원)임

2. 2006년 재활용매입세액 불공제 대상금액(948,044,890원) 중에는

• 가) 2004년 최초 신고자이며 기준금액미만인 수집업자로부터 매입금액 2006.1기분 45건 206,907,770원: 공제대상
• 나) 2004년 최초 신고자이며 2005년까지 계속 기준금액미만인 수집업자로부터 매입금액 2006.2기분 5건 23,246,600원: 공제대상
• 다) 2005년 최초 신고자이며 기준금액미만인 수집업자로부터 매입금액 8 건 56,985,800원(2006.1기분 29,919,700원과 2기분 27,066,100원): 공제대상
• 라) 2005년 최초 신고자이며 기준금액이상인 수집업자로부터 매입금액 57건 660,904,720원(2006.1기분 295,859,520원과 2기분 365,045,200원)임
• 라. 판 단 위 관련법령 및 사실관계룰 종합해보면, 처분청은 재활용수집업자의 연간 공급대가 총액이 4,800만원을 넘는다 하여 청구법인이 공제한 재활용 매입세액에 대하여 일괄적으로 불공제 하였으나, 부가가치세법 상 미등록 재활용수집업자가 2005년을 기준으로 직전년도(2004) 신규자에 해당되고 최초 과세기간의 거래 신고실적이 기준금액 미만이 된다면 최초 과세기간(2004)에는 간이과세자에 해당된다 할 것이고, 간이과세자의 일반과세자 유형전환은 1역년(2005) 공급대가 총액이 기준금액이상이 되는 경우 동 기준금액이상이 되는 해(2005)의 다음해 제2과세기간부터 일반과세자로 적용된다 할 것이므로 다음해(2006) 제1과세기간까지는 간이과세자 지위를 유지한다 할 것이다. 따라서 이 건과 같이 미등록 재활용수집업자가 2004년에 신규자이고 그 신고실적이 간이과세자 규모에 해당된다면 비록 2005년 공급대가 총액이 기준금액을 넘는다 하더라도 동 재활용수집업자의 매입금액은 2006년 제1기 과세기간까지 조특법상 재활용매입세액을 공제할 수 있다 할 것이고, 2005년 신규자의 경우도 마찬가지라 할 것이며, 이를 반영하지 아니한 처분청의 당초 경정결정은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.