당해과세기간에 과・면세사업의 공급가액이 없을 경우 공통매입세액의 안분계산방법

내용 청구법인은 ○○건설(주)가 기업도시개발사업 및 관련사업을 위하여 2007.8.6. 100% 출자 설립한 법인으로서, 당초 기업도시개발사업의 시행사인

○○건설(주)로부터 사업권을 양도받아 ○○간척지 B지구 일원에 ○○ 관광․ 레저형 기업도시개발사업을 2007.9.18. 문화관광부(이하 “문광부”라 한다)로부터 승인받아 추진 중에 있다. 문광부의 승인 내용은 도시기반조성 토지의 52.6%를 청구법인이 직접 사용하여 6개의 골프장 및 테마파크, 숙박시설 등을 시설공사 후 직접 운영하는 과세사업과 조성토지의 20.5%는 용지매출(면세사업)로, 나머지 26.9%는 도로, 녹지 및 공원 등으로 기부채납하는 것으로 되어 있으며, 도시조성사업은 2007년부터 2011년까지, 시설공사는 2011년부터 2020년까지 계획된 장기개발공사로 현재 기업도시개발사업은 부지조성준비단계로 토지매입 및 ○○호준설공사 중으로 2007.2기 부가가치세 과세기간 중 개발사업과 관련하여 과․면세 매출액 발생은 없이 사업권양수 및 기공식행사 등으로 매입가액 38,341백만원 발생하여, 2007.2기분 부가가치세 확정신고 시 매입가액 38,341백만원 전체를 공통매입가액 으로 보아 문광부로부터 승인받은실시계획승인서 상의 총예상사업비투 자 내역의 과세사업투자비(34.35%)․면세사업투자비(65.65%) 비율을 기준으로 안분계산하여 과세사업과 관련된 부가가치세 1,317백만원을 환급신고하였다. 이에 대하여 처분청은 현지확인 결과, 청구법인의 당해 과세기간 중 매출액 발생 없이 발생된 매입액 중 면세관련 매입가액이 1,248백만원, 과세관련 매입가액은 없는 것으로 확인하여 공통매입액 37,093백만원을 제외하면 면세관련 매입가액 비율이 100%이고, 청구법인이 매입세액 안분계산의 근거는 임의적인 것이라 하여 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제1호 의 규정을 적용하여 환급신고 1,317백만원을 매입세액 불공제하고 2008.5.2. 청구법인에게 초과환급신고에 따른 가산세 131백만원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.7.11. 이 건 심사청구를 하였다.

주장

• 가. ○○ 관광레저형 기업도시 개발사업의 진행상황 본 개발사업은 ○○남도 ○○군 ○○만 B지구 일원 14,643,669㎡의 부지위에 주거, 위락, 생태공원 등 복합단지를 2007～2020년간에 걸쳐 개발, 분양, 운영하는 사업으로 토지의 개량, 분양 등 면세사업과 골프장, 위락시설의 건설, 운영 등 과세사업이 혼재하는 사업이며, ○○건설(주)가 추진하던 사업을 청구법인이 양수하여 진행하고 있는 사업이다.
• 나. 2007.2기 중 거래내역과 부가가치세 신고상황 본 개발사업은 2007.9.18 실시계획승인된 사업으로 초기단계의 업무가 진행 중이며 당해 과세기간 중 매출은 없고 매입만 38,341백만원(공급가액)있는 상황으로 매입의 내용을 분석하면 사업을 양수하고 지급한 대가를 비롯한 개발사업 준비비용, 설계비 기타 일반관리비가 대부분으로서 과세․면세사업에 동시에 소요되는 비용이 대부분이다. 청구법인은 38,341백만원을 공통매입세액으로 보아 과세․면세사업으로 안분계산함에 있어 총예정투자비 중 면세사업 관련 예정투자비 점유비율을 곱하여 면세매입세액으로 불공제 신고하고 나머지를 과세사업에 속하는 매입세액으로 보아 1,317백만원을 환급세액으로 신고하였다.
• 다. 과세처분의 위법 부당성 1) 부가가치세법시행령 제61조 제1항, 제4항의 성격 부가가치세법 제17조 제2항 에는 공제하지 않는 매입세액을 규정하면서 그 4호에 면세사업관련 매입세액을 열거하고 있다. 이는 매입세액의 공제여부가 부가가치세의 납부세액을 결정하는 중요한 요소 중의 하나이기 때문에 그 공제 여부를 해석에 맡겨두지 아니하고 제한적, 열거적으로 규정한 것으로 보아야 할 것이고 예시적으로 규정한 것은 아니라고 할 것이다. 반면, 부가가치세법시행령 제61조 는 공통매입세액의 안분계산방법에 대하여 일응의 합리적인 내부기준을 설정한 예시적 규정이지 제한적, 열거적 규정이 아니라고 할 것이다. 모법의 어느 부분에서도 공통매입세액의 공제여부나 그 범위, 산정방법 등을 대통령령에 위임한 사실이 없기 때문이다. 이러한 한계 때문에 국세청과 국세심판원에서는 시행령에 규정된 방법이나 순서에 기속되지 아니한 안분방법을 용인하는 해석이나 결정이 있었던 것이다. 이 건 의 경우 법에서 위임되지 아니한 시행령의 규정을 제한적, 열거 적 규정이라고 보고 그 적용 방법, 순위를 문리적으로 해석, 엄격하게 적용하여 당해 과세기간의 면세․과세매입의 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산함으로써 납세자의 재산권을 침해하는 과세처분을 한 것이 분명하다.

2. 본 개발사업의 내용과 시행령의 적용문제 본 개발사업의 범위는 골프장 등의 운영을 통한 서비스 수익사업(과세사업)과 조성된 토지 매각을 통한 용지매출사업(면세사업)으로 구분되어 있는 바, 면세사업인 용지매출의 공급가액은 매각시점과 같은 일정 시점에 포착될 수 있으나 과세사업인 골프장사업 등의 공급가액은 매년 발생하는 운영수익이어서 전체 수익을 쉽게 포착할 수 없으므로, 설령 부가가치세법시행령 제61조의2 에 따라 일정시점에서 과세사업과 면세사업의 공급가액을 확정하고 정산하려 한다 하더라도 정산할 수 있는 실질적인 방법이 없다. 또한 향후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되어 부가가치세법시행령 제61조의2 에 따른 정산절차가 이루어진다 하더라도 본 개발사업이 2007년부터 2020년에 이르는 장기의 사업이어서 청구법인은 사업초기에는 공통매입세액의 대부분을 매입세액으로 공제받지 못하다가 건물 준공시점에 공통매입세액 중 극히 일부분을 매입세액으로 공제받게 되어 부가가치세 납부세액 산정에 있어 심각한 왜곡현상이 발생하게 된다. 처분청의 의견대로라면 면세사업과 과세사업이 혼합된 사업을 양수하여 공통매입세액이 거액으로 발생한 과세기간에 면세사업 관련된 매입이 전혀 없고 과세사업 관련 매입만이 있는 경우를 가정하면 공통매입세액 전액이 과세사업에 속하게 되어 납세자는 거액의 매입세액을 환급받게 되고, 그 경우가 현실적으로 정산이 불가능한 본 사안의 경우라면 차후에 환급세액을 회수할 수 없는 그야말로 극단적인 불합리를 초래하고 조세의 왜곡현상를 일으키게 된다. 국세심판원도 이미 위와 같이 이질적인 수입금액을 기준으로 공통매입세액을 안분함은 불합리하다고 본 사례가 다수 있다. 즉, 국심2006전1996 (2006.11.1)에서는 “공급가액 중 면세사업분은 청구인이 소와 돼지를 도축하여 판매한 가액이고, 과세사업분은 타인의 소와 돼지를 도축한데 대한 수수료이어서, 면세사업분의 공급가액은 소와 돼지의 판매가액이 포함된 재화의 공급가액이고, 과세사업분의 공급가액은 도축한 소와 돼지의 판매가액이 포함되지 않은 용역의 공급가액(가공 수수료)이기 때문에 이들 공급가액은 그 성격이 상이하여 이 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분함은 불합리하다고 할 것이므로 이 건 쟁점시설이 과세․면세사업에 기여한 정도는 각 사업별 도축수에 비례하여 실지 귀속한다고 보는 것이 합리적인 안분계산이라고 할 것이다”라고 한 것이다(같은 뜻 국심1999구440, 1999.12.29 외 다수).

3. 청구법인의 공통매입세액 안분의 타당성 본 개발사업의 공통매입세액은 위 2)에서 적시한 바와 같은 이유로 부가 가치세법시행령 제61조 제4항 제1호의 안분방법을 적용하는 것이 비합리적이다. 청구법인은 관련 법 규정과 유관기관의 해석, 결정례 등에 비추어 볼 때, 본 건 개발사업의 경우 개발사업의 사업기간 전체를 기준으로 문광부에서 승인한 바 있는 총 예정투자비 중 면세사업 관련 예정투자비의 비율에 의하여 공통매입세액 중 면세사업 관련 매입세액을 산출하는 것이 가장 합리적이라고 판단하고 그 비율에 의하여 과세사업과 면세사업에 귀속되는 매입세액을 안분 계산하였다. 이 방법이 부가가치세법시행령에 나열된 방법과 실무상 인정되어온 방법들을 통틀어 가장 합리적이라고 판단한 것이다. 또한, 청구법인이 적용한 총투자비와 면세사업 관련 예정투자비, 과세사업 관련 예정투자비는 2007.9.18. 문화관광부로부터 승인받은실시계획승인서 상의 부문별사업비 기준으로 하였고, 그에 기하여 공통매입세액을 안분계 산한 것으로, 동 부문별 사업비는기업도시개발특별법제12조(실시계획의 승인등)에 따라 건설교통부장관의 승인을 득한 객관성 있는 수치인 것이다. 기업도시개발특별법상 실시계획 승인 요건(기업도시개발특별법 제12조 제1항)에는 “개발사업시행자는 다음 각호의 서류 및 도면을 첨부한 개발사업에 관한 실시계획을 작성하여 건설교통부 장관의 승인을 얻어야 한다. 승인된 실시계획을 변경(대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경을 제외한다)하고자 할 때에도 또한 같다.”고 하면서

① 자금계획서(연차별 자금투입계획 및 재원조달 계획을 포함한다)

② 사업시행지의 위치도 및 지적도

③ 계획평면도 및 개략설계도서

④ 단계별 조성계획서(사업연건상 단계적으로 개발사업의 시행이 필요한 경우에 한한다)

⑤ 관할 시장, 군수와 체결한 개발사업의 추진 등에 관한 협약서

⑥ 조성토지 등의 처분계획서

⑦ 그 밖의 대통령령이 정하는 사항이라고 정하고 있다. 그리고 청구법인은 총 예정공사비를 아래와 같은 과정으로 산출하였다.

① 실시계획 승인 및 협의기관: 문화관광부, 건설교통부(현 국토해양부) 및 전문기관(국토연구원, 한국개발연구원 등)

② 예정공사비 산출 용역업체: ○○엔지니어링, ○○○엔지니어링, ○○ 은행(컨설팅사업본부),

○○ KPMG FAS,

○○ 컨설팅,

○○○ 프로퍼티스,

○○ 인터내셔널,

○○ 설계, 외국골프장 용역업체(

○○ DC 외 3개 업체), 국내 대학(서

○ 대, 단

○ 대, 한

○ 대, 충

○ 대),

○○ CNS,

○○ 테마파크, 국내 골프장 용역업체(오

○ 지, 필

○, 송

○, 인

○ 등),

○○ 생태연구원 외

③ 용역 금액: 실시계획 승인시까지 약 260억원 지급 청구법인이 부가가치세 확정신고시에 공통매입세액의 안분계산의 기준으로 삼은 예정공사비는 위에 열거한 다수의 부문별 전문업체들이 설계하고 산 출한 공사비를 전문기관들이 세밀한 검토를 한 후에 승인한 것으로 청구법인 임의로 작성한 수치가 아니다. 약 3년여라는 충분한 기간에 걸쳐 국책연구기관 등 수많은 용역업체들이 참여하여 작성한 사업계획서와 그를 토대로 산정한 공사비 등을 기업도시특별법에 따라 주무장관이 세밀한 검토 후 승인한 것이다. 또한, 청구법인이 동 예정공사비를 변경하고자 할 때에는 기업도시특별법 제12조1항에 의거 주무장관의 승인을 받아야 되는 등 강제성이 있는 금액이므로 이는 수시로 변경할 수 없은 해당 과세기간 내의 확정된 공사비이다.

• 라. 처분청의 주장에 대한 반박 처분청은 공통매입세액의 안분계산은 오로지 부가가치세법시행령에서 규정된 방법과 순서에 의하여야 한다고 하면서 청구법인의 안분방법을 배척하고 당해 과세기간 중 면세매입액만 일부 있고 과세매입액은 없으므로 과세분에 귀속할 공통매입세액은 없다고 하였다. 이는 위 ‘다’에서 고찰하였듯이 보다 합리적인 공통매입세액의 안분방법이 있다면 우선 그 방법을 적용하여야 할 것인데도 지나치게 경직된 법 해석으로 납세자에게 불이익을 준 합리성 및 객관적 타당성이 결여된 처분이다.
• 마. 결론 이상과 같은 법령의 규정과 사실관계를 정리하면 처분청의 공통매입세액의 안분계산 방법은 부당한 것이 명백하므로 처분청은 과세기간 중 부가가치세 총 매입세액을 면세와 과세로 안분함에 있어 총 예정사업비를 기준으로 재계산하여야 할 것이며, 청구법인의 환급신청세액은 마땅히 환급되어야 할 것이고 당연히 가산세 부과는 취소되어야 할 것이다.
• 바. 처분청 의견에 대한 청구법인 추가주장 1) 처분청의 담당 공무원이 현지확인시 청구법인이

○○ 호 준설공사를 하는 중이었다는 내용에 관하여

○○호 준설은 현재 ○○군과 ○○농촌공사가 시행사이고 ○○건설(주)가 시공사인 공사이며, 청구법인은 현재 동 준설공사와는 직접적인 연관관계가 없다.

○○기업도시 시행사인 청구법인은 향후 동 개발사업에 필요한 도시기반시설(부지조성 등)을 위해 대형 건설업체(○○건설 등)와 시공계약을 맺을 예정이며, 이 때 ○○건설(주)은 현재 진행 중인 동 ○○호 준설공사에 따른 부산물(자갈 등)을 부지조성 공사의 원재료로 이용하고 당사에게 부지조성 공사의 대가로 청구하는 구조가 될 것임. 따라서 처분청에서는 준설업 면허가 없는 당사가 ○○호 준설을 진행하고 있다고 하는 등 현지확인시 공사의 시행사 및 시공사에 대한 확인조차도 하지 않은 형식적 사실조사를 한 것임을 입증하는 주장이다. 2) 2007.2기 총매입가액 38,341,568천원 중 면세와 관련된 매입가액이 1,248,830천원이고, 과세관련 매입가액은 없는 것으로 확인했다는 주장에 대하여 처분청은 현지확인한 바에 의하여 청구법인의 당해 과세기간 중의 매입에는 1,248,830천원의 면세사업에 속하는 매입만이 있고 과세매입은 전혀 없으며, 나머지가 공통매입이라고 하였으나 위 금액이 어느 매입의 합계인지 조차도 알려주지도 않고 있다.

3. 개발사업에 대한 구체적 설계가 확정되지 않았고 예정투자비율이 설계계획상 자금계획서에 의한 것이라는 주장에 대하여 ○○관광․레저형 기업도시 개발계획은 2005.8.25. 기업도시 시범사업으로 선정되어 문광부 장관과 건설교통부(현 국토해양부) 장관의 승인 하에 ○○건설(주)가 2007년～2020년에 걸쳐 수행하던 사업으로 청구법인은 2007.9.18. ○○건설(주)로부터 본 사업을 양수받아 2007. 9.18 문 화관광부 장관과 건설교통부 장관의 실시계획승인을 득하여 2007. 10.24. 착공을 하였다. 사업기간이 13년에 걸친 장기사업인 본 사업의 총사업비는 2조 5,368억원의 대규모 사업으로 본 예정사업비의 산출에 관하여는 위 주무 부처의 승인시에 구체적이고 타당성 있는 수천 쪽의 자료와 근거를 제출하여 승인을 득한 것이다. 여기에는 수많은 전문업체들의 복수의 설계와 견적이 예산 산정의 근거로 첨부되어 있으며, 그렇기에 승인 이후에 사업기간이나 예산 등 변경시 위 주무 부처의 변경승인을 다시 득해야 하는 구체적이고 정밀한 계획인 것이다. 처분청이 “구체적 설계가 확정되지 않았고 예정투자비율이 설계계획상 자금계획서에 의한 것”이라 하여 예정투자비가 공통매입세액의 안분계산의 기준이 될 수 없다고 한 주장은 본 사업의 실시계획서를 일별도 하지 않는 조사미진의 결과이며, 한편으로는 본 업무에 전문 부서인 타 행정부처가 수년간에 걸쳐 정밀하게 검토하여 타당하다 하여 승인한 행위를 다른 비전문 행정부처가 실시계획승인서의 표지도 보지 않은 상태에서 전격 부인한 무리한 처분임이 분명하다.

가. 부가가치세 환급현지확인 시 청구법인은 ○○기업도시 개발을 위한 ○○호 준설공사(○○호 수질개선 목적 및 토지조성 위해 ○○호 바닥에 쌓인 모 래나 점토 등을 파내어 모래와 점토 등으로 선별하는 작업) 중이었고, 당해 과세기간에 대한 매출액 발생은 없는 경우로 2007.2기 확정신고기간의 총 매입가액은 38,341,568천원이며, 이 중 면세와 관련된 매입가액이 1,248,830천원이고, 과세관련 매입가액은 없는 것으로 확인됨에 따라 공통매입금액을 제외한 면세사업과 관련된 매입가액 비율이 100%임을 확인할 수 있었고,

• 나. 부가가치세법 제17조 의 규정에 의한 납부세액 계산에 있어서 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없는 경우에는 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 의 규정에 의한 예외적인 안분계산방법으로 계산하도록 되어 있는 바, 청구법인의 경우도 세법에서 규정한 매입가액비율→예정공급가액비율→예정사용면적비율의 순에 의한 안분계산방법 적용이 가능하다고 판단된다.
• 다. 또한, 청구법인은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 에 규정된 안분계산방법은 비합리적이고 청구법인이 적용한 안분계산방법이 가장 합리적인 방법이라 주장하지만, 부가가치세 환급현지확인 당시 ○○기업도시 개발사업은 ○○호 준설사업 사전재해 영향성 검토 등 부지조성에 대한 설계과 정 중으로 기업도시 개발사업에 대한 구체적 설계가 확정되지 않은 상태인 것으로 확인되었고 청구법인이 안분계산방법으로 적용한 예정투자비율 등은 기업도시 특별법에 의한 기업도시개발에 관한 실시계획 상 자금계획서에 의한 것으로 라. 청구법인의 안분계산방법은 세법에서 정한 방법 외에 추가로 인정할 수 있는 규정과 사례가 없는 청구법인의 임의적인 계산방법에 따른 것에 불과하여 매입가액비율에 의한 공통매입세액 안분계산으로 매입세액 불공제 경정한 것은 적절하다고 판단되고, 초과환급신청세액에 대하여 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다고 판단되고, 쟁점사항에 대한 과세쟁점자문신청 및 과세전적부심사청구 결과에 의해서도 공통매입세액 안분계산방법을 매입가액 비율로 하여야 한다고 결정된 바 있다.

• 가. 쟁 점 당해 과세기간 중 과․면세사업의 공급가액이 없을 경우 공통매입세액의 안분계산방법을 문광부로부터 승인받은 기업도시개발사업실시계획승인서상의 예정사업비를 기준으로 안분할 수 있는지 여부

1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 (투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 3) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 4) 부가가치세법 시행규칙 제18조 의2【매입세액의 안분계산】

① 영 제61조제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다. 5) 부가가치세법 시행령 제61조 의2【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조제4항제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ { 총공통매입세액 × (1- 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가 액) -기공제세액 } 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액 6) 기업도시개발특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "기업도시"라 함은 산업입지와 경제활동을 위하여 민간기업(법인에 한하며, 제48조제2항의 규정에 의하여 대체지정된 시행자를 포함한다)이 산업·연구·관광·레저·업무 등의 주된 기능과 주거·교육·의료·문화 등의 자족적 복합기능을 고루 갖추도록 개발하는 도시를 말하며, 다음과 같이 구분한다.

• 다. 관광레저형 기업도시: 관광·레저·문화 위주의 기업도시

2. "기업도시개발구역"이라 함은 제3호의 기업도시개발사업을 시행하기 위하여 제5조의 규정에 의하여 지정·고시된 구역을 말한다.

3. "기업도시개발사업"이라 함은 기업도시를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다. 7) 기업도시개발특별법 제4조 【개발구역 지정의 제안】

② 제1항의 규정에 의하여 개발구역의 지정을 제안하고자 하는 자는 다음 각호에 관한 서류 및 도면을 모두 첨부하여 제출하여야 한다.

1. 개발구역의 명칭·위치 및 면적

2. 기업도시의 기본성격 및 개발의 기본방향

3. 기업도시의 개발계획에 관한 사항

4. 재무구조 등 제안자의 재무상태에 관한 사항

5. 조성된 토지의 직접사용에 관한 사항

• 가. 총사업비 산정자료
• 나. 연차별 투자계획
• 다. 연차별 자금회수계획
• 라. 수익성 분석자료
• 마. 그 밖에 대통령령이 정하는 사업성 분석에 관한 자료

7. 다음 각목의 사항이 포함된 관할 시장·군수와 협의한 사업추진 등에 관한 협약안

• 가. 개발사업의 시행에 관한 사항
• 나. 기업도시 관리·운영(개발사업의 완료 전후를 모두 포함한다)에 관한 사항
• 다. 기반시설의 설치 및 비용 부담에 관한 사항
• 라. 그 밖에 대통령령이 정하는 협약에 관한 사항

9. 그 밖에 대통령령이 정하는 사항 8) 기업도시개발특별법시행령 제2조 【기업도시개발구역 지정의 제안】

② 법 제4조제2항제6 호 마목에서 "그 밖에 대통령령이 정하는 사업성 분석에 관한 자료"라 함은 다음 각호의 자료를 말한다.

1. 연도별 자금 조달계획에 관한 다음 각목의 자료

• 가. 자체자금 조달계획
• 나. 차입금 조달계획(조달방법 및 비용이 포함되어야 한다)

2. 토지매입비 및 부지조성공사비 등에 관한 자료(산출근거가 포함되어야 한다)

3. 조성토지의 공급 및 대금회수계획에 관한 자료(공급시기 및 용도별 추정공급가격을 포함한다)

4. 그 밖에 사업성분석 검토에 필요한 자료로서 건설교통부령이 정하는 자 료 9) 기업도시개발특별법 제6조 【개발구역 지정의 요건 등】

③ 건설교통부장관은 제4조의 규정에 의하여 개발구역의 지정을 제안받은 때에는 그 제안이 제1항 및 제2항의 규정에 적합한 지 여부와 그밖에 개발구역의 지정에 필요한 사항을 검토하기 위하여 대통령령이 정하는 전문기관에 조사, 분석 등을 의뢰할 수 있다 10) 기업도시개발특별법시행령 제10조 【조사·분석 전문기관】

① 법 제6조 제3항에서 “대통령령이 정하는 전문기관”이라 함은 다음 각호의 기관을 말한다

1. 정부출연연구기관 등의 설립, 운영 및 육성에 관한 법률에 의한 한국토연구원, 한국개발연구원, 산업연구원, 한국농촌경제연구원 및 한국환경정책평가 연구원

2. 광역시장, 도지사가 지역발전을 위하여 설립, 운영하는 연구기관

3. 그 밖에 개발구역의 지정에 관한 조사·분석을 수행하기에 적합한 기관으로서 건설교통부령이 정하는 기관 11) 기업도시개발특별법 제12조 【실시계획의 승인 등】

① 제10조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 개발사업의 시행자는 다음 각호의 서류 및 도면을 첨부한 개발사업에 관한 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다. 승인된 실시계획을 변경(대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경을 제외한다)하고자 할 때에도 또한 같다.

1. 자금계획서(연차별 자금투입계획 및 재원조달계획을 포함한다)

2. 사업시행지의 위치도 및 지적도

4. 단계별 조성계획서(사업 여건상 단계적으로 개발사업의 시행이 필요한 경우에 한한다)

5. 관할 시장·군수와 체결한 개발사업의 추진 등에 관한 협약서

7. 그 밖에 대통령령이 정하는 사항

③ 건설교통부장관은 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 승인하거나 변경승인하고자 하는 경우에는 관할 도지사 및 시장·군수의 의견을 듣고 위원회의 심의를 거쳐야 한다

④ 건설교통부장관은 제1항의 규정에 의하여 실시계획을 승인 또는 변경승인한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 관보에 고시하고 시행자와 당해 개발구역을 관할하는 시장·군수에게 관계 서류의 사본을 송부하여야 한다. 이 경우 관계 서류를 송부받은 시장·군수는 그 내용을 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 12) 기업도시개발특별법 시행령 제17조 【실시계획의 승인】

① 법 제12조제1항 각호 외의 부분 후단에서 "대통령령이 정하는 경미한 사 항의 변경"이라 함은 제15조 각호의 사항의 변경을 말한다. 이 경우 제15조 각호 외의 부분 후단의 규정은 처리사항의 보고에 관하여 이를 준용한다. 13) 기업도시개발특별법 제20조 【비용부담의 사후조정】

① 시행자는 제17조의 규정에 의하여 준공검사를 받기 전에 제4조제2항제6호의 규정에 의한 사업성 분석자료를 동호 각목별로 대비한 개발사업시행의 결과와 이에 관한 회계법인의 의견을 첨부하여 건설교통부장관에게 제출하여야 한다. 14) 기업도시개발특별법 제50조 【개발구역 지정 등 권한의 공동행사】

① 이 법의 규정에 의한 다음 각호의 권한중 관광레저형 기업도시에 관한 권한은 건설교통부장관과 문화관광부장관이 공동으로 행사하여야 한다 15) 기업도시개발특별법 제11조 【개발계획의 승인 등】

① 제4조의 규정에 의하여 개발구역의 지정을 제안하는 자는 지정의 제안시 기업도시개발계획(이하 "개발계획"이라 한다)을 작성하여 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다. 승인된 개발계획을 변경(대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경을 제외한다)하고자 하는 때에도 또한 같다.

② 제1항의 규정에 의한 개발계획에는 다음 각호의 사항이 포함되어야 한다. 다만, 제10호의 규정에 해당하는 사항은 개발계획의 승인 후에 건설교통부장관의 승인을 얻어 이를 개발계획에 포함시킬 수 있다.

1. 개발구역의 명칭·위치·면적 및 시행자

4. 재원조달계획 및 연차별 투자계획 16) 기업도시개발특별법 시행령 제15조 【개발계획의 경미한 변경】 법 제11조제1항 후단에서 "대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경"이라 함은 다음 각호의 경우를 말한다. 이 경우 시행자가 경미한 사항을 처리한 경우에는 지체없이 이를 건설교통부장관에게 보고하여야 한다.

1. 사업비의 10 퍼센트 범위 안에서의 사업비의 증감

2. 사업면적의 10 퍼센트 범위 안에서의 면적의 감소

3. 승인을 얻은 범위 안에서의 설비 및 시설의 설치면적의 10 퍼센트 범위 안에서의 증감

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2007.2기 부가가치세 확정 과세기간 중 과․면세 매출액 발생은 없고 기업도시개발 사업권양수 및 기공식 행사비 등 매입액 38,341백만원(공급가액)만 발생하였고, 2007.2기 부가가치세 확정신고시 매입액 38,341백만원 전액을 공통매입액으로 보아 문광부로부터 승인받은 부지조성 관련 실시계획승인서상의 총사업비투자예상내역서의 부지조성 관련 투자 예상내역 및 골프장, 테마파크 등 시설공사에 투자될 예상내역을 집계하여 이를 과․면세로 구분하여 그 비율 기준으로 안분계산 후 과세사업과 관련된 부가가치세 1,317백만원을 환급신고한 사실은 다툼이 없다. 2) 청구법인의 공사비(총사업비 지출내역) 산정근거 및 공통매입세액 안분내역은 다음과 같다
• 가) 총사업비 지출내역 산정근거<총예정공사비(경상가격 기준)> 구 분 내 용 금 액 비고 도시조성비용 소계 12,309 ① 면세 분양부지 조성 4,067 직접사용부지 8,242 직접운영 소계 12,403 ② 골프장조성 3,780 면세 ㉮ 클럽하우스 807 과세 ㉯ 콘도 5,912 과세 ㉰ 테마파크 1,154 과세 ㉱ 스파 89 과세 ㉲ 워터파크 311 과세 ㉳ 청소년문화체육시설 350 과세 ㉴ 농지관련비용 388 ③ 면세 개발이익 107 제외 판매관리비 161 제외 합 계 25,368 (억원) * 총예정공사비(경상가격기준)는 불변가격 에 물가상승률 3.5%반영한 것임.
• 나) 과․면세 비율 계산내역 구 분 금액 비율(%) 비고 안분계산 총예정 공사비 25,100 ④ 100.00 과세공사 예정공사비 8,623 ⑤ 34.35 ⑦ 면세공사 예정공사비 16,477 ⑥ 65.65 ⑧ (억원) ④ = ①+②+③ ⑤ = ㉯+㉰+㉱+㉲+㉳+㉴ ⑥ = ①+㉮+③ ⑦(⑧) = ⑤(⑥)/④*100
• 다) 공통매입세액 안분내역

(1) 당해과세기간 중 공통매입세액: 3,834,156천원 (2) 공통매입세액 중 과세사업 관련 매입세액: 1,317백만원(3,834,156천원⑦) (3) 공통매입세액 중 면세사업 관련 매입세액: 2,517백만원(3,834,156천원⑧) 3)

○○ 관광레저형 기업도시개발사업 관련 관보 { 문광부 고시(2007-호, 2007. 9.18.), 건교부 고시(2007-*, 2007.9.18.)} 에 게재된 주요내용은 다음과 같다.

• 가) 개발구역 지정변경

○ 명칭(변경없음): ○○ 관광레저형 기업도시 개발구역

○ 위치(변경없음): ○○남도 ○○군 ○○읍․남면 ○○만 B지구 일원

○ 개발구역 지정(변경)의 효력발생일: 관보게재일

○ 개발구역으로 지정된 면적: 14,624,000㎡ → 14,643,669.2㎡{(증)19,669.2 ㎡}

○ 기업도시개발사업의 시행자: ○○건설(주) → ○○도시개발(주)로 변 경

• 나) 개발계획 변경승인

○ 총사업비 구 분 사 업 비(억원) 비 고 기 정 변 경 변경 후 사업시행자 도시조성비 9,936 증)1,2165 11,152 농지관련비용 862 감)486 376 계 10,798 증)730 11,528

○ 계획인구(변경없음): 15,000명(6,000가구)

○ 개발기간(변경없음): 개발계획승인일～2011년(시설공사 2011～2020년)

○ 연차별 자금 투자계획 구 분 합 계 2007년 2008년 2009년 2010년 2011년 토지취득비용 토지매입비 2,597 2,597 도시조성사업 소 계 8,290 579 1,002 2,719 2,551 1,439 조사비 226 226 설계비 350 48 121 115 66 공사비 7,565 156 881 2,604 2,485 1,439 기타경비 149 149 농지관련비용 소 계 376 351 12 11 2 토지매입비 346 346 공사비 28 3 12 11 2 설계비 1 1 일반관리비 1 1 도시조성사업 계 11,528 3,532 1,045 2,821 2,640 1,490 (억원: 불변가격 기준) * 기업도시특별법 시행령에 의하여 부지조성 관련 투자비만 관보에 게재됨

• 다) 실시계획 승인

○ 사업의 명칭: ○○ 관광레저형 기업도시 개발사업

○ 사업의 목적

• 민간기업주도로 관광․레저․문화․주거․산업 등 다양한 기능이 복합된 자족적인 도시를 건설하여 낙후된 지역경제 활성화 및 관광산업 진흥

○ 사업의 개요

• 총사업비: 11,528억원

• 인구 및 주택 공급계획: 15,000명 / 6,000가구, 단독주택: 801호, 공동주택: 5,199 호

○ 주요시설: 세계문화테마파크, 골프장, 관광숙박시설, 수로유원지 등 관광레저시설, 상업․업무시설, 바이오농업단지 등 첨단복합단지, 청소년문화․체육시설, 국제비지니스단지, 웰빙병원 아카데미타운, 주거용지, 공공편익시설, 유보지 등

○ 사업시행기간: 개발계획승인일～2011년(시설공사 2011년～2020년)

○ 사업시행지의 위치 및 면적

• 위치: ○○남도 ○○군 ○○읍 ․남면 ○○만 B지구 일원

• 면적: 14,643,669.2㎡ 4) 당심의 심리담당자가

○○ 남도 ○○군 기업도시개발지원사업소(0-*-2***)에 관보게재 내용 및 기업도시개발사업 승인사항에 대하여 유선으로 확인한 내용은 다음과 같다.

• 가) 청구법인은 ○○ 관광레저형 기업도시기반조성에 대한 사업시행자로 도시조성사업비 11,528억원(불변가격으로 부지조성비용임) 및 연차별 투자 계획서는 2011년까지의 도시기반조성에 대한 투자계획서이며,
• 나) 청구법인이 직접사용할 면적은 총 사업면적 14,643,669.2㎡ 중 7,703,670㎡(52.6%)로 현재 확정되어 있으며, 청구법인의 골프장 등 시설공사에 대한 투자계획에 대하여는 실시계획승인서상 첨부되어 승인되었으며 관보게시된 내용은 기업도시개발특별법에 의해 토지에 관련된 사항만 게시되며, 다) 개발사업과 관련하여 도시조성비용 11,528억원은 기업도시개발특별법 및 같은법 시행령에 의하여 투자비용의 변경이 있을 경우에는 문광부 및 건교부의 승인을 받아야하는 것으로 확인된다.

5. 처분청의 환급현지확인 및 처분내용은 다음과 같다. 가) 청구법인은 ○○군 남면

○○ 만 B지구 일원(조성면적 14,643,669㎡)을 골프장, 테마파크 등『○○ 관광레저형 기업도시』개발을 위해 설립한 법인으로, 2007.10.24.에 기공식를 가졌으며 현재 ○○호 준설공사등 토지조성을 위한 부지공사 중에 있어, 사업시행 초기로 매출액 발생은 없이 당해 과세기간동안에 발생된 매입액 38,341백만원 중 면세관련 매입가액이 1,248백만원(아래 매입세금계산서 내용의 ①+②), 과세관련 매입가액은 없는 것으로 확인하여 공통매입액 37,093백만원 (아래 매입세금계산서 내용의 ③+④) 을 제외하면 면세관련 매입가액이 100%이라고 되어 있다. 나) 청구법인이 기업도시특별법에 의해 작성된 공사비 (총 사업비 지출내역)에 의해 안분계산한 방법은 회사의 임의적 계산방법으로 잘못된 방법이고, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 의 규정에 의한 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업과 관련된 매입가액 비율로 계산하여야 하므로, 부가가치세 환급신고 1,317백만원을 매입세액 불공제하고 청구법인에게 초과환급신고에 따른 이 건 가산세 131백만원을 경정․고지한 것으로 나타난다.

• 다) 처분청 확인 매입세금계산서(공급가액) 내용 및 계정내용은 다음과 같
• 다. 증빙일 계정항목 공급가액 계 정 적 요 20071020 기공식 부지조성 451,000

○○ 토건,기업도시 기공식 부지조성 공사 20071030 기공식 부지조성 17,580

○○ 토건,기업도시 기공식 부지조성 공사 20071030 토취장개발 30,000

○○ 컨설턴트,토취장개발을 위한 생태환경질조사 20071109 준설용역 234,000

○○ 이엔씨,○○호 준설 설계용역 20071109 준설용역 28,000

○○ 이엔씨,○○호준설 인허가관련 사전재해 영향성 검토용역 20071127 토취장개발 38,000

○○ 엔지니어링,토취장 인허가 추진 (착수금) 20071203 준설용역 28,000

○○ 이엔씨,○○호준설사업 사전재해 영향성 검토용역

①

○○호 준설관련 소계 826,580 면세관련 매입액으로 확인 20071029 골프장건설 24,000

○○ 컨설턴트,○○기업도시 골프장 인허가용역 20071113 골프장건설 44,250

○○ 골프,기업도시 골프코스 실시설계용역 20071112 골프장건설 84,000

○○ 골프,기업도시 골프코스 설계용역 20071112 골프장건설 44,250

○○ 골프,기업도시 골프코스 실시설계용역 20071130 골프장건설 84,000

○○ 컨설턴트,기업도시 골프코스 설계용역 20071130 골프장건설 84,000

○○ 엔지니어링,기업도시 골프코스 설계용역 20071203 골프장건설 44,250

○○ 엔지니어링,기업도시 골프코스(해외) 실시설계용역 20071204 골프장건설 13,500

○○ 엔지니어링,골프코스설계 시공기술 및 대관업무지원

② 골프장코스관련소계 422,250 면세관련 매입액으로 확인 20071002 기업도시 전체공통 24,530 기업도시 기공식 비용 ○○아트 외 20071019 기업도시 전체공통 237,300 기업도시 기공식 행사비

○○ 애드컴 20071019 기업도시 전체공통 330,000 기업도시 기공식 행사비

○○ 애드컴 20071019 기업도시 전체공통 270,346

○○ 엔지니어링, 친수형인공수로설계용역/사례조사비 20071109 기업도시 전체공통 72,930

○○엔지니어링,기업도시 실시설계 추가조사 용역 20071115 기업도시 전체공통 69,000

○○ 애드컴 기업도시 기공식 행사비 20071120 기업도시 전체공통 360,000

○○ 애드컴 기업도시 기공식 행사비 20071130 기업도시 전체공통 1,659,200

○○엔지니어링,기업도시 실시설계용역(2차기성) 20071130 기업도시 전체공통 1,101,800

○○엔지니어링,기업도시 실시설계 인허가용역(준공금) 20071130 기업도시 전체공통 15,133

○○건설,기업도시 개발관련 환경질 조사 용역 20071203 기업도시 전체공통 121,550

○○엔지니어링,기업도시 실시설계 추가조사용역 20071220 기업도시 전체공통 31,450,000

○○건설,사업권 양도대가 20071228 기업도시 전체공통 21,981

○○건설,기업도시 개발관련 환경질 조사 용 역

③ 기업도시 개발 관련 계 35,733,770 공통매입가액으로 확인 20071031 일반관리비 277,057

○○건설,10월분 용역비 20071031 기타 일반관리비 등 130,513 법률자문비용 등 10월분 일반관리비 계 20071130 일반관리비 381,465

○○건설,11월분 용역비 20071130 기타 일반관리비 등 205,259 법률자문비용 등 11월분 일반관리비 계 20071231 일반관리비 354,580

○○건설,12월분 용역비 20071231 기타 일반관리비 등 10,090 감사 착수금 등 12월분 일반관리비 계

④ 기타 관리비 소계 1,358,964 공통매입가액으로 확인 총 계 38,341,564 (천원) 면세매입가액: 1,248,830천원, 과세매입가액: 0원, 공통매입가액: 37,092,734천원 상기 내용은 처분청이 청구법인으로부터 매입세금계산서 계정처리 내용을 제출받아 구분한 것으로 과세예고통지시 통지된 사항임

5. 청구법인의 매입세금계산서를 검토한 내용은 다음과 같다. 구 분 계 정 항 목 공급가액 비 고 면세관련매입가액

○○호준설관련 ① 358,000 골프장코스 설계 관련 422,250 부지조성관련 ② 3,731,520 소 계 4,511,770 과세관련매입가액 0 공통매입가액 기공식 외 ③ 33,829,794 총 합 계 38,341,564 (천원) *

① =처분청의 ○○호준설 관련(826,580) -

○○ 토건 부지조성공사(468,580: 토지 관련 매입) *

② =처분청의 기업도시개발 관련 중

○○ 엔지니어링 매입가액(270,346: 부지조성관련) + ○○엔지니어링 매입가액(2,955,480: 부지조성관련) + ○○건설 매입가액(37,114: 부지조성관련) +

○○ 토 건 부지조성공사 매입가액(468,580) *③ = 처분청의 기업도시개발관련 (35,733,770) + 기타(1,358,964)

• ○○엔지니어링 등 부지조성관련 매입가액(3,262,940)

• 가) ○○호 준설관련 매입세금계산서

○○호 준설은 기업도시개발지정구역 내의 수질개선 및 개발구역내 성토재 조달을 목적으로 시행자는

○○ 한국농촌진흥공사와 ○○군 공동시행이며 시공사는

○○건설(주)로 되어 있으며, 청구법인은 준설업 면허가 없으나 개발사업의 시행사로 ○○호 수질개선 의무가 있어 준설공사와 관련된 설계용역 및 사전재해 영향성 평가 검토용역 등은 청구법인이 용역을 제공받고 매입세금계산서 수 취하였으며, 차후 부지조성이 본격적으로 시행되면 청구법인이 ○○건설(주)에 유상 매각할 예정인 것으로 보충이유서에서 설명하고 있다.{청구법인의 ○○호 수질개선(3～4등급 유지)의무는 실시계획승인서에 명시되어 있음}

• 나) ○○건설(주)로부터 수취한 매입세금계산서 사업권양수와 관련하여 사업권 31,450백만원에 대한 평가내용 살펴본 바 양도전까지 발생된 비용을 근거로 가액 평가한 것으로, 발생된 비용의 내용은 기업도시실시설계용역, ○○호준설관련 실시설계용역, 관련 인건비 등으로 기업도시부지조성과 관련된 비용 및 ○○호 준설과 관련된 비용으로 되어있다. 기업도시기반을 조성할 토지의 96.3%가 ○○건설(주) 소유로 2008.8.11. 청구법인과 현물출자약정서를 체결하여 현물출자 이루어졌고,

○○건설(주)로부터 수취한 매입세금계서 중 용역비 관련 계약서 내용을 살펴보면 “이 건 사업추진에 필요한 각종 경영자문 기타 포괄적 용역 등을 제공하는데 있어...”라고 언급되어 있으며, 이 건 사업수행에 필요한 노하우, 경험과 기술 등을 활용하여 자문 제공하고 용역대가는 실투입비에 6%를 더하여 익월 20일까지 지급하기로 되어 있다.

• 다) ○○엔지니어링(주)로부터 수취한 매입세금계산서

○○엔지니어링(주)로부터 수취한 매입세금계산서의 용역계약서 내용을 살펴보면 기업도시개발사업과 관련 실시설계용역(부지조성기본설계, 지구단위계획, 교통영향평가, 인건비 등), 개발관련 환경질 조사용역 등 개발구역내 부지조성과 관련하여 지출한 용역비로 계약서는 당초 ○○건설(주)와 계약이 되었으나 사업권 양수도 후 청구법인으로 변경되었다.

6. 기업도시개발구역 진행사항 당심에서 기업도시개발구역 진행사항에 대하여 청구법인의 회계 부서(02-746-2513)에 확인하여 본 바, 현재 개발구역에는 ○○호 준설공사 진행 및 부지조성 준비 단계에 있으며, 골프장 공사와 관련하여 골프코스에 대한 설계용역 진행 중이며 시설공사는 진행된 사항 없는 것으로 확인된다. 개발기간 2007년～2020년까지의 장기 사업기간 중 개발사업의 초기에는 조성된 부지의 용지매출 등 면세관련 매출만 발생하고 숙박시설 등 건물준공 시점에 과세관련 매출이 발생할 것으로 계획되어 있다.

• 다. 판단 청구법인은 당해 과세기간에 매출액 발생이 없이 매입세액만 발생한 경우 공통매입세액 안분계산방법을 규정한 부 가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정은 예시적인 규정이라고 하면서, 본 개발사업의 면세사업인 용지매출의 공급가액은 매각시점과 같은 일정 시점에 포착될 수 있으나 과세사업인 골프장사업 등의 공급가액은 매년 발생하는 운영수익이어서 전체 수익을 쉽게 포착할 수 없고, 설령 부가가치세법시행령 제61조의2 에 따라 일정시점에서 과세사업과 면세사업의 공급가액을 확정하고 정산하려 한다 하더라도 정산할 수 있는 실질적인 방법이 없으므로 문광부로부터 승인받은실시계획승인서 상의 총예상사업비투 자 내역의 과세사업투자비(34.35%)․면세사업투자비(65.65%) 비율을 기준으로 안분계산하는 합리적이라고 주장하나, 부가가치세법시행령 제61조 제1항 에 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다”라고 규정되어 있고, 그 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율”로 규정되어 있는 바, 청구법인은 현재 기업도시 개발을 위한 ○○호의 수질개선 및 부지조성에 필요한 성토재를 확보하기 위하여 ○○호 사전재해 영향성 평가 등 준설공사 중으로 부지조성 준비단계에 있는 상태로서, 개발사업에 있어서 필수적으로 필요한 토지매입이 현재까지 완료되지 않은 상태이고, 수취한 매입세금계산서의 내용이 부지조성과 관련된 실시설계용역비 등 면세사업과 관련하여 발생내용은 있으나 과세사업과 관련하여 발생한 매입가액은 확인되지 아니하므로 공통매입가액을 제외한 매입가액이 100% 면세사업과 관련된 매입가액인데, 청구법인이 적용한실시계획승인서의 총예정사업비는 문광부로부터 승인을 받았다 하더라도 이미 발생된 비용도 아니고 이후 변경이 가능할 여지가 많아 공통매입세액의 안분계산에 있어 객관적이고 합리적인 기준이라고 볼 수 없으며, 설령 합리적이고 객관성을 갖추었다 할지라고 향후 발생될 것으로 추정한 예상비용을 근거로 안분계산할 수 있도록 규정한 법령이 없을 뿐만 아니라 그러한 사례도 없으므로, 처분청이 이 건 공통매입세액을 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제1호 규정에 의거 매입가액 비율에 의한 공통 매입세액 안분계산하여 환급신고세액을 부인하고, 초과환급신고세액에 대하여 가산세를 부과한 이 건 부과처분은 정당하다고 판단된다.

론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.