가공거래로 본 처분에 대해 실제 소프트웨어 개발용역 계약를 이행했다는 주장

1. ○○세무서장이 2007.12.1. 청구법인에게 한 2000년 제1기 과세기간 부가가치세 20,083,000원의 경정처분은, 경정 매입세액계를 493,590원으로 하여 이를 경정하고,

2. 청구법인의 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 1997.3.19. 개업하여 ○○시 ○○구 ○○동 0000-0번지에서 컴퓨터 및 주변기기 도․소매업을 영위하다 2002.12.31. 폐업한 사업자로서 매출과표 208,363,640원, 매입과표 42,166,732원, 납부세액 14,972,260원으로 2000년 제1기 과세기간의 부가가치세 신고를 하였다. 청구외 ○○세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 청구외 ○○정보통신 주식회사(이하 “○○정보통신(주)” 또는 “자료상”이라 한다)에 대한 자료상혐의자 세무조사를 실시하여 ○○정보통신(주)가 1999년 제1기부터 2003년 제2기까지 가공매출세금계산서 1,014,975천원을 교부한 사실을 밝혀내고 동 법인이 청구법인에게 교부한 2000년 제1기분 세금계산서 3매(공급가액 76,000,000원, 이하 “쟁점거래금액”이라 한다)를 자료상 혐의자료로 처분청에 통보하였다. 처분청은 조사관서의 과세자료 통보에 의거 쟁점거래금액을 가공거래로 보고 2000년 제1기 과세기간 부가가치세 20,083,000원을 2007.12.1. 경정․고지하고 청구법인의 대표자인 정○○(이하 “정○○”이라 한다)과 음○○(이하 “음○○”라 한다)의 재직기간으로 안분하여 각각 상여처분을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.7. 이의신청을 거쳐 2008.7.7. 이 건 심사청 구를 하였

• 가. 청구법인은 2000.1.3. 거래처인 ○○정보통신(주)와 단수와 혼돈계를 이용한 해쉬함수 개발용역 계약을 체결하고 쟁점거래금액의 세금계산서를 정당하게 수취하였는바, 처분청이 청구법인에게 일체의 소명도 받지 않고 가공거래로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하고,
• 나. 청구법인의 실질적인 대표자는 정○○임에도 불구하고 이를 재직기간으로 안분하여 명목상 대표자인 음○○에게 한 상여처분도 부당하다.

• 가. 청구법인이 제출한 증빙은 위 자료상과의 거래가 실거래임을 증명하는 증빙으로 보기 힘들고, 동 거래와 관련한 증빙서류도 제시하지 않아 실거래로 볼 수 없고,
• 나. 청구법인의 위 가공거래에 대한 실질귀속자가 불분명하여 청구법인의 등기부등본상 대표이사로 재직한 기간을 기준으로 하여 각각 상여로 처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점거래금액을 가공거래로 볼 수 있는지, 청구법인의 실질적인 대표자를 정○○으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (이하 생략) 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 생략) 3) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 4) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. (생략)
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (이하 생략)
• 다. 사실관계 1) 조사관서에서 작성한 조사서에는 ‘○○정보통신(주)가 1999년 1기부터 2003년 2기까지 ○○정보기술외 4개업체에 가공매출세금계산서 1,014,975천원을 교부하였는바, 소액거래나 지방자치단체에 납품한 거래는 정상거래로 판단되므로 거래상대방 중 10,000천원 이상 거래업체에 대하여는 소명내용이 불명확하거나 일부 차이가 있는 부분 및 미소명업체에 대하여 자료상거래 혐의자료로 통보한다’고 기재되어 있으며, 청구법인에 대하여는 자료상거래 혐의자료로 처분청에 통보하였다.

2. 청구법인과 ○○정보통신(주)이 2000.1.3. 작성하고 날인한 것으로 되어 있는소프트웨어 개발용역 계약서에는 다음과 같이 기재되어 있다.

• 가) 본 계약은 청구법인이 개발하려고 하는 “난수와 혼돈계를 이용한 해쉬함수 개발용역”과 관련된 업무이다.
• 나) 계약기간은 2000.1.3.～2000.3.31.이고, 계약금액은 76,000,000원(VAT 별도)이며, 계약인원은 7명, 용역대금은 매월 말일 현금으로 지급
• 다) 매월 대금지급 심사에서 청구법인이 심사한 결과,

○○정보통신(주)의 작업결과가 목표에 미달하거나 결과물이 요구조건을 만족하지 못하였을 경우 목표 완료시점까지 당월 일정을 연장하고 대금지급을 완료시점까지 보류할 수 있다.

• 라) 본 계약의 수행에 따른 모든 결과물에 대한 일체의 권리는 청구법인에게 속한다.

3. 청구법인과 청구외 주식회사 ○○시큐(이하 “(주)○○시큐”라 한다)가 2000.6.2. 작성하고 날인한 것으로 되어 있는특허권 및 관련 기술의 소유권 양도 계약서에는 다음과 같이 기재되어 있다.

• 가) 본 계약은 청구법인이 국내외에 출원한 특허권과 그와 관련한 모든 기술을 (주)○○시큐에게 소유권 양도를 하기 위하여 체결한다.
• 나) 계약대상 특허권

(1) 국내특허 출원번호 00-1999-0000000, 1999.5.10.(잡음 또는 혼돈신호를 변수에 되먹임 시키는 것에 의한 혼돈시스템의 동기화 방법을 이용한 디지털 신호의 암호화 및 복호화 장치)

(2) 국내특허 출원번호 00-1999-0000000, 1999.4.30.(혼돈계를 이용한 해쉬 발생장치 및 그 방법)

(3) 기타 위와 관련된 제3자와의 모든 기술

• 다) (주)○○시큐는 청구법인에게 특허권을 양도받는 대가로 150,000,000원(VAT 포함)을 현금으로 지급한다.

4. 특허번호 제0000000호의 특허등록원부에 의하면 출원번호 1999-0000000로 1999.5.10. 출원한 특허는 2001.11.23. 특허 결정에 의하여 2002.2.22. 등록되고 2002.3.13. 공고되었으며, 존속기간(예정)만료일은 2019.5.10.이나 등록료 불납으로 2007.1.10. 소멸등록 되었는바, 소유권 이전사항은 다음과 같다.

• 가) 출원인은 청구법인이고 동 특허를 2000.6.27. 청구외 강○○(이하 “강○○”이라 한다), (주)○○시큐에게 일부 양도하고, 2000.7.13. 강○○과 (주)○○시큐에게 전부 양도하였다.

5. 특허번호 제0000000호의 특허등록원부에 의하면 출원번호 1999-0000000으로 1999.4.30. 출원한 특허는 2000.12.28. 특허 결정에 의하여 2001.3.7. 등록되고 2001.5.15. 공고되었으며, 존속기간(예정)만료일은 2019.4.30.인바, 소유권 이전사항은 다음과 같다.

• 가) 출원인은 청구법인이고 동 특허를 2000.6.27. 청구외 강○○(이하 “강○○”이라 한다), (주)○○시큐에게 일부 양도하고, 2000.7.13. 강○○과 (주)○○시큐에게 전부 양도하였다.

6. 김○○, 청구법인, 정○○, 청구외 서○○외 5인(이하 “서○○외 5인”이라 한다)이 2000년 5월 작성한 것으로 되어 있는특허권 및 특허권관련 기술의 전용실시권 계약서에는 다음과 같이 기재되어 있다.

• 가) 본 계약은 김○○이 연구중인 카오스 이론을 바탕으로 한 암호기술에 대한 특허권 및 출원된 특허권의 전용실시권과 청구법인이 보유하고 있는 김○○이 개발한 기술과 김○○이 취득 및 출원한 특허에 관한 제권리 및 전용실시권을 김○○, 정○○, 서○○외 5인이 공동소유하는 전용실시권 계약체결을 목적으로 한다.
• 나) 김○○, 정○○, 서○○외 5인은 본 계약 체결일로부터 1개월 이내에 법인을 설립하여 공동사업을 한다.

(1) 공동사업은 자본금 300,000,000원으로 하고 김○○ 25%, 정○○ 15%, 서○○외 5인 30%, 제3자 배정 30%의 지분율로 법인을 설립한다.

(2) 위 자본금은 2000.5.31.까지 각자의 지분율에 따라 납입하기로 하되, 김○○과 청구법인이 보유하고 있는 특허권 및 전용실시권을 김○○, 정○○, 서○○외 5인의 공동소유로 이전하는 대가로 서○○외 5인은 김○○ 지분 75,000,000원을, 정○○ 지분 45,000,000원을 납입한다.

• 다) 계약대상: 출원번호 00-1999-0000000, 1999.5.10. 출원번호 00-1999-0000000, 1999.4.30. 기타 김○○이 취득하였거나 취득할 특허권 및 특허권의 국내외 전용실시권
• 라) 신설법인(주식회사 ○○시큐)은 김○○과 청구법인이 보유하고 있는 특허권 및 전용실시권을 김○○, 정○○, 서○○외 5인의 공동소유로 이전하는 대가로 청구법인에게 150,000,000원을 지불하되, 서○○외 5인이 신설법인을 대신하여 지급하고 법인설립 후 법인과 서○○외 5인이 정산한다.

7. 2007.9.20. 발급된 청구법인의 상업등기부 등본에는 2005.12.14. 해산간주로 등기되었고, 회사설립일인 1997.3.19.부터 2000.6.11.까지 음○○가 대표이사로 등재되고 2000.6.12.부터 해산으로 말소등기될 때까지 정○○이 대표이사로 등재된 것으로 나타나며, 위의 각 계약서에는 청구법인의 대표이사로 음○○가 기재되어 있다.

8. 청구법인은 ○○은행 ○○지점에서 발급한 청구법인 계좌의 ‘요구불 거래내역 의뢰 조회표’를 제출하였는바, 계좌의 출금이 전액 현금으로 이루어져 그 사용처를 알 수 없고, 계좌번호 00인 계좌는 결산이자를 제외하면 2000.4.28. 이후 거래가 없었던 것으로, 계좌번호 ◇◇인 계좌는 2001.3.16. 신규 개설한 것으로 기재되어 있다.

9. 청구법인의 2000년 제1기 부가가치세 신고내역은 다음과 같다. (단위: 원) 구분 매 출 금 액 매 입 세 액 납부세액 과세분 면세분 총세액 면세분 과세분 예정 72,000,000 70,500,000 8,250,498 4,081,825 4,168,673 3,031,327 확정 136,363,640 16,000,000 48,000 -1,647,411 1,695,411 11,940,949 합계 208,363,640 86,500,000 8,298,498 2,434,414 5,864,084 14,972,276

• 가) 청구법인은 ○○정보통신(주) 등으로부터 수취한 매입세금계산서에 대하여 공통매입세액 안분계산을 하여 매입세액을 공제받았으므로,
• 나) 처분청은 쟁점거래금액을 가공매입으로 하여 총매입세액 8,298,498원에서 가공 매입세액 7,600,000원을 차감한 698,498원을 공통매입세액으로 보고 이를 안분계산하여 산출한 과세분 매입세액 493,590원을 경정 매입세액계로 하여 경정처분하여야 하나, 단순히 신고분 매입세액계 5,864,084원에서 가공 매입세액 7,600,000원을 불공제분 매입세액으로 차감하여 경정 매입세액계를 -1,735,916원으로 하여 이 건 경정처분을 하여 고지하였음이 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.
• 라. 판 단
• 가. 청구법인은 자료상인 ○○정보통신(주)와 2000.1.3. 단수와 혼돈계를 이용한 해쉬함수 개발용역을 공급받고 쟁점거래금액의 세금계산서를 정당하게 수취하였다고 주장하고 있으나, 청구법인과 위 자료상과의 계약서에 의하면 계약기간이 2000.1.3.～2000.3.31. 이나, 청구법인이 관련 특허를 출원한 시기는 각각 1999.5.10.과 1999.4.30.으로 특허를 출원한 후 관련 특허를 개발하기 위한 용역을 의뢰하였다는 것은 이를 사실이라고 보기 어렵고, 따라서 처분청이 이를 가공매입으로 보아 과세한 처분은 정당하다고 판단된다. 다만, 처분청이 당해 과세처분을 함에 있어 청구법인이 2000년 제1기 과세기간의 부가가치세 신고를 하면서 총매입세액 8,298,498원에서 공통매입세액 안분계산을 하여 5,864,084원을 매입세액으로 공제받았음에도 불구하고 쟁점거래금액인 가공매입세액 7,600,000원 전액을 불공제하여 경정한 처분은, 청구법인의 신고 당시 총매입세액에서 가공 매입세액 7,600,000원을 차감하고 과세분 공통매입세액을 재계산하여 경정하여야 한다고 판단된다.
• 나. 상여처분시 대표자는 당해법인의 대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우를 제외하고는 등기부상의 대표자를 그 법인의 대표자로 보는 것(서면인터넷방문상담2팀-1313, 2007.7.11.외 다수 같은 뜻)인데, 음○○는 청구법인의 등기부상 대표자로서 각 계약서에 청구법인의 대표이사로 기재․날인되어 있는바, 청구법인은 달리 정○○이 청구법인의 실질적인 대표자라는 객관적인 증빙을 제출하지 않으면서 단지 청구법인의 실질적인 대표자는 정○○이므로 등기부상 대표자인 음○○에게 한 상여처분은 부당하다고 주장만 하고 있어, 이 건 실질적인 대표자를 정○○으로 볼 수는 없다 할 것이므로, 음○○가 청구법인의 등기부상 대표자로 등재되어 있는 기간의 대표자를 음○○로 보아 한 이 건 상여처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.