매입금액 중 일부금액이 실지거래금액인지 여부

시흥 세무서장이 2008.2.12. 청구인에게 경정․고지한 2004년 제1기분 부가가치세 18,290,300원과 2004년 제2기분 부가가치세 18,168,200원은, 2004년 제1기부터 제2기 기간 중 주식회사한국○○아몬드파이프로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입금액 234,040,230원(2004년 제1기 115,339,270원, 2004년 제2기 118,700,960원) 중 72,382,890원(2004년 제1기 57,301,250원, 2004년 제2기 15,081,640원)에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 이를 경정합니다.

청구인은 2001.10.6.부터 경기도 시흥시 계○동 000-0번지에서 ○진안전이란 상호로 대로변에 스텐파이프보호벽(Fance)을 제조․설치하는 사업자로, 2004년 제1기부터 2004년 제2기 기간 중 청구 외 주식회사한국○○아몬드파이프(사업자등록번호: 000-00-00000, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 매입세금계산서 14매 총 공급가액 234,040,230원(2004년 제1기 6매 115,339,270원, 2004년 제2기 8매 118,700,960원, 이하 “쟁점세금계산서” 또는 “쟁점매입금액”이라 한다)을 수취하여 2004년 제1기 및 2004년 제2기 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제받는 매입세액으로 하여 신고하였다. 안산세무서장(이하 “조사관서”라 한다)은 쟁점거래처에 대한 부가가치세 경정 조사 결과 쟁점거래처가 청구인에게 실물거래 없이 세금계산서만 발행한 것으로 하여 처분청에 과세자료로 통보하였는바, 처분청은 조사관서에서 수보한 과세 자료에 의해 관련매입세액을 불공제하여 2008.2.12. 2004년 제1기분 부가가치세 18,290,300원과 2004년 제2기분 부가가치세 18,168,200원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.5.7. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 2001.10.6. 개업하여 차도와 인도를 명확히 하고 통행인의 안전을 위해 차도와 인도 사이에 스텐레스 보호벽 즉, 펜스(Fence)를 시공․설치하는 사업자로서 전체매출액의 95%가 스텐레스 보호벽설치 수입이고, 별도의 경리직원 없이 청구인과 직원 2명이 공장을 운영하고 펜스시공 설치시마다 일용근로자를 그때 그때 모집하여 활용하고 있었으며 당시 매출총액이 684,359천원에 불과한 영세사업자이다.
• 나. 경리직원이 없는 관계로 공사의 주문․관리․시공에서부터 직원관리․자료관리 등 모든 것을 청구인이 직접 관리하였고, 그 결과 거래명세서보관, 일당지급관련증빙, 기타영수증 등의 관리가 미흡한 상태로서, 원청업자로부터 주문이 오면 스텐레스파이프 제도․도매업자인 쟁점거래처 등에게 스텐레스파이프를 주문하고, 주문과 동시에 벤딩(Bending, 절곡)사업자에게 직접 출고토록 지시함으로써 주문물품은 벤딩사업자에게 직접 보내지고 벤딩사업자가 해당물품을 인수확인, 절곡 후 당사업장에 도착하도록 경영관리를 하다보니 당시 거래명세서등에 대해서는 청구인에게 송달되기 보다는 가공업체인 벤딩사업자에게 송달되어 보관하는 것이 관례였다.
• 다. 따라서, 주문물품의 품목 및 규격․수량 등의 적정물품 도착여부확인은 가공업체인 벤딩사업자에게 전화로 확인하거나 때로는 가공업체로부터 거래명세서 등을 Fax로 당사에 송보받기도 하였으나, Fax로 송보해준 거래명세서마저 당시 청구인 사업장이 영세하여 Roll Fax용지를 사용함에 따라 현재는 그 내용이 지워져 백지상태이고, 있는 것 마저 청구인의 관리소홀로 분실된 상태이다.
• 라. 조사관서는 쟁점거래처의 부가가치세 경정조사 종결보고서에서 쟁점거래처는 “실물거래 없이 대금 수령 후 수수료 및 부가가치세를 제외하고 다시 입금하는 방법으로 세금계산서를 교부하였고 청구인과의 2004년 귀속 전액에 대하여 가공세금계산서를 발행하여 주었다”고 하고 있으나, 청구인이 2004년도 중 쟁점거래처에 계좌로 송금한 금액과 수표 및 어음배서하여 지급한 금액이 141,200천원이며, 그 중 어음 및 수표로 지급한 금액이 71,000천원으로 쟁점거래처에서 수수료 및 부가가치세를 제외하고 다시 재송금 하였다는 주장은 거짓이고,
• 마. 청구인은 2007.12.4. 처분청으로부터 과세예고 통지서를 수령하고 사실거래를 입증하기 위하여 쟁점 거래처에 수차례 통화시도 하였으나 묵묵부답으로 일관해 오다 청구인이 청구인의 통장사본과 청구인의 거래처인 (주)○성휀스공업(이하 “○성휀스”라 한다)으로부터 당시 쟁점거래처에 배서하여 주었던 수표 및 어음사본을 제시받아 쟁점거래처에 제시하자 쟁점거래처의 대표이사인 김○준의 지시로 쟁점거래처의 직원 유○진이 청구인과의 2004년도 매출 및 수금내역 등을 확인하여 Fax로 송부하였으며, 그 내역을 보면 2004년 제1기 중 57,301,250원과 2004년 제2기 중 15,081,640원은 쟁점거래처에서도 당초 거래사실부인과는 달리 청구인과의 실거래를 인정하고 있는 것이므로 쟁점거래처와 청구인과의 2004년 거래 전액을 가공거래로 보는 것은 부당하다.
• 바. 또한, 조사관서는 쟁점거래처에 대한 조사당시 쟁점거래처의 거래은행 계좌에 대한 조사를 철저히 하여 청구인이 쟁점거래처에 입금한 금액에 대하여도 확인을 하였어야 함에도 불구하고 조사관서의 조사당시 쟁점거래처는 청구인이 2004년도 중에 118,200천원을 입금한 사실이 있음에도 청구인이 6,000천원만 입금한 것처럼 위장(다른 거래내용을 가린후 6,000천원이 입금된 사실만 복사) 제출하면서 이 금액은 수수료 및 부가가치세 해당액이라 진술한 것으로 알고 있는바, 이는 쟁점거래처가 청구인과 거래사실이 있음에도 조세부담을 최소화 하기 위하여 가공매입에 대응하는 가공매출을 의도적으로 맞추기 위하여 허위로 확인한 것으로서 쟁점거래처가 허위로 제출한 증빙서류를 근거로 하여 청구인에게 소명의 기회도 주지 않고 처분청에 관련 자료를 파생시킨 것으로서 이 건 처분은 부당하다.
• 사. 위와 같이 청구인은 쟁점거래처로부터 정상적인 거래를 하고 세금계산서를 수취하였으며, 거래대금은 청구인의 계좌(기업은행 ○○0-000000-00-000)에서 쟁점거래처로 계좌이체 하거나 ○성휀스로부터 배서양도 받은 어음 및 수표로 청구인이 배서하여 지급하였으며, 당시 청구인이 쟁점거래처에 배서하여 주었던 어음 및 수표에 대한 배서내용 등을 확인코자 노력하였으나, 어음 및 수표대금의 지급처가 지방은행인데다 발행인이 아닌 배서인은 확인이 불가능하여 배서내용을 확인하지 못하였으나, 쟁점거래처에서 사실거래를 인정하고 있는 2004년 제1기 중 57,301,250원과 2004년 제2기 중 15,081,640원에 해당하는 금액만 이라도 사실거래로 경정하여야 한다.

청구인은 쟁점거래처에 통장에 의하여 계좌이체 한 금액은 정상거래이므로 취소하여야 한다고 주장하고 있으나, 조사관서의 쟁점거래처에 대한 조사복명서를 보면 ‘쟁점거래처는 청구인에게 실물거래 없이 대금 수령 후 수수료 및 부가가치세를 제외하고 다시 입금하는 방법으로 가공세금계산서를 발행하여 주었다’ 고 확인하고 있으므로 쟁점매입금액에 해당하는 매입세액을 불공제하여 청구인에게 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점매입금액 중 일부금액이 실지거래 금액인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① (생 략)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. (이하 생략) 2) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. (이하 생략) 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서이하 생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 4) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 조사관서는 2007년 5월 쟁점거래처에 대한 부가가치세 경정조사를 실시하고 쟁점거래처가 실물거래 없이 청구인에게 쟁점세금계산서만 발행하여 준 것으로 하여 2007.5.31. 처분청에 과세자료로 통보하였으며, 처분청은 수보한 과세자료에 의하여 2008.2.12. 이 건 부가가치세를 청구인에게 고지하였음이 부가가치세 경정결의서 등에 의하여 확인된다. [쟁점 세금계산서 명세] 기 분 거래일자 공급가액 세 액 합 계 2004년 제1기 2004.1.31 34,820,640 3,482,064 38,302,704 2004.2.29 10,048,700 1,004,870 11,053,570 2004.3.31 10,211,550 1,021,155 11,232,705 2004.4.9 10,056,000 1,005,600 11,061,600 2004.5.7 20,112,000 2,011,200 22,123,200 2004.6.30 30,090,380 3,009,038 33,099,418 소 계 115,339,270 11,533,927 126,873,197 2004년 제2기 2004.7.6 9,690,000 969,000 10,659,000 2004.7.21 11,094,000 1,109,400 12,203,400 2004.8.9 20,634,000 2,063,400 22,697,400 2004.9.11 20,766,000 2,076,000 22,842,000 2004.10.30 16,494,000 1,649,400 18,143,400 2004.11.29 14,160,000 1,416,000 15,576,000 2004.12.30 19,710,000 1,971,000 21,681,000 2004.12.31 6,152,960 615,296 6,768,256 소 계 118,700,960 11,869,496 130,570,456

2. 청구인의 2004년도 부가가치세 신고 및 경정내역을 보면 다음과 같다. (단위: 천원, %) 과세기간 구분 매출과표 매입과표 납부세액 부가율 2004년 제1기 신고 237,827 167,062 7,076 29.75 경정 237,827 51,724 18,610 78.25 2004년 제2기 신고 446,531 304,289 14,224 31.85 경정 446,531 185,589 26,094 58.44 계 신고 684,358 471,351 21,300 31.13 경정 684,358 237,313 44,704 65.32

3. 청구인의 부가가치세 신고내역에 의하여 쟁점거래처와의 거래내역을 보면, 이 건 과세기간 이전인 2003년 제1기 기간 중에 72,120천원(공급가액), 2003년 제2기 기간 중에 140,261천원(공급가액)을 거래한 것으로 확인되며, 이는 총 매입금액 234,056천원 대비 90.74%에 해당하는 금액이고, 2004년도에는 총 매입금액 471,351천원 중 쟁점거래처와의 거래금액이 234,040천원으로 총 매입금액 대비 49.65%에 해당하여 2003년부터 청구인의 매출액에 해당하는 주요재료를 쟁점거래처로부터 매입하였던 것이 국세통합전산망에 의하여 확인되고 있으며, 2003년의 쟁점거래처와의 거래금액 234,056천원에 대한 대금지급관계에 대하여 살펴보면, 2003.4.14.부터 2003.11.29.까지 43,560천원을 쟁점거래처의 예금계좌에 송금한 것으로 확인되고 있다.

4. 청구인은 쟁점거래처와 정상적인 거래를 하고 세금계산서를 수취하였으며, 거래대금은 청구인의 계좌(기업은행 ○○0-000000-00-000)에서 쟁점거래처로 계좌이체 하거나 ○성휀스로부터 배서양도 받은 어음 및 수표로 청구인이 배서하여 지급하였다고 주장하고 있으며, 이에 대한 증빙으로 청구인의 중소기업은행 계좌 사본 등을 제출하였는바, 그 내역은 다음과 같다.

• 가) 청구인이 주장하는 대금지급내역 지급월 지급금액(원) 지급일자 증빙서류 2004년 1월 20,000,000 1.15, 1.20, 계좌이체 통장사본 30,000,000 2004년 1월 어음사본 1매 2004년 3월 13,000,000 3.27 계좌이체 통장사본 2004년 4월 5,000,000 4.19 계좌이체 통장사본 6,000,000 4.14 가계수표사본 2매 2004년 6월 10,000,000 6.15 계좌이체 통장사본 5,000,000 6.9 어음사본 1매 소 계 89,000,000 계좌이체 48,000천원, 어음 등 41,000천원 2004년 7월 12,000,000 7.15, 7.30 계좌이체 통장사본 2004년 8월 30,000,000 8.9 어음사본 1매 2004년 9월 2,000,000 9.24 계좌이체 통장사본 2004년 10월 6,200,000 10.21 계좌이체 통장사본 2004년 12월 2,000,000 12.15 계좌이체 통장사본 소 계 52,200,000 계좌이체 22,200천원, 어음 30,000천원 2004년 계 141,200,000 계좌이체 70,200천원, 어음 등 71,000천원
• 나) 청구인이 제시하는 통장사본을 보면 위 지급일자에 쟁점거래처에 전화이체한 것으로 확인되고 있으며, ○성휀스로부터 배서양도 받은 것이라고 주장하는 어음과 가계수표 사본을 보면, 주식회사○지하우스가 발행하여 다솔내장에 제시한 국민은행 약속어음 30,000천원 1매, 2004.8.11. 김○순이 발행한 국민은행 가계수표 3,000천원 2매, 2004.5.14. ○주철강이 발행한 중소기업은행 약속어음 5,000천원 1매, 2004.7.28. (주)○원엘비테크가 발행한 조흥은행 약속어음 30,000천원 1매로 되어 있으며 배서내용 등은 확인되지 않는다.

5. 청구인은 쟁점매입금액 중 쟁점거래처에서도 실지거래로 확인하고 있는 금액에 대하여는 사실거래로 인정하여야 한다고 주장하면서 2008.3.26. 쟁점거래처 유○진이 작성하여 청구인에게 Fax로 송부한 ‘2004년 ○진안전 매출 및 세금계산서 발행현황’을 제출하였는바, 그 내역은 다음과 같다. [2004년 ○진안전 매출 및 세금계산서 발행 현황] 2004년 03년 미수금 1월 2월 3월 4월 5월 6월 실 매 출 44,199,486 7,219,800 2,980,940 12,787,050 6,643,480 0 27,669,980 가공매출 27,600,840 7,067,760 -2,575,500 3,412,520 20,112,000 2,420,400 계산서발행 10,718,321 34,820,640 10,048,700 10,211,550 10,056,000 20,112,000 30,090,380 현금수금 20,000,000 0 13,000,000 5,000,000 0 10,000,000 어음수금 30,000,000 0 0 8,000,000 0 5,000,000 수금합계 54,917,807 50,000,000 0 13,000,000 13,000,000 0 15,000,000 2004년 7월 8월 9월 10월 11월 12월 합 계 실 매 출 2,504,280 6,424,400 5,152,960 72,382,890 가공매출 18,279,720 14,209,600 20,766,000 16,494,000 14,160,000 19,710,000 161,657,340 계산서발행 20,784,000 20,634,000 20,766,000 16,494,000 14,160,000 24,862,960 234,040,230 현금수금 12,000,000 0 2,000,000 6,200,000 0 2,000,000 70,200,000 어음수금 0 30,000,000 0 0 0 0 73,000,000 수금합계 12,000,000 30,000,000 2,000,000 6,200,000 0 2,000,000 143,200,000

6. 쟁점거래처에 대한 조사관서의 부가가치세 경정조사 종결보고서를 보면 ‘아래업체(○진안전 등)는 실물거래 없이 대금 수령 후 수수료 및 부가가치세를 제외하고 다시 입금하는 방법으로 가공세금계산서를 발행한 것으로 확인되었음, 당초 과세자료 소명시 ○진안전 등과의 거래에 대하여 가공매출 세금계산서 일부를 발행하였다고 주장하였으나 조사결과 ○진안전 등의 거래처는 일부가 아닌 2004년 귀속 전액이 가공거래로 확인되었으며’ 라고 조사복명 되어 있고,

7. 쟁점거래처의 대표 김○준이 작성한 확인서를 보면, ‘안산세무서에서 실시한 2004년 귀속 부가가치세 경정조사와 관련하여 아래 거래처로부터 실거래가 없었음에도 거래처에서 세금계산서 발행을 요구하여 사실과 다른 세금계산서를 발행해 준 사실이 있음을 확인합니다’ 라고 기재되어 있으며, 증빙서류로 쟁점거래처 기업은행의 계좌별 거래명세표 사본을 제출하였는바, 그 내용을 보면 다른 입출금 내역을 가린 후 2004.7.15. 청구인이 입금한 6,000천원이 표시되게 복사한 후 ‘○진안전 대표 권○갑으로부터 부가세 및 수수료로 입금된 내역’ 이라 기재되어 있는 것으로 확인된다.

8. 청구인은 이 건 심리와 관련하여 쟁점거래처의 부가가치세 수정신고서 사본을 제출하였는바, 2004년 제1기분 매출과세표준 금액을 649,573,680원에서 706,847,930원으로 57,301,250원을, 2004년 제2기분 매출과세표준 금액을 1,329,920,217원에서 1,345,001,867원으로 15,081,650원을 각 각 증액하여 신고하는 것으로 기재되어 있으며, 우리 청에서 쟁점거래처 대표이사 김○준에게 유선으로 확인한바 2008.6.30.자로 신고․납부할 예정이며 청구인이 주장하는 2004년 제1기 중 57,301,250원과 2004년 제2기 중 15,081,640원은 사실거래임을 확인하고 있다.

• 라. 판단 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인은 2003년 제1기부터 매출액에 대응하는 주요재료를 쟁점거래처로부터 매입하고 쟁점거래처 계좌로 대금을 계좌이체 하고 있었던 것으로 확인되고 있는 점, 쟁점거래처에서 작성하여 청구인에게 송부한 ‘2004년 ○진안전 매출 및 세금계산서 발행현황’에 2003년 12월 미수금으로 44,199,486원이 계상되어 있는 점, 당초 조사관서의 조사시 쟁점거래처는 수수료 및 부가가치세를 제외하고 다시 송금하는 방법으로 가공세금계산서를 발행하였다고 하고 있으나 청구인에게 다시 송금하거나 지급하였다는 사실이 확인되지 않고 있는 점과, 또한, 쟁점거래처는 청구인과의 거래내용에 대하여 당초 조사시 확인한 내용을 번복하여 쟁점매입금액 중 2004년 제1기 중 57,301,250원과 2004년 제2기 중 15,081,640원은 사실거래임을 확인하고 수정신고를 준비하고 있는 점 등을 비추어 볼 때, 청구인의 주장에 신빙성이 있다고 할 것이다. 따라서, 처분청에서 청구인이 가공세금계산서를 수취한 것으로 하여 매입세액 불공제한 쟁점매입금액 중 쟁점거래처에서 사실거래임을 인정하고 있는 2004년 제1기 중 57,301,250원과 2004년 제2기 중 15,081,640원은 사실거래로 인정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.