사업양도에 있어 공급자가 매출세액을 납부하지 않을 경우 매입자는 매입세액불공제함

청구인은 2003.9.30. 청구외 김△△(사업자등록번호 100-00-00000, 이하 “김△△”이라 한다)으로부터 부동산 임대사업용 건물인 서울시 ○○구 ○○동 00-00소재 대지 134.2㎡ 및 같은 동 00-00 소재 대지 403.4㎡와 위 양지상 4층 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 금 2,790백만원에 매입하여 부동산 임대업을 영위하는 사업자(사업자등록번호 200-00-00000)로서, 매입대금은 건물분 부가가치세 90백만원을 포함하여 지불하였고 이에 대한 매입세금계산서를 수취하여 2003년 제2기분 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점부동산 공급자인 김△△이 쟁점부동산 공급분에 대한 부가가치세를 납부하지 않았다는 이유로 2008.3.5. 청구인에게 2003년 제2기분 이 건 부가가치세 137,512,360원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 이 건 심사청구를 하였다.

부가가치세법 제6조 6항 의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 자산을 비롯한 인적・물적 시설과 권리・의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동질성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것이나. 청구인은 김△△으로부터 쟁점부동산을 매입하면서 쟁점부동산의 일부를 직접 사용하기로 하였기 때문에 공급자인 김△△이 영위하던 부동산 임대사업의 동일성을 유지할 수 없으므로 재화의 공급에 해당하는 건물가액에 대하여는 공급자인 김△△에게 부가가치세를 거래징수 당하고 세금계산서를 교부받아 2003년 제2기 부가가치세 확정신고 시 매출세액에서 공제하여 신고기한 내에 환급 신고하였다. 청구인이 거래징수당한 사업용 건물분의 부가가치세 90백만원에 대하여 처분청은 단지 공급자인 김△△이 쟁점부동산 공급 과세기간의 부가가치세 를 납부하지 않았다는 이유만으로 청구인의 매입세액을 불공제하였다. 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정을 보면, 사업자가 납부(환급)하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다.라고 규정함으로써, 부가가치세 납부세액 계산에 있어서 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부(환급)세액을 계산하는 ‘전단계세액공제법’을 채택하고 있다. 이러한 매입세액 공제는 이미 전단계에서 과세된 부가가치세를 공제 또는 환급함으로써 누적효과를 방지하기위한 제도적 장치이다. 따라서 청구인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액임에도 불구하고 단순히 공급자인 김△△이 부가가치세를 거래징수하였으나, 이를 납부하지 않았다는 이유만으로 매입세액을 공제해주지 않는 것은 부가가치세의 기능을 심히 왜곡시키는 부당한 처분이다. 또한 국세기본법 제18조 제1항 에는 세법의 해석・적용에 있어서는 과세의 형평과 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다라고 규정되어 있음에도 불구하고 청구인이 사업용 자산을 매입할 때 부담한 매입세액을 공제해 주지 아니한 처분청의 이 건 부과처분은 청구인의 재산권을 부당하게 침해한 위법한 처분이므로 마땅히 취소되어야 한다.

청구인의 쟁점부동산 매입거래는 2006.2.9. 법개정 이전 및 이후에도 사업의 양도에 해당한다. 따라서 세금계산서를 교부한 경우 양도자가 신고・납부한 경우에 한하여 재화의 공급으로 보아 매입자인 청구인에게 매입세액 공제가 가능한 것으로, 양도자인 김△△이 부가가치세를 납부하지 아니한 이 건 청구인의 부가가치세 매입세액은 공제할 수 없는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 매입을 사업의 포괄적 양수로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】의 구법: 1999.12.28 법률 제6047호, 개정

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. (1999. 12. 28 개정)

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (1999. 12. 28 개정) 2) 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】 (1999. 12. 31 제목개정)

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. (2000. 12. 29 개정)

1. 미수금에 관한 것 (1998. 12. 31 개정)

2. 미지급금에 관한 것 (1998. 12. 31 개정)

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것 (1998. 12. 31 개정)

③ 법 제6조 제6항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우를 말한다. (1999. 12. 31 개정) 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 1995.12.29>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. <개정 1999.12.28, 2007.12.31>

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

1. 김△△은 쟁점부동산을 공급하고 2003.9.30. 청구인외 2인을 공급받는자로 하여 공급가액 900,000,000원, 세액 90,000,000원의 세금계산서를 발행하였고, 청구인은 이 세금계산서를 2003년 제2기 부가가치세 예정신고 시 매입세액으로 공제하였다.

2. 처분청은 2007.7.31. ◇◇지방국세청장으로부터 ‘귀서 관할 임대사업자인 ◇◇빌딩(200-00-00000, 김◇◇외2인)이 서울 ◇○ ○○ 00-00,00소재 상가건물을 취득하면서 매도자로부터 건물분에 대한 세금계산서를 교부받아 2003년 제2기 예정부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받았으나, 매도자는 부가가치세를 납부하지 않은 것으로 확인되는바, 사업의 포괄양수도 해당여부 등을 면밀히 검토하시어 부가가치세 업무에 활용하시기 바랍니다.’라는 과세자료를 받은 뒤, 2007.8.30. 청구인에게 과세자료에 해명안내문을 발송하였다.

3. 청구인은 ‘1. 중개대상물 확인설명서를 첨부함. 2. 임대보증금 및 대출금 일본국 법화(이억칠천팔백사십만엔)과 제 공과금은 잔대금에서 공제 정산한다.’라는 특약사항을 기재한 다음과 같은 부동산매매계약서 사본을 제출하고, (단위: 백만원) 구 분 합 계 계약금 중도금 잔 금 물건별 일 자 금 액 일 자 금 액 일 자 금 액 합 계 2,700 200 200 2,300 건 물 900 '03.8.6 100 '03.8.29 100 '03.9.30 700 대 지 1,800 '03.8.6 100 '03.8.29 100 '03.9.30 1,600 쟁점부동산에 대한 건물분 부가가치세 90백만원을 포함한 2,790백만원을 지급하면서, 계약금과 중도금을 제외한 잔금 2,390백만원은 엔화대출금 2,200백만원과 ◇◇◇회사에서 사용 중이던 3층 301호에 대한 임대보증금 205백만원 중 20백만원을 제외한 185백만원을 합쳐 2,385백만원을 상계한 나머지 잔금 5백만원을 2003.9.30. 김△△에게 지급하였다는 ‘부동산 거래내역’을 제출하였다.

4. 처분청은 2008.1.14. 매입세액부당공제 경정결의에 따른 부가가치세 예상고지세액 137,512,361원의 과세예고통지를 한 뒤 2008.3.5. 이 건 부가가치세 137,512,360원을 청구인에게 고지하여 2008.3.10. 청구인에게 고지서가 송달된 사실이 과세예고통지서 사본 등으로 확인된다.

5. 쟁점부동산 공급자인 김△△은 쟁점부동산 소재지에서 2002.10.30.개업하여 2003.9.30. 폐업할 때까지 부동산 임대업을 영위하였으며, 청구인 김◇◇외2인이 쟁점부동산을 매입한 날인 2003.10.1.부터 현재까지 부동산 임대업을 영위하고 있고 청구인(지분율 40%)과 공동비대표사업자인 청구외 김□□(지분율 30%), 청구외 김◇◇(지분율 30%)은 자신들이 직접사용할 용도로 매입한 것이라는 청구사실은, 쟁점부동산을 청구인이 매입한 2003.9.30. 이후 청구인이 2004.4.17.부터 1층에서 ◇◇음식점(사업자등록번호 200-00-00000)를 운영하다가 2005.12.31. 폐업하였고, 청구외 김○○이 2005.2.7.부터 2층에서 ****회사(사업자등록번호 200-10-10000)을 현재까지 운영하고 있음이 국세통합전산망으로 확인된다.

6. 김△△은 2003년 제2기 부가가치세 예정신고 세액 92,210,118원을 납부하지 아니하였고 2003.12.31. 납부기한으로 고지하였음에도 납부하지 아니하였으며, 쟁점부동산 공급에 관련된 세액 전액이 2004.5.13. 무재산을 이유로 결손처분된 사실이 국세통합전산망으로 확인된다.

7. 위 사실을 종합하여 판단하건대, 청구인은 쟁점부동산을 김△△으로부터 매입한 이후 현재까지 부동산 임대업을 영위하고 있고 청구인은 쟁점부동산 매입시점이 아닌 2004년 4월부터, 공동사업자인 청구외 김◇◇은 2005년 2월부터 사업장의 일부를 직접사용한 것은, 부동산임대업을 양수받아 영위하다가 일정기간 후에 임대건물의 일부를 자가로 사용하는 경우도 당초의 ‘사업의 양도’에 영향이 없으므로(부가46015-379, 1999.2.6.), 쟁점부동산의 양도・양수는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 의 규정에 의한 ‘사업을 양도하는 것’에 해당하는 것으로 판단되고, 이러한 사업의 양도・양수 시 매입세액을 공제받기 위해서는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 의 단서규정 및 부가가치세법 시행령 제17조 제3항 에 규정된 ‘사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 사업양도자가 법 제15조의 규정에 의하여 거래징수한 세액을 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 신고납부한 경우’의 요건을 충족하여야 하나, 이 건 심사청구의 대상이 된 거래의 경우 세금계산서를 교부받았으나, 공급자가 거래징수한 세액을 신고납부하지 아니하여 결손처분된 사실이 확인되므로 위법한 처분이라는 청구인의 주장은 이유 없다할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.