토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 건설업 및 부동산임대업을 주 사업목적으로 2007.1월 설립된 법인 으로 2007.5.7. ○○시 ○○구 ○○동 000번지 3필지 토지 37,378㎡와 2004.2 월에 준공된 지상 3층, 부속건물 17,780.84㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구 외 ○○○(이하 “매도인”이라 한다)로부터 500억원에 매수하면서 토지는 33,025,260,504원, 건물은 16,974,739,496원(부가가치세 별도)으로 하여 매매계약을 체결하였다.
• 나. 청구법인은 2007.5.31. 매매대금 400억원이 지급된 상태에서 건물 공급가액 13,579,791,537원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 2007년 제1기 확정신고시 부가가치세 1,357,979,159원을 공제되는 매입세액으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 위 확정신고시 고정자산매입 조기환급신고분에 대한 현지확인 과정 에서 건물매입분에 대한 매입세액공제여부를 납세자보호담당관실의 과세쟁점 자문을 신청한바, 매입세액불공제함이 타당하다는 과세쟁점자문위원회의 의결통보 서를 받아 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 전액 불공제하고 신고불성실 가산세를 가산하여 2007년 제1기분 부가가치세를 157,332,020원으로 경정하여 2007.12.1. 청구법인 에게 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.3.10. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인은 매도인으로부터 이 건 토지와 건물을 매수하면서 건물가액을 구분하여 이에 대한 세금계산서를 수취하여 매입세액으로 신고한 것으로 이를 부인함은 부당하다.
• 나. 청구인이 현존하는 건물을 매수한 것이 명백하고 그 대금을 구분하여 지급하고 매도인과 매수인 사이에 세금계산서를 수수한 후 매도인이 청구인으로부터 수령한 건물분 세금계산서를 매출세액으로 납부하였고, 매수인인 청구인이 매입세액을 공제받은 것은 정상적인 업무처리이다.
• 다. 설사 처분청의 주장대로 청구인이 일시적으로 건물을 소유하고 있다고 보더 라도 이 건 건물은 2004.2월에 준공된 건물로서 그 면적이 17,780.84㎡에 이르 는 점에서 건물가액을 별도로 구분하여 매매대금을 결정한 것이 잘못된 것은 아니다. 따라서 관련매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다.

• 가. 이 건 부동산매매계약서 제2조(계약의 목적)에서 매매목적물인 쟁점부동산은 “토지를 매입”하기 위한 목적으로 명시되어 있음이 나타나며, 이는 전체거래 금액이 실질적으로는 토지매입을 위하여 지출된 것으로 볼 수 있고, 매매가액 중 건물분으로 안분신고한 것은 형식적 내용으로 실질적으로는 토지용도 변경 예정 을 감안하여 감정평가액인 339억원보다 높게 형성된 매매가액 500억원으로 거래된 것인바 안분된 건물가액은 토지원가에 산입하여야 할 것이다.
• 나. 이 건 거래는 토지의 용도변경승인이 있어야 청구외 부산은행 주식회사로부터 잔금 인출이 이루어지며, 잔금인출이 있어야 매도인에게 잔금을 지급할 수 있는 계약 으로 잔금인출이 불확실한 현 시점에서는 사업계속여부가 불가능하다고 판단된다.
• 다. 위와 같은 내용으로 미루어보면 청구법인은 건물을 신 축하여 판매할 목적으로 기존건축물이 있는 토지를 매입한 것이고, 이 경우 당해 기존 건축물의 매입관련 비용은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제하는 아니하는 것이므로 매입세액불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분 은 정당하다.

• 가. 쟁 점 건설업자가 콘도미니엄을 신축하여 분양할 목적으로 건축물이 있는 토지를 매입 할 경우 건물매입과 관련된 부가가치세를 매입세액으로 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 (투자 에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위 】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액” 이라함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에 는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 3) 부가가치세법 제21조 【경 정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인이 매입한 쟁점부동산은 콘도미니엄을 신축분양하기 위하여 매입한 것으로 토지와 건물을 구분하여 건물에 대한 매입세금계산서를 수취하였 다면 부가가치세 매입세액을 불공제할 수 없다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

2. 청구법인이 콘도미니엄을 신축하여 분양할 목적으로 쟁점부동산을 취득 하기 로 계약을 한 사실, 청구법인이 심리일 현재까지 잔금을 지급하지 못 하여 쟁점부 동산의 명도가 이루어지지 않은 점, 따라서 청구법인이 구 건물을 직접 사용하거나 임 대 한 사실이 없는 점 등이 심리자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 청구법인 과 처분청간에 다툼이 없다. 3) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 『부가가치세가 면제되는 대통령령이 정하는 토지 관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』고 규정하고 있고, 이를 위임 받은 부가가치세법시행령 제60조 제6항 제2호 에서는 『건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거 한 건축 물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니 한다. 』고 규정하고 있으며, 기업회계기준 해설에서는 『아파트 또는 상가 등 신 건물을 신축하기 위하여 사용 중인 기존건물을 철거하는 경우 당해 건물의 미상각 장부가액과 철거비용은 전액 당기비용. 다만, 신건물을 신축하기 위하여 기존건물이 있는 토지를 취득하고 당해 건물을 철거하는 경우 기존건물의 철거 관련비용 은 토지의 취득원가』라고 해설하고 있다(법인세법 기본통칙 23-31…1 같은 뜻).

4. 청구법인이 쟁점부동산의 건물을 매입한 것은 동 건물을 활용하기 위해서가 아니라 쟁점부동산의 토지상에 새로운 휴양시설을 신축․분양하기 위하여 건물이 있는 토지를 취득하기로 계약하였으며, 새로운 건물을 신축하기 위해서는 구건물 을 철거하여야 하는 것이고, 잔금 미지급으로 쟁점부동산의 명도가 이루어지지 않아 아직 철거가 되지 않았다 하더라도 장래 어느 시점에서는 철거가 될 것으로 예상되는 만큼, 아직 철거가 되지 않았다하여 동 건물의 취득에 관련된 매입세액을 공제하기는 어렵다 할 것이다. 더욱이 청구법인은 심리일 현재까지 쟁점부동산을 명도 받지 못하여 건물을 신축하거나 다른 용도에 사용하지도 못하고 있는 상태임에도 단지 토지와 건물 을 구분하여 세금계산서를 교부받았기 때문에 매입세액을 공제하여야 한다는 청구 주장은 납득하기 힘들다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산 중 건물의 매입과 관련된 매입세액을 토지 관련매입세액으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.