학교부지를 취득할 수 있는 사업권 양수가 토지관련 불공제 매입세액인지 여부

• 가. 청구법인은 2006.2.22.부터 주택건설시행 및 분양대행을 영위하는 법인으로서 청구외 (주)ㅇㅇㅇㅇ(이하 “ㅇㅇㅇㅇ”라 한다.)와 청구외 학교법인 △△학원 (이하 “△△학원”이라 한다.) 이 체결한 새로운 학교신축 제공 및 기존 학교부지 매입 등에 관한 사업권(이하 “쟁점사업권”이라 한다.)을 2007.4.13. ㅇㅇㅇㅇ로부터 취득하고, 아래〈표〉와 같이 2007년 제1기 과세기간의 부가가치세 과세표준 및 세액확정신고시 매입세액 142,012,407원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다.) 전액을 매출세액에서 차감하여 환급신고를 하였다. 〈표1〉 2007년 1기 매입세금계산서 수취내역 (단위: 원) 매입처 매입가액 매입세액 비 고 (주)ㅇㅇㅇㅇ 1,400,000,000 140,000,000 쟁점사업권 기 타 20,124,124 2,012,407 소 계 1,420,124,124 142,012,407 쟁점매입세액
• 나. 처분청은 이에 대하여 2007.8.3. 면세사업 관련 매입세액 93,571,970원을 차감하고 청구법인에게 39,083,240원을 환급한다는 부가가치세 환급현지확인 결과통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.9.6. 이의신청을 거쳐 2007.11.15. 이 건 심사 청구를 하였다.

• 가. 처분청은 청구법인이 금융기관으로부터 대출을 받기 위하여 제출한 가상의 사업계획서에 따라 청구법인이 취득한 쟁점사업권을 면세부분과 과세부분으로 임의 구분하여 공통매입세액을 안분계산하였으나, 쟁점사업권은 ㅇㅇㅇㅇ가 △△학원의 학교이전 부지를 매입하여 학교를 신축 제공하고 그에 대한 대가로 기존학교 부지를 매입하는 일련의 사업상 권리로 아파트 신축분양 사업과는 전혀 관련이 없으며, 또한 현재까지 이전할 학교부지 조차 선정되지 않은 상태이고 부가가치세 납세의무 성립일 시점(2007년 제1기)에 면세사업이 존재하지도 않았으므로 처분청이 쟁점사업권에 대해 면세사업 부분을 구분하여 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청은 쟁점사업권의 양수에 대해 안분계산 대상이 아니라면 토지매입부대비용으로 보아야 하므로 불복실익이 없다고 주장하나, 쟁점사업권의 양수대가를 납세의무 성립일 현재 매입한 사실이 없는 토지에 대한 부대비용으로 계상할 수 없는 것이며, 또한 ㅇㅇㅇㅇ도 쟁점사업권의 양도에 대하여 과세매출로 보아 매출세액을 전액 신고․납부하였으므로 이를 양수한 청구법인도 매입세액을 전액 공제함이 타당하다.

청구법인이 구 학교부지에 아파트를 신축 분양하기 위해 작성한 사업계획서는 사업부지의 위치, 부지의 교통여건 및 지하철계획, 사업개요, 추진일정, 자금조달방법 주택공급 계획안 등이 구체적으로 명시되어 있고, 이 계획서가 시공사 선정을 위하여 대외적으로 배포된 사실, 일부 건설사의 참여의사가 있었던 사실 등으로 보아 동 사업계획서에 의한 예정사업면적비율의 산출은 정당하고 비록 관련 기관에 의해 승인이 이루어지지 않았다하더라도 이는 동법 시행령 제61조의 2의 규정에 의하여 그 면적 확정시 정산하면 될 것이다. 따라서 청구법인이 아파트를 신축 분양할 목적으로 양수한 쟁점사업권은 부가 가치세법 시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 면세사업부분에 대한 매입세액을 안분하여야 하고, 동 시행령 제61조 제4항 제3호의 규정에 따라 총예정면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사업면적의 비율을 우선 적용하여 공통매입세액을 안분 계산하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 ㅇㅇㅇㅇ에 지급한 1,420,124,124원을 과․면세 겸업을 위한 토지 취득비용으로 보아 안분계산한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 등 1) 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다. 2) 부가가치세법 시행령 제17조 【재화의 범위】

① 부가가치세법(이하 "법"이라 한다) 제1조제2항에 규정하는 유체물에는 상품·제품·원료·기계·건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다.

② 법 제1조제2항에 규정하는 무체물에는 동력·열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물이외의 모든 것을 포함한다. 3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. (중간생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (이하생략) 4) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액

② 삭 제

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간중의 공통매입세액이 2만원미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2제3항제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 (이하생략) 5) 부가가치세법 시행령 제61조 의 2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. (이하생략) 6) 국세기본법 제47조 의 4【초과환급신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급 세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3의 규정을 적용한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액: 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액 외의 세액의 100분의 10에 상당하는 금액 (이하생략)

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2006.2.22. 개업하여 강남구 대치동에서 주택건설시행 및 분양대행등 부동산업을 영위하는 법인으로서, 2007년 제1기 확정분 부가가치세 신고시 ㅇㅇㅇㅇ로부터 수취한 공급가액 1,400백만원의 매입세금계산서를 전액 공제받는 매입세액으로 신고하여 142,012,400원을 환급신고 하였다. 2) 처분청의 부가가치세 환급현지학인 종결복명서에 의하면, 청구법인은 2007.4.13. ㅇㅇㅇㅇ로부터 학교부지상의 사업시행권을 14억원에 취득하여 아파트 신축․분양 준비 중에 있으며,
• 가) ㅇㅇㅇㅇ는 관할세무서에 2007제 제1기 확정분 부가가치세를 정상적으로 신고․납부하였음
• 나) 사업계획서 검토한 결과, 학교부지상에 총 697세대의 과․면세 아파트 및 상가를 신축․분양할 계획이며,
• 다) 사업시행권 매입가액 및 사무실 운영비용은 청구법인이 신축할 아파트의 과․면세에 공통으로 사용될 비용으로 조사하였고,
• 라) 처분청은 조사결과 2007.8.9. 청구법인에게 39,083,240원을 환급할 것이라는 내용의 부가가치세 환급현지확인 결과를 청구법인에게 통지하였음이 국내등기/소포우편(택배)조회에 의하여 확인됨 3) 처분청의 2007년 제1기 부가가치세 경정결의서에 의하면, 당초 신고 매입세액 146,965,298원에서 면세사업관련 매입세액 93,571,970원을 불공제하고 39,083,240원을 환급하였다.
• 가) 면세사업 관련 매입세액 = 공통매입세액 × 면세사업 관련 예정사용 면적 / 총 예정 사용면적
• 나) 추징세액 102,875,160원 = 142,012,407 × 55,381.56㎡/84,039.19㎡(65.89%) + 가산세 9,357,190원 4) (주)ㅇㅇㅇㅇ는 2005.9.1. 개업하여 인천광역시 계양구에서 주택 건설업을 영위하는 법인으로 전산조회되며, 처분청이 제출한 2007제 제1기 확정분 부가가치세 신고서 사본에 의하면, ㅇㅇㅇㅇ는 매출 14억원, 매입 781,806원, 납부할 세액 139,921,810원으로 신고하였음 5) ㅇㅇㅇㅇ는 △△학원의 학교부지(표2)를 44,426,700천원에 매입하기로 계약하고 그 대금은 학교신축 이전부지 매입 및 신축공사비로 지급하기로 한 사실이 2005.9.14. △△학원과 작성한 토지매매계약서에 의해 확인된다. 〈표2〉 목적물의 표시 소 재 지 면 적 인천광역시 남동구 학교용지 17,825.2㎡ 인천광역시 남동구 학교용지 21,043.9㎡ 인천광역시 남동구 학교용지 1,926.8㎡ 소 계 40,795.9㎡ 6) 청구법인은 2007.4.13. ㅇㅇㅇㅇ가 △△학원과 체결한 토지매매계약서상의 모든 권리를 양수하며, ㅇㅇㅇㅇ가 추진한 이전할 학교부지 선정 및 인천시광역시 교육청에 신축학교이전 승인을 위하여 진행된 모든 서류 일체를 넘겨받는 내용의 계약을 ㅇㅇㅇㅇ와 체결하고, 그 대가로 1,400,000천원을 지급한 사실이 ‘사업권 양도․양수 계약서’ 및 ‘세금계산서’ 등에 의해 확인된다. 7) 청구법인은 2007.4.13. △△학원과 이전부지 토지매입대금과 신축학교의 공사비 등 제비용을 선투자하여 준공한 후 기존학교부지와 신축학교를 물물교환하는 협약서(협약대금 46,894,660천원)를 체결한 사실이 ‘학교법인(수익용기본)재산 협약서’에 의해 확인된다. 8) 청구법인은 인천시 남동구 만수동 ***외 2필지 아파트 신축사업과 관련 하여 ‘사업계획서’ 및 ‘만수동 공동주택 사업수지표’ 등을 작성한 사실과 청구외 우미건설(주)에 학교부지 아파트 신축사업에 시공참여 의향서를 보낸 사실이 처분청의 심리자료에 의해 확인된다. 9) △△학원의 학교위치변경 협의에 대하여 인천광역시교육청의 학교이전계획이 부적합하다는 회신이 있었음이 관련 공문(교육지원과-8707, 2007.8.17)에 의해 확인된다.
• 라. 판단 청구법인은 쟁점사업권의 양수대가를 납세의무 성립일 현재 매입한 사실이 없는 토지에 대한 부대비용으로 볼 수 없다고 주장하고 있으나, 쟁점사업권은 ㅇㅇㅇㅇ가 △△학원으로부터 인천광역시 남동구 ***외 2필지의 기존 학교부지를 취득하기 위하여 △△학원과 토지매매계약서를 작성하고, 그 매입대금 지급은 부지를 매입하여 학교를 신축하고 이를 제공하는 것으로 되어 있는 등 토지를 취득하기 위한 일련의 과정으로 보이며, 쟁점사업권을 양수한 청구법인도 구(舊) 학교부지를 취득하기 위하여 새로운 학교를 신축하여 제공하는 모든 관련사업을 인수한 것으로써 궁극적으로는 토지를 취득하기 위하여 쟁점사업권을 양수한 것으로 보인다. 따라서 쟁점사업권을 양수하고 지급한 1,420,124,124원은 토지를 취득하기 위해 지급된 것으로서 관련 매입세액은 토지관련 매입세액이 되어 전액 불공제함이 타당할 것이나 국세기본법 제79조 의 불이익변경금지 규정에 따라 당초처분을 유지하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.