실제 물품을 공급받은 세금계산서와 매입누락액을 매출로 환산한 것이 타당한지

청구인은 ◎◎도 ◎◎시 ◎◎구 ◎◎동 166-3번지에서 ◎◎유통이라는 상호로 라면 등 도․소매업을 영위하는 사업자로서, 청구외 ◎◎◎◎주식회사 ◎◎영업소(이하 “청구외법인 ”이라 한다) 로부터 2002년 제1기～2004년 제1기 기간 중 매입세금계산서(공급가액 60,337천원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 공제받는 매입세액으로 하여 2002년 제1기～2004년 제1기 부가가치세 신고를 하였고, 2005년 제2기 기간 중에는 청구외법인이 매출세금계산서(공급가액 24,924천원, 이하 “쟁점매입금액”이라 한다)를 발행 교부하지 아니함에 따라 이를 누락하고 부가가치세 신고를 하였다. 이에 처분청은 청구외법인의 쟁점매입금액에 대해서는 부가가치율로 환산하여 청구인의 매출(공급가액 25,877천원, 이하 “쟁점매출액”이라 한다)로 하고, 쟁점매입세금계산서에 대해서는 사실과 다른 매입세금계 산서라 하여 매입세액을 불공제하고 2007.8.1.청구인에게 부가가치세 13,544,410 원(2002년 제1기 2,094,120원, 2003년 제1기 1,623,810원, 2003년 제2기 3,265,680원, 2004년 제1기 3,026,270원, 2005년 제2기 3,534,530원)을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.18. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 청구외법인에서 작성한매출대비 세금계산서 신고금액 차이에 대한 소명확인서를 근거로 제시하면서 청구외법인 영업담당은 전체판매 금액에 대해서 한 거래처로 전산입력 하고 세금계산서 발행 시에는 거래처들이 실거래 한 금액으로 세금계산서를 발행하여 차이금액이 발생하게 되었다고 소명 하고 있는바, 청구외법인의 영업담당자가 제3의 거래처에 무자료로 판매하고 임의로 청구인에게 자료만 발생시킴으로써 그 차이금액이 발생되었으므로 처분청이 이를 가공매입, 무자료매입으로 보아 청구인에게 부가가치세를 과세한 당초 처분은 부당하다.

청구인은 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매입금액의 실지 거래내역을 입증할 만한 객관적인 증빙서류를 제시하지 아니하였고, 조사일 이후에 작성된 소명확인서만을 제출한 점을 볼 때, 청구인의 주장은 신빙성이 없으므로 쟁점매입세금계산서에 대해서 매입세액을 불공제하고 쟁점매입금액에 대해서 쟁점매출액으로 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 실제로 물품을 공급받고 수취한 세금계산서인지 여부와 매입누락 금액을 매출로 환산하고 부가가치세를 과세 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받은 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 (이하 생략)

2. 부가가치세 법 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세 액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(이하 생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(단서 생략) 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (단서 생략, 이하생략)

3. 부가가치세 법 제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때(이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구외법인의 유통과정 추적조사 결과, 청구인의 과세자료로 통보된 청구외법인의 전산매출과 세금계산서발행액과의 차이는 다음과 같다. 구 분 전산일보매출 세금계산서발행 차 액 내 용 2002년 제1기

• 9,899,646 △9,899,646 가공매출 2003년 제1기

• 9,898,902 △9,898,902 2003년 제2기

• 20,766,533 △20,766,533 2004년 제1기

• 19,771,903 △19,771,903 2005년 제2기 24,923,782

• 24,923,782 매출누락 합 계 24,923,782 60,336,984

• 가) 청구외법인의 과세기간별 차이 금액 (단위 ; 원)

• 나) 이에 처분청은 2002년 제1기～2004년 제1기 공급가액 60,336,984원에 대해서는 가공매입으로 하고 2005년 제2기 공급가액 24,923,782원은 매입누락으로 보아 전국부가가치율 3.69%를 적용․환산한 금액 25,877,000원을 매출로 하여 부가가치세를 경정한 사실이 확인된다.

2. 2006.7월 청구외법인의 유통과정 추적조사 종결보고서에는,

• 가) ‘청구외법인은 2002년 제1기～ 2005년 제2기 기간 중 매출누락이 없었으며, 세무조사 후 파생된 과세자료에서 청구외법인은 매출세금계산서를 사실과 다르게 발행․교부하여 신고한 사실이 있음’이라고 확인하고 있고,
• 나) ‘청구외법인의 매출처별 위장․가공세금계산서 발행내역에는 2002년 제1기 ～2004년 제1기 동안 청구인에게 공급가액 60,337천원의 가공매출과 2005년 제2기 중 공급가액 24,924천원을 매출한 후 매출세금계산서를 발행․교부하지 아니하였다.’라고 조사복명 되어 있다.

3. 또한, 청구인은 청구외법인의 거래처를 인수받은 청구외법인 ◎◎지사 PMC 가 작성한매출대비 세금계산서 신고금액 차이에 대한 소명확인서를 들어 ‘전산매출과 세금계산서의 발행액이 상이한 이유는 아래와 같기 때문이다’라고 하고 있다.

• 가) ‘청구인의 경우 담당하는 영업사원이 내부적인 비용 및 에누리 문제로 인해 거래처별로 전산등록 하여야 하나 판매 후 하나의 거래처로 전산입력 후 세금계산서 발행 시에는 거래처들의 실거래금액으로 발행하여 차이가 발생하였다’라고 하고,
• 나) ‘2005년 제2기에도 거래처코드가 두 군데로서 다른 코드로 세금계산서 3,363천원이 발행되어 있다’라고 하고 있으며,
• 다) ‘청구인과 거래내역 확인에 있어서 거래장부와 기타 매출자료 및 수금자료를 제출하여야 하나, 당사는 회사의 영업정책상 상기 거래처를 조직의 이동과 담당사원의 변경이 여러 번 발생하고 거래를 증명할 장부 및 서류를 분실하여 제출할 수 없다.’라고 기재되어 있다.

4. 청구인은 실 매출처 및 그 매출처와의 거래를 입증할 객관적이고 구체적인 증빙서류를 제출한 사실은 전혀 없다. 5) 이상의 사실관계를 종합해 보면, 청구인은 쟁점매입세금계산서와 쟁점매출액은 사실과 부합한 거래이므로 부가가치세를 과세한 것이 부당하다고 하고 있으나, 청구외법인의 유통과정 추적조사 결과 후에서야 제출한 매출대비 세금계산서 신고금액 차이에 대한 소명확인서로는 거래내역 전체가 확인되지 아니할 뿐만 아니라, 거래를 입증할 만한 구체적이고 객관적인 금융자료 및 증빙서류를 제출하지 아니 하고 있는 이 건을 실제로 물품을 매입한 것으로 볼 수 있는 사실에 부합하는 거래라 할 수 없고, 또한, 쟁점매입금액에 대해서는 관련매출이 누락된 거래로 판단되므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 쟁점매출액으로 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.