기부채납재산에 대한 과세표준계산시 부가가치세가 포함되어 있는 지 여부

○○세무서장이 2007.5.14 청구법인에게 고지한 2002년 제2기분 부가가치세 61,785,540원은 청구법인이 ○○시에 제출한 기부채납원의 가액 2,059,521,330원에서 기부채납재산 건설에 따른 부가가치세 매입세액 185,535,130원을 공제하여 경정합니다.

청구법인은 1999.9.16 ○○시로부터 사회간접자본시설에 대한 민간투자법에 의거 민자유치사업자로 지정되어, ○○시 ○○구 ○○동 *-번지 소재 민자유치 주차장(이하 “쟁점주차장” 이라한다)을 2002.8.28 완공하여 ○○시에 기부채납가액을 2,059,521,330원(이하 “쟁점금액” 이라한다)으로 하여 기부채납 하고, 관련 부가가치세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 2002.8.30 ○○시에 제출한 쟁점주차장의 기부채납건과 관련하여 기부채납원에 기록된 쟁점금액에 대하여 영세율 세금계산서 미발행에 따른 가산세 등을 징수하도록 한 감사원의 시정요구에 따라, 청구법인 이 당초 신고한 과세표준 601,672,724원에 쟁점금액을 추가한 2,661,194,054원을 과세표준으로 하여 세금계산서합계표 불성실가산세및 영세율과세표준 신 고불성실가산세를 2007.5.14 청구법인에게 2002년 제2기 부가가치세 61,785,540원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007. 8. 2 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인이 쟁점주차장을 ○○시에 기부채납하면서 기재한 쟁점금액에는 쟁점주차장 건설에 따른 부가가치세 185,535,130원(이하 “쟁점세액” 이라한다)이 포함되어있으니 쟁점금액에서 쟁점세액을 차감한 금액으로 하여 당초 처분을 경정하여야 한다.

청구법인은 쟁점주차장을 ○○시에 기부채납하고 제출한 기부채납원에 공사비를 쟁점금액으로 기재한 사실이 있고, 감사원 시정요구사항에서도 청구법인의 기부채납 재산가액이 쟁점금액으로 기재된 사실이 있으므로, 쟁점금액을 공급가액으로 보아 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 기부채납재산에 대한 과세표준계산시 부가가치세가 포함되어 있는 지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.(이하 생략) 2) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라한다)으로 한다 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 (이하생략) 4) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. (2004.12.31개정 이전의 것) 1.～ 3. (중략) 3의 2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호 의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동시설의 건설용역 (2004.12.31개정 이전의 것) (이하생략)

• 다. 사실관계 처분청은 쟁점주차장의 기부채납가액을 청구법인이 ○○시에 제출한 기부채납원에 기재된 쟁점금액이라고 주장하는 반면, 청구법인은 쟁점금액에 쟁점주차장 건설에 따른 부가가치세 매입세액인 쟁점세액이 포함되어 있으니 이를 차감한 금액이라는 주장인 바, 이를 살펴본다.

1. 청구법인이 2002. 8.28 ○○시에 보낸 공문에 의해 쟁점주차장을 기부채납한 사실과 쟁점주차장의 공사비내역서등에 의하여 쟁점금액에 쟁점세액이 포함된 사실이 확인된다.

2. 쟁점세액은 청구법인이 2001년 제1기분 ～ 2002년 제2기분 부가가치세를 신고하면서 쟁점주차장 공사시 지급한 건축비 및 설계비등을 지급하고 수취한 매입세금계산서임이 매입처별세금계산서합계표에 의하여 확인이 되고, 각 해당기에 쟁점세액을 매입세액으로 공제받았음이 부가가치세 신고서에 의하여 확인된다.

3. 감사원에서 “기부채납 재산에 대한 부가가치세 부족징수결정”이라는 제목으로 2007.4.23 서울지방국세청에감사원 시정요구사항을 통보하였음이 확인된다.

• 라. 판단 쟁점세액은 위 사실관계에서 살펴 보았듯이 청구법인이 쟁점주차장 공사를 할 당시, 건축비 및 설계비등을 지급하고 공제받은 매입세액으로써 공사원가에 포함될 성질이 전혀 아님에도 청구법인이 착오로 쟁점세액을 공사원가로 보아 기부채납가액에 포함하여 ○○시에 기부채납한 사실이 확인된다. 기부채납 시설물 설치용역을 제공한 대가로 그 무상사용권을 취득한 것이라면, 이는 금전이외의 대가를 받은 경우에 해당하여 재화 또는 용역의 시가인 공사비총액을 부가가치세의 과세표준으로 삼아야 하고, 다른 특별한 사정이 없는 한, 여기에 부가가치세가 이미 포함되어 있는 것으로 볼 수는 없다(같은 뜻: 대법 90누 9247, 91.8.27) 따라서 기부채납재산의 부가가치세 과세표준 계산시 부가가치세는 제외하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유가 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.