선의의 거래당사자로 보아 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2006.10.1. 청구인에게 한 2004년 제1기분 부가가치세 6,490,610 원 2004년 제2기분 부가가치세 1,232,830원, 2005년 제1기분 부가가치세 1,781,420 원은, 2004년 제1기부터 2005년 제1기까지 기간 동안

○○ 주식회사로부 터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○영업소라는 상호로 2002.8.27. 개업하여 운송대행 서비스업을 운영하는 개인사업자로서, 청구 외

○○㈜(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 2004년 제1기 공급가액 48,200천원 2004년 제2기 공급가액9,600천원 및 2005년 제1기 공급가액 14,400천원 합계 72,200천원의 매 입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액을 공제받았다. 처분청은 의정부세무서로부터 쟁점세금계산서가 위장가공거래라는 과세자료를 통보받아 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 해당 매입세액을 불공제하여 2006.10.1. 청구인에게 부가가치세 2004년 제1기분 6,490,610원, 2004년 제2기분 1,232,830원, 2005년 제1기분 1,781,420원 합계 9,504,870원을 경정․고지하였다. 이에 청구인은 2007.1.19. 이의신청을 거쳐 2007.5.18. 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점거래처와 운송용역계약을 체결하고 계약조건에 따라 차량 2대의 운송용역을 제공받고 정당하게 운송요금을 지급하고 세금계산서를 교부 받았으며, 이의신청 결정서에 의하면 실제로 운수회사에서 파견된 기사 또는 차주에게 세금계산서 발행분대로 비용이 지급되었음을 인정해 주었으나, 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 부가가치세 매입세액 공제를 인정하지 않았다. 그러나 운수회사들끼리 차량을 팔아넘기고 하여 쟁점거래처가 지입회사인지도 모르는 상태에서 거래를 하였으므로 매입세액을 불공제한 이 건 부과처분은 부당하다.

쟁점거래처는 운송주선업자로서 지입차량을 관리하고 지입료를 주된 수입으로 하는 업체로서 지입차주로부터 영수한 지입료에 대해서만 세금계산서를 발행해야 함에도 불구하고 지입차주의 매출분에 대하여 세금계산서를 교부하여

○○ 세무서로부터 자료상으로 고발된 업체이며, 쟁점 운송용역에 대해서도 실제 (미등록)운송업자인 청구외 ○○와 ○○(이하 “○○”, “○○”이라 한다)을 대신하여 청구인에게 매출세금계산서를 교부하였는바, 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하기에 관련 매입세액을 불공제하여 경정․고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인을 선의의 거래당사자로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

② 삭제<1994.12.22>

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.

④ 대통령령이 정하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니할 수 있다.

⑤ 제1항 및 제3항외에 세금계산서의 작성·교부에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.<개정 1994.12.22> 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 1995.12.29>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세 액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하생략) 3) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (중간생략)

③ 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

4. 국심2005서391, 2005.04.28 쟁점 매입세금계산서 그 자체는 공급자가 사실과 달라 정당한 세금계산서에 해당하지 아니하나, 청구인이 선의의 거래당사자에 해당되므로 당해 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다(국심2001중2576, 2002.1.30. 같은뜻)

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2002.8.27. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○영업소라는 상호로 운송대행 서비스업을 개업하였으며, 쟁점거래처에 차량을 지입한 ○○와 ○○에게 운송료를 지급하고 세금계산서는 쟁점거래처로부터 교부받은 사실에 대하여는 다툼이 없고,

○○는 2004. 1월～6월 기간 위탁배송료 24,100천원을, 2004.11월～12월 기간 4,800천원, 2005. 4월～6월 기간 7,200천원을 수령하였다고 확인서를 작성하였고, ○○ 또한, 같은 기간 같은 금액의 운송료를 지급 받았다는 확인서를 작성하였는바, 처분청도 실지거래처인 ○○와 ○○이 운송료를 수수하였음을 인정하고 있다.

2. 운송업자인 ○○와 ○○은 부가가치세 미등록사업자임이 국세통합전산망 등에 의하여 확인되고, 청구인의 실지거래처는 ○○와 ○○이나 매입세금계산서는 쟁점거래처로부터 수취하였음이 청구주장 및 처분청 이의신청결정서 등에 의하여 확인된다.

3. 쟁점거래처에 대한 ○○세무서 자료상조사 종결복명서(2006. 3월)에 의하면,

• 가) 2002.1.24. 개업한 쟁점거래처의 상호는 (주)○○라는 상호로 화물운송업으로 개업한 후, 2002.11.1. ○○(주)로 변경하였고, 2004.10.18. 쟁점거래처 상호인 ○○(주) 변경하였으며, 지입차를 관리해주는 회사로서 법인 명의로 등록된 차량은 116대라고 기록하고 있고, 2004.8.12. 자료상으로 고발된 사실이 있다.(2004년 제1기 예정신고분까지)
• 나) 쟁점거래처는 지입차량을 관리하는 업체이나 지입차량의 거래에 대한 세금계산서를 쟁점거래처 명의로 발행하였음

4. 청구인은 2002년(일자 미상) △△(주)와 운송업무계약을 체결하였는데, 청구인의 상호는 ○○영업소이며, 주된 계약내용은 △△(주)가 청구인이 요구하는 운송업무 제공한다는 것이고, 2004. 10월에 작성된 쟁점거래처와의 ‘차량운 송 용역계약서’의 주된 내용은 ‘청구인의 관련 제품을 책임 배송하여야 한다.’는 것이다.

5. ○○는 △△(주)와 ○○92아0000에 대한 위탁관리계약을 체결한(계약일자 미상) 후, 다시 쟁점거래처와 ‘일반구역화물자동차 운송사업의 관리를 위탁’하는 위탁관리계약서를 작성하였고(계약일자 미상),

○○ 또한, △△(주)와 ○○91아0000에 대한 위탁관리계약을 체결한(계약일자 미상) 후, 다시 쟁점거래처와 ‘일반구역화물자동차 운송사업의 관리를 위탁’하는 위탁관리계약서를 작성하였다.(계약일자 미상)

6. 청구인이 제시한 ○○91아0000에 대한 자동차등록원부(갑)을 보면, 동 차량은 1999.9.30. △△(주)로 등록된 후, 2004.10.29. 쟁점거래처인 ○○(주)로 명의가 변경되었고, ○○91아0000는 2002.12.26. (주)△△로 등록된 후, 2004. 10.29. 쟁점거래처인 ○○(주)로 명의가 변경되었다.

위 사실관계를 종합해 보면, 청구인은 2002년도에 화물운수업체로 등록된 쟁점거래처와 운송용역계약을 체결하였고, 쟁점거래처는 ○○와 ○○의 소유 차량을 지입 받는 등 쟁점거래처 명의로 등록된 차량 116대를 관리하는 회사로서, 청구인이 쟁점거래처에 화물 운송을 의뢰하면 쟁점거래처 지입차주인 ○○와 ○○이 청구인에게 운송용역을 제공하고 대금을 수수한 것으로 확인된다. 이러한 상황에서 거래당사자로서 청구인이 거래상대방과 세금계산서 발행자가 일치하는지를 확인하기 위해서는 차량등록원부와 사업자등록증이 주된 참고자료가 될 것인바, 운송차량의 등록원부에 쟁점거래처 명의로 등록되어 있고, ○○와 ○○이 가져다 준 세금계산서가 쟁점거래처 발행분임을 감안할 때, 청구인으로서는 쟁점거래처를 진정한 거래상대방으로 인식할 가능성이 다분히 있으므로 청구인이 쟁점세금계산서가 위장이라는 사실을 알고 수취했다고 보기는 어려울 것이다. 따라서 쟁점 매입세금계산서 그 자체는 공급자가 사실과 달라 정당한 세금계산서에 해당하지 아니하나, 청구인이 선의의 거래당사자에 해당되므로 당해 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.(국심2001중2576, 2002.1.30. 같은뜻)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.