토지관련 비용의 부가가치세 매입세액 공제 해당 여부

○○세무서장이 2007.1.11. 청구법인에게 경정․고지한 2006년 제2기분 부가가치세 21,002,700원은, 2006년 제2기 중 주식회사 ○○로부터 교부받은 세금계산서 공급가액에서 배수공사 53,216,492원, 구조물공사 96,838,624원 합계 150,055,116원은 부가가치세가 공제되는 매입금액으로 하여 이를 경정합니다. 나머지 청구는 심리결과 이유 없으므로 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○동 ○○ 번지(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 소매 주유소업을 영위하는 법인으로서 2006.3.8. 청구외 (주)

○○ (이하 “건설회사”라 한다)에게 쟁점사업장 신축공사를 도급 주어 2006년 제2기에 공급가액 388백만원의 매입세금계산서를 수취하였고, 같은 과세기간 (주)○○설계(이하 “설계회사”라 한다)로부터 공급가액 20백만원의 매입세금계산서를 수취하여 각각 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인 조사결과, 건설회사로부터 수취한 세금계산서 공급가액 중 토공사 25,576천원, 배수공사 53,216천원, 구조물공사 96,838천원 합계 175,630천원 및 설계회사로부터 수취한 세금계산서 공급가액 중 12,530천원 전체 합계 188,160천원(이하 “쟁점공사비”라 한다)을 토지관련 매입금액으로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하여 2007.1.11. 청구법인에게 2006년 제2기분 부가가치세 21,002,700원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.4.4. 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점공사비는 주유소 신축을 위하여 일괄적으로 지급된 신축 공사비이므로 토지에 대한 자본적 지출로 볼 수 없으며, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 의 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성과 같이 토지만을 사용할 목적으로 지출한 것이 아니고, 일괄도급 공사계약서에서 보듯이 주유소 신축을 목적으로 한 필수적인 공사비이다. 주유소는 건축법, 소방기본법 등 법에서 정한 위험물 저장 및 처리시설을 갖추어야 하며, 지하에 매설․설치된 모든 위험물 저장 및 처리시설을 보호하기 위하여 지반침하 및 붕괴방지, 기타 재해를 방지하기 위하여 설계도면에 따라 기초보강공사(배수로공사 등) 및 보강옹벽공사 등 구조물공사를 조금도 하자 없이 설치함이 주유소 신축의 절대적인 요건이다. 따라서 배수공사비와 구조물공사비는 위험물 저장 및 처리시설을 보호하기 위한 지반침하와 붕괴방지를 위한 법정시설이며, 설계용역에 대한 매입금액도 주유소를 신축하기 위하여 필요한 비용이고, 법인세법 시행규칙 별표 5(건축물등의 기준내용연수 및 내용연수 범위표)의 2 구축물에는 하수도, 포장도로, 방벽, 도크, 터널, 교량 등 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다고 명시하고 있고, 이에 따라 청구법인은 쟁점공사비를 건물 및 구축물로 회계처리 하였으며, “토지의 조성을 위한 자본적 지출” 또는 “토지만을 사용하기 위한 지출”이 아니므로 매입세액을 불공제한 부과처분은 부당하다.

법인세법상 자본적 지출이 아니므로 당연히 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있으나, 2006.9.19. 임야(경사지)에서 주유소 용지로 지목변경 되었으 며, 용지를 조성하기 위하여 옹벽공사 등의 토공사 비용이 지출되었으므로 이를 토지관련 자본적 지출로 보아 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점공사비를 토지 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 금액으로 보아 해 당 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

1. 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29. 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. (중간생략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31. 개정) (이하생략) 2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】 (중간생략)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. (2002. 12. 30. 개정)

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30. 개정)

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30. 개정)

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30. 개정) (이하생략) 3) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】 (2003. 12. 30. 제목개정)

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. (2003. 12. 30. 개정)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (1994. 12. 22. 개정)

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 (이하생략)

4. 대법2004두39, 2004.03.25. 토공사비가 단순히 저지대를 메우기 위한 공사가 아닌 도로나 주차장 등 구축물이나 건물의 설치가 가능하도록 하기 위하여 필수적으로 수반되는 기반을 조성하는 기초공사의 일환으로 보이므로 토지에 대한 자본적 지출이 아닌 구축물의 취득원가에 포함되는 것으로 매입세액공제대상인 사례

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○읍○○리 ○○번지(형질변경 후 ○○ 번지로 변경)에서 석유류 소매업과 부동산 임대업을 사업목적으로 하여 2006.8.1.을 개업일로 한 사업자등록증을 2006.3.14. 교부받았으며, 2006.9.13. 석유판매업(주유소) 등록을 하였음이 ○○시 공문(건축과-20374)과 석유판매업(주유소)등록증 및 국세청 전산조회에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 쟁점사업장 소재 주유소 용지 1,460 ㎡ 지상에 주유소 신축공사를 하였는바, 2006.3.8. 건설회사에게 공 사금액 965,000천원에 도급을 주었으며, 2006.3.8～2006.10.9. 기간 동안 공사하여 2006.9.13. ○○시로부터 건축물사용승인을 받았다.

3. ○○시장은 청구법인의 사업장 임야 1,460㎡에 대하여 복구준공 통보(○○시 산림농지과-17082, 2006.9.13)를 하였으며, 허가면적과 준공면적은 주유소 용지 1,460㎡로 동일하고, ○○시장의 건축허가서(2005.9.14)에 의하면 허가일자는 2005.1.4.이며 건축물 면적 534.56㎡, 연면적 951.35㎡이다.

4. 처분청의 부가가치세 환급 현지확인 종결보고서에 의하면, 청구법인은 주유소 신축공사를 하면서 2006.3.8. 건설회사에게 공사금액 965,000천원에 도급을 주었으며, 도급한 토공사 금액 270,394,165원 중 포장공사 90,868,081원, 불록담장공사 3,894,176원을 제외한 절토작업, 배수로작업, 옹벽공 사는 모두 토지의 가치를 증대시키는 토지관련 매입세액으로 보아 불공제 처 리하고, 설계회사와의 거래금액 20,000천원 중 도로산지전용설계변경, 산지적지복구설계비 12,530,682원을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제 처리하였다.

5. 쟁점사업장 건축에 대한 도급계약서는 2006.9.7. 한 차례 증액 변경되어 965백만원(당초 910백만원)이 되었으며, 그 중 토공사 금액은 270,394,165원이 고, 공사기간은 당초보다 한 달 연장되어 2006.3.8～2006.10.9. 이 되었고, 토공사의 내용은 다음 표와 같다. 공 사 내 용 도 급 금 액 비 고 토공사 금액 270,391,165 불공제금액 합계 175,631천원 (토공) (25,576,792) 전액불공제: 절토 2,439천원, 성토및다짐 14,798천원, 잡석다짐 8,338천원 (배수공) (53,216,492) 전액불공제: 홈관매설 41,213천원, 우수 받이 2,525천원, 맨홀 9,477천원 (포장공) (90,868,081) 전액공제 (구조물공) (100,732,800) 불공제: 보강토옹벽 51,878천원, 건사 15,000천원, 역L형옹벽 29,960천원 공제: 블록담장 3,894천원 대지측량설계비 20,000,000 불공제: 도로점용설계 6,181천원, 산지전 용설계 5,349천원, 산지적지복구설계 1,000천원

6. 공급가액 20,000천원의 세금계산서가 발행된 설계용역에 대한 견적서를 보면, 설계회사는 도로점용설계변경 6,181천원, 산지전용설계변경 5,349천원, 산지적지복구설계 1,000천원, 교통영향평가 25,000천원 합계 37,530천원이나 ‘계약액을 20,000천원으로 하고 부가가치세 2,000천원으로 처리하면 좋겠다.’는 견적서를 청구법인에게 제출하였으며, 처분청은 견적서에 나타난 용역에서 교통영향평가 용역가액 25,000천원을 제외한 전체 금 액을 불공제되는 매입금액으로 조사하였음이 처분청의 조사복명서와 청구법인이 제출한 견적서에 의하여 확인된다. 따라서 견적서에 나타난 용역의 합계는 37,530천원이나 세금계산서는 공 급 가액은 20,000천원으로 발행되어 설계 종류별 구분가액은 명확하지 않아 보인

• 다. 7) 청구법인은 공사비 965백만원과 설계 및 감리비 178백만원의 합계 1,143백만원을 건설가계정으로 계상하였다가 2006년 사업연도말 건물 771,232천원, 구축물 371,768천원으로 전기하였음이 계정별원장에 의하여 확인되며, 토지가액은 2,274,477천원이다. 8) 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 은 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 및 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등을 규정하고 있고, 사업자의 시설 신축 관련 지출이 토지와 다른 별도 자산인 구축물(도로배수시설옹벽) 등에 대한 자본적 지출인지 여부는 개별적으로 사실판단에 의하는 것인바, 처분청이 매입세액을 불공제한 매입금액 중 어떤 공사금액이 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출에 해당하는지에 대하여 살펴본다.
• 가) 먼저, 청구법인이 토지에 대한 자본적 지출로 인정한 토공사금액 25,576천원(절토 2,439천원, 성토 및 다짐 14,798천원, 잡석다짐 8,338천원)은 건물 또 는 구축물에 대한 자본적 지출로 보기 보다는 도로와의 표고를 일치시킴으로서 토지의 가치를 직접적이고 현실적으로 증가시킨 토지 조성에 관련된 지출로 보는 것이 타당하다 할 것이고,
• 나) 배수공사 53,216천원, 구조물공사 96,838천원은, 쟁점사업장 위치 특성상 일부에는 도로와의 표고차를 일치시키기 위하 여 절토가 필요하고, 다른 부분에는 성토와 다짐이 필요하며, 경사면에는 옹벽을 설치해야 하는 곳에 위치하고, 관련 법령상 석유류 등 위험물은 지하에 저장하는 장치가 필요하며, 위험물 관리에 따른 견고한 배수시설이 요구되고 있는바, 건물 및 구축물 건축을 위한 공사가 설계되지 않았다면 이 사건 공사 중 배수공사와 구조물공사를 하지 않았을 것이며, 도로나 주차장 등 구축물이나 건물의 설치가 가능하도록 하기 위하여 필수적으로 수반되는 기반을 조성하는 기초공사의 일환이라고 봄이 상당하다고(대법2004두39, 2004.03.25. 같은 뜻) 할 것이므로 부가가치세가 공제되는 매입세액으로 보는 것이 타당하고,
• 다) 도로점용설계 6,181천원, 산지전용설계 5,349천원, 산지적지복구설계 1,000천원에 대하여 살펴보면, 처분청은 견적서 합계금액 중 가장 큰 부분을 차지하는 교통영향평가 용역을 제외한 기타 설계용역에 해당하는 금액을 매입세액이 불공제되는 용역가액으로 조사하였는바, 처분청은 교통영향평가 용역은 사실판단에 따라 건물 등 신축에 관련된 지출로 구분하고, 도로점용설계변경, 산지전용설계변경, 산지적지복구설계 대한 용역가액은 토지의 형질을 변경시켜 토지가액을 직접적으로 증가시키는 것으로 구분하여 매입세액을 불공제한 것으로 보이는데, 처분청의 그러한 조사결과는 실지조사에 의한 것이며 관련법령의 입법취지에 위배된다고 볼 수 없으므로 당초 부과처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1 항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.