쟁점거래를 선의의 거래로 보아 부가가치세 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

1. ◯◯세무서장이 2006.12.11. 청구법인에게 한 2002년 제2기분 부가가치세 1,516,610원, 2003년 제1기분 부가가치세 9,055,900원, 2003년 제2기분 부가가치세 5,825,280원, 2002년 사업연도 법인세 151,420원, 2003년 사업연도 법인세 1,806,970원의 경정처분은, 2003년 제1기와 2003년 제2기 중 주식회사 XXXX으로부터 교부받은 세금계산서상의 매입세액 합계 8,811,430원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정하고, 같은 기간 주식회사 XXXX으로부터 매입한 금액 합 계 88,114,300원에 대한 증빙미수취가산세 적용을 배제하여 2003년 사업연도 법인세를 경정하고,

2. 나머지 청구는 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 경기도 ◯◯시 XX동 1289 번지에서 자동차 부품 등을 열처리하는 법인사업자로서, 청구외 ◯◯◯◯ 주식회사 (이하 “쟁점거래처1”이라 한다)로부터 2002년 제2기 공급가액 7,571천원, 2003년 제1기 공급가액 2,324천원의 매입세금계산서(이하 쟁점거래처1로부터 수취한 세금계산서를 “쟁점세금계산서1”이라 한다)를 수취하였으며, 청구외 주식회사 XXXX(이하 “쟁점거래처2” 이라 한다)로부터 2003년 제1기 공급가액 51,984천원, 2003년 제2기 공급가액 36,130천원의 매입세금계산서(이하 쟁점거래처2로부터 수취한 세금계산서를 “쟁점세금계산서2”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하였다. 처분청은 쟁점세금계산서1,2가 가공자료라는 사실을 통보받고 검토한 결과, 위장매입으로 확인하고 매입세액 공제를 부인하여 2006.12.11. 청구법인에게 부가가치세 2002년 제2기 1,516,610원, 2003년 제1기 9,055,900원, 2003년 제2기 5,825,280원을 경정 ․ 고지하는 한편, 2002.1.1～12.31. 사업연도(이하 “2002 사업연도”라 한다) 증빙불비가산세 관련 법인세 151,420원, 2003 사업연도 1,806,970원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.1.30. 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점거래처1과 최초 거래시 사업자등록증 사본, 명함, 실무자(청구외 정◯◯ 차장, 조◯◯)의 확인을 거쳐 거래를 개시하였고, 운송용역의 대금결제는 매월 말일 마감하여, 익월 말일 쟁점거래처1의 입금표를 받고 지정한 예금통장 계좌(◯◯은행 조◯◯ XXX-XX-XXXX -XXX)에 송금하였으며, 쟁점거래처2와의 거래는 사업자등록증 사본, 화물자동차 운송사업등록증 사본, 소속차량 자동차등록증, 보험영수증 등의 공부상 확인을 거쳐 1999년 9월 이후 화물운송 용역계약을 체결하고 쟁점세금계산서가 발행된 시기까지 거래하였으며, 운송비를 지입차주에게 직접 송금하게 된 이유는 쟁점거래처2와 지입차주 사이에 운송비 지연 지급 등 분쟁이 발생하여 청구법인의 입장에서는 제품을 적기에 운송하여야 하기 때문에 쟁점거래처2가 요청한 지입료와 보험료 및 부가가치세 상당액을 공제하고 지입차주에게 직접 송금하였다. 따라서 운반을 맡았던 지입차들을 쟁점거래처1,2의 지입차로 알고 실제로 거래한 정상거래이며, 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당되므로 이 건 부과처분은 부당하다.

청구법인은 쟁점세금계산서1,2와 관련된 거래에 대하여 실제 거래를 한 선의의 거래당사자로 처분의 취소를 주장하나, 청구법인이 제시한 입금내역 등을 보면 쟁점거래처1과의 거래는 청구외 조◯◯(이하 “조◯◯”이라 한다)에게 입금되었으며, 쟁점거래처2와의 거래는 쟁점거래처2 소속 지입차주인 청구외 박◯◯, 경◯◯, 박XX, 김XX(이하 “박◯◯, 경◯◯, 박XX, 김XX”이라 하고, 함께 지칭할 때는 “박◯◯ 등”이라 한다)로 확인되므로 청구법인이 쟁점거래처1,2의 소속차량으로 알고 거래하였다는 주장은 신빙성이 없으며, 선의의 거래당사자로 보기 어려우므로 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서1,2를 선의의 거래로 보아 부가가치세 매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 개정) (2) 부가가치세법 제21조 【경 정】

① 사업장 관할세무서장사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. (1995.12.29 개정)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (1994. 12. 22 개정)

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 (이하생략)

(3) 국심2005서391, 2005.04.28 쟁점 매입세금계산서 그 자체는 공급자가 사실과 달라 정당한 세금계산서에 해당하지 아니하나, 청구인이 선의의 거래당사자에 해당되므로 당해 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다(국심2001중2576, 2002.1.30. 같은뜻).

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구법인이 쟁점거래처1,2로부터 쟁점세금계산서1,2를 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제받은 사실에 대해서는 상호간에 다툼이 없으며, 청구법인은 쟁점거래처1,2를 정당한 거래 상대방으로 알고 거래하였으므로 선의의 거래당사자라고 주장하고 있고, 처분청은 선의의 거래당사자로 인정할 수 없다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 살펴본다. 2) 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서1에 대한 입증자료로 제출한 무통장 입금증을 확인한 결과 실거래자가 조◯◯(◯◯◯◯화물, XXX-XX-XXXXX)이라는 사실을 확인하였고, 쟁점세금계산서2에 대한 대금지급 증빙인 통장사본을 확인한 결과, 실거래자 를 쟁점거래처2에 소속된 박XX, 경◯◯, 박◯◯, 김XX으로 확인하 여, 실지 거래자에게 과세자료를 발생시키고 청구법인에게는 부가가치세 매입세액을 불공제하였음이 처분청의 과세자료 처리복명서(2006.7.)에 의하여 확인된다. 3) 쟁점세금계산서1의 실거래처로 조사된 조◯◯은 2000.4.1. ◯◯◯◯화물이라는 상호의 택배 써비스업을 개업하였으며, 청구법인으로부터 2002.7.23～2002.12.30. 기간 동안 6회에 걸쳐 합계 8,329,183원을 인터넷 송금받았고, 2003.2.6.과 2003.3.4. 2회 합계 2,457,400원을 송금받았음이 XX은행 인터넷뱅킹 계좌이체 결과조회에 의하여 확인되며, 동 입금액을 공급가액으로 환산하면 쟁점세금계산서1의 금액과 일치한다. 청구법인은 쟁점세금계산서1에 대한 입증자료로 제출한 “월별 운송비 내역서”와 배달전표 사본을 보면, 배달전표는 XX택배 정기화물(XXXX-XXXX)의 것으로서 쟁점거래처1은 물론 ◯◯◯◯화물의 전표가 아니다. 4) 청구법인은 2003년 제2기 중 쟁점거래처2와의 운반지입계약에 의하여 열처리한 제품을 운반하게 하였으며, 쟁점거래처2의 요청에 의하여 쟁점거래처2, 박XX 등에게 다음 <표1>과 같이 운반비를 송금한 사실이 있다고 거래사실 확인서를 작성하였고, 박XX 등에게 직접 송금한 이유는 쟁점거래처2를 통하여 운송비를 지급하게 되면 운송비를 지연하여 지급하는 등 분쟁이 있으므로 직접 송금하였다고 주장하고 있는바, <표1> (단위: 천원) 총지급액 쟁점거래처2 박XX 경◯◯ 박◯◯ 김XX 송금계 차이 96,926 20,789 21,013 26,225 22,471 6,332 96,830 96 위 <표1>의 차이 금액 96천원은 식대공제액이며, 총지급액 96,926천원은 쟁점세금계산서2의 공급대가이고, 위 금원들을 입금자들의 예금통장 계좌에 각각 송금하였으며, 쟁점거래처2에 송금한 20,789천원은 쟁점거래처의 요청으로 공제한 지입료와 보험료 및 부가가치세 상당액의 합계이다. 5) 처분청은 위와 같은 거래사실 확인서 내용에 대하여 다음 <표2 >와 같이 쟁점세 금계산서2의 공급가액을 실거래자별로 구분하였으며, 구분된 지급액은 위 <표 1>의 금액에 지입료와 보험료 등을 합계한 금액과 일치한다. <표2> (단위: 천원) 구 분 공급가액 박XX 경◯◯ 박◯◯ 김XX 비 고 계 88,114 25,196 29,538 25,590 7,790 제1기 51,984 15,076 17,981 15,470 3,457 제2기 36,130 10,120 11,557 10,120 4,333 6) 쟁점거래처2는 2003. 1월부터 같은 해 11월까지 매월 “(월분)지입료, 보험료에 관한 건”이라는 제목의 문서를 청구법인에게 발송하였으며, 동 문서는 박◯◯, 경◯◯, 박XX의 소유 차량의 지입료와 보험료를 정산하여 줄 것을 내용으로 하고 있는바 이를 보면,
• 가) 박XX 등의 소유차량은 XX89바XXXX, XXXX, XXXX이며, 인별로 정산할 금액을 기재하고 있으며,
• 나) 자동차등록원부(갑)을 보면, XX89바XXXX는 2002.10.15. 쟁점거래처2의 상호로 등록되었으며, “위 차량은 박◯◯이 현물출자한 위수탁 차량임.”이라는 등록원부특기사항을 기록하고 있으며, XX89바XXXX는 제작 년도가 2002.1.9.인데 등록은 2005.2.3. 다른 법인의 상호로 등록되었으며, “위 차량은 경◯◯가 현물출자한 위수탁 차량임.”이라는 등록원부특기사항을 기록하고 있고, 청구법인이 박XX의 지입차량이라고 주장하는 XX86나XXXX은 2000.10.11. 쟁점거래처2의 상호로 등록되어 있다. 7) 청구법인은 2003년도 월별 운반 지입료 지급내역을 제시하고 있는데, 박XX의 소유차량은 XX86나XXX 마이티이며, 경◯◯ 소유차량은 XX89바XXXX 카고트력이고, 박◯◯ 소유차량은XX89바XXXX 라이노로서, 월별 운반 지입료와 부가가치세의 합계액을 기록하고 있다. 8) 위 사실관계를 종합하여 쟁점세금계산서1과 쟁점세금계산서2의 거래에 있어 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지에 대하여 살펴보면,
• 가) 쟁점세금계산서1의 거래 당시 조◯◯은 ◯◯◯◯화물이라는 상호의 택배 서비스업을 영위하고 있었고, 배달전표 또한 이 건 거래와 관련이 없는 XX택배의 것으로서 청구법인이 거래당사자로서의 주의 의무를 다하였다면 정상적인 세금계산서가 아니라는 사실을 알 수 있었을 것으로 보이고,
• 나) 쟁점세금계산서2와 관련된 거래는, 처분청은 쟁점거래처2가 자료상이고 운반비를 송금받은 자가 박◯◯ 등이라는 이유로 실지 거래처를 박◯◯ 등으로 보았으나, 자동차등록원부에 쟁점거래처2를 차량 소유자로 등록하고 박◯◯과 경◯◯가 위탁한 차량이라고 특기사항을 기록하고 있는 점, 쟁점거래처2가 2003년 매월 “(월분)지입료, 보험료에 관한 건”이라는 제목의 문서를 청구법인에게 발송하였다는 점, 쟁점거래처2와 지입차주들 사이에 운반비 지연 지급 등으로 분쟁이 발생하여 청구법인으로서는 적기 운송을 위하여 운반비를 박◯◯ 등에게 직접 송금하게 되었다는 청구주장이 일응 타당한 것으로 인정되는 점, 처분청도 박◯◯ 등을 쟁점거래처2에 소속된 지입차주로 인정하고 있는 점 등으로 볼 때 청구법인은 쟁점세금계산서2를 정상적인 자료로 믿고 거래할 만한 상당한 소지가 있다고 보여 진다.
• 다) 따라서 쟁점세금계산서1은 청구법인이 거래 당시 거래 당사자로서의 주의 의무를 다하였다면 정상적인 세금계산서가 아니라는 사실을 알 수 있었을 것으로 보이므로 쟁점세금계산서1은 운송용역 제공자와 세금계산서 발행자가 달라 사실과 다른 세금계산서에 해당된다 할 것이며, 쟁점세금계산서2에 있어서는 청구법인이 쟁점거래처2를 정당한 거래 당사자로 믿을만한 소지가 상당히 있다 할 것이므로 청구법인을 선의의 거래당사자로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 공제하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.