검인계약서의 매매금액이 정당한지, 광고선전비를 토지매출과 관련한 매입세액으로 보아 매입세액불공제를 할 수 있는지 여부

1. ○○세무서장이 2006.5.1. 청구법인에게 한 2003년 제1기분 부가가치세 41,202,844원 및 2003년 제2기분 부가가치세 116,690,245원의 경정처분은 처분청이 토지매도관련 매입세액으로 보아 불공제한 2003년 제1기 매입세액 29,550천원, 2003년 제2기 매입세액 86,297천원, 합계 115,847천원에 대하여 토지매도관련 매입세액인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이를 경정합니다.

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 2001.5.31. ○○월드 주식회사(현: ◇◇시티 주식회사)라는 법인명으로 법인설립 및 사업자등록을 하였고, 2003.2.4. ○○시 ○○읍 ○○리 0000번지 소재 (구)○○미술관 부지(이하 “현 사업장”이라 한다)를 매입한 후 “○○ ◇◇시티”라는 종합휴양단지(숙박시설 및 휴양문화시설) 조성사업을 시행할 목적으로 2003.3.18. 법인소재지를 ○○특별시 ○○구 0000-00번지에서 현 사업장으로 이전하였다. 처분청은 청구법인에 대한 과세자료 처리시 청구법인이 2003.1.1.～2003.12.31. 사업연도(이하 “2003사업연도”라 한다)에 청구법인 소유인

○○ 도

○○ 군

○○ 동

○○ 산 00번지 외 2필지(동소 산 0-0, 동소 산 0) 임야 86,152㎡(이하 “전체임야”라 한다)를 양도하였음에도 2003사업연도 법인세신고시에 양도가액 207,280천원을 신고누락하였다는 사유로 2006.5.1. 양도가액 207,280천원을 익금산입하고 대표자에게 상여처분한 후 2003사업연도분 법인세 48,780,804원을 경정․고지하였고, 또한, 2003년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시에 청구법인이 토지매출관련 매입세액을 공제하였다는 사유로 2006.5.1. 2003년 제1기 매입세액 29,550천원, 2003년 제2기 매입세액 86,297천원, 합계 115,847천원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 불공제하여 2003년 제1기분 부가가치세 41,202,844원 및 2003년 제2기분 부가가치세 116,690,245원을 각각 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.8.30. 이의신청을 거쳐 2007.1.16. 심사청구를 하였다.

• 가. 전체임야 중 ○○도 ○○군 ○○동 ○○ 산 0번지 소재 임야 14,389㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)의 실제 양도가액은 74,080천원인데도 당초 매수자 청구 외 국○○(이하 “국○○”라 한다)가 검인계약서 작성시 사실과 다르게 작성한 양도가액 174,080천원을 처분청이 실제 양도가액으로 본 것은 부당하며,
• 나. 청구법인은 현 사업장에 건물 및 기타건물을 신축하여 복합리조트단지 개발사업을 하기 위해 투자자 모집을 의뢰한 대행사(

○○ 경제신문 외)에 광고 대행수수료(이하 “광고선전비”라 한다)를 지급하고, 개발사업을 추진하던 중 일부투자자들이 가압류, 가등기, 경매청구가 반복적으로 제기되어 정상적으로 개발사업을 추진할 수 없었을 뿐만 아니라 그 여파로 운영자금이 경색되어 영업활동이 매우 어려운 상황에서 관련 토지 일부가 임의경매 등으로 매각되었는바, 처분청이 이러한 사유로 당초 개발예정 초기시점의 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액이라 하여 불공제하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

• 가. 청구법인은 2003사업연도 쟁점임야의 실제 양도가액은 174,080천원이 아니라 74,080천원이라고 주장하나, 처분청은 청구법인에게 이에 대하여 소명요구 하였으나, 전혀 소명을 하지 않아 관할관청인 ○○군청으로부터 검인계약서 사본을 송부받아 쟁점임야의 양도가액이 174,080천원임을 확인한 후 이 건 과세처분을 한 것은 정당하다.
• 나. 또한, 청구법인은 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하여 과세한 이건 처분이 부당하다고 주장하나,

1. 청구법인의 2003사업연도 분양 수입금액이 1,505,000천원으로 신고되어 있으나, 이는 현 사업장 및 부속토지 매도(면세 매출)로서 쟁점매입세액은 현 사업장 및 부속토지 매출(면세매출)에 따른 매입세액이며, 또한, 현 사업장 및 부속토지 현지확인시에도 어떤 형태의 공사착수도 한 사실이 없는 것으로 확인되었으며, 2) 현 사업장 및 부속토지 대부분이 ○○재개발 영농조합법인(이하 ‘영농조합법인“이라 한다)에 소유권 이전된 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 쟁점임야의 실제 양도가액이 얼마인지 여부와

2. 쟁점매입세액을 불공제하는 것이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 2) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 때 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한 한다
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것 (이하생략) 3) 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 면제한다. 1.～11. (생 략)

(이하생략) 4) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하“납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하“매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하“환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.～3. (생 략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (이하생략) 5) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의범위】

① ～⑤ (생 략)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (이하생략)

6. ○○국제자유도시특별법 제62조 【사업시행예정자지정】

① 도지사는 개발사업 중 제37조의 규정에 의한 영향평가대상인 사업과 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 의 규정에 의한 도시관리계획변경이 선행되어야 하는 사업을 시행하고자 하는 자는 도조례가 정하는 바에 의하여 사업시행예정자로 지정할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 지정받은 사업시행예정자는 지정받은 날부터 2년 이내에 개발사업 시행승인을 얻어야 하며 시행승인을 얻지 아니하는 경우에는 사업시행예정자로 지정받은 날부터 2년이 되는 날의 다음날부터 사업시행예정자의 효력을 잃는다. 다만, 영향평가절차이행 등 부득이한 사유로 개발사업승인 기한연기가 불가피한 경우에는 1년의 범위 내에서 1회에 한하여 연기할 수 있다.

7. ○○국제자유도시특별법 제59조【개발사업의 시행승인 등】

① 개발사업을 시행하고자 하는 자는 도지사의 시행승인을 얻어야 한다. 다만, 개발사업의 시행자가 국가 또는 개발센타인 경우에는 도지사의 의견을 들어야 한다.

② ～⑤ (생 략)

⑥ 개발사업의 착수기한은 제1항의 규정에 의하여 개발사업의 시행승인을 얻은 날부터 2년 이내로 한다. 다만, 도지사는 사업착수기한의 연가가 불가피하다고 인정되는 경우에는 1년의 범위 내에서 1회에 한하여 사업착수 기한을 연기 할 수 있다.

⑦ 제1항의 규정에 의하여 개발사업의 시행승인을 얻은 날부터 제6항의 규정에 의한 사업착수기한 이내에 그 사업에 착수하지 아니하는 경우에는 사업착수기한이 만료되는 날의 다음날에 그 개발사업의 시행승인은 효력을 잃는다. 이 경우 도지사는 그 사실을 도조례가 정하는 바에 의하여 공고하여야 한다. 8) 부동산등기특별조치법 제3조 【계약서등의 검인에 대한 특례】

① 계약을 원인으로 소유권이전등기를 신청할 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계약서에 검인신청인을 표시하여 부동산의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되어 있는 시에 있어서는 구청장)․군수(이하“시장 등”이라 한다)또는 그 권한의 위임을 받은 자의 검인을 받아 관할등기소에 이를 제출하여야 한다.

4. 대금 및 그 지급일자 등 지급에 관한 사항 또는 평가액 및 그 차액의 정산에 관한 사항

5. 부동산중개업자가 있을 때에는 부동산중개업자

6. 계약의 조건이나 기한이 있을 때에는 그 조건 또는 기한

② 제1항의 경우에는 등기원인을 증명하는 서면이 집행력 있는 판결서 또는 판결과 같은 효력을 갖는 조서(이하 “판결서 등”이라 한다)인 때에는 판결서 등에 제1항의 검인을 받아 제출하여야 한다. (이하생략)

9. 부동산등기특별조치법에 따른 대법원규칙 제1조 【계약서 등의 검인에 대한 특례】

① 부동산등기특별조치법제3조의 규정에 의한 검인은 계약을 체결한 당사자 중 1인이나 그 위임을 받은 자, 계약서를 작성한 변호사와 법무사 및 중개업자가 신청할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구법인은 2001.5.31. 서비스/종합휴양업을 영위할 목적으로 법인설립 및 사업자등록을 하였고, 2003.2.4. 현 사업장 및 부속토지를 매입하여 2003.3.18. 법인소재지를 ○○ ○○구 0000-00번지에서 현 사업장으로 이전한 사실이 국세청 통합전산망에 나타난다. 나) 쟁점 1)과 관련하여

(1) 처분청 조사공무원의 자료처리 복명서를 보면, (가) 청구법인은 전체임야를 2002년 취득시에는 장부상 재고자산으로 반영하였으나, 2003년 양도시에는 양도금액을 장부상 반영하지 않았으며, (나) 전체임야의 관할관청인 ○○군청에 검인계약서 사본을 수집한 결과 검인계약서상 쟁점임야 거래가액은 174,080천원으로 확인된다.

(2) 청구법인은 검인계약서상 쟁점임야 거래가액이 174,080천원으로 기재된 것은 국○○가 기재한 것이고, 쟁점임야 실제 양도가액은 74,080천원이라고 주장하면서 청구법인의 ○○은행 보통예금 계정별 원장사본 및 ○○은행 유동성 거래내역 조회서를 제출하였으나, 쟁점임야 실제 양도가액이 청구인의 주장과 같이 74,080천원인지 여부는 확인되지 않으며, 또한, 쟁점임야의 등기부 등본을 제출하였으나, 쟁점임야를 2003.9.3. 청구외 이○○외 1인(표○○)에게 이전한 것으로 확인되나, 국○○가 청구법인의 당초 매수자인지 여부에 대하여는 알 수 없다. 다) 쟁점 2)와 관련하여

(1) 처분청 조사공무원의 자료처리 복명서를 보면, 청구법인의 2003사업연도 법인결산서 등을 검토한바, 당해연도 부가가치세 과세분 매출은 전혀 없으며, 또한 휴양시설공사가 없는 것으로 보아 단순히 부가가가치세 면제되는 재화(현 사업 장 및 부속토지 매도) 관련 매 입세액으로 판단되어 아래 표의 쟁점매입세액을 불공제한다는 내용인바, 청구법인이 지출한 광고선전비의 구체적인 내역(신문사 광고문 등)은 확인되지 않는다. ※ 처분청이 불공제한 쟁점매입세액 (단위: 천원) 과세기간 공급가액 매입세액 비고 2003년 제1기 295,509 29,550 신문사 광고비 2003년 제2기 862,979 86,297 신문사 광고비 합 계 1,158,488 115,847 (2) 청구법인은 2004.3.8. ○○도지사로부터 현 사업장 및 부속토지를 개발사업시행예정자로 지정받았으나, (가) 청구법인이 제출한 2003사업연도 당해 사업연도 손익계산서를 보면, 현사업장 및 부속토지 매출액은 1,505,000천원 계상하였다. (나) 현 사업장 및 부속토지관련 등기부등본을 보면, 아래 표와 같이 대부분 영농조합법인 등에 소유권이 이전되었으며, 일부 토지(2,629㎡)는 매매예약을 원인으로 소유권 이전 가등기 되었다. ※ 현 사업 장 및 부속토지 명세 (단위: ㎡) 소재지 지목 면적 취득일 매도일 양수자 비고

○○ ○○ 2677-1 유원지 745 2003.2.7. 2005.1.31. 영농조합 ＂2684 임야 1,333 2003.9.22. 2005.11.4. ＂ ＂산 167-2 ＂ 4,612 2003,12,31, 2004.1.14. 윤화준외 양 도 1,983 가등기(2,629) △△△ ○○ 840 대지 2,330 2003.10.24 2006.5.10. 유강SR 임의경매 합 계 9,020

2. 판단 가) 쟁점 1)과 관련하여 청구법인은 처분청이 ○○군청으로부터 통보받은 쟁점임야에 대한 검인계약서 및 양도가액 174,080천원은 당초 매수자 국○○가 임의로 작성하여 제출하였다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴보면, 쟁점임야를 2003.9.3. 청구 외 이○○ 외 1인에게 소유권 이전한 사실은 쟁점임야의 등기부 등본에 의하여 확인되나, 국○○에게 쟁점임야를 74,080천원에 양도하였음을 객관적으로 입증할 수 있는 매매계약서 및 대금증빙서류는 이 건 이의신청시는 물론 심사청구시에도 심리자료로 제출하지 않아 청구인의 주장을 받아 들일 수 없다고 판단된다.

• 나) 다음으로 쟁점 2)와 관련하여 청구법인은 처분청이 쟁점매입세액을 현사업장 및 부속토지 매도관련 매입세액으로 보아 불공제하여 과세한 이건 처분이 부당하다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴보면, 청구법인이 2004.3.28. ○○도지사로부터 ○○현대◇◇월드 개발사업시행 예정자로 지정받았으나, 국제자유도시특별법 제62조(사업시행예정자지정) 및 같은 법 제59조(개발사업의 시행 승인 등)규정에 의하여 지정받은 날로부터 2년이내(1년에 한해서 연장가능) 도지사로부터 개발사업시행 승인을 받도록 되어있음에도 승인을 받은 사실이 없이 현 사업장 및 부속토지 대부분을 매도하였고, 한편, 처분청 조사공무원의 자료처리 복명서를 보면, 처분청은 청구법인이 지출한 광고선전비가 현 사업 장 및 부속토지 매도에 따른 비용인지 여부 등을 구체적으로 확인함이 없이 단순히 청구법인이 현 사업 장 및 부속토지 대부분을 개발사업에 사용하지 않고 토지인 상태로 매도하였다는 이유만으로 쟁점매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 의 부가가가치세가 면제되는 재화(현사업 장 및 부속토지 매도)관련 매입세액으로 보아 이 건 과세처분을 하였음을 알 수 있다. 쟁점매입세액이 부가가치세가 면제되는 재화관련 매입세액인지에 대한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것인데도 처분청은 청구법인이 지출한 광고선전비의 구체적인 내역을 확인함이 없이 청구법인이 현 사업 장 및 부속토지를 매도하였으므로 쟁점매입세액을 부가가치세가 면제되는 재화관련 매입세액으로 단정하고 이 건 과세처분을 한 것은 정당한 과세처분으로 보이지 않는다(참조 심판례: 국심 2006서 2865, 2006.12.27). 따라서, 이 건의 경우에는 처분청이 청구법인이 지출한 광고선전비가 토지매도관련 매입세액인지 여부 등의 구체적인 내역을 재조사하여 그 결과에 따라 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.