무상사용권을 양수하여 터미널운영사업을 영위 시 해당 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2006.08.18. 청구법인에게 결정고지한 2006년 제1기분 부가가치세 128,924,260원은 이를 취소합니다.

청구외 (주)

○○ 【이하 “(주)

○○ ”라 한다】는 1994년 10월부터 1996년 5월까지

○○ 시

○○ 구

○○ 동

○○ 번지에

○○ 고속버스터미널(이하 “쟁점터미널”이라 한다)을 신축하고 1999년 1월 시설보완공사를 완료하여 1999년 1월 23일 임시사용허가를 받은 뒤 1999.01.25.자로

○○ 시에 기부채납하고 향후 12년 간 쟁점터미널의 무상사용권(이하 “쟁점 무상사용권”이라 한다)을 취득하였다. 청구법인은 2006.04.07. (주)

○○ 로부터 쟁점 무상사용권을 14억원(부가가치세 별도)에 양수하였고, 2006년 제1기 부가가치세 신고 시 해당 매입세액(1억 4천만원)을 공제하여 127,471,096원을 환급 받았다. 처분청은 청 구법인이 영위하는 쟁점사업을 부가가치세 면세사업으로 보고 2006.07.14 청구법인이 환급받은 127,471,096원과 가산세 1,453,170원 을 과세하겠다는 내용의 과세예고통지 후 2006.08.18. 청구법인에게 2006년 제1기 부가가치세 128,924,260원(가산세 1,453,170원) 을 결정고지 하였다.

(주)

○○ 는 쟁점터미널이 구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제2조 제2호에서 규정하고 있는 제1종시설에 해당되지 아니하여 쟁점터미널을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역 및 쟁점무상사용권의 양도에 대하여 부가 가치세를 과세로 신고하였고, 청구법인도 쟁점사업이 부가가치세가 면제되지 아니 하는 과세사업에 해당하여 쟁점무상사용권 관련 매입세액을 공제하였던 것으로서 처분청은 1999.8.31. 법률 제5996호로 개정된 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 및 1999.10.30 대통령령 제16584호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제106조 제5항의 개정규정과

○○ 시외버스터미널과 관련된 국세심판례(국심2002전338, 2003.05.10) 에 근거 하여 청구법인이 영위하는 쟁점사업을 부가가치세 면세사업으로 보았으나 동 규정은 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 의 시행일인 1999.8.31. 이후에 민간투자사업 시행자가 국가 또는 지방자치단체에 최초로 기부채납이 이루어지는 사회간접자본시설 을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세를 면제한다는 규정으로 해석함이 타당한 것으로 보이고, 국세심판례 【 국심2002전3382 (2003.05.10.) 의 경우는 민간투자사업 시행자가 터미널시설을 신축하여

○○ 시에 1999.3.20 기부채납하고 동 시설을 이용하여 용역을 공급한 경우이나 청구법인의 경우 는 당초 민간투자사업 시행자인 (주)

○○ 가 터미널시설을 신축하여 1999.01.25.

○○ 시에 기부채납하고 취득한 무상사용권을 양수받아 쟁점사업을 부가가치세 과세로 영위 하였으며, (주)

○○ 가 무상사용권을 2006.04.07. 청구법인에게 양수할 때까지 쟁점사업에 대하여 계속 부가가치세 과세대상으로 신고한 데 대하여 처분청은 아무런 이의가 없었으므로 이는 신의칙의 원칙에도 어긋나므로 처분청이 쟁점사업을 면세사업으로 보아 해당 매입세액을 불공제하여 결정한 이 건 처분은 취소하여야 한다.

1999.8.31. 법률 제5996호로 개정된 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제】제1항 제5호와 1999.10.30 대통령령 제16584호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세의 면제】 제5항의 개정규정 및 1999.12.28. 법률 제6045호로 개정 시 삭제된 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 와 동법 부칙 제8조【부가가치세 등에 관한 적용례】의 규정을 종합하여 볼 때 1999.8.31. 법률 제5996호로 개정된 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제】제1항 제5호와 1999.10.30 대통령령 제16584호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세의 면제】 제5항의 개정규정은 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세가 면제되도록 개정된 것이므로 동 규정에 의한 부가가치세 면제대상은 사회간접자본시설의 기부채납 자체가 아니라 그 기부채납한 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역임을 알 수 있고, 그 적용시기도 같은 법 부칙 제8조에서 『이 법 시행 후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.』고 규정되어 있어 동 규정의 시행일인 1999.8.31. 이후에 청구법인이 제공하는 재화 또는 용역분 부터는 기부채납시기와 관계없이 부가가치세가 면제된 다 고 해석함이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 결정고지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 (주)

○○ 가

○○ 고속터미널을 신축하여 1999.01.25.

○○ 시에 기부 채납하고 취득한 무상사용권을 청구법인이 2006.04.07. 양수하여 고속터미널운영사업을 영위 시 동 사업이 부가가치세 과세대상에 해당되어 무상 사용권 양수 시 부담한 해당 매입세액을 공제가능한지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양 도하는 것으로 한다. 2) 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ 시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 3) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다. (2000. 12. 29 신설) 4) 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원은 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 5) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.<신설 1984.8.7>

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

6. 조세특례제한법(구 조세감면규제법 제100조) 제106조 【부가가치세의 면제】 조세감면규제법 개정일자 법 부 칙 1997.8.30 법률 제5402호 제100조【부가가치세 면제】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 7. 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제22조의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (신설) 제1조【시행일】 이 법은 공포한 날부터 적용한다. (단서 생략) 제7조【부가가치세등에 관한 적용례】① 제99조 제1항 제4호․제5호 및 제100조 제1항 제7호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용 한다. 조세감면규제법 시행령 개정일자 시행령 부 칙 1997.8.30. 대통령령 제15471호 제96조【부가가치세 면제등】⑦ 법 제100조 제1항 제7호에서“ 대통령령이 정하는 것 ”이라 함은 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제2조 제2호의 규정에 의한 제1종시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다 제1조【시행일】 이 법은 공포한 날부터 적용한다. (단서 생략) 조세특례제한법 개정일자 법 부 칙 1998.12.28 법률 제5584호 제106조【부가가치세의면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제6호의 규정에 의한 것 중 대통령령이 정하는 것과 제7호 및 제8호의 규정에 의한 것은 2000년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

5. 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제22조의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 제1조【시행일】 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조【일반적 적용례】③ 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화를 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다. 조세특례제한법시행령 개정일자 시행령 부 칙 1998.12.31. 대통령령 제19976호 제106조【부가가치세 면제등】

⑤ 법 제106조 제1항 제5호에서“ 대통령령이 정하는 것 ”이라 함은 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제2조 제2호의 규정에 의한 제1종시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다. 제1조【시행일】 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 조세특례제한법 개정일자 법 부 칙 1999.8.31 법률 제5996호 제106조【부가가치세의면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제6호의 규정에 의한 것 중 대통령령이 정하는 것과 제7호 및 제8호의 규정에 의한 것은 2000년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

민간투자법 제4조 제1호 의 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 제1조【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제8조【부가가치세등에 관한 적용례】① 제106조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.. 조세특례제한법시행령 개정일자 시행령 부 칙 1999.10.30. 대통령령 제16584호 제106조【부가가치세 면제등】

⑤ 법 제106조 제1항 제5호에서“ 대통령령이 정하는 것 ”이라 함은 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다. 제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 조세특례제한법 개정일자 법 부 칙 1999.12.28 법률 제6045호 제106조【부가가치세의면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제6호의 규정에 의한 것 중 대통령령이 정하는 것과 제7호 및 제8호의 규정에 의한 것은 2000년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

5. (삭제) 제1조【시행일】 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조【일반적 적용례】③ 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화를 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다. 제15조【사회간접자본사용료에 대한 경과조치】① 이 법 시행당시 종전의 제105조 제1항 제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다. 조세특례제한법시행령 개정일자 시행령 부 칙 2000.1.10. 대통령령 제16693호 제106조【부가가치세 면제등】

⑤ (삭제) 제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제2조【일반적 적용례】③ 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다. 다만, 제106조 제5항 및 제108조의 개정규정은 법률 제6045호 조세특례제한법 중 개정법률의 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.

• 사. 구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.<개정 1995·12·29, 1996·12·31, 1997·8·28>

1. "사회간접자본시설"이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설 및 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설과 국민생활 의 편익을 증진시키는 시설을 말하며, 제2호의 제1종시설과 제3호의 제2종 시설로 구분한다.

2. " 제1종시설 "이라 함은 사회간접자본시설중 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

• 가. 도로법 제2조 및 제3조의 규정에 의한 도로 및 도로부속물 나.～타. (생략)

3. " 제2종시설 "이라 함은 사회간접자본시설중 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다. 가.～바. (생략)

• 사. 여객자동차터미널법 제2조제3호 의 규정에 의한 여객자동차터미널 아.～머. (생략)

4. " 사회간접자본시설사업 "이라 함은 사회간접자본시설의 신설·증설 또는 개량에 관한 사업을 말한다.

6. "민자유치사업"이라 함은 제8조의 규정에 의한 민자유치시설사업기본계획에 따라 제12호의 규정에 의한 사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설사업을 말한다.

12. "사업시행자"라 함은 공공부문외의 자로서 제12조의 규정에 의한 사업시행자의 지정을 받아 민자유치사업을 시행하는 법인을 말한다.

• 아. 구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제22조【사회간접자본시설의 귀속등】 민자유치사업으로 조성 또는 설치된 토지 및 사회간접자본시설중 제1종시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 제2종시설은 사업시행자의 소유로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 종류·규모등에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
• 자. 사회기반시설에 대한 민간투자법 ※ 사회간접자본시설에대한민간자본유치촉진법(1994.08.03 제정)⇒사회간접자본시설에대한민간투자법(1998.12.31 개정)⇒사회기반시설에대한민간투자법(2005.01.27. 개정) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. <개정 1999.1.21, 1999.2.8, 1999.9.7, 2001.1.16, 2002.12.11, 2003.7.29, 2003.12.30, 2004.12.31, 2005.1.27, 2005.3.31, 2005.5.31, 2005.8.4, 2006.9.27>

1. "사회기반시설"이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

• 가. 도로법 제2조 및 제3조의 규정에 의한 도로 및 도로부속물
• 나. ～ 러. (생략)
• 머. 여객자동차운수사업법 제2조제5호 의 규정에 의한 여객자동차터미널 버.～루. (생략)
• 차. 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 【민간투자사업의 추진방식】 민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. <개정 2002.12.11, 2005.1.27>

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되는 방식

5. 민간부문이 제9조의 규정에 의하여 사업을 제안하거나 제12조의 규정에 의하여 변경제안을 하는 경우 당해 사업의 추진을 위하여 제1호 내지 제4호외의 방식을 제시하여 주무관청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식

6. 기타 주무관청이 제10조의 규정에 의하여 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식

• 다. 사실관계 1) (주)

○○ 가

○○ 고속터미널을 신축하여 청주시에 1999.01.25. 기부채납할 당시에는 동 터미널운영사업이 구 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(이하 “민간자본유치촉진법”이라 한다) 제2조 제2호의 규정에 의한 제1종시설에 해당되지 아니하여 기부채납 및 기부채납시설을 이용한 재화 또는 용역의 공급이 조세특례제한법상 부가가치세 면제대상이 아니었다. 2) 1999.8.31. 사회간접자본시설에 민간투자촉진법이 사회간접자본시설에 민간투자법으로 개정된 데 따라 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 및 동법 시행령 제106조 제5항이 1999.10.30 개정되면서 국가 등에 귀속되는 사회간접 자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세가 면제되는 사회간접자본시설이 민간자본유치촉진법상의 1종시설에서 그 범위가 확대되었다. 3)

○○ 고속터미널과 비슷한 시기에 시외버스터미널을 신축하여 청주시에 기부채납하고 무상사용권을 얻어 운영사업을 한

○○ 시외버스터미널은 당초 민간자본유치촉진법상의 1종시설에 해당되지 아니하여 기부채납 및 동 시설운영사업에 대하여 부가가치세를 과세로 신고하였으나 1999.08.31 및 1999.10.30. 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 와 동법 시행령 제106조 제5항이 개정되어 사회기반시설 범의가 확대되자 『사회간접자본시설의 기부채납 및 사용수익에 대하여 부가가치세 과세여부』에 대하여 국세청 및 재정경제부에 질의한바 동 시설의 기부채납은 과세이고, 동 시설을 이용하여 공급하는 용역은 면세로 각각 회신【국세청 부가 46015-615(2000.03.16.),재소비46015-291(2000.09.27)】 하였다. 4) (주)

○○ 여객터미널을 흡수합병한 청구외 (주)△△은 2002.08.21.

○○ 시외버스터미널운영사업이 부가가치세 면제대상으로 판단하고 처분청에 2001년 제2기분 부가가치세를 경정청구하였으나 거부되자 2002.11.25. 심판청구를 제기하여 2003.05.10. 국세심판원으로부터 동 사업이 부가가치세 면제대상이라며 인용결정을 받아 해당 부가가치세를 환급받은 후 계속 부가가치세를 면세로 적용하고 있음이 관련 심리자료에 의하여 확인된다. 5) 청구법인이 대리인을 통하여 쟁점사업이 부가가치세 과세대상인지 여부를 2006.07.14. 국세종합상담센터에 질의한바 국세종합상담센터장은 국세청 법규과의 유권해석(2006.09.14.)을 거쳐 2006.09.15. (주)

○○ 여객터미널의 질의에 대한 재정경제부(재소비46015-29, 2000.09.27)와 국세청(부가46015-615, 2000.03.16)의 회신사례를 참고하라고 회신하였음이 확인된다. 6) (주)

○○ 의 경우는 기부채납 당시 부가가치세가 과세되었고, 그와 관련한 매입세액은 모두 공제되었으며, 무상사용권의 양도 및 동 터미널운영사업에 대하여 과세로 신고하였고, 조사일 현재까지 해당 부가가치세를 경정청구한 사실은 확인되지 않고 있다.

• 라. 판단

1. (주)

○○ 는

○○ 고속터미널 운영사업에 대하여 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호에서 정하고 있는 사회간접자본시설에 대한 부가가치세 면제 등을 적용받을 수 없다는 국세청 및 재정경제부의 질의회신【 재소비46015-291 (2000.09.27), 국세청 부가46015-615, 2000.03.16)】에 따라 쟁점 무상사용권의 양도 시까지 부가가치세를 과세로 신고납부하여 왔고, 동 무상사용권 의 양도에 대하여 재화의 공급으로 세금계산서를 교부하였으며, 청구법인도 (주)

○○ 와 마찬가지로 부가가치세 과세로 신고한 데 대하여 이 건 부가가치세 부과 전까지 처분청은 아무런 이의가 없었고,

2. 1999.8.31. 법률 제5996호로 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 가 개정된 이후인 2000.2.29. 청구법인의 인근에 위치한

○○ 시외버스터미널과 관련한 청구외 (주)

○○ 여객터미널의 질의에 대하여 국세청과 재정경제부가 모두 터미널운영사업에 대하여 부가가치세 과세사업에 해당되는 것으로 회신하였고, 청구법인의 질의에 대하여도 국세청은 부가가치세 과세대상이라는 취지로 회신하였으며, 청구법인은 국세 청 및 재정경제부의 질의회신에 따라 부가가치세 과세로 신고․납부하였음이 확인되고, 3) 국세심판원이

○○ 시외버스터미널과 관련하여 『

1999. 8. 31 이 후에 청구법인이 쟁점주차장을 이용하여 제공하는 용역분부터는 쟁점주차장의 기 부채납시기와 관계없이 부가가치세가 면제되는 것』으로 결정 (국심2002전3382, 2003.05.10) 한 것과 관련하여

○○ 시외버스터미널의 경우는 당초 사업시행자인 (주)

○○ 여객터미널【2001.12.27. (주)△△에 흡수합병됨】이 기부채납하고 기부채납시설을 이용하여 용역을 제공한 데 반하여

○○ 고속터미널의 경우는 사업시행자였던 (주)

○○ 로부터 청구법인이 쟁점무상사용권을 양수하여 기부채납시설을 운영한 차이점이 있는 등 위의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 볼 때 쟁점사업은 부가가치세 과세사업에 해당되므로 쟁점무상사용권의 양수와 관련하여 청구법인이 기 부담한 해당 매입세액을 공제함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.