재고매입세액 승인통지가 없는 경우 가산세 부과의 당부

○○ 세무서장이 2006. 4.1. 청구인에게 한 2005년 제2기 부가가치세 9,381,470원의 부과처분은

1. 신고 및 납부불성실가산세 8,754,187원을 차감하여 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 경기도

○○ 시

○○ 동

○○번지 토지 1,088㎡에 건물(연면적 1,249.56㎡, 지하1층, 지상3층, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 2004.10.11.

○○ 시장 으로부터 사용승인을 받아 2004.10.25. 간이과세자로 사업자등록을 하고 ○○대중탕(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 운영하여 왔으며, 2004.12.24. 쟁점건물에 부동산임대업으로 일반과세자 사업자등록을 한 후 2004.12.27. ○○ 종합건설 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 부동산임대 사업자 등록번호로 공급가액 1,820,000천원(부가가치세 182,000천원)의 세금계산서 (이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받았다. 청구인은 2005.6.30. 처분청으로부터 쟁점사업장이 간이과세자에서 일반과세자로 부가가치세 과세유형이 변경된다는 통지를 받고 2005년 제1기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서의 공급받는자를 쟁점사업장의 사업자등록번호로 정정한 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 교부받아 재고매입세액을 87,476,011원(이하 “쟁점재고매입세액”이라 한다)으로 신고하고 2005년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점재고매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 이에 대하여 쟁점재고매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2006.4.1. 2005년 제2기 부가가치세 9,381,470원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.17. 이의신청을 거쳐 2006.9.15. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 동일한 장소에 이중으로 사업자등록증이 교부되어 부동산임대 사업자 등록번호로 잘못 교부받은 세금계산서를 취소하고 공급받는자를 쟁점사업장으로 정정한 수정세금계산서를 교부받아 과세유형전환에 따른 재고매입세액 신고를 하고, 부가가치세 신고시 쟁점재고매입세액을 매출세액에서 공제한 것은 정당하므로 쟁점재고매입세액을 불공제한 처분청의 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 이에 대한 예비적청구로서 청구인이 처분청으로부터 과세유형전환통지를 받고 일반과세자로 과세유형이 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 부가 가치세 확정신고와 함께 “일반과세 전환시의 재고품 및 감가상각신고서”에 의하여 공제받을 재고매입세액을 신고한 데 대하여 처분청이 재고매입세액으로 공제할 수 있는 재고금액을 조사․승인하고 신고기한으로부터 1개월 이내에 청구인에게 재고매입세액을 통지하여야 함에도 불구하고 통지를 하지 아니하여 청구인이 부가가치세법 시행령 제63조의3 제6항 의 규정에 의하여 신고한 재고매입세액을 승인 받은 것으로 보아 쟁점재고매입세액을 공제하여 부가 가치세를 신고한 것은 적법하므로 처분청이 재고매입세액을 불공제하는 경정을 하면서 가산세를 부과한 것은 부당한 처분으로 가산세 8,755,798원은 취소 되어야 한다.

• 가. 수정세금계산서는 해당 과세관청의 경정이 있기 전까지 발행이 가능한 것이며 공급받는자의 사업자등록번호의 수정은 단순기재사항 착오에 해당하지 않으므로 수정세금계산서의 발행요건에 부합하지 않으며
• 나. 승인하거나 승인한 것으로 보는 재고매입세액의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 부가가치세법 제21조 규정에 의하여 재고매입세액을 조사하여 경정할 수 있으므로 쟁점수정세금계산서를 부적합한 세금계산서로 보아 재고매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 공급받는자의 사업자등록번호를 정정하여 교부받은 쟁점수정세금계산서를 부적합한 세금계산서로 보아 재고매입세액을 불공제한 처분의 당부

2. 과세유형전환통지를 받고 재고매입세액을 신고하였으나 처분청으로부터 공제받을 수 있는 재고매입세액의 통지가 없어 재고매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고한 경우 재고매입세액을 불공제하는 경정에 있어 가산세를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련법령

1. 부가가치시세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2.～4. (생략)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

③ ～⑤ (생략)

⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 법 제32조의2제1항의 규정에 의한 신용카드매출전표등의 수취명세서(전자계산조직에 의하여 처리된 테이프 또는 디스켓을 포함하며, 이하 "신용카드매출전표등수취명세서"라 한다)를 국세 기본법시행령 제25조제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 (2006. 2. 9. 개정 전의 것) 1의2. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등수취명세서를 국세기본법시행령 제25조의3 의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우 (2006. 2. 9. 개정 전의 것) 1의3. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등수취명세서를 국세 기본법시행령 제25조의4의 규정에 의한 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우 (2006. 2. 9. 개정 전의 것) 1의4. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

2. 법 제21조의 규정에 의한 경정에 있어서 사업자가 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서 또는 법 제32조의 2 제3항의 규정에 의하여 교부받은 신용카드매출전표 등을 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

③ ～⑦ (생략)

⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. 3) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 4) 부가가치세법 제17조 의 3 【재고매입세액공제】

① 제25조의 규정에 의한 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

② 제1항의 재고매입세액의 공제에 관하여 재고품의 범위, 그 적용시기 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 부가가치세법 시행령 제63조의 3 【 일반과세자로 변경되는 때의 세액계산특례 】

① 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의한 매입 세액공제대상인 것에 한한다)을 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고(국세정보통신망에 의한 신고를 포함한다)하여야 한다. 1.～3. (생략)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득ㆍ건설 또는 신축후 10년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작후 2년 이내의 것에 한한다)

② 제1항의 규정에 의한 재고품 및 감가상각자산의 금액은 장부 또는 세금계산서에 의하여 확인되는 당해 재고품 및 감가상각자산의 취득가액 (부가가치세를 포함한다)으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액을 매입세액(이하 “재고매입세액”이라 한다)으로 공제한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다. 1.～2. (생략)

3. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 사업자가 직접 제작ㆍ건설 또는 신축한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고매입세액 = 당해 자산의 건설 또는 신축과 관련된 공제대상매입세액 × (1 - 5/100 × 경과된 과세기간의 수) × (1 - 제74조의 3 제4항 각호의 규정에 의한 부가가치율) (나) (생략)

④ 제3항 각호의 산식 중 “제74조의 3 제4항 각호의 규정에 의한 부가 가치율”은 일반과세자로 변경되기 직전일(감가상각자산의 경우에는 당해 감가상각자산의 취득일)이 속하는 과세기간에 적용된 당해 업종의 부가가치율을 말한다. 다만, 1996년 6월 30일 이전에 취득한 재고품 및 감가상각자산에 대한 공제율은 100분의 5로 한다.

⑤ (생략)

⑥ 제1항의 규정에 의한 신고를 받은 관할세무서장은 재고매입세액으로서 공제할 수 있는 재고금액을 조사ㆍ승인하고 제1항에 규정하는 기한 경과 후 1월 이내에 당해 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지하여야 한다. 이 경우 그 기한내에 통지하지 아니하는 때에는 당해 사업자가 신고한 재고금액을 승인한 것으로 본다.

⑦ 제6항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

⑧ 제6항의 규정에 의하여 승인하거나 승인한 것으로 보는 재고매입세액의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 재고 매입세액을 조사하여 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점①: 쟁점수정세금계산서를 부적합한 세금계산서로 보아 재고매입세액을 불공제한 처분의 당부에 대하여 살펴보면

1. 청구인은 청구인외법인이 쟁점건물을 신축한 후 2004. 10.11. ○○시장 으로부터 사용승인을 받아 2004.10.12. 소유권 보존등기를 한 사실이 건축물대장 및 등기부등본에 의하여 확인되며 쟁점건물은 지하1층 지상3층에 연면적 1,249.56㎡로 1층은 일반음식점과 소매점등 6개 점포로 구성되었고, 2층과 3층은 목욕탕으로 각호별 및 층별로 개별 등기가 되어있다.

2. 청구인은 부동산임대 사업자등록번호로 교부받은 쟁점세금계산서에 의해 2004년 제2기 부가가치세 확정신고시 시설투자에 의한 조기환급신고를 하였으며 처분청은 이에 대한 현지확인 결과 쟁점세금계산서를 사업자등록 이전에 교부받은 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제 하고 2005.3.16. 2004년 제2기 부가가치세 35,987,650원을 경정․고지한 사실이 조사공무원의 조사 복명서 및 결정결의서에 의하여 확인된다. 3) 부가가치세법 시행령 제59조 에 의한 수정세금계산서는 당초에 적법하게 교부한 세금계산서 기재사항에 착오 또는 정정사유가 있을 때 수정하여 교부하는 것으로서 당초 세금계산서를 교부하지 아니하였거나 세금계산서 교부 시기에 적법하게 세금계산서를 교부하지 아니한 경우에는 교부할 수 없는 것이다. 쟁점건물의 사용승인일자는 2004.10.11.이고 쟁점사업장의 사업개시일이 2004.10.25. 임에도 쟁점세금계산서의 작성일자는 2004.12.27.로 되어있어 쟁점 세금계산서는 세금계산서 교부시기에 적법하게 교부되지 아니한 세금계산서임을 알 수 있다. 또한 청구인이 쟁점사업장이 아닌 부동산임대 사업자등록번호로 교부받은 세금계산서에 의하여 2004년 제2기 부가가치세 확정신고시 조기 환급신청한 정황으로 볼 때 공급받는자를 착오에 의하여 잘못 기재한 것으로도 여겨지지 않는다. 따라서 쟁점수정세금계산서는 교부요건에 적합하지 아니한 것으로서 이에 근거한 재고매입세액공제 신청 또한 부적합한 것으로 판단된다. 쟁점②: 신고한 재고매입세액에 대한 처분청의 통지가 없어 재고매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고한 경우 재고매입세액을 불공제하는 경정에 있어 가산세를 부과한 처분의 당부에 대하여 살펴보면

1. 청구인은 2005.6.30. 처분청으로부터 쟁점사업장이 간이과세자에서 일반과세자로 과세유형이 전환된다는 통지를 받고 2005년 제1기 부가가치세 확정신고시 재고매입세액을 87,476,011원으로 하여 “일반과세전환시 재고품 및 감가상각자산신고”를 하였고 처분청은 공제될 재고매입세액을 신고기한으로부터 1개월 이내에 통지하여야 함에도 이를 청구인에게 통지하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청과의 다툼이 없다.

2. 처분청은 청구인의 2005년 제2기확정 부가가치세 일반환급신청에 대한 현지확인시 재고매입세액을 불공제하면서 신고 및 납부불성실가산세 8,754,187원을 부과한 사실이 결정결의서에 의하여 확인된다.

3. 가산세는 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무를 위반한 경우에 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 부과징수하는 것이고, 처분청이 법령에 정해진 절차에 따른 공제될 재고매입세액 통지를 하지 아니하여 청구인이 신고한 쟁점재고매입세액을 처분청으로부터 승인받은 것으로 보아 부가가치세 확정신고시 매출세액에서 공제하여 신고하게 된 것이므로 이를 청구인에게 귀책사유가 있다고 할 수는 없는 것이다. 따라서 처분청이 청구인에게 재고매입세액을 불공제하는 경정을 하면서 가산세를 부과한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.