공사대금을 받지 못한 경우 감액 수정세금계금계산서를 발행할 수 있는지 여부

처분청은 청구법인이 2005년 제2기 부가가치세 신고시 64,728,734원을 환급세액으로 신고한데 대하여, 2006년 2월경 현지확인조사를 실시한 결과, 청구법인이 공급받는 자를 청구외 ○○ 건설주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)로 하여 발행한 공급가액 △ 640,000,000원의 수정세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 기 공사용역제공이 완료되어 세금계산서를 발행․교부하고 부가가치세를 신고한 후 공사미수금을 받지 못해 발행한 사실과 다른 세금계산서로 확인되어 이를 부인하고, 2006.7.24. 청구법인에게 640,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 과세표준에 가산하고 쟁점세금계산서관련 가산 세 등을 포함하여 2005년 제2기분 부가가치세 12,071,260원을 경정․고지하였

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.9.11. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 2002.9.3. 쟁점거래처와 도급금액 1,760,000,000원(부가가치세 포함)의 공사도급 계약을 체결하고 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 마무리하였으나 원청사의 부도로 인하여 공사대금 중 704,000,000원을 받지 못하여 2005.7.25. 대손세액공제신고서를 처분청에 제출하려고 하였으나 처분청에서 이를 받아 주지 않아 2005.7.30. 쟁점거래처와 수정세금계산서로 정산처리하기로 하고 쟁점세금계산서를 발행하여 신고하였는데도 처분청이 이를 부인하고 과세한 이 건 부과처분은 부당하다. 3. 처분청 의견

• 가. 쟁점세금계산서는 쟁점공사에 대한 용역제공이 2003.1.10. 완료된 후 공사대금 미수금에 대하여 발행된 것으로서, 이는 부가가치세법시행령 제59조 규정의 수정세금계산서에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 청구법인이 폐업상태에 있는 쟁점거래처에 근무하였던 경리담당자와 상의하여 발행한 쟁점세금계산서는 쟁점거래처의 동의 없이 일방적으로 발행한 것으로서, 이는 세금계산서의 교부라고도 할 수 없으므로(부가22601-1380, 1992.9.3), 이를 사실과 다른 것으로 보아 부인한 것은 정당하다.
• 나. 또한 대손세액공제는 부가가치세법 제17조 의 2 제2항의 규정에서 부가가치세 신고와 함께 같은법시행령 제63조의 2 제4항의 규정에 따라 대손세액공제신고서와 대손금액이 발생한 사실을 증명할 수 있는 서류를 제출한 경우에 한하여 적용하는 것인 바, 청구법인은 대손세액공제신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 제출하지 않아 대손확정 및 적격여부를 확인할 수 없어 대손세액으로도 공제할 수 없으므로, 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 정당한 수정세금계산서로 보지 아니하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액·대손금·장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다. 2) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 3) 부가가치세법 제17조 의 2【대손세액공제】

① 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손의 확정이 된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다. 대손세액=대손금액×110분의 10

② 제1항의 규정은 사업자가 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 재화 또는 용역의 공급을 받은 사업자가 대손세액의 전부 또는 일부를 제17조의 규정에 의하여 매입세액으로 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 당해공급을 받은 사업자의 폐업전에 확정되는 때에는 관련 대손세액 상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감한다. 다만, 당해사업자가 이를 차감하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 공급을 받은 자의 관할세무서장이 경정하여야 한다.

⑤ 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 차감(관할세무서장이 경정한 경우를 포함한다)한 당해사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 변제한 대손금액에 관련된 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 가산한다. 4) 부가가치세법 시행령 제63조 의 2【대손세액공제의 범위】

① 법 제17조의 2 제1항에서 "파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 파산법에 의한 파산(강제화의를 포함한다)

4. 회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정 또는 화의법에 의한 화의인가의 결정으로 채권이 회수불능으로 확정된 경우

5. 상법상의 소멸시효가 완성된 경우

6. 수표 또는 어음의 부도발생일부터 6월이 된 경우. 다만, 당해 사업자가 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다. 6의 2. 회수기일이 6월 이상 경과한 채권중 10만원(채무자별 채권가액의 합계액을 기준으로 한다) 이하의 채권으로서 회수비용이 당해 채권가액을 초과하여 회수실익이 없다고 인정되는 경우

7. 기타 이와 유사한 사유로서 재정경제부령이 정하는 것

② 법 제17조의 2의 규정에 의한 대손세액공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 5년이 경과된 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 제1항 각호의 사유로 인하여 확정되는 대손세액으로 한다.

④ 법 제17조의 2 제1항의 규정에 의하여 대손세액공제를 받고자 하거나 법 제17조의 2 제5항의 규정에 의하여 대손세액을 매입세액에 가산하고자 하는 사업자는 제65조 제1항 제1호의 규정에 의한 부가가치세확정신고서에 재정경제부령이 정하는 대손세액공제(변제)신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 5) 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 처분청이 제시하는 2002.9.3.자 건설공사 하도급 계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점거래처와 ○○텔 신축공사의 토공사 및 가시설공사(쟁점공사)에 대한 하도급 계약을 체결한 것으로서, 도급액을 1,760,000,000원(부가가치세 포함)으로 하고, 그 공사대금의 60%는 현금으로, 나머지 40%는 대물 처리하기로 한 것으로 나타난다.
• 나) 청구법인은 쟁점공사를 2003.1.10. 시공완료한 사실, 쟁점공사의 공사도급계약서상의 공급가액 1,600,000,000원에 대한 세금계산서를 2002년 제2기에 1,293,080천원, 2003년 제1기에 306,920천원을 쟁점거래처에 모두 교부하고 부가가치세를 신고한 사실, 2005년 제2기분 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서의 내용을 신고서에 반영하고 매출처별 세금계산서합계표에 기재하여 신고한 사실은 다툼이 없다.
• 다) 처분청이 제시하는 유치권신고서(청구법인이 2004.9.21.자로 ○○지방법원 ○○지원 민사신청과에 제출한 것임)에 의하면, 청구법인은 시행사인 청구외

○○ 산업(주)의

○○ 도

○○ 시

○○ 구

○○ 동

○○ 번지 소재

○○ 텔 신축공사 중 시공사인 쟁점거래처와 토공사 및 가시설공사(쟁점공사)를 2002.9.3. 위 건설공사 하도급 계약서와 같이 체결하고 2003.1.10. 시공 완료하였으나, ○○ 산업(주)와 쟁점거래처는 2004.4.20. 준공검사를 필하였음에도 공사비로 지급받은 대물에 대하여 재산권 행사를 불가능하게 만들어 청구법인은 현재 존폐의 위기에 있어 공사대금(1,760,000,000원) 중 대물로 받은 40%(704,000,000원)과 인테리어 복층공사비 25,000,000원을 포함한 729,000,000원에 대하여 유치권을 신청한다는 내용이다.

• 라) 국세통합전산조회자료에 의하면, 쟁점거래처는 2005.10.25. 2005년 제2기 예정분 부가가치세를 무실적으로 하여 신고한 것으로 나타나고, ○○세무서장 은 쟁점거래처의 폐업일을 2005.8.31.로 하여 직권폐업 처리한 것으로 나타나며, 쟁점거래처는 결손처분된 이력도 없는 것으로 나타난다.

2. 판단

• 가) 이와 같은 사실관계로 보아, 청구법인이 쟁점공사계약서상의 도급금액 전액에 대하여 쟁점거래처에 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고하였고, 또한 쟁점공사도 이미 완료된 후에 쟁점거래처 등의 부도나 사업부진으로 공사대금 중 일부를 지급받지 못하고 있다 하더라도 당초 확정된 쟁점공사의 도급금액이 감액되는 것은 아니므로, 쟁점세금계산서는 부가가치세법시행령 제59조 규정의 정당한 수정세금계산서에 해당되지 않아 쟁점금액을 과세표준에서 차감할 수 없다 할 것이다.
• 나) 설령 청구법인이 쟁점세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고한 것이 공사미수금을 받지 못한 대한 대손세액공제로 신고한 것이라 하더라도, 대손세액공제는 부가가치세법 제17조 의 2 제2항의 규정에서 부가가치세 확정신고와 함께 같은법시행령 제63조의 2 제4항의 규정에 따라 대손세액공제신고서와 대손금액이 발생한 사실을 증명할 수 있는 서류를 제출한 경우에 한하여 적용토록 하고 있는 바, 청구법인은 공사미수금과 관련하여 법원에 유치권을 신청한 상태에 있고, 또한 대손세액공제신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 제출하지 않아 2005년 제2기 중에 대손이 확정되었다고도 볼 수 없어, 쟁점금액에 대한 매출세액을 대손세액으로 하여 이 건 2005년 제2기분의 매출세액에서 공제할 수도 없으므로, 이후 쟁점공사의 용역공급일로부터 5년 이내 대손이 확정될 경우 청구법인이 대손이 확정된 연도의 해당 기분에 대한 부가가치세 확정신고시 대손세액공제로 신고하여 공제받을 수 있을지는 별론으로 하고, 처분청이 쟁점금액을 과세표준에 가산하고 쟁점세금계산서와 관련한 가산세를 포함하여 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.