영세율 매출액을 착오로 기재하여 신고한 경우 가산세를 적용한 처분의 당부

○○○ 세무서장이 2006.

6.

1. 청구법인에게 경정․고지한 2003년 제1기 부가 가치세 6,159,810원의 부과처분은

1. 경정처분으로 고지된 6,159,810원의 범위 내에서 영세율이 적용되는 공급 가액 205,327,000원에 대하여 세금계산서합계표 기재 불성실가산세(4,106,540원)를 적용하지 않고, 공통매입세액 불공제분(2,053,270원)을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세 액을 경정합니다.

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 1996.

1. 1.부터

○○ 도

○○ 시

○○ 면

○○ 리

○○ 번지에서 주식회사

○○ 석재공업 이라는 상호로 석재 건설업을 영위하는 사업자로, 2003년 제1기 중에 북한경수로 사업주관 시공사인

○○ 특별시

○○ 구

○ 동

○○ 번지

○○○○ 주식회사(이하󰡒청구외법인󰡓라 한다)로부터 공급가액205,327,000원의 영세율 세금계 산서 5매(이하󰡒쟁점세금계산서󰡓또는 󰡒쟁점금액󰡓이라 한다)를 발행․교부하였음에도 부가가치세 신고시 면세수입금액 및 매출처별 계산서합계표에 잘못 기재하여 신고하였다. 처분청은

6.

1. 잘못 기재하여 신고한 쟁점금액에 대하여 세금계산서 합계표 기재불성실가산세(2%) 4,106,540원과 영세율 과세표준 신고불성실가산 세(1%) 2,053,270원으로 하여 청구인에게 2003년 제1기 부가가치세 6,159,810원을 경 정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.

8.

청구를 제기하였다.

• 가. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 세법에 규정된 신고․납세 등 각종의무를 위반한 경우에 부과하는 행정적 제재인 바, 이와 같은 제재는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없는 것이며, 부가가치 세법 시행령 제70조의 3【가산세】에서 일부가 착오로 기재된 경우에는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하도록 규정되어 있다.
• 나. 청구법인은 그 동안 과세와 면세로만 신고하여 오다가 2003년 제1기 중에 영세율이 처음발생하다 보니 경리담당자의 착오로 전산프로그램으로 신고하는 과정에서 󰡒영 세율󰡓로 입력하여야 하나󰡒면 세󰡓로 잘못 입력함에 따라 부가 가 치세 신고서가 자동출력 되어 신고한 것은 단순한 전산입력착오에 의한 것이므 로 이 건 가산세를 적용한 처분은 부당하다.

부가가치세 영의 세율을 적용받는 과세표준을 부가가치세 과세표준으로 신고 하지 아니하고 단지 신고상의 면세수입금액란에 기재하여 신고한 경우에는 영세율 과세표준 불성실가산세 및 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세를 적용한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 부가가치세 영의 세율을 신고상의 면세수입금액란에 기재하여 신고한 경우영세율 과세표준 불성실가산세 및 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세를 적용한 처분이 적법한지 여부와

② 경정청구기간이 경과하여 불복을 제기하지 않았더라도 면세수입금액이 축소 됨에 따라 서로 상관관계에 있는 공통매입세액 불공제분에 대하여 매출세액에서 추가 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제22조 【가산세】

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항 의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바 에 따라 거래사실 이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항 의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항 의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서 합계 표의 기재사항중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기 재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (1994. 12. 22. 개정)

3. 제20조 제2항 의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우 (1994. 12. 22. 신설)

⑥ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항 의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여 야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (1994. 12. 22. 항번개정) 2) 부가가치세법 시행령 제70조 의 3 【가산세】

① 법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호 에 규정하는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다. (1994. 12. 31. 개정)

② 법 제22조 제2항 제3호 에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 제60조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 제출하는 경우를 말한다. (1994. 12. 31. 개정)

③ 법 제22조 제3항 단서 및 제4항 단서에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액”이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금 계 산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다. (1994. 12. 31. 개 정) 3) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매 입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입 세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산 한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확 정신고를 하는 때에 정산한다. (1992. 12. 31 단서신설) 면세공급가액 면세사업과 관련된 매입세액＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다. (1980. 12. 31 개정)

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액 4) 부가가치세법 시행령 제64조 【 예정신고 및 납부】

③ 법 제18조 제1항 및 제2항 단서의 규정을 적용함에 있어서 법 제11조 제1항 및 이 영 제16조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세 예정 신 고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.(단서 생략)

2. 법 제11조 제1항 제2호(국외에서 제공하는 용역)의 경우에는 외국환은행이 발급 하는 외화입금증명서 또는 국외에서 제공하는 용역에 관한 계약서 5) 남북교류협력에 관한 법률 제26조 【다른 법률의 준용】

③ 남한과 북한과의 투자, 물품의 반출․반입 기타 경제에 관한 협력사항 및 이에 수반되는 거래에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 다음 각호의 법 률을 준 용한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 다른 법률을 준용함에 있어서는 대통령 령으로 그에 대한 특례를 정할 수 있다. 6) 남북교류협력에 관한 법률 시행령 제51조 【남한과 북한간에 반출․반입되는 물 품 등에 대한 부가가치세 등의 과세】

③ 북한으로 반출되는 물품과 북한에 제공되는 용역 및 선박․항공기의 북한항행용역에 대하여는 이를 각각 수출품목, 국외제공용역 또는 외국항행용역으로 보아 지방세법․부가가치세법․특별소비세법․ 주세법 및 교통세법을 준용한다. 다만, 당해 선박 또는 항공기 안에서 판매하는 물품과 운행요금 외에 별 도로 대가를 받고 제공되는 용역에 대하여는 그러하지 아니하다. 7) 부가가치세법 통칙 11-64-5【 국외에서 제공하는 용역의 영세율 첨부서류】 국외에서 용역을 제공하는 사업자의 영세율 첨부서류는 영 제64조 제3항 제2호의 규정에 의하여 외화입금증명서 또는 용역제공계약서(하도급의 경우에는 하도급 계 약서)사본이다.(단서 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 2003년 제1기 중에 북한 경수로 사업주관 시공사인 청구외법인 으로부터 석공사 부분을 하도급 받아 관련공사를 수행하고 쟁점세금계산서 를 발 행․교부하였으나, 아래 <표1>과 같이 부가가치세 신고시 면세수입금액 및 매출 처별 계 산서 합계표에 잘못 기재하여 신고하였음이 신고서 및 조사복명서에 의하여 확인된다. <표1> 2003년 제1기 부가가치세 신고 및 경정내역 (단위: 천원) 구분 세금계산서 교부분 계산서 교부분 공통매입세액 면세사업분 비 고 과세 영세율 예정 신고 1,653,187 0 176,046 11,792 수동으로 신고 경정 1,653,187 134,585 41,461 확정 신고 1,807,454 0 173,135 11,677 전자 신고 경정 1,807,454 70,742 102,393 계 신고 3,460,641 349,181 23,469 영세율 첨부서류는 붙이지 않고 신고 경정 3,460,641 205,327 143,854 제1기분 공통매입세액 불공제분 = 256,070,698원×(349,181,101원/3,809,821,913원) = 23,469,613원 (면세비율 9.16%) 2) 처분청은 세금계산서 불부합자료에 의하여 쟁점금액을 면세가 아닌 영세 율로 보아 과세하면서 다음와 같이 부가가치세 신고서상에 면세와 관련이 있는 공통매입세액 불공제분도 함께 검토하면, 청구법인이 당초 신고한 면세비율 9.16%에서 3.78%로 축소되어 5%미만인 경우에 해당되므로 공통매입세액 전액 매출 세액에서 공제하여야 하나, 처분청은 상관관계에 있는 공통매입세액을 검토하지 않고 쟁점금액에 대하여 세금계산서 합계표 기재불성실 가산세 (2%) 4,106,540원과 영세율 과세표준 신고불 성실가산 세(1%) 2,053,270원으 로 하여 청구인에게 2003년 제1기 부가가치세 6,159,810원을 경 정․고지하였음이 경 정결의서 등에 의하여 확 인된다. <면세를 영세율로 정정할 경우> 제1기분 공통매입세액 불공제분 = 256,070,698원×(143,854,101원/3,809,821,913원) = 9,668,908원 (면세비율 3.78%)

• 라. 판 단

①: 부가가치세 영의 세율을 신고서상의 면세수입금액란에 기재하 여 신고 한 경우 영세율 과세표준 불성실가산세 및 매출처별 세금계 산서합계 표 미 제출가산세를 적용한 처분이 적법한지 여부 1) 청구법인은 쟁점세금계산서의 발행ㆍ교부사실을 매출처별 세금계산서 합 계 표에 기재하지 아니하고 매출처별 계산서합계표에 잘못 기재하여 2003년 제1 기 부가가치세를 신고를 하였으나, 가) 계산서가 아닌 영세율 매출세금계산서 를 제시 하고 있으며 동 세금계산서를 교부받은 청구외법인이 매입처별 세금 계 산서합계표에 기재하여 신고 한 점, 전 산프로그램으로 부가가치세 신고서를 작 성하여 신고하고 있는 점을 감 안 할 때, 청구법인의 세무담당 직원이 영세율을 면세로 잘못 입력하게 됨에 따라 매출처별 계산서합계표가 자동 출력되어 이를 제출하게 되었다는 청구법인의 주 장은 신빙성이 있어 보인다. 나) 부가가치세법 제22조 제3항 의 단서에 의하면 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제70조의 3 제3항에 의하면 대통령령이 정하는 바에 따 라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계 산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다고 규정하고 있다.

• 다) 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 세법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의 무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고 그 와 같은 제재는 납세자에게 그 의무를 행하지 못한 데에 이를 정당화할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 에는 이를 부과할 수 없는 것이다(대법원 95누17274, 1996.10.11. 같은 뜻). 라) 위에서 보는바와 같이 청구법인이 쟁점세금계산서의 발행ㆍ교부사실을 매 출처별 세금계산서합계표에 기재하지 아니하고 매출처별 계산서합계표에 잘 못 기재 하여 신고한데 대하여 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있 다고 봄이 타당할 것으로 보여진다.
• 마) 따라서 청구법인의 단순착오에 의하여 잘못 기재된 쟁점세금계산서에 대 하 여 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세를 적용한 처분은 취소함이 타 당할 것으로 판단된다(국심2002중937, 2002.8.30. 같은 뜻). 2) 그러나 남북교류협력에 관한 법률 제26조 【다른 법률의 준용】및 같은법 시행령 제51조 제3항에 의하여 북한에 제공되는 용역에 대하여는 부가가치세법을 준용하도록 되어 있으며,
• 가) 청구법인은 부가가치세법 시행령 제64조 제3항 제2호 및 같은법 통칙 11-64…5에 의한 영세율 첨부서류를 붙이지 않고 신고하여 신고로 보지 않을 뿐 만 아니라, 나) 부가가치세 영의 세율을 적용 받는 과세표준을 부가가치세 과세 표준으로 신고 하지 아니하고 신고서상의 면세수입금액란에 기재하여 신 고 한 경우에 는 부가 가치 세법 제22조 제6항의 영세율과세표준 신고불성실 가 산세가 적용되는 것(국 세청 예규 부가 46015-1739, 1999.6.22. 같은 뜻) 으로 영 세율과세표 준 불 성실가산세를 적용하여 과세한 당초처 분은 정당하다 고 판단된다.

②: 경 정청구기간이 경과하여 불복을 제기하지 않았더라도 면세수입금액이 축 소됨에 따라 서로 상관관계에 있는 공통 매 입세액 불공제분에 대하 여 매출세액에서 추가 공제할 수 있는지 여부 1) 부가가치세 납부세액 계산에 있어서 면세사업과 관련된 매입세액 에 대 하여는 매출세액에서 공제하지 아니하도록 되어 있으며, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에서 당해 용역이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 경우 그 귀속을 구분 할 수 없는 공통매입세액은 공급 가 액의 비율 로 안분계산하고, 예정신고를 하는 때에는 예정신고에 대한 총 공 급가액과 면세공급가액비율에 의하여 안분계산하고 확정신고를 하는 때에 정 산하도록 규정 되어 있고, 같은 법 시행령 제61조 제3항 제1호의 규정에 의하여 100분의 5 미만 인 경우의 공통매입세액은 전액 공제되는 매입세액으로 보도록 규정되어 있다. 2) 과다신고․납부한 경우 법인은 국세기본법 제45조 의 2의 규정 에 의한 경정 등의 청구를 할 수 있는 것이며, 동 경정청구기간이 도과된 경우에도 과세관청은 과다신고 납부한 사실이 확인되면 국세부과제척 기간내에 직권으 로 경정할 수 있는 것임에도(재경원 기법 46019-326, 1995. 10

12. 같은 뜻), 가) 처분청은 부가가치세를 경정하면서 면세분이 축소됨으로써 당해 과세기간의 총공급가액 3,809,821,913원중 면세공급가액 143,854,101원이 차지하는 면세비율이 3.78%로 축소되어 5% 미만에 해당되므로 서로 상관관계에 있는 공 통매입세액은 전액 공제되는 매입세액 으로 보아야 할 것임에도 이에 대한 검 토를 소홀히 한 것으로 보여진다.

• 나) 그러나 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 대하여는 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액 즉, 경정처분으로 고지된 세액부분만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 할 것으로 보여진다(국심2003중 556, 2003.

10.

18. 같은 뜻). 3) 따라서 경정청구기간이 경과한 경우에도 부 가 가치 세를 과다신고 납부한 사실이 확인되면 과세관청은 직권경정 할 수 있는바, 이에 대하여 공 통매입 세액의 적정여부를 확인 한 후 매출 세액에서 공제하여 추가적으로 환급을 하는 것에 대하여는 별론으로 하더라도 경정처분으로 고지된 6,159,810원의 범위내에서 매출처별 세금계산서합계표 미제출가산세(4,106,540원)와 공통매입세액 불공제분 (2,053,270원)을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하여야 할 것으 로 판단된다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.