쟁점용역(컴퓨터 프로그램개발)의 공급시기

○○세무서장 이 2006. 5.15. 청구법인에게 경정․고지 한 2006년 제1기 예정 부가가치세 2,663,575원은 2006.3.31. 주식회사 ○○○테크로부터 교부받은 매 입세금계산서의 매입세액 20,000,000원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 컴퓨터프로그램개발 법인으로서, 2006.4.18. 처분청에 2006년 1기 예정 부가가치세 신고시 19,343,709원을 조기 환급세액으로 신고하였다. 처분청은 2006.5.8. 청구법인에 대하여 부가가치세환급 현지확인 조사시, 청구법인이 청구외 주식회사 ○○○테크(이하 “청구외법인”이라 한다)부터 고정자산이 아닌 재고자산을 공급받았고 교부받은 세금계산서(공급가액 2억원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)도 공급전 매입세금계산서로 사실과 다른 세금계산서로 보아, 부가가치세 매입세액 불공제하여 2006.5.15. 청구법인에게 부가가치세 2,663,570원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.8.10. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 청구외법인에게 ‘TouchSign(컴퓨터프로그램의 패스워드방식을 생체정보 즉 지문으로 대체한 사용자인증시스템)의 일본어화 용역’(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 의뢰하여, 2006.3.31. 검수과정을 거쳐 ‘일본어판 ‘TouchSign’(이하 “쟁점프로그램”이라 한다)을 개발완료 하여 2006.4.21과 2006.5.25. 쟁점프로그램을 복제하여 매출하였음이 확인됨에도, 처분청은 쟁점용역의 공급시기를 2006.3.31. 아닌 사후관리기간 종료일인 2006. 6.30.로 판단하여, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다

청구법인과 청구외법인간의 계약서상에 용역완료일이 2006.6.30.자로 명시되어 있고, 환급 현지확인 조사시 발주서 및 인수확인서 등의 용역제공관련 서류를 청구법인은 제시하지 못하였으며, 검수일(2006.3.31)에 대금의 지급이 이루어 지지 않은 점 등으로 볼 때, 쟁점용역의 공급시기를 2006.3.31.이 아닌 2006.6.30. 로 보아 과세한 처분은 정당하다

• 가. 쟁점 쟁점용역의 공급시기 및 부가가치세 조기환급 대상인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 2) 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. (단서 생략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 3) 부가가치세법 제24조 【환급】

① 사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다.

② 사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.

2. 사업설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 때 4) 부가가치세법시행규칙 제22조의2 【조기환급신고】

③ 법 제24조제2항에서 "사업설비"라 함은 소득세법시행령 제62조 및 법인세법시행령 제24조 에 규정하는 감가상각자산을 말한다. 5) 법인세법시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산

• 바. 개발비: 상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)
• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인은 1999.9.14. 개업한 지문인식관련 소프트웨어인 TouchSign을 개발한 업체로서, 2006.1.1. 청구외법인과 쟁점용역계약을 체결하고, 2006.3.31. 쟁점용역이 완료되었다고 보아 쟁점세금계산서를 청구외법 인으로부터 교부받아 2006년 1기 예정 부가가치세 신고시 19,343,709원을 조기 환급․신청하였고, 이에 처분청은 2006.5.8. 부가가치세환급 현지확인조사를 실시하여, 쟁점용 역은 고정자산(개발비)가 아닌 재고자산으로 보아 부가가치세 조기 환급대상에 해당하지 않으며 쟁점용역완료일도 2006.3.31.이 아닌 2006.6.30.로 보아 쟁점 세금계산서의 세액 2천만원을 매입세액불공제하여 2006.5.15. 청구법인에게 부가 가치세 2,663,570원을 경정고지 하였음이 이건 심리자료 등에 의해 확인된다.

2. 처분청이 제출한 청구법인과 청구외법인간의 기술용역계약서의 내용을 보면, 용역기간은 2006.1.1.착수, 2006.3.31.(개발완료 3개월) 중간검수, 2006.6.30. (시스템테스트 3개월) 완료로 기재되어 있고, 계약금액은 220백만원(공급가액 2억원, 세액 2천만원)이며, 대금은 최종산출물 검수일(2006.3.31)로부터 익월 14일 전액 현금 지급하는 것으로 되어 있으며, 또한, 계약약정서의 ‘제16조〔용역완료검사]’를 보면, 청구외법인이 개발 완료 하면 그 사실을 청구법인에게 서면으로 통지하고 필요한 검사를 받아야 하며, 검사확인 후 청구법인의 승인을 득한 날을 개발완료일로 한다고 기재되어 있고 ‘제21조의〔하자보수〕’규정에는 청구외법인이 개발완료 후 15개월간 무상하자보증 책임을 지는 것으로 되어 있다.

3. 처분청의 “부가가치세환급 현지확인 복명서”를 보면, 청구법인이 개발완료 후 일본(도시바 5억 예정)으로 수출하기로 한 점으로 보아 고정자산이 아니라 재고자산(일반매입)으로 처리하여야 하고, 단기계약(6개월)으로 완료일이 2006.6.30.이므로 매입세액 전액불공제(공급가액 200,000천원)처리한다고 되어 있다. 즉 쟁점세금계산서상의 용역내용은 개발비가 아닌 재고자산이므로 조기환급 대상이 아니며, 또한 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 공급전 세금계산서이므로 매입세액불공제대상이다

4. 청구법인은 2006.3.31. 쟁점용역의 개발 및 검수가 완료되어 쟁점프로그램을 복제한 프로그램을 2006. 4.21, 2006.5.25.에 매출한 사실이 발주서, 인수확인서, 청구외 ○○코리아시스템 주식회사(이하 “△△△"라 한다)와의 리셀러계약서, △△△의 일본수출계약서, 세금계산서 등에 의해 확인됨에도 처분청이 쟁점용역을 재고자산으로 보고 공급시기도 2006.6.30.자로 보아 부가가치세를 조기환급하지 아니하고 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 주장하는 바, 이를 살펴보면,

• 가) 발주서를 보면, 쟁점용역의 납기가 2006.3.31.자로 되어 있고, ‘메모’란에는 ① 시스템납품 후 테스트지원(3개월, 무상유지보수 15개월), ② 대금지급: 시스템 납품, 검수 후 익월 14일까지로 되어 있으며, 인수확인서상의 인수일자는 2006.3.31.자로 되어 있다
• 나) 쟁점용역의 대가 220백만원 중 195백만원을 청구법인이 청구외법인에게 2006.4.28. 인터넷뱅킹으로 이체하였음이 청구법인이 추가 제출한 ‘이체결과조회’에 의해 확인된다.
• 다) 리셀러계약서는 2005.4.11. 작성되었고, △△△의 수출계약서는 2006.4.3. 작성되어 있으며, 청구법인은 △△△에게 2006.4.21. 9,450,000원과 2006.5.25. 28,939,758원을 상당의 프로그램 4개를 판매한 것으로 세금계산서에 나타난다.
• 라) 당심에서 △△△에 전화로 확인한 바, 쟁점프로그램을 위 나)와 같이 청구법인으로부터 매입하여, 수출하였다고 진술하였고 이는 국세통합시스템에 의해서도 확인된다.
• 마) 당심에서 청구법인에게 확인한 바, 청구법인은 쟁점프로그램 원본을 판매하는 것이 아니라 원본을 복제한 CD 또는 파일 형태의 프로그램을 판매하고 CD KEY에 의해 관리를 하고 있다고 한다.
• 바) 청구법인은 소프트웨어 개발업체로 직원개발비를 연구개발비로 계상하여 감가상각을 하였고, 쟁점용역대금 2억원도 연구개발비로 계상하였음이 2004년과 2005년 및 2006년 사업연도의 법인세(중간예납) 신고서에 첨부된 재무제표, 연구개발비 계정원장 등에 의해 확인된다.

5. 처분청은 쟁점세금계산서상의 용역내용은 개발비가 아닌 재고자산이므로 조기환급대상이 아니며, 쟁점세금계산서의 공급시기도 사실과 다른 공급전 세금계산서이므로 매입세액불공제 처리하였으나, 위 법령 및 사실관계를 종합하여 보면, 조기환급 대상인 사업설비의 신설 등에는 감가상각자산인 개발비도 포함하 는 것(부가가치세법시행규칙 제22조 의 2와 법인세법시행령 제24조)인 바, 청구법인은 소프트웨어개발업체로서 쟁점용역의 결과물인 쟁점프로그램 원본을 판매하는 것이 아니고 그 원본을 복제한 프로그램을 판매하는 것이며, 쟁점용역 비용도 감가상각자산인 개발비로 계상하였으므로 쟁점용역은 부가가치세 조기 환급대상으로 판단되며, 또한, 검사확인 후 청구법인의 승인을 득한 날을 개발완료일로 규정하고 2006.3.31.자를 쟁점용역의 개발완료일로 되어 있는 점, 쟁점용역의 납기와 인수일자가 2006.3.31.자인 점, 총 거래대금 220백만원 중 195백만원을 2006.4.28. 지급한 점, 쟁점프로그램을 2006.4.21과 2006.5.25. 매출한 점으로 볼 때, 쟁점용역의 완료시점이 2006.3.31.자라는 청구법인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 재고자산의 매입과 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 조기환급하지 아니하고 오히려 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.