쟁점부동산의 양도에 대하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

청구인은 2001. 7. 24.부터 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지(이하 “쟁점사업장”이라 한다) 소재 대지 239㎡ 및 지상 5층 건물 688.25㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 대지 및 건물을 “쟁점부동산”이라 한다)를 부동산임대업에 사용한 사 업자로서 2005. 2. 15. 쟁점부동 산을 청구외 고○○에게 양도하고 부동산임 대업을 폐업하면서 쟁점건물 양도에 대한 부 가가치세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 쟁점건물의 양도가 부가가치세법에 의한 재화의 양도에 해당하 는 것으로 보아 일반과세자의 세율을 적용하여, 2006. 2. 9. 청구인에게 2005년 제1기분 부가가치세 42,714,990원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 4. 20. 이의신청을 거쳐 2006. 7. 11. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 사업장 관할세무서장은 부가가치세법 제25조 의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되게 되는 과세기간 개시 20일 전까지 그 사실을 사업자에게 통지하여야 하고, 그 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세가 적용되어야 하나, 처분청이 청구인에게 일반과세자로 되는 과세유형전환통지서를 등기로 발송한 사실이 확인되지 아니하는바, 과세유형전환 통지 없이 청구인을 일반과세자로 보아 과세함은 부당하다.
• 나. 청구인이 부동산임대업을 영위하였던 쟁점부동산을 부동산임대업자에 게 양도하였는바 비록 사업의 포괄적 양·수도계약서를 작성하지 아니하였다 하 더라도 실질적인 사업의 포괄적 양도로서 재화의 공급이 아니므로 이 건 부가가치세 과세처분은 부적법하다.

• 가. 부가가치세법 제25조 의 개정(2003. 12. 30. 법률 제7007호)으로 일반과세자가 보유한 간이과세 사업장은 2005. 1. 1.부터 일반과세자로 유형전환 된다고 규정되어 있고, 청구인이 세무대리인을 통하여 2005. 2. 20. 제출한 부가가치세신고서에 의하면 일반과세자로서 신고·납부한 사실 등으로 볼 때, 청구인은 2005. 1. 1. 간이과세자에서 일반과세자로 과세유형 전환된 사실을 알고 있었을 것으로 판단되고, 국세청 홈페이지를 통하여 과세유형을 상시 확인할 수 있는바, 청구주장은 신빙성이 없다.
• 나. 쟁점부동산을 양도한 이후 사업의 양·수도계약서를 제출한 사실이 없 고, 사업을 포괄 양도·양수하려면 사업에 관련된 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켜 사업의 동일성이 그대로 유지되어야 하나, 매수인 고○○이 간이과세자로 사업자등록을 신청한 사실이 확인되는바 과세유형이 청구인과 다르므로 처분청이 쟁점부동산을 재화의 공급으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인을 일반과세자로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가 리는데 있다.
• 나. 관련 법령 이 건 부과처분의 납세의무 성립일 현재 시행된 관련 부가가치세 법령은 다음과 같다. 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

⑥ 다음 각 호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. 2) 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다.)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위 내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다.)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. (2003. 12. 30. 단서개정)

1. 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자 (2003. 12. 30. 신설) 3) 부가가치세법 부칙 제1조【시행일】(2003. 12. 30. 법률 제7007호) 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제4조 제3항 및 제25조 제1항의 개정 규정은 2005년 1월 1일부터 시행하고, 제12조 제1항 제3호의2의 개정규정은 2004년 4월 1일부터 시행하며, 제32조의2 제1항·제4항 및 제5항(현금영수증 및 현금영수증가맹점에 관한 사항에 한한다.)의 개정규정은 조세특례제한법 제126조의3 의 개정규정의 시행일부터 시행한다. 4) 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(괄호 내용 생략)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다.)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 증 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.(2000. 12. 29. 개정)

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것 5) 부가가치세법 시행령 제74조의2 【간이과세 및 일반과세의 적용시기】

① 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항의 규정에 의한 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 행의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다. (1999. 12. 31. 개정)

② 제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시 전일까지 교부하여야 한다. (1999. 12. 31. 개정)

④ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용한다. (2000. 12. 29. 신설)

• 다. 사실 관계

1. 국세통합전산망 조회자료에 의하면 청구인이 2001. 7. 24. 쟁점사업장을 간이과세자로 사업자등록을 한 사실, 처분청이 2005. 1. 1. 쟁점사업장을 일반과세자로 하여 부가가치세 과세유형전환을 한 사실이 확인되고, 부가가치세 경정결의서에 의하면 처분청이 쟁점부동산의 매각에 대하여 쟁점부동산의 양도가액 6억6천만원 중 토지와 건물을 기준시가로 안분계산한 쟁점건물분 354,834,610원에 대하여 일반과세 세율을 적용하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 확인된다.

2. 청구인이 쟁점사업장을 운영할 당시

○○ 도

○○ 시

○○ 동

○○ 번지에서 일반과세자로서

○○ 점을 운영(2002. 10. 1.～2005. 10. 1)한 사실, 2005. 2. 25. 부가가치세 확정신고서에 폐업일자를 2005. 2. 1.로 하여 일반과세자로서 부가가치세를 신고·납부하면서 쟁점사업장에 대한 사업의 포괄적 양·수도계약서를 첨부하지 아니한 사실, 쟁점사업장에 대한 과세유형전환통지서가 등기로 발송되지 아니하였다는 사실에 대하여 청구인과 처분청 사이에 다툼은 없다.

3. 등기부등본과 이의신청결정문에 의하면 쟁점부동산의 소유권이전일이 2005. 2. 15.이며, 쟁점사업장에서 청구인과 임대차계약을 맺고 사업을 하던 임차인들이 청구인과 2005. 2. 15.까지 임대차 관계를 유지한 것으로 진술하고 있다.

4. 국세통합전산망 조회자료에 의하면 쟁점부동산을 인수한 고○○은 2005. 2. 14. 간이과세자로 사업자등록을 신청하여 2006. 3. 5. 폐업하였음이 확인된다.

• 라. 판단 1) 부가가치세법 제25조 제1항 제1호 (2003. 12. 30. 신설) 및 같은 법 부칙 제1조에는 2005. 1. 1.부터 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자에 대하여는 간이과세를 배제하도록 규정하고 있고, 같은 법 제6조 및 시행령 제17조 제2항에는 사업을 양도하는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니하나 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우는 이를 사업의 양도로 보도록 규정하고 있다.

2. 청구인은 일반과세사업장을 보유한 사업자로서 쟁점사업장이 일반과세유형을 적용받게 되는 과세유형전환통지를 받지 못하였기 때문에 쟁점사업장의 양도에 대하여 간이과세를 적용받아야 한다고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다. 가) 부가가치세법 시행령 제74조의2 제2항 과 제4항에 의하면 제1항(1역년의 공급대가가 4천8백만원 이상인 경우)에 의해 일반과세유형을 적용받게 되는 경우 관할세무서장은 그 사실을 통지하여 납세자가 통지를 받은 날이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 전환된 일반과세유형을 적용해야 한다고 규정하고 있는바, 이런 법적 규정은 간이과세자의 대부분이 영세사업자로서 자기의 과세표준과 세법을 숙지하여 스스로 일반과세자로 과세유형이 변경된 것을 알고 세금계산서의 제출의무 등 여러 가지 협력의무가 새로 생기게 되며 이를 이행하지 아니할 경우에 발생하는 높은 세율의 적용과 가산세의 행정제재 등 뜻밖의 부담을 방지하기 위한 제도적 장치로 볼 수 있다 할 것이다(국심2005서1423, 2005. 7. 27. 같은 뜻).

• 나) 그러나 위 시행령 조항에서 2003. 12. 30. 신설된 부가가치세법 제25조 제1항 제1호 에 의한 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자에 대하여는 과세유형전환통지 의무사항이 언급되어 있지 아니한데, 이는 일반과세가 적용되는 사업장을 보유하고 있는 사업자는 기장 등 세무능력이 충분하다고 보아 당해 사업자의 다른 사업장에 대해서는 간이과세적용을 배제하도록 한 법 취지와 같은 맥락으로 보아야 할 것이다.
• 다) 한편, 청구인은 쟁점사업장을 폐업하면서 스스로 일반과세자로 과세유형이 변경된 것을 알고 세무대리인을 통하여 일반과세자로서 확정신고·납부를 한 사실로 보아 청구인이 2005. 1. 1.부터 쟁점사업장이 일반과세자로 전환된 사실을 안 것으로 보인다.
• 라) 따라서 관련 법령에 간이과세자가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자에 대하여 관할세무서장에게 과세유형전환통지 의무가 부여되지 아니하였고, 청구인도 스스로 쟁점사업장이 일반과세자로 과세유형 이 전환된 사실을 인지하여 일반과세자로서 부가가치세를 신고한 이 건의 경우, 쟁점사업장은 2005. 1. 1. 이후 일반과세를 적용함이 타당한 것으로 판단된다.

3. 청구인은 부동산임대업에 공하던 쟁점건물을 부동산임대업자에게 양도하였기 때문에 비록 사업의 양·수도 계약을 체결하지 아니하였더라도 쟁점건물의 양도는 사업의 포괄적 양도로서 재화의 공급이 아니라고 주장하는바, 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구인이 비록 폐업신고일을 2005. 2. 1.자로 하여 관할세무서장에게 신고하였다 할지라도, 등기부등본의 상황과 쟁점사업장의 임차인들의 진술로 보아 실제 쟁점사업장의 폐업일을 2005. 2. 15.로 봄이 타당하고
• 나) 쟁점사업장이 일반과세사업장으로 변경(2005. 1. 1)된 이후 쟁점부동산을 간이과세자에게 양도(2005. 2. 15)하였기 때문에 부가가치세법 제17조 의 규정에 의하여 재화의 공급에 해당한다 할 것이다.

4. 위의 사실관계와 법령을 종합하여 볼 때, 일반과세 사업장 에 해당하는 쟁점사업장을 간이과세자에게 양도한 경우에 해당하므로, 처분청이 쟁점건물의 양도에 대하여 재화의 공급으로 보아 일반과세세율을 적용하여 청구인에게 부가가치세를 경정·고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2 호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.