사실과 다른 세금계산서인지 여부

○○세무서장이 2006. 3. 3. 청구인에게 한 부가가치세 1999 년 제2기분～ 2001년 제1기분 73,911,990원 과 종합소득세 1999년～2001년 과세연도분 20,610,510원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은

○○ 도

○○ 시

○○ 구

○○ 동

○○ 번지 소재

○○ 상사(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 온도감지센서기를 임가공하여 제품의 상당 부분을 청구외

○○ 공업주식회사(이하 “

○○ 콘덴서”라 한다)에 납품해 온 사업자로서, 청구외 주식회사

○○ 양행(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 원재료인 실리콘 등을 공급받은 것(이하 “쟁점거래”라 한다)으로 하여 1999년 제2기부터 2001년 제1기(이하 “쟁점기간”이라 한다) 중 공급가액 338,580천원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아, 관련 과세기간의 부가가치세 신고시 매입세액에서 공제하였다.

○○지방국세청장은 2004년 5월 주식회사 ○○양행(이하 “○○양행”이라 한다)에 대한 자료상 조사 결과, 청구외법인이 폐업일 이후 ○○양행에 세금계산서 6,694백만원을 교부한 사실을 ○○세무서장에게 통보하였다.

○○세무서장은 2004년 11월 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구외법인이 쟁점기간 중 쟁점세금계산서를 포함하여 총 17,115백만원의 사실과 다른 세금계산서를 교부하였다는 과세자료를 파생하였고, 2005년 12월 동 자료에 의거 청구인에 대한 세무조사를 한 결과, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세 1999년 제2기～2001년 제1기분 3,401,760원73,911,990원, 쟁점기간의 청구인의 소득금액을 추계로 결정하여 종합소득세 1999년～2001년 과세연도 20,610,510원, 합계 94,522,500원을 2006. 3. 3. 청구인에게 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 3. 6. 이의신청을 거쳐 2006. 6. 28. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 1982년 쟁점사업장을 개업한 이후 온도감지센서기를 임가공하여 상장회사인 ○○콘덴서에 70% 이상 납품하고 있는바, 제품의 주재료인 망간과 실리콘 등은 수입 자재로서 납품 받는 가격이 비싸고 현금으로 즉시 대금결제를 해야 하는 등 거래 조건이 좋지 않아, 1992년 경 청구외법인의 송○○ 사장이 좋은 거래 조건(1㎏ 4,000원, 1개월 외상거래)을 제시하므로 이에 거래를 시작한 이후 청구외법인이 폐업할 때까지 10년 가까이 지속적으로 거래하였다. 쟁점사업장은 연 매출 3～4억원의 영세한 업체이고, 매출처인 ○○콘덴서로 부터 매출대금을 받아 수표로 인출하여 매입대금과 인건비 등을 지급하였으 며, 청구인이 제조·영업·관리 등 모든 업무를 총괄하면서 세무업무에는 무지하다 보니 대금 지급처를 꼼꼼히 기록하지 못하였고, 오랫동안 거래해 오는 업체에 대하여 거래명세표와 입금표가 있으면 별다른 문제가 없을 것으로 판단하였

• 다. 처 분청은 청구인이 실물거래 업체가 따로 있다고 주장하나, 청구인이 10년을 자료상으로부터 매월 세금계산서를 교부받으면서 이중거래를 하여야 할 이유가 없고, 금융자료 증빙을 제시하지 못한다고 하지만 매입대금을 금융계좌에서 수표 등으로 출금하여 하였는바, 청구외법인과의 거래기간이 오래 경과하고 청구외법인의 대표자인 송○○이 사망하여 소명이 부족한 점 등을 감안하여 이 건 실물거래를 인정하여 부과처분을 취소하여야 한다.

청구인은 제품을 생산하여 ○○콘덴서에 70% 이상 납품하고 있는 제품의 특성상 매출부분은 정상 거래로 판단되는 반면, 원재료 매입처인 청구외법인이 부분자료상으로 고발된 업체로서 매입에 대한 금융자료 등 증빙의 제시를 요구하였으나 청구인은 현금결제하였다며 증빙을 제시하지 못하므로 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제함은 정당하고, 거래 사실을 확인할 수 없는 자료상과의 매입액이 96%에 달하는 등 매출에 대응하는 필요경비를 확인할 수 없어 소득세법시행령 제143조 의 규정에 따라 소득금액을 추계로 결정함이 타당하다. 청구인은 청구외법인이 다른 매입처보다 유리한 거래 조건을 제시하여 장기간 거래하여 왔다는 주장만 할 뿐 거래명세표와 입금표 외에 실거래를 입증할 만한 금융자료 등 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 청구외법인은 ○○세무서장의 자료상 조사 시 당초 사업장이 전혀 존재하지 않고 단순히 서류 상으로 존재하는 법인으로 확인되었으므로 청구외법인과 실물거래를 하였다 는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 소득금액을 추계결정 하여 소득세를 경정한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 이 건 부과처분의 납세의무 성립일 현재 시행된 관련 부가가치세 및 소득세 법령은 다음과 같다. 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호 의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또 는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.(1994. 12. 22. 개정) 3) 소득세법시행령 제143조 【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 4) 상법 제520조 의 2 【휴면회사의 해산】

① 법원행정처장이 최후의 등기 후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기 후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간 내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다. 5) 법인세법 기본통칙2-0-...2【청산종결의 등기를 한 법인의 납세의무】 법인이 청산종결의 등기를 한 경우에도 그 청산의 종결여부는 실질에 따라 판정하는 것이므로 당해 법인이 각 사업연도소득 또는 청산소득에 대한 법인세를 납부할 의무를 이행할 때까지는 계속 존속하는 것으로 한다.

• 다. 사실 관계 1)

○○세무서장이 2004. 11. 작성한 청구외법인에 대한 조사복명서에 의하면, 청구외법인은 대표이사인 송○○의 사망 후 폐업하였으나 폐업일 이후 6,694백만원의 세금계산서를 교부하였고, ○○지방국세청의 ○○양행 자료상 조사 시 청구외법인은 오○○가 실제 관리하는 업체로 사업장이 없었다고 조 사되었으나, 송○○의 처 한○○은 남편이 청구외법인을 정상적으로 운영하다가 부도를 당하여 채권자가 야간에 찾아오는 등 많은 시달림을 받았으며 창고에 보관 중인 물품을 처분하여 부도어음도 정리하고 채무도 해결해야 한 다는 걱정을 직접 들은 적도 있고, 1996년 화재로 인해 사업장을 폐지하였으 나 약품 보관 장소에서 업무를 보면서 물품을 출하하였기 때문에 사업장이 없었 다는 주장은 사실과 다르다는 진술을 하고 있으므로, 청구외법인의 폐업일 이 후 세금계산서 교부 분은 전부 가공으로, 그 이전 거래에 대하여는 자료상 혐의 자료로 관할 세무서장에 자료를 통보한다는 내용이 기재되어 있다. 2)

○○세무서장이 2005. 12. 작성한 쟁점사업장에 대한 조사복명서에 의하면, 쟁점사업장은 주재료인 망간, 실리콘 등을 사용하여 전자제품인 온도감지센서를 제조하는 업체로서 쟁점사업장의 주 매출처는 상장회사인 ○○콘덴서이며 제품의 특성 상 매출부분을 정상거래로 판단하였음이 확인된다. 또한, 매입처를 조사한 결과 부분자료상으로 고발된 청구외법인과의 거래 대금에 대한 금융증빙 제시를 하지 못하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정결정하고, 외부조정으로 종합소득세를 신고하였으나 필요경비 중 제조비용이 82%를 차지하고 있음에도 매입에 대하여 자료상과의 거래를 실거래로 주장하고 있어 매출에 대한 대응원가를 확인할 수 없으므로 소득세법시행령 제143조 의 중요한 부분이 미비한 것으로 보아 추계결정한 사실이 확인된다. 3) 국세통합전산망 조회자료에 의하면 쟁점사업장에 대한 부가가치세 신고 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점사업장 부가가치세 신고 내용 (단위: 천원, %) 구 분 매출액① 매입액②

② /① 부 가 율 청구외법인 거래분 청구인 전국 매입액③

③ /② ’93 259,583 138,322 53.3 46.7

• 27,240 19.7 ’94 239,223 108,568 45.4 54.6

• 52,305 48.2 ’95 251,535 106,316 42.3 57.7

• 76,420 71.9 ’96 178,440 118,393 66.3 33.6

• 73,890 62.4 ’97 232,746 136,394 58.6 41.4 36.3 121,120 88.8 ’98 202,225 128,556 63.6 36.4 37.4 117,488 91.4 ’99.1 222,984 105,518 47.3 52.7 38.1 85,540 81.1 ’99.2 218,279 110,703 50.7 49.3 38.2 104,800 94.7 ’00.1 246,193 124,552 50.6 49.4 35.2 109,960 88.3 ’00.2 192,040 137,418 71.6 28.4 35.8 106,900 77.8 ’01.1 284,640 193,826 68.1 31.9 38.7 16,920 8.7 소계 941,152 566,499 60.2 39.8 37.5 338,580

• 계 2,527,888 1,408,566 55.7 44.3

• 892,583 63.4 ※법인전환 후(2002～2006) 매출 대비 매입비율은 76.4～51.9%, 부가율은 동 법인은 23.6～48.1%, 전국은 19.9～29.1%임

4. 청구인은 1993년～1995년까지 간편장부대상자로 종합소득세를 신고하였 고(소득금액 1993년 15,763천원, 1994년 14,576천원, 1995년 15,239천원), 1996년부터 복식기장의무자로 쟁점기간 중 아래 <표2>의 내용과 같이 신고하였다. <표2> 종합소득세 신고 내용 (단위: 천원, %) 구 분 매출액 제 조 원 가 매출액/ 재료비 종합소득 금 액 계 재료비 기타비용 1999 441,264 360,391 205,797 154,594 46.6 22,621 2000 438,234 359,648 219,109 140,539 50.0 21,973 2001 389,677 314,375 152,514 134,200 39.1 20,838 계 1,269,175 1,034,414 577,420 429,333 45.5 65,432 ※ 1996～1998 기간의 매출액 대비 재료비는 평균 57.5%임.

5. 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 이 건 과세와 관련된 세무조사를 받은 이외에 달리 세무조사를 받은 사실이 나타나지 아니한다. 6) 이 건 청구시 제출한 청구인 명의 금융계좌의 ‘유동성거래내역’(2000～2001년) 상 청구외법인이나 송○○ 명의로 송금된 내용 이 없고, 수표 인출한 건 중 비교적 고액 인출분(2000년 17건 112,000천원, 2001 년 1건 10,000천원)과 매출대금으로 받았다는 ○○콘덴서 발행어음(2000년 12건 27,472천원, 2001년 10건 26,723천원)에 대하여 금융기관에 금융조회를 의뢰한바, 2000년 거래분은 1건 6,000천원 청구외 김○○ 수령분을 제외하고 수표 보존기간 경과로 수령자가 확인되지 아니하고, 2001년 거래분은 청구외법인이나 송○○ 명의로 수령한 사실이 확인되지 아니한다. 또한, 청구인은 쟁점거래에 대한 거래명세표·입금표, 청구인이 보관한 청구외법인의 사업자등록증 사본(신청일자 1992. 7. 23. 검열일자 1993. 1. 25.), 송○○의 주민등록증 사본, 청구외법인의 이사였다는 한

○○ 의 확인서(청구인에게 실물거래를 하였다는 내용)를 증빙자료로 제출하였다.

7. 청구외법인의 등기부등본에 의하면, 청구외법인은 1991. 11. 26. 화공약품, 의약품 등의 판매업을 사업목적으로 설립되었고, 송○○이 1992. 5. 17. 대표이사로 취임하였으며, 1998. 12. 1. 상법 제520조의2 제1항 의 규정에 의하여 해산등기되어 2001. 12. 1. 청산결정(2002. 3. 28. 등기 폐쇄)된 것으로 확인된

• 다. 8) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구외법인은 대표이사인 송○○에 게 2000년 15,600천원, 2001년 6,500천원의 급여를 지급한 것으로 신고하였으며, 2000. 11. 탈세제보에 의하여 1998.1～12. 기간에 대한 세무조사를 받아 부가가치세 209백만원이 과세된 사실이 있고, 1997년 이후 세금납부실적은 33건에 86백만원으로 확인되며, 청구외법인의 부가가치세 신고내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구외법인 부가가치세 신고내용 (단위: 천원) 구 분 매출 과세표준 매입 과세표준 납부할 세액 비 고 거래처 공급가액 거래처 공급가액 1998.2기 3,415,570 3,294,498 12,106 1999.1기 2,544,044 2,598,284 10,044 1999.2기 3,185,663 3,056,603 12,906 납 부 2000.1기 126 3,793,873 41 3,666,632 12,724 납 부 2000.2기 127 4,497,033 47 4,435,509 6,152 납 부 2001.1기 6 5,292,724 30 1,083,116 517,476 1,884 납부 나머지는 결손 합 계 22,728,907 18,134,642 571,408
• 라. 판단 1) 처분청은 청구외법인이 사업장이 없는 법인이고 청구인이 청구외법인과 의 금융거래 사실을 입증하지 못한다하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서 로 본 데 대하여 살펴본다.
• 가) ○○세무서장이 청구외법인을 부분 자료상으로 보아 쟁점세금계산서를 자료상 혐의자료로 분류한 점, 2000. 11. 탈세제보자료에 의하여 ○○세무서장이 청구외법인을 조사하여 과세한 점, 송○○의 처 한○○이 청구외법인의 실제 영업을 하였다고 진술한 점, 청구외법인이 쟁점기간 중 100여 업체에 매출·매입 거래가 있는 점 등으로 미루어 청구외법인이 실체가 없는 법인으로 보기는 어렵다 할 것이고,
• 나) 당심에서 금융기관에 2000년～2001년 청구인의 금융거래를 조회하였으나 수표 보존기간 5년이 경과되어 확인할 수 없다는 통보를 받아 청구외법 인과의 금융거래 사실이 확인되지 아니한바, 과세관청이 쟁점거래에 대한 금 융거래 증빙을 요구하는 것은 납세자에게 과도한 입증책임을 부여한 것으로 보인다.

2. 청구인은 원재료를 매입하여 온도감지센서기를 임가공 제조한 후 대부분 ○○콘덴서에 공급하고 있는데 오랫동안 청구외법인으로부터 원재료를 매입하면서 청구외법인 대표이사인 송○○로부터 직접 인수하였다는 주장에 대하여 살펴본다.

• 가) 국세통합전산망 조회자료에서 1993년부터 2001년 청구외법인 이 폐업 할 때까지 장기간 계속하여 청구외법인으로부터 물품을 매입한 것으로 나타나 고 있고,
• 나) 쟁점사업장은 매입액의 대부분이 청구외법인과 거래이고, 쟁점기간의 부가율이 39.8%로서 동종 업종의 전국 평균 부가율(37.5%) 보다 높고, 청 구인은 1996년 이후 복식기장 의무자로 신고해 왔는데 쟁점기간의 매출액 대 비 재료비의 비율이 45.5%로서 그 전의 과세기간(57.5%)보다 오히려 낮으 며, 쟁 점사업장이 법인으로 전환된 후의 매입비율은 쟁점 기간보 다 높고 부가율 은 더 낮게 나타나고 있는 점으로 미루어, 쟁점세금계산서가 과다한 금액으로 교부된 것으로는 보이지 아니한다.
• 다) 그렇다면, 청구인이 굳이 오랫동안 청구외법인으로부터 실물거래 없 이 쟁점세금계산서를 교부받을 특별한 이유는 없다고 보인다.

3. 위의 내용을 종합하여 보면, 청구인이 장기간 청구외법인으로부 터 원재료를 매입한 사실이 국세통합전산망에 의해 확인되고, 청구외법인도 대표자가 사망하기 전까지는 실물거래가 있었던 것으로 보이며, 쟁점사업장에 대한 쟁점기 간의 부가율과 재료비율 등이 양호하고, 청구인 이 장기간 사업을 영위해 오면 서 이 건 과세를 위한 세무조사 이외에는 세금탈루 혐의로 세무조사를 받은 사실이 없는 점 등에 비추어, 청구인과 청구외법인 사이에 쟁점세금계산서와 관련한 실물거래가 있었던 것으로 인정함이 타당하다고 판단된다.

론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3 호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.