쟁점세금계산서상의 거래가 실지 있었는지 여부

청구법인은 합성수지 등의 제조업을 영위하고 있는 법인으로서, 특수관계에 있는 청구외 (주)□□프라스틱(이하󰡒청구외법인󰡓이라 한다)으로부터 2005.6.30. 3면스탠드 실링기(이하󰡒쟁점기계①󰡓이라고 한다)를 공급가액 230백만원에 매입한 것으로 한 세금계산서(이하󰡒쟁점세금계산서①󰡓라 한다)와 2005.8.31. 가공기 (이하󰡒쟁점기계②󰡓라 하며, 쟁점기계①과 쟁점기계②를 모두 지칭할 때는󰡒쟁 점기계󰡓라 한다)를 공급가액 370백만원에 매입한 것으로 한 세금계산서(이하󰡒쟁점세금계산서②󰡓라 하며, 쟁점세금계산서①과 ②를 모두 지칭할 때는 󰡒쟁점세금계산서󰡓한다)를 교부받아 해당기분(2005년 제1기 확정분 및 2005년 제2기 예정분) 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하여 각각 신고하였다. 처분청은 청구법인의 2005년 제2기 예정분 조기환급신고에 대하여 현지확인조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점기계를 실제 구입하지 않고 세금계산서만 교부받은 것으로 판단하여 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 그 외 2005년 제1기분 해당 매출누락액 25,391,880원을 과세표준에 가산하여 청구 법인에게 2006.1.5. 2005년 제2기 예정분 부가가치세 44,744,100원을, 2006.2.8. 2005년 제1기분 부가가치세 31,581,750원을 각각 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.4.4. 심사청구를 하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점기계를 실지 구입하지 아니한 것으로 보아 관련매입세액을 불공제하였으나, 청구법인과 청구외법인은 대주주가 동일하여 법인세법상 특수관계에 있는 회사들로서, 자회사인 청구외법인은 청구법인으로부터 제품 제조공정의 일부분인 제대공정부분을 하청받아 임가공하고 있는데, 청구법인은 당시 청구외법인에 대한 대여금(관계회사대여금)을 보유하고 있어 이를 회수코자하였으나 청구외법인의 현금 지급능력이 부족하여 부득이 쟁점기계로 대물변제 받고 쟁점세금계산서를 교부받았는데도 처분청이 이를 실물거래 없는 허위의 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 이 건 부과처분은 부당하다. 예비적 청구로서, 부가가치세법 제9조 제3항 의 규정에 의하면, 사업자가 공급시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 일부를 받고 이 와 동시에 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 보도록 규정하고 있는바, 이 건의 경우 앞서 본 바와 같이 쟁점기계대금과 대여금을 상계처리한 것은 민법 제492조 의 규정에 의하여 적법하게 대금지급이 이루어진 것이고 그 대금지급시점을 거래시기로 하여 지급금액 범위 내에서 세금계산서를 교부하였다면 동 세금계산서는 쟁점기계의 인도 여부와 관계없이 적법한 세금계산서이므로 이 점에서도 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제되어야 함이 타당하다.

청구법인은 청구외법인에 대한 대여금과 상계하고 쟁점기계를 구입하였다고 주장하나, 현지확인 조사당시 쟁점기계는 청구외법인의 공장에 원상태 그대로 설치․가동되고 있었는바, 이는 객관적인 증빙없이 특수관계에 있는 쌍방간의 회계처리만으로 소유권이 이전되었다고 볼 수 없고, 더구나 쟁점기계①에 대하여는 매매계약서도 작성된 바 없고, 쟁점기계②와 관련하여서도 청구법인이 제시하는 2005.8.31.자 계약서의 내용 중 ‘설치공간의 부족으로 본 건 기계의 설치는 매도인의 사업장에 설치 중에 있음’이라는 부기 내용이, 청구법인은 설치공간을 제공할 때까지는 청구외법인에 설치한다는 내용의 약정이라고 주장하나, 처분청에서 현지확인조사 전인 2005.11.2. 청구법인으로부터 팩스로 송부받은 계약서에는 이러한 부기내용 없이 2005.8.31. 인도하는 것으로 되어 있었던 점으로 보아 조사에 착수한 것을 알고 임의로 기재한 것으로 보이는데, 이와 같이 2005.8.31. 인도하도록 하였음에도 이를 이행하지 아니한 것은 인도되거나 소유권이 이전된 것이 아니라는 명백한 근거라 할 것이므로, 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상의 거래가 실지 있었는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 2) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 3) 부가가치세법 제21조 【재화의 공급시기】

① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. (1978. 12. 30. 개정)

1. ～ 8. (생략)

9. 기타의 경우에는 재화가 인도되거나 인도가능한 때

4. 부가가치법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 5) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】 (2003. 12. 30. 제목개정)

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. (2003. 12. 30. 개정)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (1994. 12. 22. 개정) 6) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조 의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 (2005. 2. 19. 개정)

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 (2002. 12. 30. 개정)

3. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 (1998. 12. 31. 개정)

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인 (1998. 12. 31. 개정) 7) 민법 제189조 【점유개정】 동산에 관한 물권을 양도하는 경우에 당사자의 계약으로 양도인이 그 동산의 점유를 계속하는 때에는 양수인이 인도받은 것으로 본다. 8) 민법 제492조 【상계의 요건】

① 쌍방이 서로 같은 종류를 목적으로 한 채무를 부담한 경우에 그 쌍방의 채무의 이행기가 도래한 때에는 각 채무자는 대등액에 관하여 상계할 수 있다. 그러나 채무의 성질이 상계를 허용하지 아니할 때에는 그러하지 아니하다.

② 전항의 규정은 당사자가 다른 의사를 표시한 경우에는 적용하지 아니한다. 그러나 그 의사표시로써 선의의 제3자에게 대항하지 못한다.

• 다. 사실관계 및 판단 1) 청구법인과 청구외법인은 대주주가 동일하여 특수관계에 있는 사실과 쟁점기계①을 230백만원에 청구법인이 매수한다는 내용의 매매계약서는 작성한 바 없으며 쟁점기계①과 쟁점기계②에 대한 세금계산서를 수수하여 신고한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

2. 2004년말 청구외법인의 주주현황을 보면, 청구법인의 대표자 정○○은 18,000주(45%), 정임국의 아들 정△△은 14,000주(35%)를 보유하고 있어 법인세법 시행령 제87조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 특수관계에 해당된다.

3. 당심이 청구법인에게 쟁점기계들의 사용처와 매매가격 결정과정을 문의한 결과, 쟁점기계①(3면스탠드 실링기)는 일본 도다니사에서 제작한 기계로서 지퍼가 없는 비닐봉투를 제조하는데 사용하며, 쟁점기계②(가공기)는 일본 니시베사에서 제작한 기계로서 지퍼가 있는 비닐봉투를 제조하는데 사용하고, 쟁점기계들의 매매가액은 기계도매상에 시세를 전화문의하여 결정하였다고 밝히고 있다.

4. 청구법인과 청구외법인은 같은 업종(합성수지제품 제조업)을 영위하고 있으며, 청구법인으로부터 제대공정부분을 하청받아 임가공 용역을 공급하고 있는 청구외법인은 2004.2기～2005.2기 기간 총매출액 5,162백만원 중 2,925백만원(56.66%)의 용역을 청구법인에게 공급하는 것으로 확인된다.

5. 처분청이 제시하는 쟁점기계②에 대한 2005.8.31.자 매매계약서에 의하면, 제2조에서 매매대금은 총액 370,000,000원(부가가치세 별도)으로 하고 대여금 잔액 492,841,540원에서 전액 공제하기로 하기로 하면서, 제3조에서 쟁점기계②를 2005.8.31.까지 청구법인의 본사공장에 설치하여 인도하도록 되어 있는데, 그 계약서 말미에 “현재 당사의 설치공간 부족에 따라 본 기계의 설치는 매도인의 사업장에 설치 중에 있음”이라고 청구외법인이 수기로 기재하여 별도 날인한 것으로 되어 있는 반면, 청구법인이 이 건 심사청구시 제시하는 동일자의 기계매매계약서에 의하면, 다른 내용은 위 계약서의 내용과 동일하나 위 계약서의 말미에 수기로 기재된 내용은 없이, 제3조에 “단, 을(청구법인)의 설치공간 부족으로 인하여 쌍방 협의하에 갑(청구외법인)의 사업장에 설치한다.”라는 단서가 규정되어 있다.

6. 처분청은 부가가치세 환급 현지확인 복명서, 2005.11.에서 ‘쟁점기계들은 청구법인의 설치 공간 부족으로 조사일 현재까지 모두 청구외법인의 공장에 설치되어 있다’고 기록하고 있으며, 당심 조사결과, 쟁점기계들은 청구법인에게 이전됨이 없이 청구외법인의 공장에 설치된 상태대로 청구외법인이 사용하고 있음이 임가공계약서(2005.12.27, 작성)에 의하여 확인되며, 청구외법인은 2003.3.20. 쟁점기계①을 334,832,427원에 취득하여 매매로 회계처리할 때까지 감가상각누계액 117,402,867원을 계상하여 고정자산처분익 12,570,440원이 발생한 것으로 기장하였으며, 쟁점기계②는 쟁점기계①과 같은 날 422,707,473원에 취득하여 매매할 때까지 감가상각누계액 109,481,235원을 계상하여 고정자산처분이익 56,773,762원이 발생한 것으로 기장하고 있음이 기계취득가액 계산명세와 대체전표에 의하여 확인된

• 다. 7) 처분청이 제시하는 청구법인의 2004사업연도의 결산서부속명세서인 장기성대여금명세서에 의하면, 2004년말 현재 청구외법인에 대한 대여금은 662,900,162원이었던 것으로 나타나고, 청구법인이 제시하는 청구외법인에 대한 2005년도 장기대여금원장등에 의하면 장기대여금으로 이월받은 662,900,162원에서 2005.6.30. 쟁점기계①의 대금 230,000,000원을, 2005.8.31.에는 쟁점기계②의 대금 370,000,000원을 각각 상계처리 하였으며, 같은 날짜에 쟁점기계를 취득한 것으로 청구법인의 2005년도 기계장치원장에 각각 기장된 것으로 나타나며, 청구외법인의 장기차입금 거래처별원장과 기계장치 계정별원장에는 청구법인과 같은 거래내용이 상대 계정으로 계상되어 있다.(청구법인의 보충서류, 2006.9.6)

8. 청구법인과 청구외법인이 작성한 2005.12.27.자 임가공계약서에 의하면, 청구외법인은 청구법인이 지정한 물품을 가공하여 납품하기로 하면서 쟁점기계를 무상으로 제공받는 것으로 되어있고(임가공계약서 제6조), 임가공 계약기간은 2006.1.1.부터 2006.12.31.까지로 하되 특별한 사정이 없는 한 연장하는 것으로 하며, 2006.6.1.자 쟁점기계에 대한 임대계약서에 의하면, 청구외법인에게 2006.6.1.부터 월 4백만원에 임대하는 것으로 되어 있다.

9. 위 사실관계들을 종합해 보면, 청구법인은 거래시기가 속하는 사업연도의 직전사업년도말 현재 청구외법인에 대하여 장기대여금 662,900,162원을 가지고 있었으며, 쟁점기계를 매입할 때 장기대여금과 상계하여 매입대금을 각각 정산하였다고 주장하면서 관련 증빙으로 쟁점기계② 매매계약서, 대체전표, 기계장치 계정별원장, 장기대여금 거래처원장, 임가공계약서 등을 제출하고 있으나, 쟁점기계①를 거래하면서 매매계약서를 작성하지 않았을 뿐만 아니라 쟁점기계①이 인도되지 않았으며, 쟁점기계②를 거래할 때에는 매매계약서를 작성하였으나 쟁점기계의 인도시기에 매수자인 청구법인에게 인도되지 않았

• 다. 또한 쟁점기계들이 매수자측으로 인도되지 않았다는 사실과 청구법인이 처분청에 당초 제시한 쟁점기계②에 대한 매매계약서와 심사청구시 제출한 매매계약서를 대조할 때 기계매매계약서 제3조의 단서와 수기(手記)한 단서의 유무에 있어서 서로 달라 쟁점기계들의 실지 매매가 있었다고 신뢰하기 어렵다 할 것이고, 오히려 매매가 있는 것처럼 하여 장기대여금을 감액시킴으로써 청구법인이 세법상 부담하고 있는 부당행위계산부인 등 예상되는 불이익을 제거하기 위하여 만들어진 문건들로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.