공통매입세액 안분계산의 적정 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 2005. 2.16. ○○시장으로부터 미술관과 주택 겸용의 건물신축허가를 받아 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 대지 1,851.90㎡에 위 건물의 신축공사를 진행하였다. 청구인은 공사가 진행 중이었던 2005년 상반기에 공급받은 공사용역 547,451,560원에 대하여 매입세금계산서를 교부받아 그 매입세액 54,745,156원을 공제하여 2005년 제1기 확정분 부가가치세를 신고하고 매입세액 전액을 환급받았다. 처분청은 2005. 8월에 실시한 부가가치세환급 현지 확인조사에서 위 매입세액을 공통매입세액으로 보고 부가가치세법 시행령 제61조 의 규정에 의거 과세분과 면세분으로 안분계산하여 면세분에 대한 매입세액 21,966,679원과 신고불성실가산세 2,196,667원을 가산한 24,163,340원을 2005년 제1기분 부가가치세로 경정하여 2005.11.1. 청구인에게 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 2. 1. 이 건 심사청구를 하였다.

처분청은 당초 건축허가서상에 면세용역인 주택부분 등이 포함되었다 하여 이 부분에 대한 매입세액에 대하여 불공제한 것으로 보이나, 중도에 여러 사정에 의거 주택 및 전시실로 건축허가된 것을 건물전체를 제1종 근린 생활시설로 변경한 건축허가를 2005.10.17. ○○시장으로부터 교부받아 당초의 건축용도 및 면적까지도 변경하여 건축을 진행하였다. 이에 대하여 처분청에서는 중도에 설계를 변경하였을지라도 신고시점 건축허가서상에는 주택부분이 있었기 때문에 이 부분에 대한 매입세액을 불공제한 것이라고 하나, 실제 내용을 보면 주택부분은 처음부터 건축한 적이 없으며 건물전체를 1,2종 근린상가로 신축하고 있었으므로 과세시점에 부동산 임대용역에 대응한 매입세액은 전액 공제한 것이 적법한 것이다.

부가가치세 과세사업과 면세사업에 사용할 목적으로 건물을 신축하는 사업자가 건물신축과 관련된 공통매입세액을 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제3호 의 예정사용면적비율에 따라 안분계산 하는 경우로서 건물준공 이전에 예정사용면적비율이 변경되는 때에는 당해 변경일이 속하는 과세기간부터 변경된 비율을 근거로 하여 면세사업관련 공통매입세액을 안분계산 하는 것이므로 변경전의 과․면세예정면적비율에 의하여 안분계산 하여 면세사업관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다(국심2004서2812, 2004.12. 9. 부가46015-44, 1997. 1. 8.).

• 가. 쟁점 당해 과세기간 이후에 건축물에 대하여 설계변경이 있는 경우, 과․면세분에 대한 매입세액을 안분함에 있어 변경 후의 예정사용면적 비율에 의하는지 또는 변경 전의 예정사용면적 비율에 의하는지
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

○ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 면세공급가액 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 2005. 2.16. 관할 지방자치단체인 ○○시장으로부터 교부받은 건축허가서와 2005.10.17. 교부받은 변경건축허가서의 내용을 비교하면 다음 표와 같다. 구 분 당 초 변 경 허가일

2005. 2.16. 2005.10.17. 건축주 백○○(000000-0000000) 좌 동 위 치

○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 좌 동 대지면적 1,851.90㎡ 좌 동 건물명칭 백○○미술관+주택 백○○미술관+주택 주용도 문화 및 집회시설(전시실) 제1종 근린생활시설 건축면적 687.95㎡ 661.07㎡ 연면적 911.16㎡ 999.30㎡

2. 처분청이 공통매입세액을 안분계산한 내역은 다음과 같다. 면세분 면적 388.36㎡ 매입세액 57,228,684원 × ―――――――――――――――― = 21,966,679원 연면적 1,011.78㎡

3. 부가가치세 과세사업과 면세사업에 사용할 목적으로 건물을 신축하는 사업자가 당해 건물신축과 관련한 공통매입세액을 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제3호 의 예정사용면적비율에 따라 안분계산함에 있어 당해 건물의 준공 전에 건축허가 변경 등 행정기관의 행정조치 또는 다른 객관적인 사유로 인하여 당초 예정사용면적비율이 변경되는 경우에는 당해 변경일이 속하는 과세기간분부터 동 변경비율을 근거로 하여 관련된 공통매입세액을 안분계산 하는 것이다.

4. 그렇다면 설계변경 전 매입세액을 공통매입세액으로 보아 면세사업관련 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.