사실과 다른 세금계산서로 본 처분의 당부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구 외 이○○과 최○○(이하 “이○○ 등”이라 한다)는 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지(347.1㎡, 이하 “쟁점대지”라 한다)위 여관건물(1,412㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점대지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하기 위하여 이○○ 명의로 건축허가(2001. 9. 4.)를 받아, 청구 외 ○○종합건설(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)와 도급금액 780백만원의 도급계약을 맺고 쟁점건물을 신축 중, 2002. 3.15. 청구인에게 쟁점부동산을 양도하였다. 청구인은 쟁점건물에 대하여 건축주 명의를 청구인으로 변경한 후 사용승인(2002. 5.20.)을 받아, 2002. 5.25. 청구외법인으로부터 공급가액 650,000천원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2002년 제1기분 부가가치세 신고 시 동 세금계산서의 매입세액을 공제받고, 여관업을 영위하다 2002.12.26. 쟁점부동산을 청구 외 남○○에게 양도하였다.

○○세무서장은 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세 실지조사(2005년 3월) 결과, 쟁점부동산의 전 소유자인 이○○이 미등록사업자로서 쟁점건물을 신축하였으나 세금계산서는 청구인이 교부받았다는 과세자료를 처분청에 통보하였다. 처분청은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 매입세액을 불공제 하여 2005.12. 1. 청구인에게 2002년 제1기분 부가가치세 117,812,500원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 1.26. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인이 쟁점부동산을 이○○ 등으로부터 포괄 승계하면서 잔금 성격의 부가가치세액을 건설회사에 주기로 한 합의내용은 매매의 조건이므로 잔금 완불 시 교부받은 세금계산서는 적법한 거래행위에 의한 세금계산서이다. 이○○이 이중으로 환급을 받았거나 청구외법인이 동 세금계산서를 누락한 사실이 없다면 이는 당연히 정상거래임에도, 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 법리를 확대해석한 것으로 부당하다.

이○○이 제출한 청구인과의 부동산매매계약서에는 매매대금 이외의 부가가치세는 청구인이 부담하기로 약정되어 있는 바, 이○○과 청구외법인간에 체결한 도급계약서에는 쟁점건물 신축에 대한 도급금액이 780백만원(부가가치세 별도)이고 쟁점세금계산서의 공급가액은 650백만원으로(비록 도급계약서상과 쟁점세금계산서상 매입세액 및 청구인이 실제로 공사비로 지급하였다고 주장과 차이는 있지만), 쟁점건물의 도급공사비를 이○○이 부담하였음에도 청구인이 부가가치세를 부담한다는 것은 이○○이 미등록사업자이므로 부가가치세 환급이 불가능할 것으로 판단하여 청구인이 쟁점세금계산서를 교부받는 것으로 계약하였다고 보인다. 따라서 쟁점건물 신축에 대한 용역공급을 받은 자는 청구인이 아닌 이○○이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(괄호 생략)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. (2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것).

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. (단서 생략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단 【사실관계】

1. 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 이○○ 등은 쟁점부동산과 관련하여 사업자등록을 한 사실이 없고, 청구인이 2002. 4.22. 사업자등록을 하여 2002년 제1기분 부가가치세 신고 시 쟁점세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표를 제출하면서 조기환급으로 매입세액을 공제받은 사실이 확인된다.

2. ○○세무서장이 2005년 3월 쟁점부동산의 양도에 대하여 조사하고 작성한 복명서를 살펴본다.

• 가) 이○○ 등의 확인서에 의하면, 청구 외 백○○으로부터 쟁점대지를 420백만원에 취득하고, 2001. 9. 4. 쟁점건물에 대한 건축허가(지하1층 지상 5층)를 받아 20 01. 9.19. 청구외법인과 도급금액 780,000천원(부가가치세 별도)의 쟁점건물 신축계약을 체결하여 공사를 진행하던 중, 2002. 1.14. 청구인의 남편 서○○와 이○○이 쟁점건물을 완공하여 매각하는 조건으로 매매계약(매매대금 16억원, 잔금지급일 2001. 3.15.)을 체결하였으나, 청구인으로 명의변경을 해 달라는 요청이 있어 동 계약을 그대로 승계하는 조건으로 명의를 변경해 주었고, 청구인은 여관을 개업하기 위해 간판·집기·전자제품·침구·약간의 추가공사를 하여 준공을 필하고 개업을 하였으며, 이○○ 등은 청구외법인에 공사비 780,000천원을 지급하였다.
• 나) 이○○ 등으로부터 쟁점부동산을 매수한 청구인은 2002. 4.10. 건축주를 청구인으로 관할구청에 명의변경 신고한 후 2002. 5.20. 쟁점건물에 대한 사용승인을 받아 여관업을 운영하다가, 2002.12.26. 남○○에게 쟁점부동산을 22억원에 양도하였다.
• 다) 이○○ 등이 제출한 청구인과의 매매계약서에 의하면, 매도자가 건물완료 시 준공과 매수자의 보존등기까지 책임을 지고 처리하고, 집기를 제외한 건물전체 마무리 공사를 설계대로 하며, 하자보수는 매도자가 건설사와 협의하여 책임진다는 조건이 있고, 이○○ 등이 청구외법인에 지급한 영수증, 입금표에 의하면, 청구인과 매매계약이 체결된 2002. 1.24. 이후에도 수차례에 걸쳐 공사대금을 지급한 사실이 확인된다.
• 라) 청구인은 청구외법인으로부터 수취한 세금계산서를 제출하고 건설비를 자신이 부담하였다고 주장하나 대금지급에 관한 소명자료를 제시하지 못하고 있으며, 상기의 확인내용과 같이 건설비는 매도자인 이○○이 부담한 것으로 확인된다.
• 마) 이○○ 등이 건설비를 부담하였음에도 건물분 부가가치세를 별도로 명시하여 청구인이 부담하고 건물분 부가가치세 환급을 매도자(이○○, 최○○)가 책임을 진다(부수계약 제9항)라는 계약내용에 의하여 확인되는 바, 미등록사업자인 이○○ 등의 부담으로 공사를 한 후 쟁점부동산의 양도가 이루어졌으나, 건설비에 대한 부가가치세 문제가 발생하자 미등록자인 이○○ 등의 명의로는 환급이 불가능하다고 판단되어 청구인이 사업자등록을 하고 부가가치세를 부담한 후 사업장관할 세무서로부터 환급받은 것으로서, 동 환급이 부당환급이라는 과세자료를 처분청에 통보하였음이 확인된다. 【판단】 청구인은 쟁점부동산을 포괄 승계하면서 잔금성격의 부가가치세액 65,000천원을 청구외법인에 주기로 한 합의 내용은 매매의 조건이므로 쟁점세금계산서가 적법한 세금계산서라고 주장하는 바, 청구인이 미등록사업자인 이○○ 등으로부터 신축 중이던 쟁점부동산을 매수하면서 특약사항에 “매도자는 건물완료 시 준공과 동시 보존등기까지 책임지고, 계약금액(양도금액)은 건물 전체 마무리 공사를 설계대로 하는 것으로 하며, 부가가치세만 청구인이 청구외법인에 부담하는 것으로 한다.”라고 약정하고 있으며, 이○○ 등이 청구인과의 매매계약 대로 쟁점건물을 완공하고 청구외법인에 공사대금 780, 000천원을 지급하였다고 확인하였고, 청구인은 청구외법인에 공사대금을 지급하였다는 주장만할 뿐 그에 대한 증빙을 제시하지 못하고 있다. 위와 같이 계약서상에 매도인 이○○ 등이 쟁점건물을 신축하여 청구인에게 양도하기로 한 사실이 확인되므로 청구인이 청구외법인에게 지급한 부가가치세 해당 금액은 쟁점건물 신축과 관련하여 건설용역을 제공받은 데 대한 대가라기보다는 부동산 매매대금의 일부를 지급한 것이라고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 사실상 쟁점건물 신축용역을 공급받은 매도인 명의로 세금계산서를 교부받지 아니하고 청구인 명의로 교부받은 쟁점세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당되므로, 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2002년 제1기분 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심사청구는 청구인 주장이 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.