매입세금계산서 대가로 지급한 당좌수표가 부도 등으로 지급내역이 불분명함

[주문]

○○세무서장이 2003.5.15 청구인에게 경정고지한 1999년 제2기분 부가가치세 13,744,550원, 2000년 제1기분 부가가치세 2,409,430원, 2000년 제2기분 부가가치세 30,417,200원, 2001년 제1기분 부가가치세 25,003,990원, 2001년 제2기분 부가가치세 4,523,700원과 2001년 과세연도 종합소득세 18,797,040원중,

1. 2001년 제1기분 부가가치세 25,003,990원의 부과처분은, 청구외 ○○대학교에 대한 매출액 1,700,000원을 과세표준에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 2001년 제2기분 부가가치세 4,523,700원의 부과처분은 이를 취소하며,

3. 2001년 과세연도 종합소득세 18,797,040원의 부과처분은, 청구외 ▲▲전기로부터의 매입액 34,000,000원을 필요경비로 인정하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

4. 나머지 청구주장은 받아들일 수 없어 이를 기각합니다. [이유]

청구인은 전기공사업(상호: ○○전기건설공사)을 영위하고 있는 사업자로서, 1999.9.3부터 2001.3.16까지의 기간중 청구외 ●●전기주식회사(이하 "●●전기"라 한다)로부터 공급가액 353,342,190원(이하 "쟁점1금액"이라 한다)의 매입세금계산서 16매를, 1999.10.12부터 2001.1.29까지의 기간중 청구외 주식회사 △△전기(이하 "△△전기"라 한다)로부터 공급가액 116,029,120원(이하 "쟁점2금액"이라 한다)의 매입세금계산서 12매를 각 수취하고, 그에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 1999년 제2기분부터 2001년 제1기분까지 부가가치세를 신고하였으며, 2000.12.9 청구외 ▲▲전기(이하 "▲▲전기"라 한다)로부터 공급가액 34,000,000원(이하 "쟁점3금액"이라 한다)의 매입세금계산서 1매를 수취하고, 그에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제 및 종합소득세 필요경비에 산입하여 2000년 제2기분 부가가치세 및 2000년 과세연도 종합소득세를 신고하였다. 처분청은 청구인에 대한 세무조사 결과, 쟁점1금액과 쟁점2금액의 거래를 위장거래로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 쟁점3금액의 거래는 가공거래로 보아 2001년 제2기분 매입세액 불공제 및 2001년 과세연도에 필요경비 불산입하며, 또한 2001년 제1기중 청구외 ○○대학교(이하 "○○대학교"라 한다)에 공급가액 1,700,000원(이하 "쟁점4금액"이라 한다)의 매출을 하고 이를 신고 누락한 것으로 보아, 청구외 (주)○○○○에 대한 매출누락금액 1,800,000원과 함께 부가가치세 과세표준에 포함 및 종합소득세 총수입금액에 산입하여, 2003.5.15 청구인에게 1999년 제2기분 부가가치세 13,744,550원, 2000년 제1기분 부가가치세 2,409,430원, 2000년 제2기분 부가가치세 30,417,200원, 2001년 제1기분 부가가치세 25,003,990원, 2001년 제2기분 부가가치세 4,523,700원과 2001년 과세연도 종합소득세 18,797,000원, 합계 94,895,910원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.8.7 심사 청구하였다.

• 가. 쟁점1금액의 거래를 실제 ●●전기와 하였고, 쟁점2금액의 거래를 실제 △△전기와 하였는데, 그 거래사실이 약속어음과 당좌수표 사본에 의하여 확인됨에도, 이를 위장매입으로 보아 부가가치세를 과세함은 부당하고,
• 나. 쟁점3금액의 거래와 관련하여, 청구인은 2000.12.9 ▲▲전기와 전기공사계약을 체결하고 선급금으로 37,000,000원을 지급한 뒤 같은 날 쟁점3금액의 매입세금계산서를 교부받았는데, 그 후 ▲▲전기가 계약을 이행하지 않기에 2001.12.6 계약해지통보 및 선급금 반환청구소송을 제기하여 2002.5.7 ○○지방법원 ○○지원으로부터 조정결정을 받게 되었는바, 쟁점3금액에서 실제 납품 받은 금액 6,676,500원을 차감한 27,323,500원에 대해서만 과세하여야 하고, 그 과세기간도 법원의 조정결정이 이루어진 시점으로 하여야 하며,
• 다. 쟁점4금액은 청구인이 매출을 누락한 것이 아니라 ○○대학교가 동 금액의 매입세금계산서 합계표를 중복 제출한 것으로서, 이를 부가가치세 과세표준에 포함 및 종합소득세 총수입금액에 산입하여 부가가치세 및 종합소득세를 과세함은 부당하다.

• 가. 당초 조사시 청구인은 쟁점1금액과 쟁점2금액의 실제거래처가 청구외 ○○전업사 김○○이나 각 ●●전기와 △△전기 명의의 세금계산서를 수취하였다고 확인한바 있어, 이에 따라 쟁점1금액과 쟁점2금액의 거래를 위장거래로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하고,
• 나. 쟁점3금액의 세금계산서는 청구인이 ▲▲전기와 전기공사계약을 체결하고 선급금조로 37,000,000원짜리 약속어음을 발행하여 준 뒤 교부받은 세금계산서이나, 실제 공사가 이루어지지 않았으므로 관련 매입세액을 불공제하고 필요경비 불산입하여 부가가치세와 종합소득세를 과세한 처분은 정당하며,
• 다. 청구인은 ○○대학교가 쟁점4금액의 매입세금계산서 합계표를 중복 제출하였다고 주장만 할 뿐 그에 대한 입증을 하지 못하고 있으므로, 이를 부가가치 과세표준에 포함하고 종합소득세 총수입금액에 산입하여 부가가치세와 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점1금액과 쟁점2금액을 위장매입으로 보아 부가가치세를 과세한 처분과, 쟁점3금액을 가공매입으로 보아 부가가치세와 종합소득세를 과세한 처분 및 쟁점4금액을 매출누락한 것으로 보아 부가가치세와 종합소득세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 【과세표준】제1항은 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.』라고 규정하면서, 그 제호는 『금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항은 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정하면서, 그 제1호는 『제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제21조 【경정】제1항은 『사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.』라고 규정하면서, 그 제2호는 『확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고 있다. 소득세법 제19조 【사업소득】제2항은 『사업소득금액은 당해 연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.』라고 규정하고 있다. 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】제1항은 『부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해 연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.』라고 규정하고 있다. 소득세법 제80조 【결정과 경정】 제2항은 『납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.』라고 규정하면서, 제1호는 『신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점1금액에 대하여

• 가) 청구인이 ●●전기로부터 매입하였다는 쟁점1금액(공급가액 353,342,190원, 공급대가 388,676,358)의 거래내역과 입금표 발행 및 청구주장의 대금 결제내역은 아래와 같다.<표 생략>
• 나) 1999.9.3 거래금액 15,741,880원과 1999.9.20 거래금액 17.302,010원에 대하여, 청구인은 1999.8.15자 11,000,000원의 약속어음과 1999.8.20자 19,800,000원의 약속어음으로 ●●에 결제하였다고 주장하는데, 동 어음들은 지급기일인 각 1999.9.30 및 1999.9.2 부도 처리되었기에, 위 거래에 대한 대금 지급증빙이 될 수 없다고 판단된다.
• 다) 2000.10.2 거래금액 18,421,755원과 2000.10.31 거래금액 20,595,245원에 대하여, 청구인은 2000.10.31자 39,000,000원의 당좌수표로 ●●전기에 결제하였다고 주장하는데, 동 당좌수표는 2003.6.11 ○○은행 서교동지점에서 창구지급된 사실이 확인되나, 당좌수표 발행일로부터 2년 8개월여가 지나도록 결제를 하지 아니하고 있다가 이 건 부과처분(2003.5.15)을 받은 후에야 결제를 하였다는 것은 사회통념상 이해하기 어려운 부분으로서, 이에 의하여 그 대금 지급증빙이 될 수는 없다고 할 것임(심사 법인2002-192, 2003.3.10 같은뜻)이다.
• 라) 2000.11.1 거래금액 29,945,850원과 2000.11.13 거래금액 33,531,615원 및 2000.11.30 거래금액 36,745,225원에 대하여, 청구인은 2000.11.30자 100,000,000원의 당좌수표로 ●●전기에 결제하였다고 주장하는데, 동 당좌수표는 ○○은행 ○○동 지점에서 2003.6.19 교환 지급된 사실이 확인되나, 위 다)와 같은 사유로 그 대금지급증빙으로 볼 수 없다고 판단된다.
• 마) 2000.2.2 거래금액 29,952,461원과 2000.12.30 거래금액 40,950,076원에 대하여, 청구인은 2000.12.30자 8,000,000원의 약속어음과 2000.12.30자 56,900,000원의 당좌수표로 ●●전기에 결제하였다고 주장하는데, 동 8,000,000원의 약속어음은 지급기일인 2001.3.22 부도 처리되어 대금 지급증빙이 될 수 없고, 56,900,000원의 당좌수표는 ○○은행 ○○동 지점에서 2003.6.12 창구지급된 사실이 확인되나, 역시 위 다)와 같은 사유로 그 대금 지급증빙이 될 수는 없다고 할 것이다.
• 바) 2001.1.8 거래금액 22,135,135원과 2001.1.12 거래금액 17,852,593원 및 2001.1.16 거래금액 11,469,535원에 대하여, 청구인은 2001.1.17자 50,000,000원의 약속어음으로 ●●전기에 결제하였다고 주장하는데, 동 약속어음은 지급기일인 2001.5.30 부도 처리되었기에, 위 거래에 대한 대급지급증빙이 될 수 없다고 판단된다.
• 사) 2001.1.22 거래금액 29,378,030원, 2001.1.31 거래금액 46,631,998원, 2001.2.23 거래금액 16,384,500원 및 2001.3.16 거래금액 1,638,450원에 대하여, 청구인은 2002.2.23자 12,909,600원의 당좌수표와 2002.2.18자 16,000,000원의 당좌수표 및 2001.12.17자 18,480,000원의 약속어음으로 ●●전기에 결제하였다고 주장하는데, 동 당좌수표 2매는 거래일로부터 1년여가 경과한 뒤 발행된 것으로, 그 액면금액은 거래금액과 일치하지도 아니하는바, 이를 위 거래금액에 대한 대금 지급증빙으로 볼 수 없다고 판단되고, 18,480,000원의 약속어음은 지급기일인 2002.4.3 부도 처리되어 역시 그 대금 지급증빙이 될 수 없다고 할 것이다.
• 아) 상기 내용을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점1금액의 거래를 실제 ●●전기와 하고 약속어음과 당좌수표로 결제하였다고 주장하나, 동 제시된 약속어음은 모두 부도처리된 것들이고, 당좌수표는 발행일로부터 2년 8개월여 정도 지나도록 결제를 않고 있다가 이 건 부과처분 후에야 결제된 것들이거나, 거래일로부터 1년여가 경과하여 발행되었으면서 그 금액도 일치하지 아니하는 것들이며, 청구인이 제시한 약속어음과 당좌수표의 발행일자 및 금액은 입금표상의 지급일자 및 지급액과도 전혀 달라 이를 쟁점1금액의 대금 지급증빙으로 볼 수는 없다고 판단되고, 한편, 청구인은 2003.1.13 작성한 확인서에서 쟁점1금액의 전기공사자재를 청구외 김○○를 통하여 공급받았으나 ●●전기 명의의 매입세금계산서를 수취하였다고 시인함으로써 스스로 쟁점1금액의 거래가 위장거래임을 인정한바 있으며, 쟁점1금액의 거래와 관련하여 달리 그 거래사실을 입증할 만한 대금지급증빙, 거래원장, 당좌수표 발행대장 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로, 처분청이 쟁점1금액의 거래를 위장매입으로 보아 이 부분 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점2금액에 대하여

• 가) 청구인이 △△전기로부터 매입하였다는 쟁점2금액(공급가액 116,029,120원, 공급대가 127,632,032원)의 거래내역과 입금표 발행 및 청구주장의 대금 결제내역은 아래와 같다.<표 생략>
• 나) 1999.10.12부터 2001.1.29까지 12건 거래금액의 합계인 127,632,032원에 대하여, 청구인은 1999.10.30자 87,963,000원의 약속어음으로 △△전기에 결제하였다고 주장하는데, 동 약속어음은 지급기일인 1999.11.20자에 부도 처리되었고, 입금표상 지급일자와 지급액과도 일치하지 않기에, 쟁점2금액에 대한 대금 지급증빙이 될 수 없다고 판단되고, 한편, 청구인은 2003.1.13 작성한 확인서에서 쟁점2금액의 전기공사자재 또한 청구외 김○○를 통하여 공급받았으나 △△전기 명의의 매입세금계산서를 수취하였다고 시인하여 스스로 쟁점2금액의 거래가 위장거래임을 인정한 바 있으며, 쟁점2금액의 거래와 관련해서도 달리 그 거래사실을 입증할 만한 대금지급증빙, 거래원장, 당좌수표 발행대장 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로, 처분청이 쟁점2금액의 거래를 위장매입으로 보아 이 부분 부가가치세를 과세한 처분 역시 잘못이 없다고 판단된다.

3. 쟁점3금액애 대하여 쟁점3금액의 세금계산서가 전기공사 선급금을 지급하고 교부받은 세금계산서이기 때문에 동 세금계산서의 수수행위는 정당하다는 청구주장과, 실제 공사가 이루어지지 않은 가공세금계산서라서 정당하지 아니하다는 처분청주장중, 어느 것이 맞는지를 따지기에 앞서 당심이 직권으로 이 건 과세기간 적용이 적정여부를 살펴보면, 쟁점3금액의 세금계산서발행일은 2000.12.9이고, 청구인은 2000년 제2기분 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제받았으며, 또한 2000년 과세연도 종합소득세 신고시 이를 필요경비로 계산하였음에도, 처분청이 이 부분 과세처분을 함에 있어서 그 과세기간을 2001년 제2기분 및 2001년 과세연도로 하였는바, 쟁점3금액에서 실제 납품 받은 금액 6,676,500원을 차감한 27,323,500원에 대해서 법원의 조정결정이 이루어진 시점(2002.5.7)을 그 과세기간으로 하여 과세하여야 한다는 청구주장이 맞는지를 가려 그에 따라 다시 과세함은 별론으로 하더라도, 이 부분 과세처분은 취소되어야 할 것이다.

4. 쟁점4금액에 대하여 청구인이 2001년 제1기분 부가가치세 신고시 ○○대학교에게 공급가액 50,725,000원의 매출세금계산서 9매를 교부한 것으로 신고한 사실과, ○○대학교가 동 부가가치세 신고시 청구인으로부터 공급가액 52,425,000원의 매입세금계산서 10매를 교부받은 것으로 신고한 사실이 세금계산서합계표 및 국세통합전산망(TIS)에 의하여 확인되고, 그 차액은 ○○대학교의 본관 창공사 관련 2001.3.28자 쟁점4금액의 세금계산서 1매로서, ○○대학교는 2001년 제1기 확정분 부가가치세 신고시 쟁점4금액의 세금계산서를 중복 신고하였다는 내용의 확인서를 2003.7.8자 사무처장 명의로 작성한 사실이 있고, 이에 대하여 당심에서 다시 ○○대학교 사무처에 문의한 결과 위 확인서를 작성한 사실을 인정하는 점을 종합하여 보면, 청구인이 쟁점4금액의 매출을 누락한 것이 아니라 ○○대학교가 매입세금계산서 합계표를 중복 제출한 것이라는 청구주장이 신빙성이 있다고 판단되므로, 이 부분 부가가치세 및 종합소득세 부과처분 역시 취소되어야 한다고 보여 진다.

이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제13조 / 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제21조 / 소득세법 제19조 / 소득세법 제27조 / 소득세법 제80조 /