신고한 과세표준에서 면세대상 경비용역의 대가를 차감함이 타당함

○○세무서장이 2005. 7. 1. 청구법인에게 경정․고지한 2004년 제1기 예정분 부가가치세 7,934,570원의 부과처분은 59,676,417원을 과세표준에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

주택관리업체인 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○아파트와 같은구 ○○동 ○○번지 소재 ○○아파트에 대한 경비용역을 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 경비용역업체인 청구 외 (주)○○기업사(이하󰡒청구외법인󰡓이라 한다)에 위탁하고 2004. 1월～2004. 3월 동안 청구외법인으로부터 공급가액 66,69 8,361원(세액 6,669,831원)의 세금계산서(이하󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 교부받아 2004년 제1기 예정분 부가가치세신고 시 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다. 청구외법인은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 의 2 및 제4호의 3의 규정이 2004. 7.26. 개정되면서 공동주택에 대한 경비용역이 부가가치세 과세대상에서 면세대상으로 전환(2004. 7. 1. 이후 신고하는 분부터 적용)됨에 따라 쟁점세금계산서의 공급가액을 7,021,944원(세액 702,192원)으로 수정하고 나머지 59,676,417원(이하 󰡒쟁점금액󰡓이라 한다)은 계산서를 발행하는 등으로 하여 2004. 8월경 ○○세무서장에게 경정청구를 하였고, ○○세무서장은 2004년 10월경 이를 검토하여 부가가치세를 감액 경정하고 처분청에 과세자료로 통보하였다. 처분청은 쟁점금액에 대한 매입세액상당액 5,967,641원(이하󰡒쟁점세액󰡓이라 한다)을 불공제하여 2005. 7. 1. 청구법인에게 2004년 제1기 예정분 부가가치세 7,9 34,570원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 8.22. 이의신청을 거쳐 2005.12.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

조세특레제한법의 개정으로 공동주택관리를 위한 경비용역에 대하여 한시적으로 부가가치세가 면제되게 됨에 따라 청구외법인이 경정청구를 하여 부가가치세를 환급받아 아파트대표회의에 지급하였으므로, 청구법인은 수정신고를 하지 아니한 잘못은 인정하겠으나 부가가치세를 환급받은 사실이 없는데도 청구법인에게 환급되지도 아니한 세금을 납부하라고 고지한 이 건 부과처분은 부당하다.

청구법인은 청구외법인으로부터 부가가치세 과세에서 면세로 변경됨에 따른 부가가치세를 받은 사실이 없으므로 이 건 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 공동주택에 대한 경비용역이 조세특례제한법의 개정으로 과세에서 면세로 변경됨에 따라 매출처인 청구외법인이 쟁점세액을 포함하여 부가가치세 경정청구를 하였는데도 청구법인은 수정신고를 하지 아니하여 쟁점세액을 불공제하여 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공동주택에 대한 경비용역이 세법의 개정으로 부가가치세 과세에서 면세로 변경됨에 따라 경비업체인 청구외법인이 쟁점세액을 경정청구하여 환급받아 아파트관리업체인 청구법인에게 반환하지 아니하고 아파트입주자대표회의에 반환한 경우 청구법인이 당초 매입세액으로 신고한 쟁점세액은 공제되어야 하는지의 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의 2의 규정은 2004년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다. (2003.12.30. 후단개정) 4의 2. 주택법 제2조 제12호 의 규정에 의한 관리주체(동호 가목을 제외하며, 이하 이 조에서 󰡒관리주체󰡓라 한다) 또는 경비업법 제4조 제1항 의 규정에 의하여 경비업의 허가를 받은 법인(이하 이 조에서󰡒경비업자󰡓라 한다)이 주택법 제2조 제2호 의 규정에 의한 공동주택(이하 이 조에서󰡒공동주택󰡓이라 한다)에 공급하는 다음 각목의 용역 (2004. 7.26. 개정)

• 가. 관리주체가 공동주택에 공급하는 경비용역과 일반관리용역으로서 대통령령이 정하는 용역 (2004. 7.26. 개정)
• 나. 경비업자가 공동주택에 공급하거나 관리주체의 위탁을 받아 당해 공동주택에 공급하는 경비용역 (2004. 7.26. 개정) 4의 3. 관리주체 또는 경비업자가 공동주택(제4호의 규정에 의한 국민주택에 한한다. 이하 이 호에서 같다)에 공급하는 다음 각목의 용역 (2004. 7.26. 개정)
• 가. 관리주체가 공동주택에 공급하는 경비용역과 일반관리용역으로서 대통령령이 정하는 용역 (2004. 7.26. 개정)
• 나. 경비업자가 공동주택에 공급하거나 관리주체의 위탁을 받아 공동주택에 공급하는 경비용역 (2004. 7.26. 개정)

○ 조세특례제한법 부칙 (2004. 7.26. 법률 제7216호) 제8조 【공동주택 경비용역에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례】 제106조 제1항 제4호의 2 및 제4호의 3의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 과세표준신고를 하는 과세기간분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청이 제시하는 관련서류에 의하면, 청구외법인이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 의 2 및 제4호의 3의 규정이 2004. 7.26. 개정되면서 공동주택에 대한 경비용역이 2004. 7. 1. 이후 신고하는 분부터 부가가치세 면세용역으로 변경됨에 따라 2004년 제1기 예정분으로 신고한 쟁점세금계산서를 수정{당초 공급가액 66,6 98,361원에서 공급가액을 7,021,944원(세액 702,192원)으로 수정하고 나머지 59,6 76,417원은 면세로 계산서발행}하여 ○○세무서장에게 경정청구를 한데 대하여, ○○세무서장은 이를 받아들여 환급경정하고 처분청에 과세자료를 통보함에 따라, 처분청에서는 청구법인이 수정신고를 하지 아니하자 쟁점세액을 불공하여 이 건 부과처분을 한 것으로 나타난다.

2. 청구법인의 2004년 제1기 예정분 부가가치세 신고사항에 대한 전산조회자료에 의하면, 매출액은 349,586천원(○○아파트 입주자대표회의 315,056천원 및 ○○아파트입주자회의 34,530천원)이고, 매입액은 346,411천(쟁점세금계산서의 공급가액 포함)인 것으로 나타난다.

3. 청구법인은 청구외법인이 경정청구에 의하여 환급받은 세액을 청구법인에게 반환하지 아니하고 ○○아파트 입주자대표회의에 반환하였다고 하면서 제시하는 200 5. 8.12.자 ○○ 아파트입주자대표회의장 발급의 확인서에 의하면, 청구법인에게 관리용역을 위탁한 ○○아파트에서는 2004.11.30. 경비용역업체인 청구외법인으로부터 2004. 1. 1.～2004. 6.30.간의 부가가치세 환급기간에 대한 환급액 7,420, 000원을 환급받았다고 하면서 2004.11.30. 청구외법인으로부터 7,420,000원이 입금된 통장사본을 제시하고 있다.

4. 당심에서 2006. 2.13. 청구외법인의 직원 권○○에게 전화로 문의한 바, 청구법인과 관련한 2004년 1기 예정의 당초 공급가액 66,698,361원 중 7,021,944원은 면세대상의 경비용역이 아닌 미화용역이고 나머지 59,676,417원이 경비용역이라서 59,676,417원에 대하여 계산서를 교부하였다고 하며, 환급받은 것은 전액 아파트입주자대표회의에서 반환하여 줄 것을 요청함에 따라 2004. 1기 확정분의 경비용역에 대하여 당시 과세 여부가 불투명하여 부가가치세를 징수하고 그 신고를 함에 있어서는 면세로 신고함으로써 그에 대한 세액까지 포함하여 ○○아파트 입주자대표회의와 ○○아파트입주자회의에 직접 반환하였다고 한다.

5. 청구법인은 당시 위 아파트입주자회의들로부터 아파트관리용역을 위탁받아 경비용역 등에 대하여는 청구외법인 등에 하도급하여 준 형식으로 하였으나, 그 대금은 위 아파트입주자회의에서 청구외법인 등에 바로 지급함으로써 청구법인은 위탁관리수수료 상당액만 직접 받았고, 다만 매출세금계산서는 위탁받은 관리용역의 전액을 공급가액으로 하여 아파트입주자회의에 교부하고, 매입세금계산서는 경비업체인 청구외법인 등으로부터 교부받아 신고하였다고 한다.

6. 이와 같은 사실관계로 보아 청구법인으로부터 아파트경비용역을 위탁받은 청구외법인이 동 경비용역의 면세로 경정청구에 의하여 환급받은 세액을 청구법인에게 반환하지 아니하고 아파트입주자회의에 바로 반환하였다고 하여 청구법인이 신고한 매입세액 중 면세대상 경비용역의 세액인 쟁점세액을 불공제할 수 없는 것은 아니므로 처분청이 쟁점세액을 면세대상인 경비용역에 대한 세액으로 보아 매입세액을 불공제한 것은 타당해 보이나, 한편 청구법인이 신고한 부가가치세 과세표준에는 동 면세대상의 경비용역인 쟁점금액(59,676,417원)이 포함되어 있으므로, 그에 대한 세금계산서를 수정교부하지 아니한데 대한 가산세는 부과하더라도 이 건 부과처분은 쟁점금액을 과세표준에서 차감하여 경정하여야할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.