조세심판원 심사청구 부가가치세

감액 수정세금계산서에 의한 경정청구 당부

사건번호 심사부가2005-0523 선고일 2006.05.10

가액 변동시점에 감액수정세금계산서를 교부하고 교부일이 속하는 과세기간에 신고하여야 할 뿐만 아니라 당초 감정기관의 정당한 평가액을 그 후 회계감사법인의 과다평가 지적으로는 수정세금계산서 교부사유가 아니라고 한 사례

주문

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

1. 처분내용
  • 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 ○○○○라는 상호로 영화관을 운영하던 중 2003. 6.30. (주)○○기업○○지점(이하 “청구외법인”이라 한다)으로 법인전환하면서 영화관의 영업권을 감정평가법인이 평가한 가액으로 하여 양도․양수계약서를 작성하고 공급가액 1,101,000,000원, 세액 110,100,000원의 매출세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 청구외법인에게 교부하고 2003년 제1기 부가가치세 및 2003년 과세연도 종합소득세를 신고․납부하였다. 이후, 청구인은 2005. 3.31. 영화관의 영업권 평가액을 감액하여 작성한 재계약서를 근거로 공급가액 △825,750,000원, 세액 △82,575,000원의 수정세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다)를 교부하고, 2005.5.17. 2003년 제1기 부가가치세 82,575,000원 및 2003년 과세연도 종합소득세 59,454,000원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
  • 나. 처분청은 당초 감정평가법인의 감정가액에 의해 영업권을 평가하고 이를 근거로 적법하게 교부한 쟁점세금계산서에 대하여 특수관계자인 청구인과 청구외법인 간의 쌍방합의로 작성된 재계약서에 의해 감액된 수정세금계산서를 교부할 수 없다는 사유로 2005. 6.16. 청구인에게 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 9.18. 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구주장

청구인은 2003. 7. 1. 운영하던 영화관을 법인전환하면서 영업권을 전환법인인 청구외법인에게 양도하였으나 일체의 대금을 받지 못하였으며, 이후 청구외법인은 휴업을 반복하다가 결국 2005. 9.30. 사업장이 폐지되었고, 2005. 3월경 청구외법인의 기업회계 감사 시 잘못 평가된 초과수익력이 전혀 없는 영업권이라는 감사지적에 따라 영업권을 정상적으로 평가하여 재계약하고 감액된 수정세금계산서를 발행한 것으로 이에 대하여 국세청장에게 구체적인 내용을 질의한 바 수정세금계산서를 교부할 수 있다는 회신이 있었으며 또한 법인전환 시 영업권을 감정평가한 (주)○○감정평가법인(대표 변○○)도 사실확인서에서 설정된 가정이 잘못될 경우 평가액이 실제와 다르다고 인정하고 있고, 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에서도 그 내용에 정정사유가 발생하면 수정세금계산서를 교부할 수 있도록 되어 있으므로 처분청은 당연히 경정청구에 대한 거부 처분을 취소하고 환급결정해야 함이 타당하다.

3. 처분청 의견

청구인은 법인전환 시 감정평가법인에 의뢰하여 영화관의 영업권 및 기타시설장치 등을 당시의 조건 하에서 적정하게 평가된 내용에 따라 사업양도양수 계약을 하고 부가가치세 및 종합소득세를 신고․납부한 것으로, 이후 청구외법인의 회계감사 시 초과수익력이 없는 과대평가된 영업권이라는 지적만으로 재계약서를 작성하고 적법하게 교부한 세금계산서에 대한 수정세금계산서를 교부하거나 수정신고 또는 경정청구를 할 수 없는 것이며, 또한 사업양도양수의 재계약에 대하여 수정세금계산서를 교부할 수 있다고 하더라도 청구인과 청구외법인은 특수관계자로 법인전환 시 감정평가법인이 적법하게 평가한 영업권에 의해 부가가체세 등을 신고하여야 하고 달리 적용할 경우 소득세법 및 부가가치세법의 규정에 따라 부당행위계산의 적용 대상이 되므로 경정청구를 받아들일 수 없는 것이므로 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 감액된 수정세금계산서에 의해 경정청구한 건에 대한 거부 처분이 정당한지를 가리는 데 있다.
  • 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

○ 부가가치세법시행령 제50조 【시가의 기준】

① 법 제13조제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법시행령 제98조제3항 및 제4항 또는 법인세법시행령 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

○ 법인세법시행령 제89조 【시가의 법위 등】

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세및증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세및증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 운영하던 영화관을 청구외법인으로 전환하면서 영화관의 영업권 및 기타시설장치 등을 (주)○○감정평가법인이 평가한 가액으로 양도양수계약을 하고 청구외법인에게 세금계산서를 교부하였음이 감정평가서 및 양도양수계약서 등에 의해 확인된다.

2. 청구인은 청구외법인의 대표이사로 청구인과 청구인의 처 및 자녀들이 100%의 지분을 소유하고 있고, 또한 청구외법인으로부터 영업권 및 시설장치의 양도에 따른 대금을 전혀 수령하지 못한 상태에서 2005. 9.30. 사업부진을 이유로 청구외법인의 사업장이 폐지되었음이 국세통합시스템에 의해 확인된다.

3. 2005년 3월경 청구외법인의 회계감사 결과, 법인전환 시 취득한 영업권은 초과수익력이 없는 영업권임에도 감정평가법인이 영업권을 과대평가하였다고 감정오류를 지적함에 따라, 청구인과 청구외법인은 쌍방합의에 의하여 영업권을 275,250천원으로 하는 양도양수계약서를 재작성하고 그에 따라 2005. 3.31.을 작성연월일로 하는 감액된 수정세금계산서를 발행하여, 청구외법인은 2003년 사업연도의 영업권 및 영업권상각에 대한 법인세를 수정신고 하였고, 청구인은 2003년 제1기 부가가치세 및 2003년 과세연도 종합소득세를 환급하여 달라는 경정청구하였음이 처분청의 심리자료에 의해 확인된다.

4. 청구인은 경정청구 전인 2005. 4.28.에 국세청장을 상대로 위 사실을 근거로 영업권의 감액에 대한 수정세금계산서를 교부할 수 있는지 여부를 질의하였고, 2005. 5.10. 국세상담센터장(서면3팀-633, 2005. 5.10.)은 “개인사업자가 법인전환하는 경우 재화 또는 용역(권리포함)의 공급에 대하여 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하고 같은법 규정에 의하여 신고․납부한 후 계약내용의 일부변경으로 인하여 그 금액의 정정사유가 발생한 경우에는 같은법 시행령 제59조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 그 정정 사유가 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이고, 다만, 이 경우 귀 질의가 공급가액의 차감사유에 해당하는 지는 계약서 등에 의하여 종합적으로 사실판단 사항입니다.” 라고 회신하였음이 질의회신문에 의해 확인된다.

5. 법인전환 시 영업권을 평가한 (주)○○감정평가법인은 영화관의 영업권에 대한 감정평가 시 설정한 가정이 변경되거나 환경의 변화로 인하여 예측이 실제와 다를 수 있다는 사실확인서를 제출하였다.

6. 청구인은 (주)○○감정평가법인에 법인전환 당시 영업권의 감정평가를 의뢰하였으며, 그 결과 2006. 3.27. 영업권 평가액이 169,000,000원인 감정평가서를 제시하였음이 확인된다.

7. 위 사실관계를 종합하여 보면 청구인은 정당하게 수정세금계산서를 교부하고 경정청구하였다고 주장하나, 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하면 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 수정세금계산서를 교부할 수 있는 것이나, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부하는 것으로서, 이 건의 경우 공급가액이 변동된 시점인 2005. 3.31. 감액수정세금계산서를 교부하고 교부일이 속하는 과세기간에 부가가치세를 신고했어야 하나, 당초 교부일인 2003. 6.30.이 속하는 과세기간에 경정청구하였는 바 이는 과세기간을 달리하여 신고한 사실과 다른 세금계산서로서 정당한 경정청구로 볼 수 없고, 또한 감정평가법인이 영화관의 영업권을 당시의 조건 하에서 적법하게 평가하여 교부된 세금계산서에 대하여, 이후 청구외법인의 회계감사 시 초과수익력이 없다는 지적만으로 쌍방합의에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것이고, 당초 사업양도양수에 대하여 재계약을 하고 수정세금계산서를 교부할 수 있는 경우에도 청구인과 청구외법인은 특수관계자로 감정평가법인이 적법하게 평가한 영업권 가액에 의해 부가가치세 등을 신고하여야 하고 달리 적용할 경우 소득세법 등의 규정에 따라 부당행위계산의 적용 대상이 되어 경정청구를 받아들일 수 없는 것이므로 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)