매입처별합계표를 수정 신고하였으므로 가산세부과처분은 부당함

○○세무서장이 2005.07.01. 청구법인에게 한 2003년 제2기분 부가가치세 44,678, 590원의 부과처분은 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세(40,850,620원)를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정합니다.

청구법인은 2003년 1기에 청구 외 ○○상사 외 12 업체로부터 공급가액 1,999, 146,951원(세액 115,385,410원)의 매입세금계산서 32매(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다), 2003년 2기에 ○○○○ 외 2개 업체로부터 43,387,750원(세액 3,480, 000원)의 매입세금계산서 3매(이하 “쟁점②세금계산서”라 한다), 합계 공급가액 2, 042,534,701원(세액 118,865,410원)의 매입세금계산서 35매(이하 쟁점①세금계산서와 쟁점②세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 이를 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 2003년 2기분 매입세액으로 신고(쟁점②세금계산서는 2003년 2기 예정과 확정 때 이중신고)한 후, 2005.06.21. 2003년 2기 확정분에서 과다 신고한 쟁점①세금계산서의 매입세액을 공제세액에서 차감하여 수정신고하고, 동시에 2003년 1기분의 매입세액에 포함하는 것으로 하여 경정청구 하였다. 이에 대하여 처분청은 청구법인의 2003.2기 세금계산서불부합자료 처리 시 쟁점세금계산서에 대하여 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다)를 적용하여 가산세 40,850,620원과 쟁점②세금계산서에 대한 매입세액 3,480,000원을 불공제하고, 신고불성실가산세 347,970원을 적용하여 2005.07.01. 청구법인에게 2003년 제2기분 부가가치세 44,678,590원을 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.10.15. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인이 2003년 1기분에 해당되는 쟁점①세금계산서를 2003년 2기분 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 부가가치세를 신고하고, 쟁점②세금계산서를 20 03년 2기 예정 및 확정신고 시 이중으로 부가가치세를 신고하였지만, 조세회피 의도가 없고 오히려 국세를 조기에 납부하여 기업의 현금흐름에 불리한 결과를 초래하였고, 전체 과세기간 측면에서는 과다매입도 아니며, 영세율 매입의 경우에는 납부세액에 전혀 영향을 미치지 아니한다.
• 나. 청구법인은 부가가치세 전산시스템을 별도로 운영해 오던 중 오류가 많이 발생하여 2003년부터 ERP시스템을 도입하였고, 청구법인도 ERP시스템 도입 초기단계에서 기존 회계시스템의 전면 수정에 따른 업무가중과 매월 800～900건의 매입세금계산서를 수작업과 전산작업을 병행하는 과정에서 담당직원의 착오에 의해 쟁점①세금계산서는 과세기간을 달리하여 신고하고, 쟁점②세금계산서는 예정과 확정 때 이중으로 신고하였으나, 교부받은 세금 계산서에 의해 거래사실이 확인되므로 처분청이 청구법인에게 쟁점가산세를 부과한 처분은 부당하다.

• 가. 청구법인이 쟁점①세금계산서와 관련 2003년 2기분 부가가치세를 수정 신고하였다 하더라도 이건의 경우처럼 매입처별세금계산서합계표에 공급가액을 과다하게 기재하여 신고한 경우에는 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 면제대상이 아니며, 2003년 2기분 신고시점에서는 쟁점①세금계산서가 2003년 1기분이라는 사실을 알 수 있었음에도 즉시 수정신고하지 않고, 2005.06.21.에서야 수정 신고하였으므로 이를 단순착오로 인정할 수 없다.
• 나. 청구법인이 2003년 1기분을 2003년 2기분으로 신고한 쟁점①세금계산서와 2003년 2기 예정과 확정 때 이중으로 신고한 쟁점②세금계산서는 부가가치세법 제22조 제4항 제3호 에서 규정한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 경우에 해당되므로 동 합계표의 기재사항이 단순착오에 의해 기재된 경우로 볼 수 없으므로 청구법인에게 쟁점가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 2003년 1기분을 2003년 2기분으로 신고한 쟁점①세금계산서에 대하여 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분의 당부와

2. 2003년 2기 예정 및 확정때 이중으로 신고한 쟁점②세금계산서에 대하여 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우 로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출 하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계 표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제12조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표를 국세기본법시행령 제25조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 1의 2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표수취명세서를 국세기본법 시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우 1의 4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

○ 부가가치세법시행령 제70조 의 3 【가산세】

③ 법 제22조 제3항 단서 및 제4항 단서에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액”이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다.

⑤ 법 제22조 제4항 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 제60조 제1항 제1호 및 제1호의 2 내지 제1호의 4의 경우를 말한다.

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

• 다. 사실관계

1. 청구법인이 2003년 2기 예정 분 부가가치세 신고 시 2003년 1기분의 쟁점①세금계산서를 매입처별세금계산서합계표에 기재하고 그 매입세액을 공제하여 신고한 사실과 쟁점②세금계산서를 2003년 2기분 예정 및 확정 때 이중으로 공제하여 신고한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

2. 청구법인이 2005.06.21. 처분청에 제출한 2003년 1기분 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정청구서 및 2003년 2기분 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서 내용 등을 살펴보면,

• 가) 청구법인의 2003년 1기 확정 경정청구서 및 이에 대한 처분청의 경정결의서에 의하면, 다음 <표1>과 같다. <표1> 2003년 1기 확정 경정청구 및 경정결의 내역 (단위: 백만원) 구 분 매출 매입 추가환급세 액 공급가액 세 액 공급가액 세 액 당초신고 197,057 8,202 185,230 14,244

• 경정청구 197,057 8,202 187,229 14,359 115 증 감 0 0 1,999 115 115

• 나) 청구법인이 쟁점①세금계산서에 대하여 2003년 2기 확정 수정신고 하였는 바, 다음 <표2>와 같다(쟁점②세금계산서는 수정신고 하지 아니함). <표2> 2003년 2기 확정 수정신고 내역 (단위: 백만원) 구 분 매출 매입 가산세 추가환급세 액 공급가액 세 액 공급가액 세 액 당초신고 195,340 5,738 185,527 14,153

• - 경정청구 195,340 5,738 183,528 14,038 11 126 증 감 0 0 △1,999 △115 11 126

• 다) 청구법인은 수정신고 시 쟁점①세금계산서에 대하여 신고불성실가산세만 적용하고, 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세는 미적용 하였음이 부가가치세 과세표준 수정신고서에 의하여 확인된다. 이에 대하여 처분청은 쟁점세금계산서에 대하여 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하고, 쟁점②세금계산서에 대하여는 매입세액을 불공제 및 신고불성실가산세(다툼 없음)를 적용하여 이건 과세한 사실이 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.
• 라) 청구법인이 2003년에 교부한 세금계산서와 수취한 세금계산서 내역은 다음 <표3>과 같고, 쟁점세금계산서(35매, 공급가액 2,042백만원)가 2003. 1기 세금계산서 (7,940매, 750,566백만원) 대비 비율이 건수는 0.4%, 금액은 0.3% 차지하는 것으로 나타난다. <표3> 2003년 세금계산서 교부 및 수취 내역 (단위: 백만원) 구분 2003년 계

2003. 1예정

2003. 1확정

2003. 2예정

2003. 2확정 매수 공급가액 매수 공급가액 매수 공급가액 매수 공급가액 매수 공급가액 매출 5,232 729,848 1.169 180,830 1,419 197,057 1,299 156,621 1,345 195,340 매입 10,009 717,855 2,571 185,419 2,781 187,260 2,304 161,622 2,353 183,554 합계 15,241 1,447,703 3,740 366,249 4,200 384,317 3,603 318,243 3,698 378,894

• 라) 청구법인이 제출한 매입세금계산서 사본에 의하면, 쟁점세금계산서 내역은 다음 <표4>와 같다. <표4> 쟁점세금계산서 내역 (단위: 원) 구 분 종 류 거래처명 거래일자 공급가액 세 액 비 고 쟁점① 세금계산서 일 반

○○상사 03.01.10. 3,326,140 332,614

2003. 1기분 ↓

2003. 2기분 으로 신고 (주)○○ 03.04.15. 3,720,000 372,000 (주)○○ 03.01.31. 37,189,600 3,718,600 03.01.31. 229,900 22,990 03.01.31. 389,467,170 38,946,717 03.01.31 106,127,840 10,612,784 03.01.31. 143,473,000 14,347,300 03.01.31. 325,993,680 32,599,368 (주)○○ ○○읍 03.04.30. 5,485,500 548,550 03.02.28. 5,527,500 552,750 (주)○○실업 03.06.30. 23,062,550 2,306,255 03.02.28. 34,317,144 3,431,714 (주)○○제강 ○○시 03.04.30. 37,478,328 3,747,833 (주)○○제강 ○○만 03.02.28. 7,844,200 784,220 한전○○지사 03.06.18. 30,611,550 3,061,155 영세율 (주)○○ 03.06.05. 4,231,305 0 03.06.05. 5,078,424 0 03.06.05. 4,205,458 0 (주)○○ 03.04.09. 259,549,911 0 (주)○○ ○○읍 03.02.28. 99,000,000 03.04.30. -147,0000,000 0 03.06.02. 100,750,000 0 (주)○○ ○○읍 03.06.02. 86,624,850 0 03.06.12. 38,433,635 0 03.06.12. 1,597,234 0 03.06.12. 1,857,681 0 (주)○○화학 03.05.31. 319,357,500 0 (주)○○ ○○읍 03.04.30. -245,000,000 0 03.02.28. 297,000,000 0 소 계 32매 1,999,146,951 115,385,410 쟁점② 세금계산서 일반 (주)○○ 03.09.01. 9,900,000 990,000

2003. 2기 예정 ․ 확정 이중신고

○○전자 03.10.06. 2,490,000 영세율 (주)○○ 03.10.06. 0 소 계 3매 3,480,000 합 계 35매 118,865,410

3. 청구법인이 제출한신정보시스템 구축에 관한 건제목의 내부기안문 (기안일자 2003.03.24.)에 의하면, 청구 외 (주)○○로부터 ERP Package 및 H/W를 599백만원에 구입하기로 되어 있고, 추진일정으로는 2003.03.24. 이후 계약체결, 20 03.04.21. 이후 TFT구성, 2003.04.07.～ 9.30.까지 신정보시스템 구축을 완료하는 것으로 되어 있다.

4. 청구법인이 2003.04.14.～2004.07.02. 기간 중 위 ERP Package 및 H/W를 청구 외 (주)○○로부터 공급가액 614백만원에 구입하였음이 매입세금계산서 사본에 의하여 나타난다.

5. 청구법인이 처분청에 제출한매입처별세금계산서합계표 불성실가산세에 대한 소명서에 의하면,

• 가) 청구법인의 부가가치세 신고 업무분장은 2명 1조로 구성되어 있으며, 신참사원이 매입세금계산서를 수수하고 전산 입력하여 매입처별세금계산서합계표를 작성하고, 고참사원이 매출세금계산서를 집계 및 전산 입력하여 매출세금계산서합계표를 작성한 후 부가가치세 신고서류를 작성한 것으로 되어 있다.
• 나) 2003년 1월 당시 매입처별세금계산서합계표 작성을 담당한 신참사원은 2002년 9월 입사한 5개월 차의 신입사원으로 수습기간 3개월이 지나고 업무를 시작한지 2개월째였으며, 회사에서는 매입세금계산서를 수수하고 매입처별세금계산서합계표를 전산 입력하는 작업은 회계 및 세무지식이 필요한 것이 아니기 때문에 수습기간이 막 지난 신입사원에게 업무를 맡겨도 무리가 없을 것이라고 판단하였다고 되어 있다.
• 다) 청구법인은 2002년 납세자의 날에 산업포장을 받은 모범납세자이고, 전문 회계․세무조직을 갖춘 상장기업으로서 2003년 1기 매입세금계산서 누락사실을 곧바로 발견하였다면 당연히 경정청구를 하였을 것인데, 부가가치세 업무에 미숙한 신입사원이 단순착오로 인하여 매입처별세금계산서합계표를 과세기간을 달리하여 신고하였다는 사실을 2005년 6월에야 처분청으로부터 2003. 2기 세금계산서불부합자료 소명안내를 받고 알게 되어 그 즉시 경정청구 및 수정신고를 하였으며, 어떠한 조세회피 목적도 없었다고 주장하고 있다.
• 라. 판단

○ 쟁점①에 대하여 1) 부가가치세법 제22조 제4항 및 동법 시행령 제70조의 3 제3항에 의하면, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 부가가치세법 제22조 제4항 제2호, 동법 시행령 제70조의 3 제5항은 매입처별세금계산서합계표를 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

2. 2003년 1기분을 2003년 2기분으로 신고한 쟁점①세금계산서의 경우, ERP시스템 초기 도입단계에 담당직원의 착오로 매입세금계산서 전산입력 과정에서 누락되었다가 2003년 2기분에 포함하여 신고된 것으로 인정되고, 교부받은 세금계산서에 의하여 그 거래사실이 확인되며, 전기분 세금계산서를 당기의 매입처별세금계산서합계표에 계상하였다가 수정 신고한 경우에 해당되므로 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하지 않는 것이 타당한 것으로 판단된다(국심2004서3071, 20 05.02.28. 같은 뜻).

○ 쟁점②에 대하여 1) 부가가치세법 제22조 제4항 및 동법 시행령 제70조의 3 제3항에 의하면, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

2. 2003년 2기 예정신고 시 매입처별세금계산서합계표에 기재하였던 매입금액을 동일한 과세기간의 확정신고 시 매입처별세금계산서합계표에 다시 기재하여 신고 된 쟁점②세금계산서의 경우, ERP시스템 초기 도입단계에서 담당직원의 업무미숙으로 인한 착오기재로 인정되고, 교부받은 세금계산서에 의하여 그 거래사실이 확인되므로 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하지 아니하는 것이 타당한 것으로 판단된다(국심2003광1850, 2003.09.22. 같은 뜻).

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.