사실과 다른 세금계산서가 아님이 확인되므로 매입세액을 공제함이 타당함

○○세무서장이 2005. 1. 6. 청구인에게 경정․고지한 2003년 제1기분 부가가치세 19,625,140원(이의신청결정에 따라 2005. 6. 1. 6,553,600원이 감액 경정되어 13, 071,540원으로 됨)의 부과처분은, 청구인이 동 과세기간 중 청구 외 (주)○○산업로부터 교부받은 매입세금계산서 중 불공제된 9,627,000원의 매입세액은 이를 공제되는 매입세액으로 하여 그 세액을 경정합니다.

청구인은 󰡒○○유업󰡓이라는 상호로 석유류 도매업을 영위하고 있는 개인사업자로서, 2003년 1기 중에 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구 외 (주)○○산업(이하󰡒청구외법인󰡓이라 한다)로부터 3차례에 걸쳐 공급가액 계 199,209,091원의 세금계산서(이하󰡒쟁점거래󰡓라 한다)를 교부받은 것으로 하여 2003년 제1기분 부가가치세 신고시 관련매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인의 2003년 제1기분 세금계산서불거래일람표를 처리하면서 청구외법인이 청구인과의 거래로 신고한 세금계산서 1매의 공급가액 54,672, 727원을 제외한 나머지 공급가액 144,536,364원의 세금계산서 2매(이하󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)는 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하여 2005. 1. 6. 청구인에게 2003년 제1기분 부가가치세 19,625,140원(이의신청결정에 따라 2005. 6. 1. 6,553,600원이 감액 경정되어 13,071,540원으로 됨)을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 4. 6. 이의신청을 거쳐 2005. 9. 1. 이 건 심사청구를 제기하였다.

처분청은 청구외법인이 부가가치세를 신고하면서 쟁점세금계산서와 관련한 거래를 청구인의 상호와 유사한 청구 외 (주)○○유업과 거래한 것으로 잘못 신고한 것을 근거로 하여 청구인과는 거래를 하지 아니한 것으로 보았으나, 청구인은 2003년 1월～3월까지 청구외법인으로부터 목욕탕 등의 연료로 사용하는 재생연료를 부가가치세 포함하여 총 219,130,000원에 실제 구입하고 그 대금 중 202,590,200원은 청구인의 남편(박○○)계좌에서 청구외법인에서 개설한 청구 외 이○○(청구외법인의 주주임)의 계좌에 이체하고, 나머지는 현금으로 직접 지급하고 정당하게 세금계산서를 교부받았는데도 처분청은 청구외법인이 제대로 신고한 2003년 3월분의 공급가액 54,672,727원의 세금계산서는 실제 거래로 인정하고 2003년 1월 및 2월에 거래한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아 당초 경정하였다가, 이의신청결정(청구외법인과의 총거래대금 219,130,000원 중 이○○의 계좌에 입금된 것으로 확인된다는 113,230천원에 대한 분은 실거래로 인정하고 나머지 105,897천원에 대한 매입세액은 9,627천원(105,897천원×10/110)은 실물 거래없이 수취한 것으로 보아 매입세액을 불공제하는 것으로 결정)에 따라 매입세액 9,627천원을 가공매입한 것으로 보아 과세한 이건 부과처분은 부당하다.

청구인은 청구외법인이 쟁점세금계산서의 거래금액을 잘못하여 청구인의 상호와 유사한 (주)○○유업에 매출한 것으로 신고함으로써, 쟁점세금계산서의 금액이 불부합자료로 발생하였다고 하고, 거래대금은 청구인의 남편통장에서 청구외법인의 주주인 청구 외 이○○의 계좌로 이체하였다고 주장하나, 청구인이 입금하였다는 계좌 명의의 이○○은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서󰡒○○석유󰡓라는 상호로 2001. 1. 1.부터 2004. 8. 1.까지 사업을 하였고, 2002년 2기 중에는 청구인이 청구 외 이○○(○○석유)으로부터 공급가액 56,136천원 상당의 매입거래를 한 사실이 국세청전산조회자료에 의하여 확인되는 점을 볼 때, 위장거래로 판단되므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 이건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구외법인과 쟁점거래 전액을 실제 거래하였다고 볼 것인지
• 나. 관련법령 이 건 부과처분의 납세의무성립일 현재 시행된 관련법령은 다음과 같다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

• 가) 국세청전산조회자료에 의하면, 청구외법인은 2003년 1기 중 청구인과의 매출거래는 세금계산서 1매의 공급가액 54,672천원이 있었던 것으로, 청구 외 (주)○○유업과는 세금계산서 2매의 공급가액 계 144,536천원(쟁점세금계산서의 금액과 같은 것으로 보임)의 매출거래가 있었던 것으로 신고하였고, 청구 외 (주)○○유업은 청구외법인과 매입거래가 없었던 것으로 신고한 것으로 나타나는데, 위 금액의 합계는 청구인이 청구외법인과 매입하였다는 공급가액 199,208천원과 일치되며, 청구외법인은 2003.12.31. 폐업한 것으로 나타나고, 청구 외 (주)○○유업은 심리일 현재까지 계속 사업을 영위하고 있는 것으로 나타난다.
• 나) 청구법인이 제시하는 청구인의 남편(박○○) 명의의 ○○은행 계좌(000-00-0 00000-0)의 거래실적내역표에 의하면, 2003. 1. 3.～2003. 4.19.간 총 51회에 걸쳐 202백만원 정도가 청구 외 이○○의 계좌에 이체된 것으로 나타난다.
• 다) 국세청전산조회자료에 의하면, 청구 외 이○○은 2003년 당시 청구외법인의 주주(총발행주식 20,000주 중 20%인 4,000주 보유)인 것으로 나타나고, 한편 이○○은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 2001. 1. 1.부터 2004. 8. 1.까지 유류(등유 등) 소매업을 영위하면서 청구인에게 2002년 2기에 56,136천원의 유류를 공급한 실적이 있는 것으로 나타나나, 2003년 1기에는 청구인에게 유류를 공급한 실적은 없는 것으로 나타난다.
• 라) 그런데, 처분청의 이 건 이의신청결정문에 의하면, 청구외법인은 환경관리청에폐기물 중간처리업 허가를 득하여 주로 폐유를 정제하여 연료류를 생산하는 업체로서 허가사항 및 부가가치세 신고 및 납부현황을 보더라도 유령회사 내지는 자료상이 아닌 것으로 보이고 청구인 또한 주요 매출처가 대부분 재생유를 연료로 사용하는 목욕탕 등인 점으로 볼 때 청구인이 청구외법인으로부터 재생유를 매입하여 목욕탕 등에 공급한 것으로 짐작되어 쌍방간 실물거래가 전혀 없었다고 보기는 어렵다고 판단되고, 청구인은 쟁점세금계산서가 불부합자료로 출력된 이유를 청구외법인이 부가가치세 신고시 매출처별세금계산서합계표를 작성함에 있어 쟁점세금계산서의 거래상대방을 청구인과 상호가 유사한 (주)○○유업으로 착오 기재하였기 때문이라 주장하는 바, 매출처가 다수일 경우 실무상 있을 수 있는 일로서 이 주장 전혀 무리가 아니라고 보여지고, 제출한 대금결제 내역을 보더라도 출금계좌(○○은행 000-00-000000-0)의 예금주 박○○은 청구인의 남편이고 수취계좌(○○은행 0000000000000)의 예금주 이○○은 청구외법인의 주주임이 확인되는 바, 제출한 계좌의 입금내역은 쟁점세금계산서의 대금결제임이 틀림없어 보이나, 쟁점세금계산서의 공급대가 158,989천원과 2003년 3월 거래분 60,139천원을 합하면 청구외법인과의 총거래금액은 219,128천원인데, 계좌에 입금된 금액은 113,230천원(2003.13.부터 2003. 3.30.까지 총 25회에 걸쳐 입금)의 상당은 실거래로 인정되나 결제증빙이 없는 나머지 105,898천원에 대하여는 실물 거래없는 것으로 보아 그에 상당하는 매입세액 9,627천원(105,897천원×10/110)은 불공제함이 타당하고 판단한 것으로 나타난다.
• 라) 이와 같은 이의신청결정에 따라 처분청은 당초 쟁점세금계산서의 매입세액 14,453,638원을 불공제하여 고지한 세액 19,625,140원은6,553,600원을 추가 공제하여 2005. 6. 1. 감액 경정한 것으로 나타나는데, 결국 쟁점거래의 매입세액 19,920,909원 중 9,627,000원이 불공제된 것으로 나타난다.
• 마) 당심에서 처분청의 부과과 직원(백○○)에게 확인한바 청구인은 이의신청 시 대금결제 증빙자료로 박○○의 계좌에서 이○○의 계좌로 총 113,230천원이 입금된 25매의현금자동지급기 거래명세표를 제시하였다고 하며, 이 건 심리 중에 청구인의 대리인에게 문의한 바, 이의신청시에는 처분청이 불부합자료에 대하여 과세한 쟁점세금계산서의 대금결제에 대하여만 입증하기 위하여 제시하였다고 한다.

○ 판단

• 가) 처분청은 당초 청구외법인과의 2003년 제1기분의 쟁점거래의 공급가액 199,2 09,091원 중 세금계산서불부합으로 나타난 쟁점세금계산서(공급가액 144,536,364원)에 대하여만 과다매입으로 보아 매입세액을 불공제하였다가, 이의신청결정 시에는 쟁점거래 전체금액 중 제시된 대금결제 금융자료에 의하여 확인된 금액에 대하여만 실거래로 인정하고, 확인되지 아니한 금액에 상당하는 거래는 실물 거래없이 거래한 것으로 보아 그 매입세액 9,627,000원을 불공제하고서도, 이 건 심사청구시 청구인이 이계옥의 계좌에 202백만원 정도 입금된 금융자료를 제시하니까 이의신청결정내용과는 다르게 당시 청구외법인의 주주인 이○○이 별도 유류 소매업을 영위하였고, 청구인이 2002년 제2기분에 동 이○○으로부터 56,136천원의 유류를 공급받은 점 등으로 볼 때 위장 매입한 것으로 판단된다는 의견을 제시하고 있다.
• 나) 그런데, 처분청의 이와 같은 의견은 추정에 지나지 아니할 뿐 위장거래로 볼 명확한 근거를 제시하지 못하고 있어 쟁점거래가 위장거래라고 단정할 수 없고, 한편, 처분청도 이의신청결정 시 청구인의 남편(박○○)의 계좌에서 청구 외 이○○의 계좌로 송금된 돈은 청구외법인과의 실거래로 인정한 사실이 있는 점으로 보아, 청구인이 쟁점거래대금(219백만원) 중 202백만원 정도의 금액이 위 이의신청결정 시 처분청이 인정한 위 이○○의 계좌로 이체된 청구인의 남편(박○○)의 계좌를 제시하고 있음을 볼 때, 나머지 17백만 정도는 현금으로 결제하였다는 청구인의 주장이 설득력이 있어 보이므로 쟁점거래 전체는 청구외법인과 실제 거래한 것으로 볼 수밖에 없다 하겠다.
• 다) 그렇다면 쟁점거래의 매입세액 중 불공제된 매입세액 9,627,000원도 마땅히 공제되어야 함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.