사업양도자의 폐업 후 정산에 의해 사업양수대금이 감액된 경우 정산차액을 매입세액 불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 2005.06.10. 청구법인에게 한 2002년 제1기 과세기간 부가가치세 2,496,940원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○제과(주)(이하 “청구법인 본점”이라 한다)의 ○○영업소로, 청구법인 본점은 2001.09.28. ○○제과(이하 “○○”라 한다)의 제과사업부문을 인수하면서, 매매대금을 잠정가액인 438,032백만원으로 정하고 151개 각 사업장별로 매입세금계산서를 수취하여 매입세액 공제받았으나, 2002.04.04. 자산ㆍ부채 실사에 의하여 매매대금이 430,157백만원으로 정산ㆍ확정되었고 감액된 금액 중 매입세금계산서 수취금액은 6,660백만원이다. 청구법인은 ○○의 ○○영업소로부터 사업을 양수하고 매입세금계산서를 수취하였으며, ○○의 ○○영업소는 2001.09.28. 양도와 동시에 폐업하였고, 최종 정산시 감액된 금액 중 매입세금계산서 수취금액은 13,681,880원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이다.

○○지방국세청장은 2004.10.28.부터 2004.12.01.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 쟁점금액에 대해 매입세액 불공제하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 동 자료에 의해 2005.06.10. 청구법인에게 2002년 제1기 과세기간 부가가치세 2,496,940원을 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.08.30. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 거래당사자간에 당초 매매대금을 확정하지 못하고 잠정가액으로 거래하는 경우 우선 잠정가액으로 세금계산서를 수수하고 향후 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부하는 것이 원칙이나, 청구법인의 경우에는 당초 세금계산서를 교부한 ○○의 ○○영업소가 청구법인에게 사업을 인계함과 동시에 폐업을 하여 매매대금의 정산ㆍ확정 시점인 2002.04.04. 현재는 더 이상 사업자가 아니므로 감액된 금액에 대하여 수정세금계산서를 교부할 수도 없고, 부가가치세 감액신고를 할 수도 없는 상태이다. 따라서, 쟁점금액에 대하여 ○○의 ○○영업소는 부가가치세법상 수정세금계산서를 발행할 수도 없고 신고 할 의무도 없는바, 이는 거래상대방에게도 동일하게 적용되어야 과세의 형평성과 법적 안정성을 확보할 수 있을 것이고, 이로 인해 조세의 일실이나 거래질서 문란의 여지가 전혀 없음에도, 처분청이 이러한 사정을 감안하지 아니하고 감액된 매입세액을 불공제함은 이중 과세로서 국가가 부당하게 이득을 취하는 결과를 초래하므로 청구법인은 동 감액거래에 대한 신고납부 의무는 없다고 보아야 할 것이다.
• 나. 또한, 수정세금계산서의 교부의무가 있는 자가 세금계산서를 교부하지 못하여 동 세금계산서를 제출하지 못하였음에도 공급받는자에게 그 귀책사유를 물어 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과함은 부당하다.

• 가. 당초 제과사업부문 매수대금을 잠정가격에 의해 세금계산서 수취한 후 추후에 매수가격 확정시 매매금액의 변동사유가 발생한 경우 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의해 추가 또는 감액되는 금액에 대한 수정세금계산서를 수취하여 부가가치세를 수정신고, 납부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하여 실질 거래금액보다 과다하게 매출세액에서 공제한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초결정은 정당하고,
• 나. 또한, 세금계산서의 기능은 송장, 청구서 및 영수증 기업의 거래 증빙자료 또는 기장의 기초자료이므로 세금계산서 교부자 뿐만 아니라 수취자도 당연히 세금계산서 수취의 의무가 있는 것이며 부가가치세법상 모든 재화나 용역의 거래시 과세대상의 재화 및 용역 제공시 “세금계산서” 수수에 의하여 거래하도록 규정하고 있으므로 세금계산서의 수취자도 거래의 증빙자료로 수취의무가 있다 할 것으로, 청구법인은 대금의 확정시 수정된 거래금액에 의해 각 자산별 장부가액을 수정하여 계상하였고, ○○에게 수정세금계산서를 교부하여 줄 것을 충분히 요구 할 수 있는 상황임에도 수정세금계산서를 수취하지 않은 것은 청구법인이 책임을 다하지 않았다 할 것이므로 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용함은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 사업양도자의 폐업 후 정산에 의해 사업양수대금이 감액된 경우, 정산차액을 매입세액 불공제한 처분의 당부와,

② 불공제 매입세액에 대하여 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 법 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 생략) 2) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 3) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. (이하 생략) 4) 부가가치세법 제20조 【세금계산서합계표의 제출】

① 사업자는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 “매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표”라 한다)를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제18조 제2항 본문의 규정이 적용되는 경우에는 당해 과세기간의 확정신고와 함께 제출하여야 한다. (이하 생략) 5) 부가가치세법 제22조 【가산세】 (2003.12.30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) (중략)

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. (생략)

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때 (이하생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구법인 본점은 ○○와 2001.07.18. 사업양수도 계약을 체결하고, 2001.09.28. 매매대금을 잠정가액인 438,032백만원으로 정하여 제과사업부문을 인수한 후, 2002.04.04. 자산ㆍ부채 실사에 의하여 매매대금을 430,157백만원으로 정산ㆍ확정하였음이 심리자료에 의해 확인되고 이에 대하여는 서로간에 다툼이 없다.
• 나) 청구법인 본점은 ○○의 사업양수시 151개 각 사업장별로 부가가치세 과세표준(건물, 구축물, 기계장치, 차량운반구, 공기구비품, 판매장비, 광고시설물, 무형자산, 재고자산, 영업권)을 산출하여 각 사업장별로 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 받았고, 사업양수 관련 세금계산서 수취 및 정산내역은 아래와 같으며, 정산 차액 중 청구법인 해당분은 13,681,880원이다. 구분 세금계산서수취금액 (2001.09.27) 정산 (2002.04.04) 차액 사업장별배부방법 제품ㆍ건물ㆍ기계 등 234,787,627,248 236,424,966,911 1,637,339,663 실사금액 영업권 17,705,227,108 9,407,473,069 △8,297,754,039 안분계산 합계 252,492,854,356 245,832,439,980 △6,660,414,376
• 다) ○○의 ○○영업소는 2001. 09. 28. 청구법인에게 사업을 인계하고, 동일자로 폐업한 사실이 전산조회 결과 확인되며,
• 라) 처분청에서는 당초 잠정가격에 의해 세금계산서를 수취한 후 추후에 매수가격 확정시 매매금액의 변동사유가 발생하였으므로 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의해 감액되는 금액에 대한 수정세금계산서를 수취하여 부가가치세를 수정신고, 납부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여 쟁점금액에 대하여 매입세액 불공제하고 신고ㆍ납부불성실가산세 및 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하여 이 건 과세하였음이 부가가치세 경정결의서에 의해 확인된다.

2. 판단

• 가) 사업자가 세금계산서를 교부한 후 폐업한 경우, 당초의 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 폐업 후에 발생한 경우에는 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것으로(서면3팀-1304, 2004.07.07. 외 다수 같은 뜻), 폐업 후에는 사업자가 아니므로 공급가액에 증감이 있다 하더라도 세금계산서를 교부하거나 발급받을 수 없고, 당초 신고로 납세의무를 종결하여야 할 것인바, 이는 거래상대방에게도 동일하게 적용되어야 할 것으로 청구법인 역시 동 감액거래에 대한 신고ㆍ납부 의무는 없다고 보여지므로, 처분청이 감액된 매입세액을 불공제한 처분은 잘못되었다 할 것이고,
• 나) 또한, 부가가치세법 제20조 제1항 에 의하면 “사업자는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다”고 되어 있어, 교부받지 않은 세금계산서에 대하여는 세금계산서합계표를 제출할 수 없으며, 수정세금계산서의 교부의무는 공급자에게 있음에도 공급받는자에게 그 책임을 물어 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과함은 잘못된 처분으로 판단된다. (부가46015-4021, 1999.09.30 같은 뜻)

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.