사실과 다른 매출세금계산서로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부

□□ 세무서장이 2006.8.1. 청구법인에게 한 2001년 제1기 부가가치세 855,650원, 2001년 제2기 부가가치세 1,041,850원, 2002년 제1기 부가가치세 1,227,970원, 2002년 제2기 부가가치세 1,229,860원, 2003년 제1기 부가가치세 807,360원, 2003년 제2기 부가가치세 992,420원, 2004년 제1기 부가가치세 350,030원 및 2004년 제2기 부가가치세 406,430원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 탄산음료를 국내에서 생산․판매하는 다국적기업인 ☆☆(주)(이하 “청구법인 본점”이라 한다)의 물류센터 (□□지점) 로 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 332번지에서 판매지역의 거래처로부터 탄산음료 등을 주문받고 배송을 담당하고 있는바, 2001년 제1기～2004년 제2기 과세기간 중 전국에 지점을 갖고 있는 ★★ 등 30여 업체(이하 “특정거래처”라 한다)에 공급가액 232,320,526원 (이 하 “쟁점금액”이라 하고, 동 거래를 “쟁점거래”라 한다)의 탄산음료를 공급하고 동 특정거래처에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 ●●(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 통합하여 발행․교부하여 부가가치세를 신고․납부하였다. ◇◇지방국세청장은 청구법인 본점에 대한 유통과정 추적조사를 실시한 결과 탄산음료는 청구법인이 공급하고 세금계산서를 쟁점사업장에서 특정거래처에 교부한 사실에 대하여 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다는 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 근거하여 쟁점금액에 대하여 2006.8.1. 청구법인에게 2001년 제1기～2004년 제2기 각 과세기간의 세금계산서 미교부가산세 및 신고불성실가산세 6,911,570원의 부가가치세를 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.10.24. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인 등 전국 각 지점은 전사적 자원관리 시스템(이하 “ERP시스템”이라 한다)의 운영으로 구매, 생산, 판매, 대금회수 등 제반 물류이동 상황을 기록 관리하여 실시간으로 전국 어느 지점에서도 그 내용을 확인할 수 있고 한군데서 통제가 가능하도록 되어 있어 처분청이 청구법인 등 전국 물류센터 지점에서 특정거래처에 물량을 배송한 내역 및 대금회수 등 제반 물류이동 상황을 기록․보관하고 있는 전산조직에 의해 그 흐름을 파악할 수 있음에도 실제 제품을 배송한 청구법인 등 각 지점이 쟁점사업장으로 발행한 거래명세서, 송장, 출고지시서 등의 증표가 없다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보았으나, 실제 물량을 공급한 사업장에서 쟁점사업장으로 ERP시스템에 의해 거래내역 등을 통보하였으며 또한 쟁점거래가 납부세액을 감소시킨 사실이 없을 뿐만 아니라 조세회피 의도가 없었고 세법에 정한 의무를 위반한 사실이 없음에도 단지 탄산음료를 공급한 지점에서 세금계산서를 교부하지 아니하고 특정거래처에 대한 영업을 총괄하는 쟁점사업장에서 교부하였다는 사유로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 탄산음료를 공급한 청구법인에 대하여 세금계산서 미교부가산세 및 동 금액에 대한 신고불성실가산세를 과세한 이 건 부과처분은 부당하다.
• 나. 위 주장이 받아들이지 않더라도 2001년 제1기분 부가가치세 855,650 원은 고지일 현재(2006.8.1.) 국세부과제척기간 5년이 경료되어 납세의무가 소멸되었으므로 취소되어야 한다.

• 가. ◇◇지방국세청장의 청구법인 본점에 대한 세무조사시 ERP시스템의 물량흐름에 대한 검토․확인 결과 실제로 재화를 공급한 청구법인 등 전국 각 지점의 사업장별 매출내역만 표시되어 있을 뿐 쟁점세금계산서를 발행한 쟁점사업장으로의 물량흐름에 대한 거래명세서, 송장, 출고지시서 등 그에 준하는 전산기록을 작성․보관한 사실이 일체 없음이 청구법인 본점 재무이사와의 문답서 및 확인서 등에 의하여 확인되고 있고, 또한 청구법인 본점의 직원이 업무상 작성한 문건(이메일 문건)에 의하면 통합세금계산서의 발행시 거래처의 요구 및 채권관리 목적상 한 지점에서 일괄 통합관리 하는 것이 편리한 관계로 쟁점사업장에서 통합세금계산서를 계속하여 발행하였음을 알 수 있는바, 이는 부가가치세법상 세금계산서 교부의무를 다하지 못한 것이므로 처분청의 이 건 가산세 부과는 정당하다.
• 나. 청구법인 등 전국 각 지점은 탄산음료 등을 판매하고도 세금계산서는 쟁점사업장에서 발행하는 등 무려 5년 동안 사실과 다른 세금계산서를 발행하여 고의로 5년 동안 부정한 방법으로 세무신고한 것은 국세기본법 제26조 의 2 제1항 제1호의 “사기 기타 부정한 행위”에 해당하므로 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 10년의 부과제척기간을 적용함이 타당하다.

• 가. 쟁점

① 청구법인이 특정거래처에 음료를 배송하고, 공급계약체결, 대금회수 등 영업전반에 대한 업무를 처리하는 쟁점사업장이 세금계산서를 교부한 경우, 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서 미교부가산세 및 신고불성실가산세를 부과한 처분이 맞는지 여부와

② 쟁점세금계산서의 교부행위가 “사기 기타 부정한 행위로써” 국세를 포탈한 경우에 해당된다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

1. 부가가치세법 제4조【신고․납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고․납부하여야 한다.

② 사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

2. 부가가치세법 제15조 【자가공급의 범위】

② 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제4항 또는 제6조의 3 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인 또는 사업자단위 신고ㆍ납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부 또는 사업자단위 신고ㆍ납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여 법 제18조 또는 법 제19조의 규정에 의하여 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그러하지 아니하다

3. 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

3. 제20조 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) ◇◇ 지방국세청장은 청구법인 본점에 대한 세무조사를 실시한 결과 쟁점세금계산서를 공급자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 쟁점금액에 대하여 이 건 가산세를 과세한 사실이 부가가치세 경정결의서 및 조사종결보고서 등 심리자료에 의해 확인된다.
• 나) 청구법인 본점은 국내에서 탄산음료를 생산․판매하는 다국적기업으로 아시아, 오세아니아지역의 제조 및 유통판매를 책임진 네덜란드 소재 ■■사가 전액 출자하여 1996.11.15. 설립된 외국인 투자법인으로 ○○도 ○○시 ○○동 116-1에 소재하고 있으나, 서울특별시 ◎◎구 ◎◎동 **-11번지에 소재하는 사업본부에서 총괄납부 승인을 받아 실질적인 본사업무를 수행하고 있으며, 3개의 제조장)과 청구법인을 포함한 전국에 26개의 물류센터 지점을 두고 전국 단위의 유통사업을 하고 있음이 총괄납부승인서 및 처분청의 심리자료 등에 의해 확인된다.
• 다) 청구법인의 본점 및 지점은 구매, 생산, 판매, 대금회수 등 제반 물류이동 및 회계처리를 본․지점을 연결하는 ERP시스템에 의하여 관리․통제하고 있어 특정거래처의 주문에 따라 주문받은 물품을 주문자와 가까운 지점에서 주문한 특정거래처의 지점으로 배송하고 거래상대방, 거래일자, 품목, 수량, 금액 등 일련의 거래내용을 ERP시스템에 수록함에 따라 이를 실시간으로 전국지점에서 공유하고 있음이 ERP시스템의 전산화면(주메뉴 / 거래처, 매출채권관리 / 일일거래현황(전국 지점별, 거래처별) / 세무보고(월별집계 및 세금계산서발행) / 판매수당관리)의 출력된 인쇄물 및 처분청의 심리자료 등에 의해 확인되며, 이에 대하여 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.
• 라) 청구법인은 매출처를 거래규모에 따라 일반거래처와 특정거래처로 구분하여 관리하고 있으며, 일반거래처는 각 지역별 지점에서 영업업무를 담당하고 세금계산서는 물품을 공급한 각 지점에서 교부하고 있는 반면, 특정거래처는 △△물류센터에서 탄산음료 물품공급계약체결 및 대금회수 등 영업전반에 대한 업무를 담당하고 이에 대한 월단위 세금계산서를 교부하고 있는 사실이 처분청의 조사관련서류 등 심리자료에 의하여 확인되며, 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.
• 마) 청구법인 등 각 지점에서 탄산음료 등을 공급하고 세금계산서는 쟁점사업장에서 통합세금계산서를 발행하였으며 또한 쟁점거래의 물량흐름에 대하여 각 지점에서 쟁점사업장으로 세금계산서 또는 거래명세서, 송장, 출고지시서 등 그에 준하는 전산기록을 작성․보관한 사실이 일체 없다고 청구법인 본점 재무이사가 진술하고 있음이 문답서 및 확인서 등에 의해 확인된다.
• 바) 청구법인 본점의 세무담당 직원인 박◇◇가 2003.6.13. 발송한 이메일 문건을 보면, 청구법인 등 각 지점에서 물량을 공급하고 쟁점사업장에서 각 특정거래처별로 월별 1장의 통합세금계산서를 발행하는 것은 부가가치세법 상 가산세의 위험요소가 있으므로 세금계산서 발행에 대한 개선 및 검토사항을 수집하기 위한 내부 발송문건임을 알 수 있다.
• 사) 쟁점사업장은 청구법인 등 전국 모든 지점과 특정거래처와의 거래에 대한 내역을 월단위로 집계하고 특정거래처 본점에 일괄하여 1장의 세금계산서를 발행하고 있음이 처분청의 조사서 등 심리자료에 의해 확인된다.
• 아) 쟁점사업장의 영업부에서 특정거래처 본점과 계약기간, 거래품목, 가격(환율반영), 교환, 용기대여, 대금지급 및 배송(특정거래처가 발주하는 제품을 특정거래처의 영업장 또는 상호합의된 장소와 시간에 청구법인 본점의 비용과 책임으로 배송한다.) 및 반품 등을 명시한 공급계약서를 작성하여 거래하고 있음이 물품일괄공급계약서 등에 의해 확인된다.
• 자) 2006.9.27.자 부가가치세법 법률개정(안)에 의하면, 2이상의 사업장을 갖추고 전사적(全社的)자원관리시스템을 도입한 사업자는 사업자단위로 과세를 적용받을 수 있도록 사업자단위 과세제도를 도입하면서 사업자등록은 본점 또는 주사무소의 등록번호로 단일화하고, 세금계산서도 하나의 사업자등록번호로 교부할 수 있도록 한 개정안임을 알 수 있다.

2. 판단

• 가) 쟁점①에 대하여 살펴보면, 처분청은 ERP시스템상 쟁점거래에 대하여 실제로 재화를 공급한 사업장별 매출내역만 표시되어 있을 뿐 쟁점사업장으로의 물량흐름에 대한 거래명세서, 송장, 출고지시서 또는 그에 준하는 전산기록이 일체 없다고 보아 이 건 가산세를 부과하였으나, 첫째, 직매장과 제조장 등 2 이상의 사업장을 가진 총괄납부승인을 받은 사업자가 직매장에서 제품주문 및 수주, 판매계약, 대금결재 등의 판매활동을 전담해서 이행하고, 제품은 운송 등의 편의를 위해 제조장에서 직접 재화를 인도하는 경우에는 공급자를 제조장으로 하는 세금계산서를 직접 거래처에 교부하는 것이나, 이미 제조장에서 직매장 등으로 거래명세서를 교부한 경우에는 직매장 등에서 거래처에 세금계산서를 교부하여야 하는 것(같은 뜻 부가가치세법 기본통칙 16-58-4, 부가46015-1608, 1997.07.15 등 다수)이고, 둘째, 세법상 거래명세서라 함은 특정한 규격이나 명칭에 제한을 두는 것은 아니고 거래쌍방, 거래일자, 재화의 품명, 수량 및 금액을 확인할 수 있는 정도의 내용이 기재되어 있으면 족하고, 거래쌍방이 동 거래내용을 전산조직에 의하여 처리하고 그 내용을 전산테이프 또는 디스켓으로 보관하여 확인할 수 있는 경우에는 별도로 거래명세표, 송장, 출고지시서 등의 증표를 사용하지 않아도 무방한 것(서면3팀-1787, ’05.10.17외 다수 같은 뜻)으로 해석하고 있고, 셋째, 이 건의 경우와 같이 ERP시스템 특성상 모든 지점에서 거래정보를 실시간으로 공유하고 있어 청구법인 등 각 지점이 물품을 공급한 거래내용이 쟁점사업장으로 통보됨은 물론 모든 거래내역이 전산에 기록․보관되어 언제든지 물량의 흐름을 확인할 수 있고 또한 현재 납세자 편의를 위하여 사업자등록을 본점 또는 주사무소의 등록번호로 단일화하고 세금계산서도 하나의 사업자등록번호로 교부할 수 있는 사업자단위 과세제도 도입을 위한 세법개정이 추진되고 있으며, 넷째, 세법상 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종의무를 위반한 경우에 법에 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리하다고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 이유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없는 것인바(대법98두1253, 2000.9.8 등 다수 같은뜻) 쟁점사업장이 특정거래처와 물품 일괄공급계약(계약기간, 거래품목, 가격, 배송 및 반품, 교환, 용기대여, 마케팅예산지급, 각종 프로모션, 대금결제시기 등)을 체결한 후, 동 계약에 근거하여 재화를 공급함에 있어 운송 등의 편의상 청구법인 등 각 지점에서 물품을 배송하고 동 거래내역이 ERP시스템에 의하 여 처리되어 쟁점사업장이 영업정책상, 부가가치세 신고업무의 편의를 위하여 특정거래처에 통합세금계산서를 발행하고 있는 이 건의 경우, 쟁점사업장에서 세금계산서를 과다하게 발행하거나 과소 발행한 사실이 전혀 없고 거래쌍방이 동 거래내용을 전산조직에 의해 처리하고 그 내용을 전산테이프 또는 디스켓으로 보관하여 실시간 확인할 수 있으므로 동 세금계산서는 위 국세청예규(서면3팀-1787,2005.10.17; 부가46015-1608, 1997.07.15)에 따른 적법한 세금계산서로서 탈루목적으로 부가가치세법상 세금계산서 교부의무나 신고의무를 위반하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 청구법인 등 각 지점에서 쟁점사업장으로 거래명세서를 교부하지 않았다는 사유로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서 미교부 가산세와 신고불성실가산세를 적용한 이건 처분은 부가가치세법상 의무위반에 대한 행정상의 제재로서 가해지는 가산세에 대한 법리를 오해한 잘못이 있다 하겠다.
• 나) 쟁점②는 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.