사업용자산의 매수인이 간이과세자인 경우 포괄적 양도양수 해당여부

○○세무서장이 2005. 1. 2. 청구인에게 경정․고지한 2004년 제1기 부가가치세 37,552,810원은 주차장 면적 107.46㎡가 주택과 고시원에 공통으로 사용되어 안분계산 대상인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 2001. 9. 5. 서울시 ○○구 ○○○에 일반과세자로 사업자등록을 하고 2002. 3. 14. 지상 6층, 지하 1층(1～3층 고시원, 4～6층 다가구주택) 건물을 준공하여 ○○○빌딩이라는 상호로 부동산 임대업(고시원)을 영위하다가, 동 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 2004. 3. 11.(등기원인일은 2004. 1. 19.로 등재되어 있다) 청구외 ○○○, ○○○ 부부에게 포괄적 양도양수계약서를 작성하여 9억8천만원에 양도하고 2004. 2. 18. 폐업신고하였으며, 청구외 ○○○(이하 “양수인”이라 한다)은 쟁점건물 양수 후 2004. 2. 18.을 개업일로 하여 2004. 3. 19. 간이과세자로 사업자등록 하였다. 처분청에서는 쟁점건물의 양도가 부가가치세법 제6조 제6항 의 규정에 의한 사업의 포괄적 양도에 해당하지 아니한다 하여 재화의 공급으로 보아 2005. 1. 2. 청구인에게 2004년 제1기분 부가가치세 37,552,810원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 3. 14. 이의신청을 거쳐 2005. 8. 23. 이 건 심사청구하였다.

• 가. 쟁점건물의 양도 당시 연환산 수입임대료는 72,588천원으로 실질적인 일반 사업자의 유형에 해당하고 사업의 포괄적 양도를 하였으므로 양수인은 당연히 일반과세자로 사업자등록이 되어야 하며, 관련법령에 의하면 고시원은 면세사업 자가 될 수 없으므로 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다. 나. 사업의 포괄적 양수인인 청구외 ○○○․○○○ 부부의 사업자등록은 부부 별 도과세이므로 공동사업자등록을 하였어야 하나 ○○○ 1인 명의로 사업자등록을 발급한 것은 부적정한 행정처리이며, 쟁점건물은 2004. 1. 1. ㎡ 당 토지공시지 가 1,130,000원이고, 건축물면적이 789.16㎡로 간이과세 배제기준에 해당함에 도 간이과세자로 사업자등록을 발급함은 부당하다.
• 다. 청구인이 포괄 양도한 쟁점건물의 용도는 독서실 용도로 건축허가 및 사용승인을 받았으나 양수인이 현재 원룸 주거용 형태로 무단 용도 변경하여 사용하고 있어 관계법령에 저촉되는바, 관련법령에 저촉되는지의 검토없이 2004. 3. 19.자로 양수인에게 면세사업자로 사업자등록 발급함은 부당하다.
• 라. 쟁점건물의 지하면적 중 주차장 107.46㎡에 대하여 처분청은 과세․면세 공용면적으로 보아 안분계산하였으나, 지하 주차장은 전부 주택 임차인이 사용하고, 고시원 입주자는 주차장 사용권한을 부여하지 아니하였으므로 면세전용분으로 보아 과세표준과 세액을 재계산 하여야 한다.

청구인은 일반과세자로 부동산 임대업(고시원)을 영위하다 2004. 2. 18. 폐업하였고, 양수인인 청구외 ○○○은 개업일을 2004. 2. 18.로 하여 2004. 3. 19. 간이과세자로 사업자등록을 한 사실이 확인되는바, 이는 사업의 동질성이 상실된 것이므로 재화의 공급으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점건물의 양도가 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 포괄적 양도에 해당 하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. (중략)

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. (생략)

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (이하 생략)

○ 부가가치세법 시행령 제17조 【담보제공사업양도 및 조세의 물납】

① (생략)

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 󰡒대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것 (이하 생략)

○ 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 󰡒공급대가󰡓라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위 내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 󰡒간이과세자󰡓라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. (생략)

2. 업종규모지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자

② 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.

③ 신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달될 것으로 예상되는 때에는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

④ 제3항의 규정에 의한 신고를 한 개인사업자는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. (이하 생략)

○ 부가가치세법시행령 제74조 【간이과세의 범위】

① 법 제25조 제1항 본문에서 󰡒대통령령이 정하는 금액󰡓이라 함은 4천800만원을 말한다.

② 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의한 사업자는 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자로 한다. (중략)

○ 부동산임대업으로서 재정경제부령이 정하는 것 (이하 생략)

○ 부가가치세법시행규칙 제23조 의 2 【간이과세의 적용범위】

①, ② (생략)

③ 영 제74조 제2항 제6호에서 󰡒재정경제부령이 정하는 것󰡓이라 함은 특별시 및 광역시 지역에 소재하는 부동산임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모 이상의 사업을 말한다.

○ 간이과세배제기준 (2003. 6. 2. 국세청고시 제2003-18호, 2003. 7. 1. 시행)

1. 2. (생략)

부가가치세 과세사업을 영위하고 있거나 영위하고자 하는 사업자가 간이과세배제기준에 해당하는 경우에는 부가가치세법 제7장에 규정된 간이과세를 적용하지 아니한다. 다만, 당해 사업자의 사업규모시설업황 등을 고려할 때 간이과세 적용을 배제하는 것이 현저히 부적합하다고 판단되는 경우에는 관할세무서장이 실태확인을 거쳐 간이과세를 적용할 수 있다.

• 가. 종목기준 (생략)
• 나. 부동산임대업기준

(1) 부동산임대업기준은 특별시 및 광역시(읍면지역 제외) 지역에 소재한 임대용 건물에 대하여 적용하며, 건물연면적(공용면적 포함, 주상복합건물인 경우 주택면적 제외)이 동 기준에서 정하는 면적 이상인 경우에는 간이과세를 적용하지 아니한다. (2), (3) (생략) 【별표2】 서울의 경우: ㎡당 공시지가 100만원 이상, 건물기준면적 759㎡ 이상 (이하 생략)

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① (생략)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득수익재산행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 일반건축물대장상 쟁점건물의 규모 및 용도는 아래와 같다. 층 별 구 조 용 도 면적(㎡) 지하1층 철근콘크리트조 주 차 장 107.46 지하1층 철근콘크리트조 보일러, 계단실 41.74 1층 철근콘크리트조 근린생활시설(고시원) 134.36 2층 철근콘크리트조 근린생활시설(고시원) 139.12 3층 철근콘크리트조 근린생활시설(고시원) 139.12 4층 철근콘크리트조 다가구주택(2가구) 106.77 5층 철근콘크리트조 다가구주택(5․6층 1가구) 72.79 6층 철근콘크리트조 다가구주택(5․6층 1가구) 47.80 계 789.16

2. 청구인은 2001. 9. 5. 서울시 ○○구 ○○○에 일반과세자로 사업자등록을하고 2002. 3. 14. 지상 6층, 지하 1층(1～3층 고시원, 4～6층 다가구주택) 건물을 준공하여 1～3층은 고시원으로 임대(과세)하고, 4～6층은 주택으로 임대하다가, 2004. 3. 11.(등기원인일은 2004. 1. 19.로 등재되어 있다) 청구외 ○○○, ○○○ 부부에게 포괄적 양도양수계약서를 작성하여 9억8천만원에 양도하고 2004. 2. 18. 폐업신고한 사실이 등기부등본, 매매계약서, 양도양수계약서 및 폐업신고서에 의해 확인된다

3. 등기부등본상 소유권이전은 2004. 3. 11.이고 원인일은 2004. 1. 19.이나, 청구인은 2004. 2. 18.자로 폐업신고하였고, 양수인 역시 2004. 2. 18.을 개업일로 사업자등록하여 실제 사업의 양도양수일은 2004. 2. 18.로 보인다.

4. 양수인에 대한 사업자등록증 발급내역은 아래와 같다. 구 분 상 호 사업자 등록기간 과세유형 사업자등록번호 등록신청일

①

○○○

○○○ 2004.02.18～ 2004.06.30. 간이과세자 000-00-00000 2004.03.19

② 원룸

○○○ 2004.03.19～2005.08.16. 면세사업자 000-00-00000 2004.07.15

③ 고시원

○○○ 등록 취소 일반사업자 000-00-00000 2004.11.16.

④ 고시원

○○○ 2004.03.19～ 간이과세자 000-00-00000 2005.08.16.

① 쟁점건물 양수 후 간이과세자로 사업자등록 신청

② 2004. 7. 15. 고시원이 아니라 주거용 원룸 임대라 하여 2004. 3. 19.로 소급하여 면세사업자로 신청하였고, 현지확인에 의해 발급

③ 2004. 11. 16. 다시 일반과세자로 신청하여 사업자등록증을 발급하였다가 현지확인에 의해 면세사업자로 확인되어 등록 거부, 취소된 등록번호임.

④ 2005. 8. 16. 과세 겸업을 하겠다는 사업자등록 정정신고에 의해 면세등록증 회수하고 과․면세 겸업으로 간이과세자 사업자등록증 발급

5. 처분청에서 양수인의 당초 사업자등록 신청시 2004. 2. 18.을 개업일로 간이과세자로 사업자등록증을 발급한 것이 부당한 것인지에 대하여 살펴보면, 가) 부가가치세법 제25조 제3항 에 “신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달될 것으로 예상되는 때에는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 되어 있는바, 양수인의 2004. 3. 19.자 사업자등록신청서를 보면 간이과세자로 사업자등록 신청을 하였고,

• 나) 직전연도인 2003년에 청구인이 신고한 과세표준은 총 8,714천원에 불과하고, 2004. 2. 18. 폐업시 2004. 1. 1 ～ 2. 18. 기간에 대하여 신고한 과세표준은 6,546,646원으로 이를 부가가치세법 제25조 제2항 의 규정(1월 미만의 단수가 있는 때에는 1월로 본다)에 의해 연으로 환산하면 39,279,876원이 되어 간이과세자 기준에 해당하므로 양수인이 간이과세자로 등록 신청한 행위는 적법하며, 청구인이 주장하는 연환산 수입금액 72,588천원은 주택임대까지 포함한 이므로 인정할 수 없다.
• 다) 청구인은 주택면적까지 포함한 전체면적 789.16㎡를 기준으로 쟁점건물이 ㎡당 공시지가 100만원 이상, 건물기준면적 759㎡ 이상이므로 간이과세 배제기준에 해당한다고 주장하나, 간이과세 배제기준 중 부동산임대업 기준을 보면 “부동산임대업 기준은 특별시 및 광역시(읍면지역 제외) 지역에 소재한 임대용 건물에 대하여 적용하며, 건물연면적(공용면적 포함, 주상복합건물인 경우 주택면적 제외)이 동 기준에서 정하는 면적 이상인 경우에는 간이과세를 적용하지 아니한다.”고 되어 있어, 주택면적 227.36㎡(공용면적 제외)을 제외하면 간이과세 배제기준에 해당하지 아니한다.
• 라) 건축 관련법 및 서울시 조례 등에 의하면 고시원은 주택이 아니므로 면세사업자가 될 수 없고, 주택임대로 사업자등록증이 발급되려면 12대의 주차장이 더 확보되어야 하며, 독서실 용도로 건축허가 및 사용승인을 받았음에도 양수인이 주거용 원룸으로 무단 용도변경하였으므로 면세사업자로 사업자등록증을 발급할 수 없다는 주장에 대하여 보면, 당초 양수인은 2004. 2. 18.을 개업일로 간이과세자로 사업자등록을 하였고, 이후 2004. 3. 19.자로 면세사업자로 등록하였는바, 당초 간이과세자 등록일 이후에 용도가 변경된 것은 이 건 심리와는 무관하나, 국세기본법 제14조 【실질과세】는 이 경우에 합당한 규정이라 할 것이다.
• 마) 청구인은 쟁점건물이 청구외 ○○○과 ○○○ 부부의 공동소유이므로 공동사업자등록을 하였어야 함에도 ○○○ 1인 명의로 사업자등록증을 발급한 것은 부적정한 행정처리라 하나, 건물이 공동소유라 하여 반드시 공동으로 사업자등록을 하여야 하는 것은 아니고, 이는 공동소유자의 소득 귀속에 관계된 문제로써 이 역시 이 건 심리와는 무관하다.
• 바) 사업자등록이 여러 차례 변경된 것과 관련하여 당심에서 조사한 바에 의하면 위 4)에서 설명한 바와 같이 처분청의 잘못은 없다 할 것이고, 이 중 이 건 심사청구와 관련된 사항은 2004. 2. 18.자 간이과세자 사업자등록 뿐이다.

6. 위 사실관계를 종합하여 보면 처분청에서 쟁점건물의 양수인에게 간이과세자로 사업자등록증을 발급한 것은 정당한 것으로 보이고, 부가가치세법 시행령 제17조 제2항 에 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우에는 재화의 공급으로 보도록 명시되어 있으므로, 처분청에서 쟁점건물의 양도에 대하여 재화의 공급으로 보아 과세한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 보인다. 다만, 처분청에서는 주차장 면적 107.46㎡에 대하여 주택과 고시원으로 안분계산하였으나, 주차장은 주택 전용이라는 청구주장에 일리가 있으므로 이에 대하여는 사실관계를 재조사하여 결정함이 타당할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.