공급주체가 다른 위장세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 2005. 6. 15. 청구인에게 경정 고지한 2004년 제2기분 부가가치세 22,000,000원 및 2005년 제1기분 부가가치세 9,855,786원은, 주식회사 ○○○으로부터 2004. 12. 30. 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 20,000,000원 및 2005. 1. 4. 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 46,000,000원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

청구인은 서울특별시 강남구 ○○○ 827-37에 건물(지하 1층 ～ 지상 6층, 연면적 228평, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 2005. 1. 4. 준공하여 부동산임대를 하는 사람으로서, 쟁점건물의 신축공사를 2004. 5. 4. (주)○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)과 공사계약을 하여 2005. 1. 4. 준공하였으며, 청구외법인으로부터 2004년 제2기와 2005년 제1기에 매입세금계산서 2매(공급가액 660,000천원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 이를 매입세액 공제하는 것으로 하여 부가가치세 신고를 하였다. 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하여, 쟁점건물의 공사를 청구외법인의 이사인 ○○○이 개인자격으로 한 것으로 보아, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 위장세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 2005. 6. 15 청구인에게 2004년 제2기분 부가가치세 22,000,000원과 2005년 제1기분 부가가치세 9,855,786원을 각각 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 8. 22. 이 건 심사청구하였다.

• 가. 청구주장

1. 청구인은 청구외법인의 대표이사와 직접 사업자등록증을 확인하고 공사계약을 체결하였으며, 공사착공계․고용보험․산재보험 등 일체가 청구외법인 명의로 진행되었으며, 부가가치세를 포함한 공사대금 전액을 지급하였음에도 청구외법인의 신고내용이 부실하다는 이유만으로 위장매입이라 하여 매입세액 불공제한 것은 부당하다.

2. 설령, 실제 공사자가 청구외법인이 아니고 ○○○(혹은 ○○○)으로 밝혀졌다 하더라도 청구인은 공사계약체결시 모든 주의의무를 다하였고 등기임원인 ○○○․○○○와 현장소장인 ○○○과는 수시로 공사관계를 협의하였으며, 공사대금을 청구외법인의 등기이사인 ○○○에게 지급한 것에 대하여 청구외법인이 정상적인 대금지급으로 인정하고 있으므로, 청구인이 공사대금을 청구외법인의 계좌로 입금하지 못한 실수는 있으나 약정된 공사계약서에 의하여 완공된 건물의 실체가 존재하고 공사대금을 지불하였으며, 선량한 주의의무를 다하였으므로 쟁점세금계산서에 대하여 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

1. 청구인의 쟁점건물 공사와 관련하여 개인사업자인 ○○○에게 공사대금의 90%를 지급한 사실로 보아 ○○○이 실시공자이고, 공사도급계약한 청구외법인은 명의상 계약자일 뿐이므로 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

2. 청구인은 청구외법인의 전무인 ○○○에게 부가가치세만 지급하였음이 확인되고 추가공사와 관련한 대금지급도 추가 공사시공자에게 직접 지급한 증빙(영수증)으로 보아 실제시공자가 청구외법인이 아니고 개인 ○○○임을 알 수 있었음에도, 청구인은 단지 청구외법인의 등기이사 등과 공사와 관련하여 대면하였으므로 청구외법인의 사용인임을 의심할 수 없었다는 이유로 선의의 주의의무를 다하였기에 선의거래당사자로 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서 매입세액은 공제되어야 한다는 청구주장은 사실과 다르다.

• 가. 쟁 점 청구인이 수취한 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 위장세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액.

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 규정하는 경우로 한다. 1-4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우 〈이하 생략〉

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때〈이하 생략〉

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 쟁점건물을 신축하여 2005. 1. 4. 준공하고 2004년 2기 및 2005년 1기 중 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제하는 것으로 하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 청구외법인의 이사인 ○○○이 개인자격으로 공사를 시공한 것으로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 동 매입세액을 불공제하였음이 부가가치세 신고서 및 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

2. 처분청이 청구인에 대한 환급현지확인을 실시하여 쟁점건물의 신축공사를 청구외법인이 아니고 청구외법인의 이사인 ○○○ 개인이 한 것이라고 본 이유를 보면, 공사대금 726백만원 중 560백만원을 ○○○에게 지급하였는데 ○○○과 ○○○의 부친이자 쟁점건물 공사 현장소장인 ○○○이 청구외법인으로부터 급여를 받은 사실이 없고, 청구외법인의 부가가치세 부가가치율이 99.65%에 달하여 신빙성이 없으며, 청구외법인은 부가가치세만을 수령한 점 등을 들고 있다.

3. 청구인은 쟁점건물의 신축공사시 청구외법인의 사업자등록증과 법인등기부등본 등을 확인하고 공사계약을 체결하고 대금을 지급한 것이며 설령 청구외법인이 명의만 대여한 법인이라 할지라도 선의의 제3자라고 주장하면서, 증빙자료로 사업자등록증, 법인등기부등본, 표준도급계약서, 전무이사 ○○○과 현장소장 ○○○, 이사 ○○○의 명함 등을 제시하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 쟁점건물의 공사용역이 실제 제공된 사실과 공사대금이 청구외법인과 청구외법인의 이사인 ○○○ 및 하도급자에게 지급된 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없고, 청구외 ○○○은 청구외법인의 이사로 등재되었으며 청구외법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 부가가치세 신고와 함께 매출세금계산서합계표를 제출한 사실이 확인된다.
• 나) 청구인의 입장에서는 청구외법인의 요청에 의하여 이사인 ○○○에게 대금을 지급할 수 있다 할 것이며, 법인등기부등본에 이사로 등재된 ○○○이 청구외법인으로부터 급여를 받고 근무하는지 또는 공사대금을 지급한 다음 단계인 대금 수령자가 그 대금을 어떻게 사용하는지 및 청구외법인의 신고내용에 대하여 청구인으로서는 알 수도 없고 알 수 있는 위치에 없었다고 보아야 할 것으로 청구인에게 그 책임을 묻기는 어려운 것으로 판단된다.
• 다) 청구인이 청구외법인의 사업자등록증과 관계자의 명함을 받고 공사계약을 체결하고 청구외법인의 요청에 의하여 대금을 지급하는 등 최소한의 주의의무를 다하여 상대방이 위장사업자라는 사실을 몰랐다면 거래일 이후 위장사업자로 판정되었더라도 선의의 당사자로서 그 매입세액은 공제대상이라는 사례(심사부가2004-97, 2004. 4. 26. 등 다수 같은 뜻임)를 종합하여 보면, 설령 쟁점건물의 실 공사자가 처분청의 의견대로 청구외법인이 아니라 그 이사인 개인 ○○○으로 본다 하더라도 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.