매입세액으로 공제받지 못한 부가가치세 상당액의 손금산입 여부

○○세무서장이 2005.

1.

17. 청구인에게 한 부가가치세 2003년 제1기 6,980,160원, 2003년 제2기 23,701,740원, 법인세 2001.

1. 1.～12.31.사업연도 61,535,450원, 2002.

1. 1.～12.31.사업연도 37,765,950원, 원천(갑종)근로소득세 2001년 과세연도 16,855,300원, 2002년 과세연도 5,613,790원의 부과처분은

1. 2003년 제2기에 청구외 윤○○로부터 교부받은 공급가액 80,000,000원의 세금계산서는 실거래로 인정하고

2. 청구법인이 2001.

1. 1.～2003.

12.

31. 기간중 통장으로 확인된 대체원가 2,351,723,100원 중 부가가치세 상당액을 제외한 2,137,930,000원을 손금으로 인정하여 각사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 손금불산입한 위장세금 계 산서 금액 2,130,914,000원(2001.

1. 1.～12.31.사업연도 1,061,040,000원, 2002.

1. 1.～12.31.사 업연도 809,946,000원, 2003.

1. 1.～12.31.사업연도 259,928,000원)을 기준으로 대체원가 2,137,930,000원(2001.

1. 1.～12.31.사업연도 1,061,040,000원,

1. 1.～ 12.31.사업 연도 809,946,000원, 2003.

1. 1.～12.31.사업연도 266,944,000원)을 각 사업연도별로 손 금에 산입하 고

3. 통장으로 확인된 대체원가 중 손금불산입한 부가가치세 상당액 213,793,100원 중에서 실지 공사한 거래처가 미등록사업자이면서 간이과세에 해당되는지 여부를 확인하여 간이과세에 해당하는 경우에는 거래처 계좌로 입금한 날에 속하는 각사업연도의 부가가치세 상당액을 손금산입 하는 것으로 하여

4. 앞 1～3의 결과에 따라 부가가치세․법인세 및 원천 (갑종)근로소득세의 과세표준 과 세액 을 경정합니다.

5. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 1998.

9. 7.부터 ○○도 ○○군 ○○읍 ○리 ○○번지에서 토목 건설업을 영위하고 있는 법인으로서, 청구외 ○○산업 주식회사(대표 김○○, 건설 건축공사, 이하 󰡒

○○ 산업󰡓라 한다)로부터 2003년 제1 기 중 공급가액 40,000,000원의 매입세금계산서 2매(이하 󰡒쟁점①세 금 계산서󰡓라 한 다), 청구외

○ ○ 건설(대표 윤

○○, 건설 창호공사, 이하 󰡒

○○ 건 설󰡓또는󰡒윤

○○ 󰡓 라 한다) 로 부터 2003년 제2기중 공급가액 80,000,000원의 매입 세금계산서 4매(이하󰡒 쟁 점②세금계산서󰡓라 한다) 를 교 부받아 부가 가치세 신 고시 매입세액을 매출세 액에서 공제받고, 2003.

1. 1.～

12. 31.사업연도 (이하 󰡒 2003 사 업연도󰡓라 한 다)의 소득금액 계산시 매입금액 120,000,000원을 손 금 산 입하 여 법 인세를 신 고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 법인세조사를 2004.

7. 7.부터 10. 30.까지 실시하여 쟁점①․②세금계산서를 포함한 2,130,914천원을 사실과 다른 세금계산서(이하 󰡒쟁점세금계산서󰡓또는󰡒쟁점매입금액󰡓이라 한다)로 보아 부 가 가치세를 경 정하고 쟁점매입금액을 익금산입하는 한편, 통장에 의 하여 확인된 대체원가 2,351,723천원을 실지거래가액(이하 󰡒실지거래가액󰡓이라 한다)으로 인정하여 손금 산 입 하면서 부가가치세가 포함되었는지 여부가 불분명하다하여 그중 2,138,837천원 (100/110)만 손금산입하고 부가가치세 상당액 212,886천원(10/110)을 손금불 산 입하여 아래 <표1>과 같이 2005. 1.17. 청구법인에게 경정․고지하였다. <표1> 고지내역 (단위: 원) 세목 연도 고지금액 합계 비고 부가가치세 2001년 제1기 2001년 제2기 2002년 제1기 2002년 제2기 2003년 제1기 2003년 제2기 111,649,940 87,864,700 13,906,600 112,030,000 6,980,160 23,701,740 356,133,140 법인세 2001년 2002년 2003년 61,535,450 37,765,950 △1,775,950 99,301,400 △1,775,950 원천세 2001년 2002년 2003년 16,855,300 5,613,790 921,290 23,390,380 인정상여 청구인은 이에 불복하여 2005.

4.

18. 이의신청을 거쳐 2005.

8.

구를 하였다.

• 가. 청구법인은 쟁점①세금계산서를 가공으로 받은 사실을 인정하는 한편, 판 넬 공사와 관련된 실질적인 공사는 주식회사 ○○시작에서 직접 발주하고 시 공하 였으므로 판넬공사와 관련된 매출도 감액하여야 한다.
• 나. 쟁점②세금계산서의 거래는 발주자의 공사계약서와 확인서,

○○ 건설과 체결한 공사계약서와 확인서, 거래당시 사업자등록증 사본, 청구법인의 통장에 서 현금으로 인출하여 지급하는 등 거래사실이 확인되고 있음에도 거래처에서 단 순히 매출을 신고누락 하였다하여 부가가치세 등을 과세한 처분은 부당하다.

• 다. 처분청이 조사과정에서 사실과 다른 세금계산서로 본 쟁점세금계산서 대신 청구법인의 통장에 의하여 지급사실이 확인되어 손금으로 인정한 실지거래가액 중 부가가치세 포함여부가 불분명하다하여 2,138,837천원 (100/110) 만 손금산입하고 부가 가치세 상당액은 손금불산입 하였으나

1. 대부분의 대금지급은 2～3개월 후에 지급하는 것이 일반적인 상거래이므로 실제 하도급 금액과 허위로 교부받은 세금계산서의 금액을 3년 동안 차가감하면 과대계상한 원가가 없으므로 실질적인 위장세금계산서로 상여로 처분할 금액이 없을 뿐만 아니라

2. 손금의 귀속연도는 원칙적으로 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사 업 연도로 하고 있으며, 토목공사의 특성상 공사원가는 공사수입금액에 대응하는 비용으로 손금에 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도이므로 대금지급이 후에 이루어지는 상거래에 비추어 보면, 대금지급이 확인되어 손금으로 인정하였 더라 도 앞 내용에서 보듯이 3년간 통산하면 비슷하므로 그 귀속연도를 대금지 급 시점이 아닌 쟁점세금계산서를 교부받은 시점으로 보아야 한다.

• 라. 대금지급사실이 확인되어 손금으로 인정하더라도 실지거래가액에 부가가치세 가 포함되지 않았거나 포함되어 있다하더라도 추가로 인정받은 공 사 원가 중 공제받지 못한 부가가치세 상당액은 손금으로 인정하여야 한다(국심2004서 3153, 2005.

1.

17. 같은 뜻).

• 가. 쟁점①세금계산서를 교부한

○○ 산업은 2005.

○○

25. 세무서에서 자료상으 로 고발하고 무재산으로 결손한 업체이며, 쟁점②세금계산서를 교부한

○○ 건설과 관련하여 제시한 계약서에 품목이 내장공사이나 장부상에는 자재 ․ 인건 비로 상이하고, 부가가치세를 신고한 사실이 없는 체납자로 거래사실을 입증 할 구체적인 증빙을 제출하지 못하고 있어 신빙성이 없다 하겠다.

• 나. 법인세법시행령 제22조 제1항 제3호, 같은법 시행규칙 제11조 제1호, 부 가 가치세법 제32조 제1항에서 미등록사업자에 대하여는 영수증교부의무 대상에 포 함되어 있지 않으므로 대체원가 지급액 중 부가가치세 상당액을 손금에 산 입할 수 없으며, 부가가치세 매입상당액의 포함여부가 불분명한 경우 동 매 입금액의 100/110에 해당금액을 손금산입하여야 할 것(법인46012-1762, 1999.

5.

10. 같은 뜻)으 로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 청구법인이 ○○산업으로부터 교부받은 쟁점①세금계산서를 실물거래 없는 세금계산서로 볼 것인지 여부

2. ○○건설로부터 교부받은 쟁점②세금계산서를 실물거래 없는 세금계산서로 볼 것인지 여부

3. 실제 하도급한 금액과 허위로 교부받은 세금계산서의 금액을 3년 동안 차가감하면 과대계상한 원가가 없는 경우 각 사업연도별로 차액을 익금산입하여 상여 등으로 처분할 수 있는지 여부

4. 미등록사업자 등과 거래한 경우 매입세액으로 공제받지 못한 부가가치세 상 당액을 손금산입 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련 법령 1) 법인세법 제21조 【제세공과금의 손금불산입】 다음 각호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어 서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조 및 제107조에 규정 하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할 주민세와 각 세법에 규정된 의 무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부 가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경 우의 세액을 제외한다) 2) 법인세법 시행령 제22조 【부가가치세 매입세액의 손금산입 등】

① 법 제21조 제1호에서 "기타 대통령령이 정하는 경우의 세액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 부가가치세법 제17조 제2항 제3호 에 규정하는 비영업용 소형승용자동차 의 유지에 관한 매입세액(자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다)

2. 부가가치세법 제17조 제2항 제3호 의 2의 규정(접대비)에 의한 매입세액

3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 재정경제부령이 정하는 것 3) 법인세법 시행규칙 제11조 【부가가치세 매입세액의 손금산입】 영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다.

1. 부가가치세법 제32조 제1항 의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액 4) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손 비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

18. 제1호 내지 제17호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 6) 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액 (4천 8백만원)에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하 여 는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가 가 치세를 부과징수한다. 다만, 업종․규모․지역 등을 감안하여 대통령 이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제5조 제1항 의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 개인사업자로서 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달하는 경우에는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자 또는 과세특례자로 한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점①세금계산서에 대하여 살펴보면<

○○산업: 40백만원> 가)

○○ 산업은 청구법인에게 발행한 2003년 제1기 공급가액 40,000,000원의 쟁점① 세금계산서를 누락하여 신고하였음이 세금계산서 불부합자료에 의하여 확인된다.

• 나) 청구법인은 거래가 정당하다고 하면서 발주자인 주식회사

○○ 시작의 건축공사 표준계약서 공급가액 160,000,000원, 대표이사 손

○○ 의 확인서, 견적서 사본, 2003.

5.

28. 일반건축공사/건설업을 추가하여 발급받은 사업자등록증 사 본 등을 제출하였다.

• 다) 청구법인이 2006.

6. 7.자로 추가로 제출한 사실확인서에는 쟁점①세금계산 서를 가공으로 받은 사실을 인정하는 한편, 판넬공사와 관련된 실질적인 공사는 주식회사

○○ 시작에서 직접 발주하고 시공하였으므로 판넬공사와 관 련된 매출도 감액하여야 한다고 주장만하지 이에 대한 증빙서류를 제출하지 못하고 있다.

2. 쟁점②세금계산서에 대하여 살펴보면<

○○건설: 80백만원> 가) 2003년 제2기 세금계산서 불부합자료에 의하여 쟁점

② 세금계산서를 발 행 하고도 무신고한

○○ 건설 (자료상으로 고발된 사실 없음)을 관 할하 는

○○ 세무서장은 매출누락으로 보아 2004.

1. 경정․결정하 였으나 현 재까지 체납되어 있음이 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다. 나) 처분 청은 청구법인이 교부받은 쟁점②세금계산서를 가공매입으로 보아 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 과세하였음이 조사복명서에 의하여 확인된다. 다)

○○ 건설은 부가가치세를 2000년 제1기～2002년 제1기 까지 정상적으로 신고하다가 2002년 제2기 무실적, 2003년 제1기 및 2003년 제2기분에 대하여는 부가가치세를 무신고 하였음이 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다. 라) 청 구법인은 거래가 정당하다고 하면서 제출한 서류를 보면 (1) 발주자(건축주)인

○○ 문화사 의 윤○○의 확인서에 의하면, 청구법인이 2건을 시공하면서 내장공사를

○○ 건설 윤

○○ 가 인부를 데리고 와서 직접 공사를 하였다고 확인하고 있으며, 2003.

3.

10. 체결한 578,600,000원 및 372,000,000원의 건축공사표준계약서를 제출하였다. (2)

○○ 건설은 청구법인과 하도급계약을 체결하고 공사대금으로 88,000,000원 을 수령한 사실이 있다고 거래사실 확인서(인감첨부)를 제출하였으며, 2003.

5. 15.자로 체결한 80,000,000원의 건설 공사 표준하도급 계약서(공사기간 2003.

5. 18.～9.30, 대금 지급 기성부분금 월 2 회) 및 2000.

4.

은

○○ 건설의 사업자 등 록증 사본을 제시하였다.

(3) 청구법인은 공사대금 88,000,000원을 청구법인의 통장 에 서 72백만원을 인출하여 현금으로 지급할 때마다

○○ 건설 윤

○○ 의 입금 확인서를 제시하고, 나머지 16백만원은 공사대금 으로 받은 일부를 현장 소 장인 윤

○○ 을 통하여 미림건설 대표 윤

○○ 의 계 좌에 입금 하였으므로 거래가 정 당하다고 주장하면서 청구법인 및 윤○○의 통장을 제시하고 있다. (4)

○○ 건설의 체납건과 관련하여

○○ 세무서의 체납담당에게 확인 한바, 2006.

○○

5. 지방법원에 개인회생 신청을 하여 매월 일정액을 불입하고 있 는 중이므로 결손하지 않고 체납으로 되어있으며, 심리과정에서 윤

○○ 와의 통화에 서도 본인이 공사하였음 을 시인하고 있으며, 지금현재 신용불량자로 개인회생절 차 진행중으로 매월 1,610,000원씩 불입(6회)하였다고 증 빙자료를 제시하였다.

3. 쟁점③에 대하여 살펴보면 처분청이 조사과정에서 사실과 다른 세금계산서로 쟁점세금계산서 대신 청구 법인의 통장에 의하여 지급사실이 확인된 실지거래가액 2,351,723천원 중 부가가치세 상당 액을 제외한 2,138,837천원을 손금산입하면서 아래<표2>와 같이 각사업연도별로 손금산입․손금불산입 하였음이 조사복명서에 의하여 확인된

• 다. <표2> 연도별 손금인정 내역 (단위: 천원) 구 분 2001년 2002년 2003년 합 계 비 고 위장 세금계산서 (손금불산입) 1,061,040 809,946 259,928 2,130,914 현금지급 계 1,024,096 777,627 550,000 2,351,723 거래처 확인금액 2,695,375천원 ()는 2,351,723/1.1로 나눈 금액임 부가세 제외 (손금산입) 931,904 (930,996) 706,933 500,000 2,138,837 (2,137,930) 차액(상여처분) 129,136 103,013 △240,072 △7,016

4. 쟁점④에 대하여 살펴보면 가) 처분청이 조사과정에서 거래처 등에서 제출한 거래사실 확인서에는 2,695,375천원이며, 거래처의 계좌로 송금한 것이 확인된 2,351,723천원 중에서 부가가치세 포함 여부가 불분명하다하여 그 중 2,138,837천원만 손금 산 입하고 부가가치세 상당액은 손금불산입 하였음이 조사복명서에 의하여 확인 된다.

• 나) 거래처의 계좌로 송금한 금액 중 미등록사업자인 17개 업체에게 지급한 금액은 1,288,755,100원(2001년 528,975,100원, 2002년 476,780,000원, 2003년 283,000,000원, 명세 붙임)으로 조사되어 있음이 조사복명서 및 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다.
• 라. 판단 쟁점①:

○○ 산업(주)로부터 교부받은 쟁점①세금계산서를 실물거래 없 는 가 공거래로 볼 것인지 일반적으로 처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임은 과세 관청에 있다 할 것이나, 납세의무자가 과다신고한 금액을 과세표준에서 차감하고자 하는 경우에는 납세의무자가 이를 입증하여야 하는 것이므로 (국심 2005중2356, 2005.

10.

27. 같은 뜻) 청구법인이 주장하는 쟁점가공매출에 대하여 청구법인이 실물거래없이 허위로 세금계산서를 발행하였다는 사실을 입증할 수 있는 관련된 원시장부 등의 증 빙자료를 제시하지 못하고 있는 사실 등을 볼 때 청구인의 주장을 받 아들이지 아니한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 쟁점②:

○○ 건설로부터 교부받은 쟁점②세금계산서를 실물거래 없는 가공거 래로 볼 것인지 사업자가 거래상대방의 사업자등록증으로 확인하고 거래에 따른 세금계산 서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의 위장 사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 불이익한 처분을 받지 아니하는 것이며(부가가치세법 기본통칙 21-0-1 같은 뜻), 거래상대방의 세무조사결과 위장거래의 개연성이 있는 것으로 확인된 경우에는 당해 매입금액이 정당한지 여부에 대한 입증책임은 이를 주장하는 청구 인에게 있다 할 것이나(국심2005서4121, 2006.

4.

24. 같은 뜻), 거래상대방의 세 무조사결과가 아닌 세금계산서 불부합자료에 대하여 과세를 할 경우 세금계 산서 발행자에게 과세할 것인지 가공 매입으로 과세할 것인지에 대한 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것인바, 처분청은 ○○건설로부터 교부받은 쟁점②세금계산서에 대하여 거래 사 실을 입증할만한 금융자료의 제시가 없다하여 사실과 다른 가공세금 계 산서로 보아 매입세액 등을 불공제 하였으나,

○○ 건설은 자료상으로 고발된 사실이 없으면서 쟁점②세금계산서에 대하여 부가가치세 무신고 한 자로

○○

1. 세무서장 이 매출누락으로 과세하였으나 체납된 상태에서 청구외 윤○○가 ○○ 지방법원에 개인회생 신청을 하여 매월 일정액을 불입하고 있 는 것으로 보아 쟁점②세금계산서는 가공으로 발행하였다고 볼 수 없다고 보여지며, 청구법인은 쟁점②세금계산서에 대한 대금을 청구법인 명의의 통장에서 현금 으로 인출된 내역만으로는 그 지급처가 청구외 윤○○라는 사실은 확인 되지 않지만, 청구법인의 통 장에서 현금으로 인출하여 지급할 때마다

○○ 건설 대표 윤

○○ 의 확인서 와 건설공사 표준하도급 계 약서 사본 등에 의하여 실거래 사 실이 확인될 뿐만 아니라, 쟁점②세금계산서와 관련하여 건축주인 청구외 윤

○○ 확인서에 의하면

○○ 건설이 공사를 직접 하였다고 확인한 사실로 보아 청구법인이

○○ 건설과의 실물거래가 없 었다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. 또한, 청구법인이 계약체결 당시 2000.

4.

○○ 건설의 사업자등록증 사본을 받고 거래하는 등 선량한 관리자로서 주의의무를 해태한 것으로 보이지 아니하므로 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있 으며, 쟁점②세금계산서에 대하여

○○ 건설을 관할하는

○○ 세무서는 매출누 락으로 과세한 사실이 확인 되고 있음에도 처분청은 쟁점②세금계산서에 대하여 가공매입으로 과세한 이 건의 경우 동일한 사실에 대해서 양쪽 모두 과세한 것으로 적법․타당한 과 세로 인정하기에는 어렵다 하겠다. 사실이 위와 같다면, 쟁점금액이 가공매입임을 입증할 책임은 처분청에 있다고 보아야 할 것이므로 이 건의 경우 가공거래를 입증할 만한 사실 확인 서를 받지 않은 상태에서 단지 금융자료 등의 제시가 없다하여 과세한 처분은 근거과 세의 원칙에 위배되는 부당한 처분이므로 이를 취소함이 타당한 것으로 판단된다. 쟁점③: 실제 하도급금액과 허위로 교부받은 세금계산서의 금액을 차가감하면 과대계상한 원가가 없는 경우 각 사업연도별로 차액을 익금 산입하여 상여 등으로 처분할 수 있는지 여부 처분청이 조사과정에서 사실과 다른 세금계산서로 본 2,130,914천원 대신 청구법인의 통장에 의하여 거래처의 계좌에 이체된 사실이 확인되어 손금으 로 인정한 2,351,723천원 중 부가가치세 포함여부가 불분명하다하여 2,138,837천 원만 손금산입하면서 각사업연도별로 손금산입․손금불산입하고 대표자 상여로 처분하였다. 원칙적으로 손금의 귀속연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업 연도로 하고 있으나, 토목공사의 특성상 공사원가는 공사수입금액에 대응하는 비용으로 손금에 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도이며, 일반적으로 대금지급은 2～3개월 후에 이루어지는 상거래에 비추어 보더라도 실지 거래대금 지급이 확인되어 손금으로 인정하였더라도 앞 사실관계 내용에서 보듯이 실제 하도급한 금액과 허위로 교부받은 세금계산서의 금액을 3년 동안 차가감한 금 액이 과대계상한 원가가 없다면 그 귀속연도를 대금지급 시점이 아닌 쟁점세금계산서를 교부받은 시점으로 보아야 함이 타당하다고 보여진다. 이와 같이 실질매입과 가공매입을 계상한 기간을 통산하면 각각 대응되어 익금으로 산입할 금액이 없으면서 사외유출되지 아니하였으므로 실질적인 위 장 세금계산서로 보아 법인세 및 상여로 처분할 금액이 없음에도 거래시기 를 각 각의 대금지급연도로 보아 각 사업연도별로 계산하여 과세한 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 것으로 보여진다. 따라서 2003사업연도에 대하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도 처분청이 각 사업연도별로 과세한 2001～2002사업연도 법인세 및 대표자 상여처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다. 쟁점 ④: 미등록사업자 등과 거래한 경우 공제받지 못한 부가가치세 상당 액 을 손금산입 할 수 있는지 법인세법 제21조 제2호 에서 “내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 부가 가치세의 매입세액은 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정되어 있고, 같은법 시행령 제22조 제1항 제2호 및 같은법 시행규칙 제11조 제1호에서는 “당해 법 인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 부가가치세법 제32조 제1항 에 규정하는 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 공제대상이 아닌 금액은 손금산입하는 것”으로 규정되어 있는바, 미등록사업자 중 간이과세에 해당하는 경우에는 부가가치세법 제32조 제1항 에 규정하 는 영수증을 교부받아야 할 거래에 해당하고 세금계산서를 발행할 수 없으므로 부가가치세 상당액만큼 손금으로 인정할 수 있다고 보여진다. 이 건의 경우 2001년 제1기～2003년 제2기 중에 통장으로 확인된 대체원가 중 손금불산입한 부가가치세 상당액 213,793,100원 중에서 실지 하도급한 거래처가 미등록사업자이면서 간이과세에 해당하는지 여부를 확인하여 간이과세에 해당 하 는 경우에는 거래처 계좌로 입금한 날에 속하는 각사업연도의 부가가치세 상 당액을 소득금액 계산상 손금으로 산입하여야 함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.