재화의 공급 후에 소유권이전등기가 말소된 경우 수정세금계산서를 교부하여야 함

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

• 가. 청구인은 2004. 9.30 청구외 (○○○이하 “매도인”이라 한다)으로부터 충청남도 천안시 ○○동 1469 소재 ○○빌딩 207호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 179,298,000원에 취득하여 2004.10.12 소유권이전등기를 마쳤으며, 건물에 대한 세금계산서(공급가액 136,587,237원)를 교부받아 2004.10.25 2004년 2기 부가가치세예정신고(환급세액 13,658,723원)를 하였다.
• 나. 처분청은 위 환급세액을 청구인에게 환급하였다가, 2004.10.26 청구외 엽종만(이하 “가등기권자”라 한다)이 가등기에 기한 본등기를 함에 따라 청구인의 쟁점부동산에 대한 소유권등기가 말소되었음에도 부가가치세를 수정신고하지 아니하였다하여, 2005. 3. 2 청구인에게 15,028,690원(당초고지세액은 16,808,420원이었으나 이의신청결정에서 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 1,779,730원이감액되었음)을 경정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2005.5.10. 이의신청을 거쳐 2005.8.9. 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 매도인에게 쟁점부동산의 분양대금을 완납하고 소유권이전등기를 마쳤으며, 정상적으로 세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고하였기에 2004.10.25 부가가치세를 신고할 당시에 부가가치세법상 의무위반 한 것이 없다. 청구인의 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기가 말소된 것은 매도자가 사기에 의해 이중매매하고 이중매출세금계산서를 발행하였기 때문에 가등기권자가 본등기를 함에 따라 부동산등기법에 따라 이루어진 것이고 분양계약이 취소되거나 허위세금계산서와는 아무런 관계가 없다. 이미 지불한 분양대금과 부가가치세를 매도인으로부터 반환받지 못했으며 매도인도 매출취소세금계산서를 발행하지 않았다. 그런데도 청구인에게 이건 부가가치세를 과세함은 부당하므로 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 가등기권자가 가등기에 기한 본등기를 함으로써 청구인의 쟁점부동산에 대한 소유권이 말소 되어 쟁점부동산의 소유자는 가등기권자라 할 것이고, 청구인 스스로도 2004. 12.29. 쟁점부동산의 임대사업자등록을 폐업신고 하였는 바, 따라서 이건 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이건 부과처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 1) 부가가치세법 제1조 [과세대상]

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

2) 부가가치세법 제6조 [재화의 공급]

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 3) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. (이하 생략) 4) 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

• 다. 사실관계 아래의 기초사실이 처분청의 조사서, 국세통합시스템, 등기부등본 등 관련서류에 의해 알 수 있고 당사자 사이에 다툼이 없다.

1. 2004. 8.19 매도자는 쟁점부동산을 신축보존등기를 하였고, 같은 날 가등기권자는 쟁점부동산에 대해 가등기하였다.

2. 청구인은 2004. 9.30 쟁점부동산의 분양대금을 완납하였고, 2004.10.1 부동산임대업의 사업자등록을 하였으며, 2004.10.12 소유권이전등기를 하였다.

3. 2004.10.25 청구인은 부가가가치세 예정신고신고(환급세액 13,658,723원) 하였고, 처분청은 신고대로 환급하였다.

4. 2004.10.26 가등기권자는 2004.8.19의 가등기에 기한 본등기를 하였고, 그에 따라 청구인의 쟁점부동산에 관한 소유권등기가 말소되었으며, 2004.11.30 가등기권자는 쟁점부동산의 임대사업자등록을 하였다.

5. 2004.12.29 청구인은 쟁점부동산의 임대사업폐업신고(폐업일 2004.11.22)를 하였다. 라. 판단 1) 부가가치세법 제1조 제1항 에 의하면 ‘재화의 공급’ 거래에 대하여 부가가치세를 부과한다고 되어 있고, 같은법 제6조 제1항은 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”라고 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령 제50조 는 재화의 공급 후에 세금계산서 기재사항에 정정사유가 발생한 경우에는 과세관청이 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정 통지하기 전까지 수정세금계산서를 교부할 수 있도록 규정하고 있다. 2) 청구인은 쟁점부동산의 소유권이 말소되었지만 분양계약을 해지하지 않았고, 분양대금을 환불받지도 않았으며, 부동산매매업자는 곧 다른 건물을 대신 주겠다고 하고 있으므로 청구인과 매도자간의 민사․형사 문제가 해결될 때까지는 쟁점부동산에 대한 분양계약은 유효하다고 주장한다.

3. 그러나, 가등기권자가 쟁점부동산에 대해 본등기를 함으로써 청구인의 쟁점부동산에 대한 소유권이 말소 되었는 바, 부동산에 관한 법률행위로 인한 소유권의 득실변경은 등기에 의하는 것이고(민법 제186조), 부가가치세는 재화나 용역의 거래에 대하여 거래단계마다 과세하는 것이므로, 매도자가 쟁점부동산에 대체하여 다른 부동산을 공급한다면 그때 새로운 부가가치세 과세대상 거래로서 새로이 매입세액공제를 받는 것은 별론으로 하고, 쟁점부동산에 관하여는 청구인의 쟁점부동산의 소유권등기가 말소되었을 때에 부가가치세 과세대상인 재화의 공급이 없어졌다 할 것이고, 따라서 납세자 스스로 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 따라 처분청이 과세표준과 세액을 경정하기 전이라도 수정세금계산서를 주고받았어야 할 것이다. 따라서, 처분청이 이건 부가가치세를 경정한데는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이건 심사청구는 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.