일반과세자로 경정하면서 경감세액을 적용하지 아니하고 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2005.02.01. 청구인에게 한 2000년 제2기분 부가가치세 1,548,080원의 부과처분은 납부세액(매출세액-매입세액)의 20%를 세액공제하여 이를 경정합니다.

청구인은 2000.04.18.부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ‘○○정육식당’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 음식점업을 영위하는 사업자로서, 2000년 2기 부가가치세 확정신고시 간이과세자로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

○○지방국세청장은 쟁점사업장을 운영하는 청구인이 2000.07.01.부터 일반과세자이나 2000년 제2기 부가가치세 확정신고시 간이과세자로 신고ㆍ납부하였다 하여 2005.01.12. 과세유형을 다르게 신고한 신고자료(○○청 개인납세1과-195)를 처분청에 통보하였다. 처분청은 위 통보자료에 따라 2005.02.01. 청구인을 일반과세자로 하여 2000년 제2기분 부가가치세 1,548,080원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.03.31. 이의신청을 거쳐 2005.07.30 이 건 심사청구하였다.

청구인은 2000.04.18. 사업자등록신청을 하여 간이과세자로 사업자등록증을 교부받아 2000년 제2기 부가가치세 확정신고시 간이과세자로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였으나, 처분청이 일반과세자로 경정하면서 경감세액을 적용하지 아니하고 과세하여 영세사업자인 청구인에게는 세부담이 너무 크므로 이 건 처분은 부당하다.

1999.12.28. 부가가치세법 개정으로 2000.06.30. 현재 간이과세자에 해당하는 개인사업자는 2000.07.01.부터 일반과세자에 관한 규정을 적용하는 것이므로 청구인은 2000년 1기중 신규개업한 간이과세자로서 2000.07.01.부로 과세유형이 간이과세자에서 일반과세자로 전환되었는 바, 청구인이 2000년 2기분 부가가치세를 간이과세자로 잘못 신고ㆍ납부한 데 대하여 일반과세자로 하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 2000년 제2기분 부가가치세를 일반과세자로 경정하면서 경감세액을 적용하지 아니하고 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제25조 【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만원 이상 동금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위 내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과 징수한다. 다만, 업종ㆍ규모ㆍ지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (1999. 12. 28 개정)

② 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시 일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.

③ 신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달될 것으로 예상되는 때에는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1995. 12. 29 개정)

④ 제3항의 규정에 의한 신고를 한 개인사업자는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 해당하는 사업자의 경우에는 그러하지 아니하다. (1999. 12. 28 개정)

○ 부가가치세법시행령 제74조 의 2 【간이과세 및 일반과세의 적용시기】

① 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항의 규정에 의한 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다. (1999. 12. 31 개정)

② 제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다. (1999. 12. 31 개정)

③ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용한다. (1999. 12. 31 개정) < 부가가치세법 부칙(1999. 12. 28 법률 제6049호) >

○ 제1조 【시행일】 이 법은 2000년 01월 01일부터 시행한다. 다만, 제3조ㆍ제17조의 3ㆍ제25조ㆍ제26조ㆍ제26조의 2ㆍ제26조의 3 및 제27조(동조 제1항 단서의 개정규정 중 예정신고기간의 공급대가 비율을 3분의 1로 변경하는 부분을 제외한다) 내지 제30조의 개정규정은 2000년 07월 01일부터 시행한다.

○ 제2조 【일반적 적용례】 이 법은 이 법 시행후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

○ 제6조 【종전의 과세특례자 등에 관한 특례】

① 2000년 06월 30일 현재 간이과세자에 해당하는 개인사업자에 대하여는 2000년 07월 01일부터 일반과세자에 관한 규정을 적용한다.

② 2000년 06월 30일 현재 과세특례자에 해당하는 개인사업자에 대하여는 2000년 07월 01일부터 간이과세자에 관한 규정을 적용한다.

○ 제7조 【간이과세의 일반과세로의 전환에 따른 세액공제의 특례 등】

① 일반과세자에 관한 규정을 적용받는 다음 각호의 1에 해당하는 사업자에 대하여는 2000년 제2기 과세기간의 납부세액에서 20퍼센트, 2001년 제1기 과세기간 및 제2기 과세기간의 납부세액에서 10퍼센트를 각각 경감한다. 다만, 일반과세자에 관한 규정을 적용받지 아니하는 과세기간분에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 2000년 06월 30일 현재 간이과세자로서 2000년 07월 01일부터 일반과세자로 되는 자 중 직전 1역년의 공급대가(1999년 중간에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 제25조 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액)가 1억5천만원에 미달하는 자

2. 1999년 01월 01일부터 1999년 12월 31일까지의 재화 또는 용역의 공급대가(1999년 중간에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 제25조 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액)가 1억5천만원 미만인 과세특례자로서 2000년 07월 01일부터 일반과세자로 되는 자

3. 2000년 제1기 과세기간 중에 신규로 사업을 개시한 과세특례자로서 2000년 제1기 과세기간의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 제25조 제1항 본문의 규정에 의한 금액 이상으로서 2001년 01월 01일부터 일반과세자에 관한 규정을 적용받게 되는 자 중 12월로 환산한 금액이 1억5천만원에 미달하는 자

4. 2000년 제2기 과세기간 및 2001년 중간에 신규로 사업을 개시하는 일반과세자로서 사업을 개시한 과세기간의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 1억5천만원에 미달하는 자

5. 2000년 01월 01일부터 2000년 12월 31일까지의 재화 또는 용역의 공급대가(2000년 중간에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 제25조 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액)가 제25조 제1항 본문의 규정에 의한 금액 이상인 간이과세자로서 2001년 07월 01일부터 일반과세자에 관한 규정을 적용받게 되는 자 중 직전 1역년의 공급대가가 1억5천만원에 미달하는 자

② 제25조의 개정규정에 의한 간이과세자에 대하여 2000년 07월 01일부터 2003년 12월 31일이 속하는 과세기간분까지는 대통령령이 정하는 부가가치율에 따라 납부세액을 경감할 수 있다.

○ 제8조 【일반적 경과조치】 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 부가가치세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저 사실관계에 대하여 살펴본다】

1. 청구인이 당초 쟁점사업장의 2000년 2기 부가가치세를 간이과세자로 신고한 사실과 과세유형이 부가가치세법 개정으로 2000.07.01. 간이과세자에서 일반과세자로 전환된 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

2. ○○지방국세청장이 2005.01.12. 과세유형을 다르게 신고한 신고자료를 공문으로 처분청에 통보함에 따라 처분청은 쟁점사업장의 부가가치세 신고내용을 점검한 결과, 부가가치세법 개정으로 인해 쟁점사업장을 운영하는 청구인이 2000.07.01.부로 간이과세자에서 일반과세자로 과세유형이 전환되었음에도 2000년 2기 부가가치세 확정신고시 간이과세자로 잘못 신고ㆍ납부한 데 대하여 이를 확인하고 이 건 일반과세자로 하여 2005.02.01. 청구인에게 과세하였음이 부가가치세 경정결정서 등 심리자료에 의해 확인된다.

3. 청구인은 쟁점사업장을 2000.04.18. 신규개업하여 운영하면서 2000년 제1기와 제2기분 부가가치세 과세표준을 6,968천원 및 42,895천원으로 하여 간이과세자로 자진신고한 사실이 국세통합시스템(TIS) 조회자료에 의하여 확인된다.

4. 당심에서 쟁점사업장이 2000.07.01.부로 간이과세자에서 일반과세자로 유형전환되면서 처분청으로부터 유형전환통지서와 사업자등록증을 새로 교부받았는지 여부를 청구인에게 문의한 바, 청구인은 새로운 사업자등록증을 우편으로 교부받은 사실을 인정하고 있으며, 다만, 유형전환통지서 수령여부는 오래된 일이라 잘 기억나지 않는다고 진술하고 있다.

5. 당심에서 국세청장이 2000.12.21. 각 지방국세청장에게 시달한 부가가치세 과세제도 개편관련 교육 참고자료, 부가 46410-4824 공문을 보면, 2000년 1기중 신규개업한 간이과세자로서 2000.07.01. 일반과세자로 전환된 사업자중 2000년 1기 급대가를 12월로 환산한 금액이 150,000천원 미만인 자에 대하여는 2000년 2기 납부세액(매출세액-매입세액)의 20%를 경감하도록 되어있다. 또한, 문답사례에서도 2000년 1기중 신규개업한 간이과세자가 2000.07.01. 일반과세자로 전환된 경우 2000년 2기 납부세액에서 20%를 경감받을 수 있다고 되어 있으며, 부가가치세법 부칙 제7조에는 규정되어 있지 않으나 2000년 1기중 신규개업한 간이과세자로서 2000.07.01. 일반과세자로 전한된 사업자에 대하여는 납부세액을 경감받을 수 있는 것으로 해석한다는 내용이 기재되어 있다. 【다음 쟁점에 대하여 살펴본다】 청구인은 쟁점사업장에 대하여 2000년 제2기분 부가가치세를 간이과세자로 신고ㆍ납부하였으나, 처분청이 일반과세자로 경정하여 과세한 이 건 처분은 영세사업자인 청구인에게는 세부담이 너무 크므로 고지세액을 경감하여 달라는 주장인 바, 이에 대하여 본다. 1) 부가가치세법 부칙(1999.12.28. 법률 제6049호) 제6조 제1항의 규정에 의하여 2000.06.30일 현재 간이과세자에 해당하는 개인사업자는 2000.07.01.부터 일반과세자로 적용하도록 되어 있고, 청구인이 처분청으로부터 과세유형전환통지도 새로운 사업자등록증과 함께 교부받은 것으로 보여지는 바, 처분청이 쟁점사업장의 청구인에게 2000.07.01.부터 일반과세자에 관한 규정을 적용하는 것은 달리 잘못이 없다.

2. 다만, 부가가치세법 개정으로 종전 간이과세자가 2000.07.01.부터 일반과세자로 전환하는데 따른 급격한 세부담의 완화를 위하여 동법률 부칙 제7조에서 세액공제의 특례를 규정하고 있는 바, 2000년 1기중 신규개업한 간이과세자로서 2000.07.01. 일반과세자로 전환된 사업자중 2000.1기 공급대가를 연 환산한 금액이 150,000천원 미만인 자의 납부세액 경감에 대하여 국세청 부가 46410-4842 (2000.12.21.)호에 의해 2000년 1기 신규 간이과세자도 2000.2기 납부세액의 20%를 경감하는 것으로 해석하여 관련업무가 집행된 것으로 확인된다.

3. 그렇다면, 청구인은 쟁점사업장을 2004.04.18. 개업한 신규 간이과세자이고 2000.07.01. 일반과세자로 유형전환된 자로서, 2000년 1기 공급대가의 연 환산한 금액이 27,874천원으로 150,000천원 미만이므로 일반과세를 적용받은 2000년 2기 납부세액의 20%를 공제하여 경정함이 타당하다고 판단된다(심사부가2005-0108, 2005.07.19. 같은 뜻)

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.