임대목적으로 사용하고 있으므로 매입세액 공제함이 타당함

[주문]

○○세무서장이 2005. 3. 1. 청구인에게 한 2004년 제2기분 부가가치세 3,692,960원의 부과처분은, 청구법인이 쟁점건물 신축으로 인해 교부받은 매입세금계산서(공급대가 510,655천원) 중 공급시기가 사실과 다른 매입세액(공급대가 229,000천원)을 차감하고, 나머지 매입세액(공급대가 281,655천원)에 대하여는 청구법인이 교회로 자가사용하는 부분(전체 890.79㎡중 708.56㎡)에 대한 매입세액을 사업과 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정합니다. [이유]

○○교회(이하 “청구법인”이라 한다)는 2004.2.11. ○○도 ○○시 ○○동 745-4번지에서 부동산임대업으로 사업자등록을 하고, 2004. 2.19. 동 소재지에서 청구외 곽○○(건설/인테리어업자 상호 ○○인테리어, 이하 “○○인테리어”라 한다)과 공사금액 450,000천원(부가가치세 별도)의 지하1층 및 지상5층(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 근린생활시설 건물 신축공사 도급계약을 체결하여 2004.10.

7. 쟁점건물을 완공하고, 2004.12.25. 2004년 7월～11월 부가가치세 조기환급 신고시 ○○인테리어 등으로부터 교부받은 쟁점건물 신축 관련한 공급가액 464,232천원의 세금계산서(4매)에 대한 매입세액 중 지상2층 교회사용면적에 해당하는 매입세액 9,493천원을 매출세액에서 불공제한 나머지 36,929천원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급신고 하였다. 처분청은 2005. 1.11. 청구법인의 부가가치세 환급신고에 대한 현지확인을 실시하고, 쟁점건물 전부를 교회가 사용하는 것으로 보아 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 세액으로 매출세액에서 불공제하고, 신고불성실가산세를 적용하여 2005.

1. 2004년 제2기분 부가가치세 3,692,960원을 청구법인에게 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 4.29. 이의신청을 거쳐 2005. 7.30. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구법인은 1973.2.1.부터 ○○도 ○○시 ○○동 187-8번지에서 대지 269평, 건물 130평의 교회건물을 소유하였으나 ○○ 동부지역 개발과 관련하여 ○○시청이 교회 대지 및 건물을 수용하여 청구법인이 보상을 받고 현 사업장소재지에 근린생활시설 부지를 대체취득 하였다.
• 나. 청구법인은 비영리법인으로 수익사업을 영위하기 위하여 2004. 2.11. 부동산임대업으로 사업자등록을 하였고, 쟁점건물을 신축하여 그 중 2층(182.23㎡)만을 교회로 사용하고 나머지 층 면적(708.56㎡)을 수익사업(임대사업)을 영위하는 것으로 하여 교회가 사용하는 건물면적에 대한 매입세액만을 불공제하고 부가가치세 조기환급 신고를 하였다.
• 다. 처분청은 이 건 환급신고에 대한 현지확인 당시 건물 외벽에 설치된 교회 간판과 임대층에 세입자가 없었다는 이유로 쟁점건물 전체를 교회가 사용하는 것으로 판단하였으나, 1층은 2005.

7.

8. ‘○○석건’에, 3층은 2005.2.28.부터 ‘○○요가원’에, 4층은 2004.11.28.부터 ○○대학교행정대학원 총동문회에, 5층은 2005.

7. 전세보증금 15,000천원에 ‘○○피아노학원’에 각각 임대하였고, 지하1층은 현재 공실이나 인근 공인중개사 사무실을 통해 세입자를 찾는 중이다.

• 라. 청구법인은 부동산임대업을 하기 위하여 건물준공시 2층 교회사용 부분을 제외하고 근린생활시설에 대한 취득·등록세까지 납부하였는 바, 과세사업에 관련된 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

• 가. 처분청이 2005. 1.11. 부가가치세 환급 현지확인시 교회내부를 확인한 바, 계단입구에 각 층별 안내표지판이 부착되어 있었으며, 층별 안내내용을 보면 ○○○ 지층(지역사회⇔교회), ●●● 1층(선교일부대책), ●● 2층(삼위일체 하나님께 경배), ○○ 3층(선교,복지,회의,출판,교육), ◎◎ 4층(교역자, 의·식·주, 교제), ◇◇◇ 5층(찬양음악,피아노), ◆◆◆ 상층(절제,자유)으로 되어 있어 건물 모두를 종교 고유목적으로 상용할 목적이었음을 알 수 있으며, 현지확인일 현재 임대와 관련한 서류를 제시하지 못하고 인근의 공인중개사무소를 탐문하였으나 임대사실을 확인할 수 없었다.
• 나. 청구법인은 2층을 제외한 나머지 층은 교회가 아닌 것으로 간주하여 취득·등록세를 납부하였으며, 현 교회위치에서는 교회가 모든 층을 사용할 수 없다고 주장하나, 이는 지방세법상 건축허가사항이 제한됨에 따라 부과된 것일 뿐이며 현지확인 당시 건물내부의 층별사용안내표시판 등 모든 정황으로 보아 건물 전체를 종교 고유목적사업으로 사용하는 것으로 판단하여 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련 없는 매입세액으로 본 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계 법령 1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

①, ③ (생략)

② 용역이 제공되는 시기는 역무가 제공되거나 재화․시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 2) 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급․중간지급․장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 3) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. 1.～5. (생략) 4) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1, 1의2, 3, 5. (생략)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

• 다. 사실관계 및 판단 【사실관계】

1. 청구법인은 2004.12.25. 2004년 제2기분(2004.7.1～11.30) 부가가치세 조기환급신고시 ○○인테리어외 3개 업체로부터 공급가액 464,232천원의 세금계산서를 교부받아 동 매입세액 46,423천원중 쟁점건물 총 연면적 890.79㎡에서 2층 교회면적 182.23㎡의 비율(20.45%)에 해당하는 매입세액9,493천원을 불공제하여 환급신고하였음이 2004년 제2기분 부가가치세 신고서에 의하여 확인되며, 매입처별세금계산서합계표의 내용은 아래 (표1)과 같다. (표1)매입처별세금계산서합계표 (단위:천원) 일련번호 상호 공급가액 세액 비 고 1

○○건축사사무소 9,500 950 2 법무사○○사무소 200 20 3 한국전력공사 4,532 453 4

○○인테리어 450,000 45,000 계 464,232 46,423

2. 쟁점건물의 등기부등본 및 건축물관리대장에 의하면, 2004.10.7. 사용승인을 받고, 지하1층 192.16㎡(기타운동시설), 지상1층 162.01㎡(소매점), 2층 182.23㎡(교회), 3층 140.55㎡(사무소), 4층 116.30㎡(사무소), 5층 97.54㎡(사무소), 연면적 890.79㎡(옥탑층 19.78㎡ 미포함)로 등기 및 등재되어 있음이 확인되며, 2004.10.27. ○○시청에 납부한 취득·등록세 영수증을 보면, 쟁점건물 신축 과세표준 245,234천원, 면적 910.57㎡(옥탑층 포함), 취득세 등 244,570원, 등록세 등 440,230원으로 확인된다.

3. 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 쟁점건물 1층은 2005.7.14.부터 석공업자 ○○석건이, 2층은 2004.2.157.부터 청구법인이 부동산임대업자로, 5층은 2005.

3. 7.부터 ○○피아노학원이 청구법인으로부터 임차하여 사업자등록을 한 것으로 확인된다.

4. 처분청이 2005.1.11. 청구법인의 조기환급신고에 대하여 사업장을 현지확인하고 작성한 복명서에 의하면, 외형은 지붕에 십자가가, 건물의 외벽에는 교회간판이 설치되어 있으며, 실내는 1층은 공실로, 2층은 예배당으로, 3층은 폐문상태로, 4층은 목사인 청구외 김○○가 임시 거처로 거주하는 것으로, 5층은 칸막이를 하여 5대 정도의 피아노가 설치되어 있는 것으로 나타나지만 계단입구의 실내표지판(표2)에는 전부 교회가 사용하는 것으로 되어 있다고 기술하고 있다. (표2) 쟁점건물 1층 입구 실내표지판 모양

○○ 교 회 Syrachs Missionary Baptist Church) •○○○ 지층 (Avenue: 지역사회 ↔ 교회) •●●● 1 층 (Support: 선교일부대책)

• ● ● 2 층 (Worship: 삼위일체 하나님께 경배) •○ ○ 3층 (Search: 선교.복지.회의.출판.교육) •◎ ◎ 4층 (Chamber: 교역자, 의·식·주 교제) •◇◇◇ 5층 (Melody: 찬양음악, 피아노) •◆◆◆ 상층 (Freedom: 절제자유, 기계, 광고) 또한, 쟁점건물이 소재한 ○○동 745-4 지번은 300㎡이내의 면적에 한하여 교회허가가 가능한 것으로 ○○시청이 확인하고 있어, 건물신축허가를 받은 후 건물 전체를 교회로 사용하기 위하여 2층(182.23㎡)을 제외한 나머지 층에 대하여는 근린생활시설로 허가를 신청한 것으로 판단하였으며, 쟁점건물 신축에 대한 도급계약서 및 대금증빙내역으로 미루어 위장·가공혐의점을 발견할 수 없으나 청구법인이 임대와 관련한 임대차계약서나 건물임대 관련서류를 제시하지 못하고, 인근 공인중개사사무소를 탐문한 바 당해 건물의 임대내역을 확인할 수 없어 쟁점건물 전체를 교회가 사용하는 것으로 보이므로 쟁점매입세액은 사업과 직접 관련이 없는 매입세액으로 판단된다는 내용이 나타나고 있다.

5. ○○인테리어와 체결한 도급계약서 및 대금증빙관계를 살펴본다.

• 가) 2004. 2.19. 청구외 곽○○과 공사기간을 2004.2.23～2004.7.23.로, 공사금액을 450,000천원(부가가치세 별도)으로, 대금결제 조건은 1차 레미콘타설전, 2차 지하층 완공후, 1～2층 완공후, 4차 3～4층 완공후, 5차 건물완공후로 하여 총 5차에 걸쳐 18%씩 지급하는 것으로, 나머지 10%는 준공완료 후 지급하는 것으로 계약을 체결하였다.
• 나) 처분청에 제출한 무통장입금증은 아래 (표3)와 같고, 당심에 통장사본 등과 함께 제출한 입금내역은 (표4)와 같다. (표3) 대금결제 무통장입금증 (단위:천원) 날짜 금액 보내는사람 받는 사람 계좌번호 2004.03.29 81,000 김○○ 곽○○ 2004.05.11 81,000 청구법인 곽○○ 2004년 제1기 162,000 2004.07.12외1 77,000 김○○ 곽○○ 2004.08.03외9 78,000 김○○외 곽○○외 2004.09.02외2 10,800 김○○ 곽○○외 2004.11.03외1 30,000 김○○외 곽○○외 2004년제2기 195,800 ※기타 보내는 사람: 장○○(김○○ 배우자), 김○조(김○○ 아들) (표4) 대금결제 계좌이체 등 (단위:천원) 날짜 금액 보내는사람 받는 사람 계좌이체등 2004.6.28외2 67,000 김○○외 곽○○ 2004년 제1기 67,000 2004.09.09외2 6,325 김○○외 곽○○외 2004.10.29외3 49,840 김○○외 곽○○외 2004.11.03 27,100 김○○ 곽○○ 2004년제2기 83,265

6. 청구법인이 제출한 상가임대차계약서의 내용을 살펴보면, 2005.2.28. 청구외 정○○과 계약기간을 2년으로 하여 3층을 임대보증금/임대료 10,000천원/600천원에, 2005.7.8. 청구외 안○○와 계약기간을 1년으로 하여 1층을 임대보증금/임대료 15,000천원/550천원에, 2004.11.20. 청구외 사단법인 ○○대학교 행정대학원 총동문회에 동문인 청구외 김○○가 12개월간 4층을 무상임대하는 것으로, 2005.2.19. 청구외 김○○와 계약기간을 24개월로 하여 5층을 임대보증금 15,000천원으로 하여 각층별 임대차계약을 체결하였음이 나타나고 있다.

7. 당심에서 2005년 9월 19일 청구법인의 사업장소재지를 현지확인한 바에 의하면, 쟁점건물은 신시가지로 형성된 4차선 대로 뒷편에 위치해 있고, 1층은 석재상 ‘○○석재’가 사용하며, 2층은 교회당으로, 3층은 ‘○○요가원’이 영업을 하고 있었으나 4～5층은 간판이 보이지 아니하였고, 주변 부동산중개업소는 문을 닫아 탐문이 어려웠다. 【판단】 1) 부가가치세법시행령 제22조 제2항 은 사업자가 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급의 시기로 규정하고, 부가가치세법 제16조 제1항 은 용역을 공급하는 시기에 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있으며, 부가가치세법 제17조 제2항 에서 사업과 직접 관련이 없는 지출이나 부가가치세가 면제되는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다.

2. 청구법인은 쟁점건물 신축시 부동산임대업을 영위하고자 ○○시청에 지상2층을 제외한 나머지 층에 대하여 근린생활시설 소매점이나 사무소로 건축허가를 받고, 2004. 2.11. 임대 사업자등록을 하였으며, 2004. 2.24. 착공하여 2004.10. 7. 쟁점건물을 완공한 후 2004.11.20. 4층을 사단법인 ○○대학교 행정대학원 총동문회에, 2005.2.19. 5층을 ○○피아노학원에, 2005.2.28. 3층을 ○○요가원에, 2005. 7. 8. 1층을 ○○ 석재에 각각 임대하였다. 3) 쟁점건물의 도급계약서 내용을 보면, 계약기간을 2004.2.23～2004.7.23.로, 공사금액을 450,000천원(부가가치세 별도)으로, 대금결제 조건을 총 5차에 걸쳐 완성도지급조건부로 각 차수별로 18%씩 지급하는 것으로, 나머지 10%는 준공완료 후 지급하는 것으로 계약을 체결하고, 대금지급은 2004년 제1기중 229,000천원을, 2004년 제2기중 나머지를 지급하였으며, 세금계산서는 2004년 제2기중에 450,000천을 교부받았다. 4) 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청의 현지확인 당시에는 임대가 이루어지지 않았다 하더라도 임대목적으로 사업자등록을 하고, 건축물관리대장상에 근린생활시설 소매점이나 사무소로 등재되어 있으며, 심리일 현재 임대목적으로 사용되고 있음이 확인되고 있으므로 쟁점건물중 지상2층 교회사용 부분을 제외하고는 임대사업 목적으로 신축한 것으로 봄이 타당하다 하겠다. 다만, 청구법인이 쟁점건물을 신축함에 있어서 ○○인테리어와 완성도기준 지급조건부 도급계약을 체결하여 2004년 제1기중에 용역을 공급받고 공사대금중 229,000천원을 지급하였음에도 2004년 제2기중에 이에 대한 세금계산서를 교부받았는 바 이는 공급시기가 사실과 다른 매입세금계산서로서 부가가치세법 제17조 제2항 에 규정한 매입세액 불공제 대상에 해당된다 할 것이다. 따라서, 쟁점건물 신축으로 인해 교부받은 매입세금계산서(공급대가 510,655천원) 중 2004년 제1기에 용역을 공급받아 대금을 지급한 부분(공급대가 229,000천원)을 차감하고, 나머지 매입세액(공급대가 281,655천원)에 대하여는 청구법인이 교회로 자가사용 하는 지상2층을 제외한 부분(전체 890.79㎡중 708.56㎡)에 대한 매입세액은 이를 부동산임대관련 매입세액으로서 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.