거래사실이 확인되는 세금계산서로 보아 관련매입세액을 공제할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2005. 3.16. 청구인에게 결정고지한 2002년 제2기 부가가치세 64, 294,890원과 2003년 제1기분 부가가치세 25,260,840원의 처분은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 일대 ○○천 주차전용 건축물 6,825.16㎡(이하 “관련부동산”이라 한다)을 (주)○○(이하 “청구외법인”이라 한다)로 부터 임차한 후 부동산/전대업으로 사업자등록(사업개시일: 2001.12. 1.)을 한 후 (주)○○개발에 전대하다가 2003. 7. 4. 폐업한 개인사업자로서, 청구외법인으로부터 관련부동산 임차에 따른 2002년도 제2기분 부가가치세 공급가액 433,400,000원 및 2003년도 1기분 부가가치세 급가액 198,000,000원 합계 631,400,000원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 동 매입세액 63,140천원(이하 “관련매입세액”이라 한다)을 공제하여 각 과세기간별로 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급받는 자란에 사업자등록번호가 아닌 청구인의 주민등록번호가 기재된 쟁점세금계산서를 수취하였다는 이유로 관련매입세액은 불공제하여 2005. 3.16. 청구인에게 부가가치세 2002년 제2기분 64,294,890원, 2003년 제1기분 25,260,840원 합계 89,555,730원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005. 6.11. 심사청구를 제기하였다.

청구인은 사업개시일을 2001.12. 1.로 하여 사업자등록(부동산/전대업)신청 후 교부받은 사업자등록증의 사본을 청구외법인에게 제시한 후 청구인의 사업자등록번호로 세금계산서를 수취하여 왔으며, 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 신고 시 기재사항을 충분히 확인하여야 하였으나 청구외법인에서 쟁점세금계산서의 공급 받는자 란에 청구인의 개인 주민등록번호가 기재된 사실을 확인하지 못한 것으로서, 이는 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서의 필요적 기재사항이 청구외법인의 착오로 기재되어 발행되었다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 단서 및 같은법 시행령 제60조 제2항 제2호의 규정에 의하여 그 거래사실이 확인되는 경우로 보아 관련매입세액은 공제되어야 한다는 주장이다.

청구외법인은 모든 세금계산서를 전산으로 발급하고 있는 법인체로서 청구인과 관련부동산에 대한 임대차계약을 체결하고 임대료 및 관리비 등에 대한 세금계산서의 공급받는 자란에 청구인의 사업자등록번호를 기재하여 교부하였으나, 청구인은 임대료에 대하여는 청구인이 전대한 ㈜○○개발에 직접 교부하여 줄 것을 요구한 바 청구외법인은 임대차 계약을 하지 않은 (주)○○개발에 세금계산서를 직접 교부할 수 없음을 청구인에게 통보하였고, 청구인이 개인명의로 세금계산서를 발행하여 줄 것을 요구하여 쟁점세금계산서의 공급받는자 란에 청구인의 주민등록번호를 수기로 기재하여 재교부하였음이 청구외법인의 소명서(2004. 6. 2. 청구외법인-0406호)에서 확인되므로 공급받는 자란에 주민등록번호가 기재된 쟁점세금계산서에 대한 관련매입세액은 불공제함이 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 세금계산서로 보아 관련매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다
• 나. 관계법령 등

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하󰡒세금계산서󰡓라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재 사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저 사실관계에 대하여 본다】

1. 청구인은 부동산/전대업자로서 2001.12. 1.을 사업개시일로 하여 처분청에 사업자등록 신청 후 교부받은 사업자등록증 사본을 청구외법인에게 제시하였고, 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 후 관련매입세액을 공제하여 2002년 제2기분 및 2003년 제1기분 부가가치세를 신고한 사실이 부가가치세신고서 등에 의하여 확인된다.

2. 처분청은 청구인이 청구외법인으로부터 수취한 매입세금계산서 중 쟁점세금계산서의 공급받는 자 란에 청구인의 사업자등록번호가 아닌 청구인의 주민등록번호가 기재되어 있다고 하여 관련매입세액을 불공제하여 이건 처분을 하였음이 부가가치세 결의서 등에 의하여 확인된다. 【다음 쟁점에 대하여 본다】 1) 부가가치세법 제16조 제1항 제2호 및 제17조 제2항 제1의2호 단서와 같은법 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하면, 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우라도 하더라도 당해 세금계산서의 그 밖의 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액을 공제할 수 있도록 규정되어 있다.

2. 청구인과 청구외법인간에 체결된 관련부동산에 대한 임대차계약과 청구인과 (주)○○개발간에 체결된 전대계약내용에 대한 부가가치세 신고내역을 살펴본다.

• 가) 청구인이 청구외법인과 체결한 관련부동산의 임대차계약서 내용에 의하면 계약기간은 5년이고, 임대료는 보증금 40억원에 월 66,000천원과 월 주차료 10,000천원으로 계약되어 있는 것으로 나타나고 있다
• 나) 청구인이 청구외법인으로부터 관련부동산을 임차하고 임대료 등에 대한 거래금액은 2002년 제2기 중 661,402천원(관리비 등 228,002천원, 월 임대료 433,400천원)이며, 2003년 제1기 중에는 474,616천원(관리비 등 276,616천원, 월 임대료 198,000천원)으로서 이에 상당하는 매입세금계산서를 수취하여 각 과세기간별로 매입세액을 공제하여 신고한 사실이 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인된다.
• 다) 청구외법인은 청구인에게 관련부동산을 임대하고 월 임대료에 상당 하는 세금계산서를 발행한 후 2002년 제2기분 부가가치세 신고 시 433,400천원(6매), 2003년 제1기 중 198,000천원(3매)를 각 과세기간별 부가가치세 신고 시 매출 과세표준에 포함하여 신고한 사실이 청구외법인이 당심에 제출한 매출처별 세금계산서 합계표에 의하여 확인된다.
• 라) 청구인과 (주)○○개발간에 체결된 관련부동산에 대한 전대계약 내용을 부가가치세 신고서에 첨부되어 있는 부동산 임대공급가액명세서 등에 의하여 확인한 바, 2002년 7월부터 9월 기간은 (주)○○개발에 전대보증금 1억원에 월 임대료 1억원, 같은 해 10월부터 12월 기간은 전대보증금 3억원에 월 임대료 1억원, 2003년 1월부터 6월 기간은 전대보증금 3억원에 월 임대료 66백만원으로 되어 있다
• 마) 청구인은 (주)○○개발에 관련부동산을 전대한 후 전대수입에 대한 부가가치세 매출 과세표준을 2002년 제2기 중 831,480천원, 2003년 제1기 중에는 480,863천원으로 각 과세기간의 부가가치세를 신고한 것으로 나타나고 있다.
• 바) 위와 같이 청구인과 청구외법인간에 체결된 관련부동산에 대한 임대차계약사실이 확인되고, 청구외법인은 쟁점세금계산서에 상당하는 금액을 부가가치세 매출 과세표준으로 신고하였으며, 청구인은 쟁점 세금계산서를 청구외법인으로부터 수취하여 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였을 뿐만 아니라 청구인이 (주)○○개발에 관련부동산을 전대하고 이에 대한 부가가치세 매출 과세표준도 각 과세기간별로 신고한 것으로 나타나고 있는 점에 비추어 볼 때, 청구인과 청구외법인 및 (주)○○개발간에 이루어진 임대 및 전대용역 거래 자체에 대하여는 달리 다툼이 없는 것으로 보여진다.

3. 2004. 5.28. ○○지방국세청에서 청구외법인에게 쟁점세금계산서에 대한 주민등록분으로 세금계산서를 발행한 사유에 대한 소명을 요구하여 같은 해 6. 2. 청구외법인이 소명한 내용에 의하면, 당초 2002년 7월말에 7월분 관리비, 주차비, 월 임대료에 대한 세금계산서의 기재사항 중 공급받은 자란에 청구인의 사업자등록번호를 기재하여 세금계산서를 교부하자 청구인은 세금계산서를 (주)○○개발에 직접 교부하여 줄 것을 요청하였으나 이를 거부하였고, 다시 청구인 개인명의로 세금계산서 발행을 요구하여 공급받는 자란에 청구인의 주민등록번호를 기재하여 재발행하여 준 것으로 나타나고 있어 이에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구인이 이 건 심사청구 시 제출한 진술서(2004. 5월 작성분)에 의하면, 청구인은 당초 관련부동산을 (주)○○개발에 전대하기 전부터 청구인의 사업자등록증 사본을 청구외법인에게 제출하였고, 관리비 등에 대하여는 청구인의 사업자등록번호로 세금계산서를 수취하고 있어 당연히 월 임대료 부분에 대한 세금계산서도 청구인의 사업자등록번호가 기재되어 발행되는 것으로 알았으나 쟁점세금계산서에 청구인의 주민등록번호가 기재되어 있다는 사실을 전혀 몰랐고, 청구인이 세금을 내지 않기 위해서라든가 기타 불법한 목적을 갖고 이를 행한 것이 아니라 단순히 청구외법인의 착오 및 부주의로 쟁점세금계산서가 발행된 것임에도 청구인이 자진신고한 관련매입세액을 불공제한다는 것은 부당하다고 진술하고 있다.
• 나) 당심에서 당초 청구외법인이 ○○지방국세청에 제출한 소명서(2004. 6. 2., 청구외법인-0406)와 관련하여 청구외법인의 재무팀 대리 박○○에게 소명내용에 대하여 전화로 확인하여 본 바, 2002년 7월말 청구인 측에서 임대료부분을 (주)○○개발에 직접 교부할 수 있는지 여부를 물어와 직접교부는 불가하다고 하였고, 청구인의 요구로 2002년 7월분 세금계산서를 청구인의 주민등록번호를 수기로 기재하여 재교부하였는 바, 그 후 별도의 추가 확인 없이 임대기간 종료일까지 계속하여 청구인의 사업자등록번호가 아닌 주민등록번호를 기재하여 세금계산서를 교부하였는 바, 청구인이 무슨 혜택이 있다고 쟁점 세금계산서에 주민등록번호 기재를 요구하였는지는 알 수 없고, 청구인이 사업자등록증 사본을 청구외법인에 제출하여 관리비와 주차비 등에 대한 세금계산서에는 청구인의 사업자등록번호를 기재하여 교부한 사실을 인정하고 있다
• 다) 위와 같이 쟁점세금계산서와 관련한 청구인의 진술내용과 청구외법인의 소명 내용이 서로 상이한 바, 청구인과 청구외법인은 관련부동산 임대차계약에 대한 부가가치세를 각자 자진신고하였고, 청구인이 청구외법인에게 사업자등록증 사본을 제출한 후 관련부동산의 임차에 따른 관리비와 주차비에 대해 청구인의 사업자등록번호로 세금계산서를 교부받고 있었던 점에 비추어 볼 때, 월 임대료에 상당하는 쟁점세금계산서만을 공급받는자 란에 청구인의 사업자등록번호가 아닌 주민등록번호로 기재하도록 하여 세금계산서를 수취할 세법상 고의적인 이유는 없는 것으로 보여진다.

4. 상기와 같이 청구인과 청구외법인 및 (주)○○개발과의 관련부동산 임대차계약과 관련하여 임대와 전대용역을 공급하거나 공급받은 거래 자체에 대하여는 달리 다툼이 없을 뿐만 아니라 이에 따른 각 납세자별 부가가치세 매출․매입 과세표준을 자진신고한 점, 청구인은 관련부동산을 임차하여 부동산/전대업으로 사업자등록을 한 후 교부받은 사업자등록증(000-00-00000) 사본을 청구외법인에게 제시하여 세금계산서 발행 시 사용되어 온 점, 청구인이 임대료 등에 대한 세금계산서를 청구외법인으로부터 수취하면서 월 임대료에 대한 매입세금계산서의 공급받는 자란에 청구인의 주민등록번호를 기재하도록 하여 수취할 세법상의 아무런 이유가 없어 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서는 부가가치세법 제16조 제1항 및 같은법 시행령 제60조 제2항 제2호의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 세금계산서에 해당되는 것으로 보아 관련 매입세액을 공제함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.