과・면세 사업에 공통으로 사용된 자산은 과세 사업분에 대한 부가가치세 과세함

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들 수 없어 기각합니다.

청구법인은 부가가치세가 면세되는 농산물 도매업과 과세되는 수탁 농․수산물의 냉장․건조, 보관업을 사업목적으로 2002. 3. 15. 개업한 과ㆍ면세겸업자로서 시설투자매입세액 171,107,986원과 기타매입세액 1,677,600원 합계 172,785,586원(이하 “쟁점매입세액”)을 2002년 1기 부가가치세 확정 신고와 함께 전액환급신청을 하자, 처분청은 위 환급 신청액 중 공통매입세액을 확인하고 이를 사업계획서상 총 예정공급가액에 대한 면세사업 예정공급가액의 비율로 안분 계산하여 면세관련매입세액 42,136,232원을 불공제, 2003. 1. 31. 납기로 가산세를 포함한 동 부가가치세 46,349, 855원을 경정ㆍ고지한 사실에 대하여

○○지방국세청장은 청구법인이 과ㆍ면세사업의 공급가액이 확정된 2002년 2기에 쟁점매입세액을 정산하지 않은 것으로 감사지적하고, 이를 과ㆍ면세 공급가액비율로 안분, 매입세액 114,676,556원을 다시 불공제하여 2005. 1. 31. 납기로 가산세를 포함한 동 부가가치세 160,145,800원을 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 2005. 2. 18. 이의신청, 위 매입세액 불공제금액 중 32,143,344원을 인용 받았으나 나머지에 불복, 2005. 6. 20. 심사청구 하였다.

청구법인의 사업장은 과세 및 면세전용과 공통사용공간으로 용도별 구분이 가능함으로 사용면적기준에 따라 매입세액을 정산함이 타당함에도 이의신청 재결에 의하면, 과ㆍ면세 용도가 확정된 건물은 면적기준으로, 공통사용건물 및 동 부속건물(저온저장고 673.4㎡, 이하 “쟁점저장고”라 함)은 공급가액기준으로 각 정산하여 124,699,444원의 매입세액을 불공제 하였으나, 청구 ➀ ; 쟁점저장고는 수탁농산물을 저온 저장할 목적으로 건축한 과세전용 보관시설이며, 2002년 하반기에는 48,976천원의 실적이 있었으나 2003년 및 2004년은 경기부진으로 수입이 없었다. 그러나 이는 처분청의견과 같이 청구법인의 농산물을 보관하는 시설은 아닌바, 이를테면 깐 마늘을 제외 한 대부분은 밭떼기를 하고, 농협을 통해 구매하는 농산물은 농협창고를 이용함으로써 자체 농산물 저장고는 필요하지 않다. 따라서 이를 과ㆍ면세 공통면적으로 봄은 부당하며, 청구 ➁ ; 공통매입세액을 안분 계산함에 있어서도 건물을 신축한 경우이므로 공급가액 기준이 아닌 사용면적 기준으로 정산하면, 총 매입세액 172,785,586원 중 면세부분은 41,678,700원이므로 기 공제액을 제외한 나머지 82,990,744원의 불공제는 부당하다.

청구 ➀에 대하여 ; 청구법인은 사업장의 부속건물(저온저장고)을 타인으로부터 수탁한 농산물만을 보관하기 위한 저온저장용도로 시설하였다 주장하나, 관련 장부에 의하여 2002년 2기 매출액의 구성을 보면, 생마늘 674,226천원(면세), 다진마늘 19,700천원(과세), 멸치 건조․보관용역은 48,976천원(과세)이므로 2002년엔 쟁점저장고의 보관수입이 없는 것으로 확인되는데, 일반적으로 마늘은 매년 5월부터 8월 사이에 생산되는 농산물로서 출하시기에 판매되지 않은 재고는 일단 장기보관하며 연중 내내 판매하는 점(2002년 및 2003년 매출장), 또 쟁점저장고의 입․출고를 알 수 있는 장부도 제시하지 못하는 점 등에 미루어 보아 쟁점저장고는 타인으로부터 수탁한 농산물만 보관하는 것이 아니고, 필요에 따라 언제든지 청구법인 농산물도 저장할 수 있는 과․면세사업의 공통시설로 보여 지므로 청구주장을 받아들일 수 없으며, 청구 ➁에 대하여 ; 사용면적이 확정된 과세ㆍ면세 분은 부가가치세법시행령 제61조 의 2 제2호(사용면적의 비율)의 규정에 따라 총 매입세액에 대하여 면적비율로 정산하고 사용 면적이 구분되어지지 않는 공통면적에 대하여는 부가가치세법시행령 제61조 의 2 제1호(공급가액 비율)의 규정에 따라 총 매입세액에 대한 공통면적 해당 분을 과세․면세 공급가액 비율로 정산하여 불공제할 매입세액을 계산한 당초처분은 정당하고, 청구법인이 주장하는 기 확정된 면세면적에 아래와 같이 계산한 면세에 공한 공통면적을 합한 면적을 총매입세액 중 불공제 할 면세면적으로 하여 불공제매입세액을 정산해야 한다는 청구법인 주장은 관련법령의 해석을 오해한 잘못이 있어 받아들이기 어렵다. 면세면적 면세에 공한 공통면적 = 공통면적 × 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏 과세면적＋면세면적

• 가. 쟁점 ➀ 쟁점저장고를 과ㆍ면세 공통사용부분으로 볼 수 있는지 ➁ 공통매입세액의 안분을 공급가액기준으로 할 것인지 아니면 면적기준으로 할 것인지 여부
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각호의 세액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고 납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물 (2001. 12. 31 개정) 가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 5/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

2. 기타의 감가상각자산 (2000. 12. 29 개정) 가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 25/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다. (2000. 12. 29 개정)

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정 신고를 하는 때에 정산한다(개정 92.12.31 단서신설) 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.(개정 1995. 12. 30)

1. 총 매입가액(공통매입가액을 제외)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용 면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정 신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총 사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정 신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 { 총공통매입세액 × (1- 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏) - 기공제세액 } 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 { 총공통매입세액 × (1- 󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏󰠏) - 기공제세액 } 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총사용면적

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 농산물 가공(마늘, 고추장 등) 및 저장처리업을 사업목적으로 2002.3. 15. 설립(2002.3.21. 사업자등록), 총 연면적 1,934㎡의 사업장 시설을 2002. 6.완공한 계속사업자로서 투자관련 부가가치세 신고내역을 보면, 아래와 같이 과ㆍ면세 공통매입세액에 관한 안분계산 없이 전액 환급신청을 하였고, 과세기간 매 출 (세금계산서) 매 입 납부(환급) 세 액 계 일 반 고정자산

2002. 1기

• 1,727,856,006 16,776,000 1,711,080,006 △172,785,586

2002. 2기 68,676,000 52,402,775 34,675,502 17,727,273 2,240,401 * 2002년도 면세 매출은 674,226,000원 처분청은 청구법인이 공통매입세액의 안분계산을 않았다하여 일단, 위 환급신청액 전액을 공통매입세액으로 보아 청구법인의 사업계획서상 과ㆍ면세 예정공급가액을 비율로 안분하여 2002년 1기 부가가치세 42,136,232원을 2002.10. 경정ㆍ고지하였으나, 청구법인은 과ㆍ면세 공급가액이 확정된 2002년 2기 부가가치세확정신고시 위 공통매입세액을 정산하지 않았고, 처분청도 이를 간과하였는데, 2004.9.3. 청구외 ○○지방국세청장이 처분청을 정기 감사하던 중 이를 지적하고 2002년 1기 매입세액 전체를 공통매입세액으로 보아 2002년 2기 확정된 과ㆍ면세 공급가액 비율로 안분한 114,676,556원을 면세관련 매입세액으로 불공제하며, 가산세를 포함한 2002년 2기 부가가치세 166,854,380원을 2005.1.5. 경정ㆍ고지하자, 청구법인은 이에 불복 이의신청을 하였고, 위 ○○지방국세청장은 “사업장건물 총연면적 1,934㎡를 과세사업 사용면적 337.2㎡, 면세사업 사용면적 252.㎡, 과ㆍ면세공통사용면적 1,343.9㎡로 각 구분하고 2002년 1기에 건물신축과 관련하여 매입세액으로 공제한 85,945,545원을 각 사용면적에 따라 안분계산하고, 과ㆍ면세 공통면적에 해당하는 매입세액은 2002년 2기의 총공급가액 742,802,000원에 대한 과세공급가액 68,676,000원과 면세 공급가액 674,226,000원의 비율로 각 안분하며, 아울러 기계장치 설비투자 관련 매입세액 중 2002.4.5.자 매입세액 5,454,546원과 2002.6.24.자 매입세액 16,122,727원 합계 21,577,273원은 과세분 매입세액으로 공제하여 경정하되, 나머지 청구는 기각하는 것으로 재결하였으며, 처분청은 이에 따라 32,143,344원의 매입세액을 공제, 가산세를 포함한 46,768,565원을 감액 경정하였다. 위 사실관계와 청구주장을 종합하면, 청구법인이 과ㆍ면세 공통매입세액을 안분계산하거나 또는 정산하여 신고하지 않았다는 사실에는 다툼이 없으나, 다만 쟁점저장고가 과세전용 혹은 과ㆍ면세 공용시설인지와 또 공용시설의 과ㆍ면세 매입세액 안분계산 방법(공급가액 혹은 사용면적 기준)에 관하여 의견을 달리 하고 있으며, 쟁점사업장의 과ㆍ면세 용도에 관한 청구법인과 처분청의 주장을 정리하면 다음과 같다. 구분 건축물대장 청구법인 주장 처분청 의견 비고 용도 면적 (㎡) 용도 (과․면세 구분) 면적 (㎡) 용도 (과․면세 구분) 면적 (㎡) 주건물 공 장 사무소 식 당 숙 소 (구체적 면적 구분 내역 없음) 1,276.13 주택 (공통사용) 56.2 주택 (공통사용) 56.2 사무실 (공통사용) 196.7 사무실 (공통사용) 196.7 냉동보관창고 (과세사업) 337.2 냉동보관창고 (과세사업) 337.2 멸치건조 보관창고 마늘탈피공장 (면세사업) 252.9 마늘탈피공장 (면세사업) 252.9 공통사용통로 (공통사용) 417.6 공통사용통로 (공통사용) 417.6 소 계 1,276.13 1,260.6 1,260.6 부속건물 저온저장고 676.65 냉동보관창고 (과세사업) 673.4 저온저장고 (공통사용) 673.4 농산물 보관창고 총 계 1,952.78 1,934 1,934 《쟁점 ➀에 대하여》 과ㆍ면세 사용용도와 관련한 전시 양당사자 주장을 보면, 사업장 주건물은 청구법인이 주장하는 바와 같이 면세사업에 사용하는 마늘탈피공장, 과세사업에 사용하는 냉동보관창고, 과세․면세사업에 공통으로 사용하는 주택, 사무실, 통로로 구분되어 사용되고 있으며 동 사실엔 다툼이 없으나, 다만 부속건물인 쟁점저장고에 관하여 청구법인은 타인으로부터 수탁한 농산물을 보관하기 위한 저온냉동 창고로 과세전용 하였다하며 동 실적으로 2002년 2기 과세매출 48,976천원을 들고 있고, 처분청은 2002년 중 쟁점저장고의 보관수입은 없다하고, 청구법인의 마늘재고를 보관한 과ㆍ면세 공용공간인 것으로 주장하며 의견을 달리하고 있다. 살피건대, 청구법인 스스로 “깐 마늘을 제외 한 대부분은 밭떼기를 하며, 농협을 통해 구매하는 농산물은 농협창고를 이용한다.”고 주장한 것으로 보아 일응 깐 마늘은 쟁점저장고를 이용할 수 있는 것으로 보여지고, 관계기록에 의하면 2002년 2기 과ㆍ면세 매출구성이 마늘 674,226,000원(면세), 다진마늘 19,700,000원(과세), 멸치건조․보관용역이 48,976,000원(과세)인 것으로 파악되므로 일응 2002년 중 쟁점저장고의 보관수입은 없는 것으로 확인되는 점 등에 미루어 보아, 쟁점저장고가 오로지 타인으로부터 수탁한 농산물만 보관하는 창고로 보여지지는 않으며, 농수산물의 수급상황 또는 신선도 등에 따라 청구법인의 농수산물 재고도 수시 저장할 수 있는 것으로 보여 지므로 이를 과ㆍ면세 공통사용면적으로 본 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 《쟁점 ➁에 대하여》 공통매입세액을 안분 계산함에 있어서도 공급가액 기준이 아닌 사용면적 기준으로 정산하면, 총 매입세액 172,785,586원 중 면세사업부분은 41,678,700원이므로 기 공제액을 제외한 나머지 82,990,744원의 불공제는 부당하다는 청구주장이나, 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】제1항에 의하면 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총 공급가액분의 면세공급가액 비율로 안분 계산하는 것인데, 다만 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 있어서 안분계산은 같은 제4항의 규정에 의하여 첫째; 총 매입가액(공통매입가액을 제외)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 둘째; 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율, 셋째; 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율의 순서에 의하는 것이고, 이때도 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 셋째방법을 첫째 및 둘째방법에 우선하여 적용하는 것이나, 같은 시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】에 의하면, 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용 면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정 신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다고 규정하고 있는 바, 살피건대, 청구법인은 스스로 공통매입세액을 예정실적이나 또는 면적으로 일단 안분하여 신고한 뒤, 과ㆍ면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 이를 정산한 경우가 아니므로 설령, 정산 과세기간 이후의 면세비율 증가에 따른 부가가치세법 시행령 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】문제는 별론으로 하더라도, 처분청이 같은 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항의 규정에 의하여 일단 면세사업에 관련된 매입세액을 실지귀속에 따라 계산하고, 나머지 과ㆍ면세공통매입세액은 동 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액분의 면세공급가액 비율로 안분계산하고 이를 면세관련 매입세액으로 불공제한 당초처분은 정당하다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.