부동산의 취득과 관련된 공통매입세액에 해당되는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들 수 없어 기각합니다.

내용 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○공항 제○청사 2층에서 관광호텔업, 부동산매매업, 콘도미니엄 신축분양업, 카지노운영업, 골프장업 등을 목적사업으로 2005.2.18. 설립된 법인으로서 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 ○○호텔(토지 19필지 92,202㎡, 건물47,511㎡, 이하 토지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 청구외 ○○(주)로부터 13,269,359,000원에 인수하면서 2005.2.22. 건물분에 대하여 공급가액 40억원의 세금계산서를 교부받고, 서울특별시 ○○구

○○ 동 217번지 소재 (주)○○(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 부동산용역료와 부동산컨설팅이라는 명목으로 2005.2.22. 공급가액 20억원, 2005.2.23. 공급가액 10억원 합계 30억원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각각 교부받아 건물분취득분 및 쟁점세금계산서의 매입세액 700,697,000원을 환급하는 것으로 하여 2005.3.24. 부가가치세 월별조기환급신고를 하였다. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사를 실시하여 쟁점세금계산서의 매입세액이 쟁점부동산의 취득과 관련된 공통매입세액에 해당된다고 보아 토지와 건물로 안분계산한 뒤 토지해당분 관련매입세액을 불공제하여 2005.4.26. 청구법인에게 470,174,294원을 환급통보하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.6.13. 이건 심사청구를 하였다.

청구법인은 쟁점부동산 소재지에서 관광호텔사업, 호텔부대시설 임대업, 카지노 운영업, 펜트하우스(콘도) 신축분양사업을 추진중에 있는 법인으로서 2005.2.18. 청구외 (주)○○과 ○○주), 청구외법인, 청구외 (주)○○종합건설 사이에 약정한 합의서 제5조와 청구법인과 청구외법인이 약정한 특약사항에 의하면, ○○○○호텔을 취득한 후에 호텔개발사업을 원활하게 추진하기 위하여 청구외법인에게 ① 청구법인이 제1금융권 은행으로부터 200억원의 대출을 받을 수 있도록 하고, ②호텔사업의 승인(허가변경), 카지노 영업허가, 펜트하우스(콘도)의 건축승인(소유권이전등기후 4개월 이내), ③사업부지내 타인소유부동산의 매입(6개월 내) ④사업부지내 확인된 묘지 9기를 포함한 미확인 묘지에 대한 이장(6개월 내 완료) 등의 용역을 의뢰하고 쟁점금액을 지급하기로 약정하였는 바, 청구외법인에게 의뢰한 용역은 청구법인이 추진하는 제주도 호텔개발사업의 성패를 좌우하고 청구법인이 감당하기 어려운 중요한 업무영역이므로 청구외법인에게 위의 용역제공을 의뢰한 사실이 있다. 그러나, 청구법인은 청구외법인에게 쟁점부동산 매입용역을 의뢰한 사실이 없으며, 더구나 132억원에 달하는 부동산을 매입하면서 매입가액의 31%에 달하는 41억원의 용역비 지출이란 있을 수 없는 바, 처분청은 쟁점금액을 쟁점부동산 취득과 관련된 비용으로 보아 이를 안분계산하여 토지해당분 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

청구법인은 당기에 지급한 쟁점금액(30억원)이 쟁점부동산의 매입과 관련한 지출이 아니므로 이에 해당하는 매입세액은 전액 매출세액에서 공제되어야 할 매입세액이라고 주장하나, 당초 부가가치세 환급을 위한 현지확인시 제출한 합의서 제1조에는 합의의 목적이 소유권이전등기 과정에서 발생한 타 권리를 사전에 모두 배제하고 평온한 상태에서 점유를 인도받기 위함이라고 명시된 점으로 보아 쟁점금액 중 토지취득가액으로 안분된 금액에 해당하는 매입세액은 부가가치세법 제60조 제65항 제1호 의 토지의 취득과 관련된 매입세액에 해당되며, 또한 합의서 제6조의 용역비 지급조건이 상기부동산의 소유권이전등기 경료 및 호텔사업승인, 카지노 영업허가, 사업부지내 타인소유 부동산의 매입과 묘지이장 등으로 명시되어 있으며, 이는 취득한 부동산의 가치를 현실적으로 증가시켜 취득원가를 구성하는 비용에 해당하므로 이중 토지와 관련된 부분은 부가가치세법 제60조 제6항 제3호 에 의거 매출세액에서 공제되지 않는 매입세액에 해당되므로 동 매입세액을 불공제하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 쟁점은 쟁점세금계산서의 매입세액이 쟁점부동산의 취득과 관련된 매입세액에 해당된다고 보아 토지와 건물로 안분계산한 후 토지분 매입세액을 불공제하여 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 (투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. (2002. 12. 30 개정)

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저 사실관계에 대하여 살펴본다.】

(1) 청구법인은 쟁점세금계산서와 쟁점부동산의 건물취득 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 아래와 같이 2005.3.24. 부가가치세 700,697천원의 환급세액이 발생하는 것으로 하여 월별조기환급신고하였음이 부가가치세 월별조기환급신고서 및 매입처별세금계산서합계표, 세금계산서 등에 의하여 확인된다. <부가가치세 신고내용> (단위: 원) 매출금액 매입금액 매입세액 환급세액 0 일반 6,970,000 697,000 고정자산매입 7,000,000,000 700,000,000 계 7,006,970,000 700,697,000 700,697,000 < 매입처별세금계산서합계표> (단위: 원) 사업자등록번호 공급자 상호 매수 공급가액 세액 000-00-00000

○○ (주) 1 4,000,000,000 400,000,000 000-00-00000 법무사 노

○○ 1 1,345,000 134,500 000-00-00000 법무사 조

○○ 1 5,625,000 562,500 000-00-00000 청구외법인 2 3,000,000,000 300,000,000 계 5 7,006,970,000 700,697,000

(2) 처분청은 청구법인에 대한 조기환급현지확인조사를 실시하여 청구외 (주)○○, ○○(주), 이○○, (주)○○종합건설, 정○○, 청구외법인, ○○건설(주)들이 2005.2.18. 작성한 합의서 제1조 및 제5조의 규정에 비추어 쟁점부동산의 소유권이전등기를 이전받으면서 발생가능한 타권리를 모두 배제하고 평온한 상태에서 점유를 이전받기 위하고, 쟁점부동산의 매수에 따른 점유이전 등 합의금 등으로 지급하였다고 보아 안분계산한 토지관련 매입세액을 불공제하여 환급결정하였음이 조사복명서, 부가가치세 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인이 제시한 합의서(2005.2.18) 제1조에 의하면, “본 합의의 목적은 (중략) 청구외 ○○(주)로부터 소유권이전등기를 받으며 이 과정에서 발생가능한 타권리를 사전에 모두 배제하고 평온한 상태에서 [정}으로부터 점유를 이전받기 위함이다”라고 약정되어 있고, 제2조(합의당사자)에 [갑]은 (주)○○, [을]은 ○○(주), [병1]은 이○○, [병2]는 (주)○○종합건설, [정1]은 정○○, [정2]는 청구외법인, [정3]는 ○○건설로 정의되어 있으며, 제4조(합의 당사자의 지위 및 권리관계) 제3호에서 “[정]은 쟁점부동산에 대한 매수의뢰인이자 점유자로서 목적물과 관련하여 본 합의당사자들 외에는 이해관계인이 없음을 보증, 확인하고 [정]의 책임으로 [갑]을 위하여 매수과정절차에서부터 최종 소유권이전등기시까지 타 권리자들로부터 권리를 방해받지 않고 평온한 상태에서 점유이전이 마무리 되도록 할 법적 책임이 있다.”라고 약정하고, 제5조에서 아래와 같이 약정한 사실이 확인된다. 제5조([갑]과 [정]의 특약사항)

1. [갑]은 [정]에게 본 건 목적물의 매수에 따른 점유이전 등 합의금으로 금 54억원(입찰보증금 1,295백만원 포함)을 지급하며 아래 조건에 따른다.

• 가. 위 제6조 제1항에 명시한 때에 금 20억원을 지급한다.
• 나. 나머지 금 24억원은 본조 제2항의 조건이 이행된 때 금 24억원을 제3항의 각 이행조건이 모두 충족된 때 금 10억원을 지급한다.

2. [정]은 위 목적물이 [갑]에게 소유권이전등기가 경료된 후 [갑]이 위 목적물을 담보로 1개월 이내에 금 200억원을 제1금융권 은행으로부터 대출받도록 하여야 한다.

3. [정]은 목적물과 관련한 아래의 사항을 책임지고 해결한다.

• 가. 호텔사업(변경)승인, 카지노 영업허가, 펜트하우스(콘도)의 건축승인(소유권이전등기 경료후 4개월이내)
• 나. 사업부지내 타인소유(북제주권 애월읍 고성리 862)의 부동산 매입 (소유권이전등기 경료후 6개월 이내 매입완료)
• 다. 사업부지내 확인된 묘지 9기를 포함하여 미확인 묘지에 대한 이장완료(소유 권 이전등기후 6개월 이내)

(4) 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 쟁점부동산이 청구외 ○○관광(주)로부터 2005.5.22. 청구외 ○○(주)에게 소유권이전등기되었다가 2005.2.18. 매매를 원인으로 2005.2.22. 청구법인명의로 소유권이전등기된 사실이 확인된다.

(5) 관광사업양수(지위승계)신고서에 의하면, 2005.2.22. ○○제주호텔의 음숙업(관광호텔업)이 매매로 인하여 ○○(주)로부터 청구법인 명의로 승계되었음이 확인된다.

(6) (주)○○(갑)과 청구법인(을)간에 2005.2.18. 작성한 투자약정서에 의하면, 청구법인은 제주도 호텔개발사업에 필요한 자금을 갑으로부터 180억원을 동 투자약정서의 효력이 발생하는 시점에 동 약정금액을 즉시 지급하고, 청구법인은 지체없이 신규법인을 설립하며, 청구법인은 투자받은 자금으로 사업에 필요한 부동산을 매입하고 그 부동산을 담보로 금융대출을 받아 갑에게 상환하기로 약정한 사실이 확인되고, 청구법인은 (주)○○로부터 2005.2.21. 150억원의 자금을 제공받아 청구법인 명의의 ○○은행예금계좌(000-00-00000)에 입금된 사실이 예금통장사본에 의하여 확인된다.

(7) 청구법인은 위 자금으로 쟁점부동산의 매입대금(13,269,359,728원)을 지불하고 청구외법인에게 쟁점금액을 지급하였음이 처분청의 조사서와 예금통장사본, 영수증 등에 의하여 확인된다. 【다음으로 청구주장에 대하여 살펴본다.】 부가가치세법상 매입세액이 불공제되는 토지관련 매입세액이라 함은 토지의 취득 및 형질변경, 택지의 조성 등에 관련된 매입세액과 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관한 매입세액을 말하는 것인바(부가가치세법 시행령 제60조 제6항), 쟁점세금계산서의 매입세액이 토지관련매입세액에 해당되는지 여부에 대하여 본다. 첫째, 쟁점부동산의 경락인, 매수인, 매도인, 점유자들간에 2005.2.18. 작성된 합의서 제1조에는 합의의 목적이 소유권이전등기 과정에서 발생한 타 권리를 사전에 모두 배제하고 평온한 상태에서 점유를 인도받기 위함이라고 약정되어 있고, 동 합의서 제5조 제1호에서 청구법인은 쟁점부동산의 매수에 따른 점유이전 등 합의금으로 금 54억원(입찰보증금 1,295백만원)을 청구외법인에게 지급하며 아래 조건에 따른다고 약정되어 있고, 쟁점금액이 동 합의금에 포함되어 있음에 비추어 볼 때 점유이전 등 합의금으로 쟁점금액이 지급되었다고 볼 수 있는 반면, 쟁점금액 30억원 전체가 단순히 컨설팅비용, 부동산용역수수료라고 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 둘째, 합의서 특약사항에 청구법인이 청구외법인에게 지급한 쟁점금액은 소유권이전등기가 경료된 때 20억원, 제1금융권으로부터 200억원의 대출금을 받은 때 24억원, 나머지 10억원은 호텔사업승인, 카지노영업허가, 펜트하우스 건축승인, 사업부지내 부동산의 매입, 묘지이장 등이 완료되었을 때 지급하기로 약정되어 있는바, 일반적으로 용역대가를 지급함에 있어서는 용역제공이 완료된 시점에 지급하거나 또는 용역이 장기간 공급되는 경우 그 진행율에 따라 대가를 지급하는 것이 일반적인 거래관행임에 비추어 쟁점부동산의 소유권이 이전된 즉시 지급된 쟁점금액은 점유이전 등 합의금 명목으로 지급되었다고 봄이 타당한 반면, 나머지 미지급금액 중에서도 사업부지내 타인소유 부동산의 매입, 사업부지내 묘지이장 등과 관련된 용역수수료는 토지의 취득관련 또는 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로서 토지관련 매입세액에 해당된다고 봄이 타당하다 하겠다. 따라서, 청구외법인으로부터 제공받기로 한 카지노영업허가, 펜트하우스의 건축승인, 제2금융권에 대한 대출알선 등에 대한 용역이 현재까지 미제공되었으며 이에 대한 용역대가가 얼마인지 구분되어 있지 아니한 이건의 경우, 처분청이 합의서 5조의 약정내용에 따라 소유권이전등기와 함께 지급한 쟁점금액을 쟁점부동산의 취득관련 비용으로 보아 쟁점금액에 대한 매입세액을 토지와 건물로 안분계산한 뒤 토지해당분 매입세액을 불공제하여 과세한 이건 처분은 정당하고 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.