변경계약에 의하여 토지와 건물을 구분한 경우 실거래가액으로 볼 수 있는지

○○세무서장이 2005.4.12. 청구인에게 한 2003년 제1기 부가가치세 64,206,030원에 대한 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 2003.5.30. ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 대지 529.9㎡, 위 지상 건물 1,245.43㎡(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)를 청구외 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트○○동 ○○호 거주 이○○․윤○○(이하 “매수인” 이라 한다)에게 토지 1,000,000,000원, 건물 200,000,000원, 합계 1,200,000,000원에 양도하고 건물에 대하여 공급가액 181,818,182원, 부가가치세 18,181,818원의 세금계산서를 발행하여 2003년 제1기 부가가치세를 2003.6.20. 신고․납부하였다. 처분청은 쟁점부동산의 매수인이 세원관리1과의 폐업자 현지확인시에는 토지와 건물이 구분표시 되지 아니한 매매대금 1,250,000,000원의 부동산 매매계약서(이하 “당초계약서”라 한다)를 제시하였다가 조사과의 폐업자 현지확인 조사시에는 토지가액 1,000,000,000원, 건물가액 200,000,000원, 합계 매매대금 1,200,000,000원의 부동산매매 계약서(이하 “변경계약서”라 한다)를 제시하였으나 매매계약일자가 표시되어 있지 아니하여 당초계약서가 정당한 것으로 보아 토지와 건물의 기준시가에 의하여 안분계산한 644,964,769원을 건물양도가액으로 하여 당초 신고가액과의 차액 463,146,587원에 대한 부가가치세 64,206,030원을 2005.4.12. 청구인에게 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.5.27. 이 건 심사청구를 하였다

• 가. 청구인은 쟁점부동산을 1,250,000,000원에 양도하기로 2003.4.15. 부동산매매 계약을 체결하고 계약금 130,000,000원을 수령한 후 당초계약서에 부가가치세가 과세되는 건물가액이 구분표시 되어 있지 않아 매수인에게 구분표시를 요구하였더니 매수인이 쟁점부동산과 연접하여 있는 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지에 쟁점부동산에 관련된 정화조 일부와 지하건물 일부 및 계단이 침범된 사실이 있으니 차후 분쟁발생시 철거비용 및 정화조설치비 명목으로 50,000,000원을 감액요구하여 이를 수용하면서 매매대금을 1,200,000,000원으로 하여 변경계약서를 작성하였으며,
• 나. 토지와 건물의 양도가액을 구분한 근거는 토지는 인근 대지의 시세를 기준으로 평당 6,300,000원으로 하여 1,000,000,000원으로 하고 건물은 준공된지 15년이 경과되어 낡았으므로 200,000,000원으로 하기로 합의하고 부동산 매매계약서를 다시 작성하여 중도금과 잔금을 받고 건물가액에 대한 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고․납부 하였음에도
• 다. 처분청이 계약이 변경된 경위나 매매대금에 대한 영수증 및 금융거래 내역을 확인하지 아니하였고, 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다”고 규정하고 있음에도 불구하고 당초계약서상 매매금액을 토지와 건물의 기준시가에 따라 안분계산한 644,964,769원을 건물의 공급가액으로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 부당하며
• 라. 처분청이 건물의 기준시가를 계산함에 있어서 쟁점부동산의 건축물대장 및 실용도에 의하지 아니하고 건물전체를 위락시설로 용도지수를 적용하여 건물의 기준시가를 잘못 계산하였다.(예비적 청구)

쟁점부동산의 당초계약서의 작성일과 등기부등본상 등기원인일이 일치하고, 수정계약서의 매매대금이 당초계약서와 불일치하고 계약서 작성일자가 없으므로 당초계약서를 근거로 토지와 건물의 가액을 기준시가로 안분계산하여 부가가치세를 부과한 당초 처분은 정당하나, 건물의 기준시가 계산시 층별 용도지수는 잘못 적용되었으므로 건물의 기준시가를 재계산하여 안분계산한 건물의 공급가액으로 부가가치세를 재경정하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 실지매매가액이 1,250,000,000원인지 1,200,000,000원인지 여부와 매매가액을 토지와 건물의 기준시가에 의하여 안분 계산한 건물의 공급가액으로 부가가치세를 부과한 처분이 정당한지 여부 및 건물의 기준시가 산정이 적정한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산 한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세 표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 이 건 사실관계에 대하여 살펴본다.

1. 2003.4.15. 작성한 당초계약서의 쟁점부동산 양도가액은 1,250,000,000원으로 토지와 건물의 양도가액이 구분되어 있지 않으며 특약사항으로 잔금 820,00,000원 중 대출금 500,000,000원과 지하 룸싸롱 임대보증금 50,000,000은 매수인이 승계하고 나머지 270,000,000원은 현금으로 지급하도록 되어 있으며 매매대금 지급 약정 내용은 아래 <표1>과 같으며, 2001.8.29. 쟁점부동산에 ○○은행이 설정한 근저당권 채권최고액 650,000,000원은 2003.6.10. 매수인이 인수한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고 임대보증금 50,000,000원은 국세통합전산망의 사업자기본사항 조회 결과와 일치한다. <표1> 당초계약서 매매대금 지급약정내용 구 분 총계약금액 계약금 중도금 잔 금 금 액 1,250,000,000 130,000,000 300,000,000 820,000,000 약정일자 2003.4.15. 계약 2003.04.15. 2003.05.05. 2003.05.30. 2) 변경계약서의 쟁점부동산 매매대금은 토지 1,000,000,000원, 건물 200,000,000원, 합계 1,200,000,000원으로 구체적인 계약서 내용은 아래 <표2>와 같으며, 특약사항을 보면

• 가) 총매매대금은 실측도의 면적과 상이한 경우에도 청구인 및 매수인은 서로 매매대금의 증감청구 기타 어떠한 이의를 제기하지 않기로 하였고,
• 나) 잔금 청산시 쟁점부동산을 담보로 제공하고 대출받은 500,000,000원과 지하 룸싸롱 임대보증금 50,000,000원을 제외한 220,000,000원은 현금으로 지급하기로 하였으며,
• 다) 기타 당초계약서에 명시되지 아니한 특약사항으로 소유권 이전절차, 세금과 공과, 임대차계약 및 제한물건의 승계, 비용부담, 손해배상, 계약의 해제, 분쟁의 해결 등 내용이 구체적으로 명시되어 있다. <표2> 변경계약서 매매대금 지급약정 내용 구 분 총계약금액 계약금 중도금 잔 금 금 액 1,200,000,000 130,000,000 300,000,000 770,000,000 대금지급약정 (2003.4.17 변경) 2003.04.15. 수령 2003.05.05. 2003.05.30.

3. 청구인은 매수인으로부터 2003.4.17. 변경계약을 하면서 쟁점부동산의 정화조일부 및 지하일부, 계단일부가 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 땅을 침범하고 있는 사실을 알고 매수하였으므로 동소 ○○번지의 소유주가 이의를 제기할 경우 청구인에게 일체 책임을 묻지 않기로 매수인으로부터 각서를 받은 것으로 청구인이 제시한 증빙서류에 의하여 확인된다.

4. 매수인은 2005.6.30. 작성한 사실확인서에서 쟁점부동산관련 정화조 일부와 지하건물 일부 및 계단이 연접한 토지를 침범하고 있으므로 차후에 분쟁발생시 철거비용 및 정화조 설치비용으로 50,000,000원을 감액하기로 하고 계약서를 변경한 것으로 진술하고 있다.

5. 청구인이 쟁점부동산 매매대금으로 계약금 및 중도금과 잔금을 영수한 증빙으로 제출한 자료는 매매계약과 동시에 영수한 계약금 130,000,000원은 당초 계약서에 영수한 것으로 되어 있고, 중도금은 2003.5.5. 받기로 약정하였으나, 2003.5.2. 청구인의 ○○은행 계좌(027-02-※※※※-141)에 매수인이 2003.5.2. ○○증권에서 인출한 수표 300,000,000원이 입금된 사실이 확인되고, 잔금은 2003.5.30. 220,000,000원을 수령한 영수증에 의하여 확인되고, 잔금 중 200,000,000원은 매수인의 ○○증권 계좌 (2440-※※※-01)에서 인출한 사실이 확인된다.

6. 청구인이 쟁점부동산의 토지 1,000,000,000원, 건물 200,000,000원으로 구분한 근거로 인근토지의 시가가 평당 6,000,000원 이었으므로 쟁점토지는 평당 6,300,000원으로 하여 토지가액을 1,000,000,000원으로 하였고, 건물은 신축한지 15년이 경과되어 낡았으므로 200,000,000원으로 하였다는 주장에 대하여 확인코자

○○시

○○구

○○동

○○번지 소재

○○공인중개사 신○○(000-00-0000)에게 인근 토지시세를 문의한 결과 쟁점부동산은 ○○관광호텔 옆 도로변에 위치하고 있으며 2003년 상반기 시세는 평당 7 ~ 8백만원 이었으나 현재는 평당 10 ~ 13백만원 정도되는 것으로 확인되었다.

7. 매수인은 쟁점부동산을 취득하여 일반과세자로 사업자등록을 하고 부동산임대업을 영위하다가 2004.7.1.부터 간이과세자로 유형 전환된 사실이 국세통합전산망의 사업자세적변경이력조회 결과 확인된다.

• 라. 판단 위의 관련법령 및 사실관계에 의하여 살펴보면 쟁점부동산의 매매가액은 매매대금 수수 증빙자료 및 변경계약 사유 등으로 보아 1,200,000,000원으로 확인되며, 계약당시 인근 토지의 시세가 평당 7 ~ 8백만원 정도로 확인되므로 쟁점부동산의 토지를 평당 6,300,000원으로 계산하여 160평의 토지양도가액을 1,000,000,000원으로 계산하고 건물은 신축한지 15년이 경과되어 낡았으므로 200,000,000원으로 하였다는 청구주장이 합리성이 있으므로 계약서상 토지와 건물의 가액은 실지거래가액으로 보여지고 매수인이 쟁점부동산을 취득하여 일반과세자로 사업자등록을 하고 부동산임대업을 영위하고 있으므로 포괄양도양수에 해당되어 부가가치세 과세대상이 아님에도 사업의 양도양수 계약서를 작성하지 아니하고 부동산매매계약서상 토지와 건물가액을 구분 기재하여 건물의 공급가액에 대한 부가가치세를 신고․납부한 사실 등으로 미루어 볼 때 청구인의 건물에 대한 부가가치세 신고․납부는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항에 “사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래 가액에 의한다”는 규정에 따라 변경계약서에 의하여 토지의 가액과 건물의 가액을 구분 기재한 변경계약서상 매매대금은 실지거래 가액으로 보아야 하므로 처분청이 청구인에게 부과한 이 건 부가가치세는 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.(서면3팀-351, 2005.03.14. 국심2004중4593, 2005.03.02. 국심2004중 4593, 2005.02.28. 국심2003서3701, 2004.05.03. 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다