건물 신축 목적이 면세법인에 증여하기 위한 것이 아니므로 매입세액공제 가능함

○○세무서장이 2005.02.18. 청구인에게 경정·고지한 2002년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 198,319,970원의 부과처분은 이를 취소합니다.

내용 청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 ○○병원을 2002.01.15.에 부가가치세 면세사업자로 개업한 후 2002.03.30.에 과세사업인 부동산임대업을 업종에 추가했다. 청구인은 2002.03.14.에 ○○시장으로부터 건축허가를 받은 (최초의 허가일인 2000.12.12. 이후 2001.07.06.에 착공하였으나, 2002.03.14.에 설계변경과 함께 최종 건축허가를 받음) ○○병원 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 건축(이하 “쟁점공사”라 한다)과 관련하여 2002년 제1기 및 제2기 과세기간에 건설업체인 청구외법인 ○○건영(주) 및 ○○종합건설(주)로부터 4매의 세금계산서(공급가액 합계: 3,009,090,909원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 그 매입세액에 건축허가서상의 병원 건물 연면적(6,517.89m 2) 중 임대계획서에 기재된 임대 총면적(3,905.22m 2)의 비율(59.92%)을 곱한 금액(300,909,090원 x 59.92% = 180,290,893원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액(0원)에서 공제하여 부가가치세를 신고하고 동(同)세액을 환급받았다. 청구인은 쟁점건물의 사용승인일 및 준공검사일인 2003.07.09. 이후인 2003.07.31.에 ○○병원을 폐업하고 쟁점건물을 청구외 홍○○가 2003.04.23.에 개업한 청구외법인 ○○의료재단(사업자등록번호: 000-00-00000)에 증여했으나, 부가가치세 면세 대상인 공익단체에 대한 재화의 무상 공급으로 별도의 부가가치세 신고 및 납부는 하지 않았다. 처분청은 청구인이 쟁점건물을 처음부터 ○○의료재단에 증여할 목적으로 건축하였으므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없는 면세사업관련 매입세액이라 보고 2002년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 198,319,970원을 2005.02.18. 청구인에게 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.05.18. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 ○○병원을 당초에 면세사업자로 사업자등록을 하였으나 쟁점건물 내의 부대시설(약국, 장례식장, 매점)을 직접 운영하는 것이 어렵다고 보고 임대하기 위해 부동산임대업을 업종에 추가하였고, 쟁점공사의 진행 과정에서 발생한 쟁점매입세액을 정상적으로 환급받았다. 그러나, 자금 사정 등으로 준공일 이후에도 영업을 하지 못하고 있다가 부득이하게 ○○병원과 사업목적이 같은 ○○의료재단에 쟁점건물을 증여하였고, 따라서 쟁점매입세액을 환급받았을 당시에는 쟁점건물을 공익단체(○○의료재단)에 무상으로 공급할 목적으로 건축한 것은 아니다. 그러므로, 청구인이 쟁점매입세액을 환급받았을 당시 이미 부가가치세가 면제되는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화를 건축할 목적으로 공제받을 수 없는 쟁점매입세액을 환급받은 것으로 보고 부가가치세 본세 및 가산세를 과세한 이 건 과세처분은 부당하다.

청구인은 쟁점매입세액을 환급받을 당시 쟁점건물 내의 부대시설을 임대하기 위해 건축한 것이 아니고, 쟁점건물 전체를 설립요건을 갖추지 못한 ○○의료재단에 추후에 증여하기로 하고 ○○병원의 명의를 일시적으로 사용한 사실이 청구인이 작성한 문답서(이하 “쟁점문답서”라 한다)와 청구인과 ○○의료재단의 공동대표이사인 홍○○ 및 청구외 신○○이 작성한 약정서(이하 “쟁점약정서”라 한다)에 의해 확인된다. 즉, 청구인은 쟁점매입세액을 환급받았을 당시 이미 부가가치세가 면제되는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화를 건축할 목적으로 공제받을 수 없는 쟁점매입세액을 환급받은 것이므로, 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점매입세액을 환급받았을 당시 부가가치세가 면제되는 공익단체인 ○○의료재단에 증여하기 위해 쟁점공사를 진행하였는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. … 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 (이하 생략)

○ 부가가치세법 시행령 제39조 【공익단체의 범위】

① 법 제12조 제1항 제18호에 규정하는 공익단체는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업을 하는 단체로 한다.

○ 상속세및증여세법시행령 제12조 【공익법인 등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

4. 의료법 또는 정신보건법의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업 (2005. 8. 5. 개정)

○ 민법 제32조 【비영리법인의 설립과 허가】 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

○ 의료법 제30조 【개설】

② 다음 각호의 1에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. (이하 생략)

3. 의료업을 목적으로 설립된 법인 (이하 “의료법인”이라 한다)

○ 의료법 제41조 【설립허가 등】

① 법 제30조 제2항의 규정에 의한 의료법인을 설립하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 정관 기타 서류를 갖추어 당해 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사의 허가를 받아야 한다.

○ 의료법 제45조 【설립허가의 취소】 … 시·도지사는 의료법인이 다음 각호의 1에 해당할 때에는 그 설립허가를 취소할 수 있다.

2. 설립된 날로부터 2년 이내에 의료기관을 개설하지 아니한 때

○ 의료법 시행령 제17조 【의료법인의 설립허가신청】 법 제41조 제1항의 규정에 의하여 의료법인을 설립하고자 하는 자는 의료법인설립허가신청서에 보건복지부령이 정하는 서류를 첨부하여 당해 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 … 도지사에게 제출하여야 한다.

○ 의료법 시행규칙 제34조 【설립허가신청서의 첨부서류】 영 제17조의 규정에 의하여 의료법인의 설립허가서에 첨부할 서류는 다음 각호와 같다.

1. 의료법인을 설립하고자 하는 자(이하 “설립발기인”이라 한다)의 성명·주소·약력을 기재한 서류

4. 재산의 종류·수량·금액 및 권리관계를 기재한 재산목록 및 기부신청서

5. 부동산·예금·유가증권 등 주된 재산에 관한 등기소·금융기관 등의 증명서

6. 사업개시 예정연월일과 당해 사업연도분의 사업계획서 및 수지예산서

7. 임원 취임예정자의 이력서·취임승낙서 및 호적등본

8. 설립발기인이 수인인 경우에 대표자에 의하여 신청되는 경우에는 다른 설립발기인의 위임장

○ 보건복지부및그소속청소관비영리법인의설립및감독에관한규칙 제4조【설립허가】

② 주무관청은 법인설립허가신청을 받은 때에는 특별한 사유가 없는 한 20일 이내에 이를 심사하여 허가 또는 불허가의 처분을 하고, 이를 서면으로 신청인에게 통지하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에 의하면, 청구인은 ○○병원을 개업하기 전에 1983.08.01.부터 1999.12.20.까지 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 ○○의원을 운영한 사실이 확인된다.

(2) ○○병원의 건축부지(5,027m 2, 이하 “쟁점토지”라 한다)의 등기부에 의하면, 청구인과 홍○○가 2001.08.16.에 청구외 박○○으로부터 쟁점토지를 취득한 후 (각자의 지분은 5027분의 2513과 5027분의 2514임) 신○○이 쟁점토지 중 홍○○의 지분을 2002.09.12.에 취득하였고, 청구인과 신○○은 쟁점토지의 지분 전부를 2003.08.01.에 ○○의료재단에 증여한 것으로 기재되어 있다.

(3) 쟁점건물의 등기부에 의하면, 청구인과 신○○이 쟁점건물의 준공검사일인 2003.07.09. 이후인 2003.07.21.에 쟁점건물의 소유권보존등기를 한 후 (각자의 지분은 10분의 2와 10분의 8임) 쟁점건물의 지분 전부를 2003.08.14.에 ○○의료재단에 증여한 것으로 기재되어 있다.

(4) ○○도지사가 2003.03.19.의 설립허가 신청에 대하여 2003.04.09.에 발급한 의료법인 ○○의료재단의 법인설립허가증에는 민법 제32조, 의료법 제41조 및 보건복지부및그소속청소관비영리법인의설립및감독에관한규칙 제4조의 규정에 의하여 동법인의 설립을 허가하며, 동법인의 대표자는 홍○○와 신○○으로 기재되어 있다. ○○의료재단의 법인등기부에는 동법인의 설립등기일은 2003.04.22.로 기재되어 있다.

(5) 4매의 쟁점세금계산서 중 처분청의 조사 과정에서 수집한 3매의 공급일자는 각각 2002.03.30.(공급자: ○○건영(주)), 2002.04.08., 2002.08.30.(공급자: ○○종합건설(주))로 기재되어 있다.

(6) 처분청의 조사 과정에서 수집한 “민간건설공사 표준도급계약서”의 상세한 내용은 아래와 같다.

① 공사명: ○○시 ○○병원 신축공사

② 착공연월일 및 준공예정연월일: 2001.08.27. 및 2002.08.31.

③ 계약금액: 6,507,600,00원 (부가가치세 포함)

④ 도급인의 상호 및 성명: ○○병원 한○○(청구인), 홍○○ (각자의 도장이 날인되어 있음)

⑤ 수급인의 상호 및 성명: ○○종합건설(주) 차○○ (도장이 날인되어 있음)

⑥ 작성일자: 2001.11.14.

(7) 청구인이 2004.11.27.에 처분청 공무원의 질문에 답하면서 작성하고 서명 날인한 “쟁점문답서”의 주요한 내용은 아래와 같다. 그러나, 청구인은 이 건 청구를 하면서 쟁점문답서는 쟁점건물을 증여하고 경제적 어려움으로 실의에 빠진 상태에서 정확하지 않게 구술한 내용을 기록한 것이라고 한다.

① 2001년 5월에 병원 기획분야의 컨설턴트라고 소개받은 홍○○가 청구인을 찾아와서 ○○병원의 사업장 소재지에 종합병원을 신축하고 의료재단법인을 설립한 후 공동으로 운영하자는 제안을 함

② 위 제안을 받아들인 후 홍○○ 소유의 쟁점토지를 청구인과 홍○○의 공동 명의로 소유권 등기를 전환하고 이후 발생하는 건축비는 청구인이 부담하기로 함. 홍○○는 이후 2002.11.05.에 본인 소유의 토지 지분을 신○○에게 매매하였는데 그 이유는 알지 못함 (등기부에 기재된 내용과 다른 점이 많기 때문에 아래의 판단에서는 참고하지 않기로 함)

③ 홍○○가 쟁점건물의 건축허가를 받았으나 의료진의 구성 문제로 공사를 진행하지 못하다가 청구인이 제안을 받아들여서 건축주가 됨으로써 공사가 진행하게 됨

④ 2001년 7월에 청구인, 홍○○, 신○○이 쟁점건물의 시공자인 청구외법인 ○○건설(주)의 사장과 만나서 건축계약서를 작성했으며, 계약체결 당사자는 청구인과 ○○건설(주)로 함. 계약서는 청구인의 후배이며 대리인인 청구외 남○○가 보관하고 있으나 현재는 연락이 되지 않음

⑤ 쟁점건물의 건축에 관한 관리는 홍○○와 신○○이 주도하였으며, 청구인이 국민은행에서 대출받은 23억원을 건축비용으로 시공자인 ○○건설(주)에 지급함

⑥ 홍○○와 의료재단법인을 공동으로 설립한 후 운영하기로 하였지만 설립요건이 갖추어지지 않아서 우선 청구인의 ○○병원의 명의로 쟁점건물을 건축하고 설립요건이 갖추어지는 대로 의료재단법인에 증여하기로 함

⑦ ○○의료재단은 2003.04.22.에 설립되었고, 쟁점건물을 동 법인에 증여하였으며, 홍○○가 청구인에게 병원장을 제의하고 있으나, 청구인은 동법인의 운영에는 전혀 관여하지 않았음. 운영에 관여하지 않은 것은 청구인이 비록 23억원을 건축비용으로 부담하였지만, 더 이상의 금전적인 부담을 질 수 없었기 때문임

⑧ 쟁점건물 중 임대사업에 사용할 계획이었던 부대시설은 ○○병원이 폐업할 때까지 임대하지 않았음

(8) 청구인, 홍○○ 및 신○○이 2003.04.18.에 작성하고 서명 날인하였으며 법무법인 ○○종합법률사무소 소속 황○○ 변호사가 인증한 “쟁점약정서”의 주요한 내용은 아래와 같다.

① ○○의료재단을 설립한 후 청구인의 명의로 이루어진 모든 행위는 동 법인으로 귀속되어 공동대표이사인 홍○○와 신○○이 책임지고, 청구인의 책임은 면함 (제2항)

② 쟁점건물을 건축하면서 환급받은 세액을 다시 추징당할 경우에는 홍○○와 신○○이 변제해야 하고 청구인은 변제 의무를 면함 (제5항)

③ 청구인 명의의 ○○병원는 ○○의료재단의 설립과 동시에 폐업하고 청구외법인의 명의로 의료업 및 부동산임대업의 사업자등록을 함 (제6항)

(9) 기부자인 청구인과 인수자인 홍○○가 2003.08.01.에 작성하고 서명 날인한 약정서(“쟁점약정서”와는 별개의 것임)에는 청구인은 홍○○에게 쟁점건물을 증여하고, 홍○○는 ○○의료재단의 설립 취지인 지역의료복지사업 부동산임대업 등을 성실히 수행할 것을 약정한다고 기재되어 있다.

(10) 심리과정에서 청구법인의 설립허가증을 발급한 ○○도청 보건위생과 담당 공무원과 통화한 바에 의하면 의료법인을 설립하는데 필요한 재산은 병원건립에 충분하다고 인정되는 토지이며, 의료법 제45조 의 규정에 근거하여 법인설립등기일로부터 2년 이내에 의료기관을 개설하지 아니한 때(즉, 병원건물의 준공검사를 받지 못한 때)에는 설립허가가 취소되기 때문에 청구인과 홍○○가 쟁점공사를 진행하지 않은 상태에서도 ○○의료재단의 설립허가를 받을 수 있었다고 한다.

(11) 이상의 사실관계를 종합한 후 그 중 객관적인 증빙들에 의해 확인되는 사건들을 일자 순으로 정리하면 다음 쪽의 표와 같다. 일자 사건 내용 2000.12.12. 쟁점건물의 최초 건축허가일 2001.07.06. 쟁점공사의 착공일 2001.08.16. 청구인과 홍○○의 쟁점토지 취득일 2001.11.14. 민간건설공사 표준도급계약서 작성일자 2002.01.05.

○○병원의 개업일 2002.03.14. 쟁점건물의 설계변경 및 최종 건축허가일 2002.03.30.

○○병원의 부동산 임대업 업종추가 쟁점세금계산서의 공급일자① 2002.04.08. 쟁점세금계산서의 공급일자② 2002.08.30. 쟁점세금계산서의 공급일자③ 2002.09.12. 홍○○의 쟁점토지 지분을 신○○에게 양도 2003.03.19.

○○의료재단의 설립허가 신청일 2003.04.09.

○○의료재단의 설립허가일 2003.04.22.

○○의료재단의 설립등기일 2003.04.23.

○○의료재단의 개업일 2003.07.09. 쟁점건물의 사용승인일 및 쟁점공사의 준공검사일 2003.07.31.

○○병원의 폐업일 및 쟁점건물의 증여일

(12) 청구인이 쟁점문답서의 내용이 정확하지 않다고 주장하기 때문에 아래에서는 위 표와 같이 객관적인 증빙들에 의해 확인되는 사건들만으로 청구인이 쟁점매입세액을 환급받았을 당시 (즉, 쟁점세금계산서의 공급일자에) 부가가치세가 면제되는 공익단체인 ○○의료재단에 증여하기 위해 쟁점공사를 진행하였는지 여부를 검토하기로 한다. 위 표의 내용과 같이 청구인과 홍○○가 2001.08.16.과 2001.11.14.에 각각 쟁점토지를 공동으로 취득하고 쟁점공사의 계약서에 공동도급인으로 기명 날인하였으므로, 그 당시부터 공익단체인 ○○의료재단을 설립하여 운영하기 위한 준비를 한 것으로 볼 수 있으며, 청구인이 ○○병원의 개업일인 2002.01.05.로부터 얼마 지나지 않은 2002.03.30.에 과세사업인 부동산임대업을 업종에 추가하면서 공급일자가 동일자로 기재된 쟁점세금계산서를 교부받기 시작한 것은 ○○의료재단의 설립허가를 받고 설립등기를 함으로써 면세사업자로 등록하기 전에 ○○병원을 사업자로 등록하여 쟁점공사와 관련한 매입세액을 공제받기 위한 목적이었는데 사업자등록을 하면서 실수로 과세사업인 부동산임대업을 업종에 포함시키지 않았다가 이를 정정한 것으로 볼 수도 있다.

(13) 그러나, 6개월 이상의 기간이 경과한 후 설립허가를 신청한 ○○의료재단에 증여하기 위해 청구인이 홍○○와 공모하여 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 본 처분청의 의견은 객관적으로 확인할 수 없는 청구인의 “의도”에 기초한 것으로 그 판단의 근거가 부족한 것으로 보인다. 구체적으로 (i) 청구인과 홍○○가 2001.08.16.과 2001.11.14.에 각각 쟁점토지를 공동으로 취득하고 쟁점공사의 계약서에 공동도급인으로 기명 날인한 사실은 처분청의 의견과 같이 ○○의료재단을 설립하여 운영하기 위한 준비를 한 것으로 볼 수 있지만, 오히려 홍○○가 쟁점건물 내의 부대시설에서 사업을 운영하기 위해 청구인과 ○○병원을 동업할 목적으로 한 것으로도 볼 수 있으며 (ii) 청구인과 홍○○가 당초부터 ○○의료재단을 설립하여 운영할 의도를 가지고 있었다고 가정하면 쟁점토지를 공동으로 취득한 후 쟁점공사가 진행되고 있던 2002.01.05.에 ○○병원을 개업하지 않고 쟁점세금계산서의 공급일자에 앞서 ○○의료재단의 설립허가를 받은 후 동(同)법인을 개업함으로써 쟁점매입세액을 정상적으로 환급받을 수 있었으므로, ○○의료재단에 증여하기 위해 ○○병원을 개업한 후 쟁점매입세액을 환급받은 것으로 본 처분청의 의견은 타당하지 않은 것으로 보인다.

(14) 따라서, 쟁점건물을 청구인이 ○○병원을 폐업할 때의 잔존하는 재화로 보고 부가가치세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 청구인이 쟁점매입세액을 환급받았을 당시 이미 부가가치세가 면제되는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화를 건축할 목적으로 공제받을 수 없는 쟁점매입세액을 환급받은 것으로 보고 부가가치세 본세 및 가산세를 과세한 이 건 과세처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.