공통매입세액을 예정공급가액 비율로 안분한 것이 정당한지 여부

○○세무서장이 2005.03.02. 청구인에게 한 2004년 제2기분 부가가치세 4,963,000원의 부과처분은 공통매입세액을 총예정도축수량 19,470두에 대한 면세사업에 관련된 예정도축수량 9,735두의 비율로 안분계산하여 이를 경정합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 닭고기 육가공제품판매 및 프랜차이즈업을 영위하는 법인으로 2004.04월 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 ○○도축장을 경매 취득하여 2004.08.01. 임가공도축 및 축산물임가공 도매업으로 지점(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 설립하여 육가공 공장 증개축 및 사업설비시설 공사를 하고 관련 부가가치세 공동매입세액을 과세와 면세로 안분계산을 하지 아니하고 매입세액 전액을 공제하는 것으로 하여 2004년 제2기 부가가치세 신고를 하였다. 처분청은 쟁점사업장에 대한 부가가치세 환급조사에서 육가공 공장 관련 매입세액은 축산물 도매업 관련 매입으로 전액 불공제하고 도축장 관련 매입은 임가공도축 및 자체도축 공통매입세액으로 보아 사업계획서상 예정공급가액비율로 안분계산하여 2005.03.02. 청구법인에게 부가가치세 4,963,000원을 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.05.12. 이 건 심사청구를 하였다.

처분청은 쟁점사업장의 사업계획서상 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 부가가치세 공통매입세액을 안분계산 하였으나, 예정공급가액 중 부가가치세 과세수입은 도축수수료이고 면세수입은 자체구입한 돈ㆍ우를 도축하여 육으로 판매한 수입금액으로 예정공급가액의 면세와 과세비율이 96: 4로 도축장 시설의 사용과 비례하지 아니하여 예정공급가액으로 공통매입세액을 안분하는 것은 불합리하므로 사업계획서상 임도축과 자체도축 두수의 비율(50: 50)로 공통매입세액을 안분계산하여야 한다.

건물의 공통매입세액은 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분계산하고 기계장치설비는 예정공급가액에 의하여 안분계산하는 것이 타당하나, 도축장 및 도축시설 사용은 도축물량의 성격에 따라 부가가치세 과세와 면세가 구분되어질 뿐 과세에 사용하는 면적과 면세에 사용하는 면적이 별도로 구분되지 아니하므로 건물 및 기계장치시설에 대한 공통매입세액을 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율에 의하여 안분계산한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 도축장 건물 및 시설관련 공통매입세액을 예정공급가액 비율로 안분한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대하 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. 비영업용소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액 3의 2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액.

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

③ 법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법시행령 제78조 또는 법인세법시행령 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.

④ 법 제17조 제2항 제3호에 규정하는 소형승용자동차는 특별소비세법 제1조 제2항 제3호에 규정하는 승용자동차로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행령 제61조 의 2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세시간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = [총공통매입세액 × {1-과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액} - 기공제세액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = [총공통매입세액 × {1-과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적} - 기공제세액

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때.

○ 국심99구440, 1999.12.29. 자기의 생닭을 도계하는 것(면세)과 타인의 것을 위탁받아 도계해 주는 데에(과세) 공통사용되는 고정자산 매입세액의 안분계산을 공급가액이 아닌 각각의 도계수를 기준으로 함.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 쟁점사업장의 2004년 제2기 중 매출실적은 없으며 도축장 증개축과 관련 교부받은 세금계산서 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 세금계산서 내역 구분 매입처 공급가액 세액 설비투자 내역 회사명 사업자등록번호 건물

○○건축사 000-00-00000 14,545,454 1,454,545 증축공사설계용역

○○건설 000-00-00000 45,000,000 4,500,000 정화조담장 감리용역

○○종합건설 000-00-00000 193,400,000 19,340,000 공장증축, 개보수

○○엔지니어링 000-00-00000 21,702,850 2,170,285 증축토목설계

○○전력 000-00-00000 7,000,000 700,000 전기공사 구축물

○○방역 000-00-00000 3,100,000 310,000 차량소독시설

○○소방 000-00-00000 3,100,000 310,000 소방설비 기계 장치

○○엔지니어링 000-00-00000 165,775,000 16,577,500 도축,육가공설비

○○산업 000-00-00000 80,950,000 8,095,000 냉동실 시설 일반매입 15,109,667 1,510,968 합계 549,682,971 54,968,298

• 나) 청구법인의 쟁점사업장에 대한 사업계획서상 총도축예정 작업량과 총예정공급가액은 아래 <표2>와 같다. <표2> 총예정공급가액 및 총도축예정작업량 (단위: 백만원) 구분 2004년도 2005년도 2006년도 도축수량 공급가액 도축수량 공급가액 도축수량 공급가액 우육판매 385 2,310 2,575 15,450 4,150 24,900 돈육판매 9,350 2,337 48,125 12,031 63,000 15,750 면세분계 9,735 4,647 50,700 27,481 67,150 40,650 우임도축수입 385 46 2,575 309 4,150 498 돈임도축수입 9,350 149 48,125 770 63,000 1,008 과세분계 9,735 195 50,700 1,079 67,150 1,506 총예정공급가액 19,470 4,842 101,400 28,560 134,300 42,150 면세과세비율 50/50 96.0/4.0 50/50 96.2/3.8 50/50 96.4/3.6 ※ 두당 판매가액: 우 6,000천원, 돈 120천원, 두당 도축수수료: 우 250천원, 돈 16천원
• 다) 처분청은 쟁점사업장에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사에서 공통매입세액을 사업계획서상 면세분과 과세분 도축수량과 예정공급가액 중 2004년도 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산하였으며 안분계산한 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 공통매입세액 안분계산 내역 구분 매입세액 비고

○ 매입세액 계 54,968,298 ㆍ총예정공급가액: 4,842백만원 ㆍ면세분 예정공급가액: 4,647백만원 ㆍ면세관련 매입세액 = 43,080,221×4,647/4,842

○ 비사업자와 거래분

• 8,095,000

○ 면세사업관련 매입세액

• 3,627,138

○ 승용차관련매입세액

• 165,939

○ 공통매입세액 43,080,221

○ 면세관련 매입세액 41,357,012

2. 판단

• 가) 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순서에 의하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공한 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

(1) 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

(2) 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

(3) 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

• 나) 처분청은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제2호 의 규정에 의하여 사업계획서상의 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율에 의하여 쟁점사업장의 공통매입세액을 안분계산하였으나, 쟁점사업장의 사업계획서상 면세분과 과세분 예정도축수량은 50: 50로 되어 있고, 총예정공급가액은 예정도축수량에 의하여 산출된 가액으로 면세분의 95%, 과세분의 4%로 되어 있으며, 면세분 예정공급가액은 소와 돼지를 도축하여 판매한 재화의 공급가액이고 과세분 예정공급가액은 소와 돼지의 도축수수료 수입으로 면세와 과세 공급가액의 성격이 상이하므로 예정공급가액에 의하여 공통매입세액을 안분계산하는 것은 불합리한 것으로 보여진다.
• 다) 도축과정에서 도축장 및 도축시설을 이용하는 정도는 면세분과 과세분의 도축수량에 비례하는 것이므로 쟁점사업장의 공통매입세액은 면세 및 과세분의 도축수량에 의하여 안분계산하는 것이 보다 합리적인 방법이라고 할 수 있다. 따라서 쟁점사업장의 경우 공통매입세액은 도축장 건물 및 시설을 실지 사용하는 정도를 반영할 수 있는 면세분과 과세분 예정도축수량에 의하여 안분계산하는 것이 타당하다고 판단된다.(국심99구440, 199.12.29. 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.