매입처별세금계산서합계표불성실가산세 적용여부

1. ○○세무서장 이 2004.10.1. 청구인에게 경정․고지한 2004년도 제1기 부가가치세 1,034,260원은 매입처별세금계산서합계표불성실가산세 498,130원과 신고불성실가산세 235,493원을 차감하여 이를 경정합니다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 부동산 임대업(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 영위하는 사업자로서, 2003. 4. 12. 청구외 ○○건설(주)로부터 교부받은 공급가액 49,813,023원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 2004년 1기 부가가치세 신고시 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 신고하고 매입세액을 공제 받았다가 이의 착오를 발견하고, 2004.8.25. 쟁점세금계산서의 매입과표 및 세액을 매입처별세금계산서합계표에서 차감하여 2004년 1기분에 대한 수정신고서를 제출하였으나, 가산세는 적용하지 아니하고 신고․납부하였다. 이에 대하여 처분청은 2004.10.1. 쟁점사업장의 쟁점금액에 대한 신고불성실가산세 498,130원, 매입처별세금계산서합계표불성실가산세 498,130원, 납부불성실가산세 38,000원 등 합계 1,034,260원을 가산세를 추가하여 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.11.26. 이의신청을 거쳐 2005.5.2. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 당초 잘못 신고된 쟁점사업장의 2004년 1기 부가가치세 신고를 쟁점금액의 매입과표와 동 매입세액을 차감하여 2004. 8. 25. 수정신고를 하였으므로 청구인에게 가산세를 부과하는 것은 부당하다(청구인은 불복청구서에서 매입처별세금계산서합계표불성실가산세만을 언급하고 있으나 금액은 고지세액 전체를 적시하여 신고 및 납부불성실가산세도 불복한 것으로 보임).

청구인은 쟁점사업장의 2004년 1기 부가가치세 신고시 쟁점금액을 매입처별세금계산서합계표에 과다하게 신고한 사실이 있으므로 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 전기 세금계산서를 당기 매입처별세금계산서합계표에 계상하였다가 전기 세금계산서를 차감하여 수정신고한 경우 매입처별세금계산서합계표불성실가산세와 신고 및 납부불성실가산세를 부과할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 개정)

○ 부가가치세법 제20조 【세금계산서합계표의 제출】

① 사업자는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 󰡒매출매입처별 세금계산서합계표󰡓라 한다)를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제18조 제2항 본문의 규정이 적용되는 경우에는 당해 과세기간의 확정신고와 함께 제출하여야 한다. (1994. 12. 22 개정)

1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

4. 거래기간 동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액

5. 제1호 내지 제4호 외에 대통령령이 정하는 사항

② 제18조 제1항 및 제2항 단서의 규정에 의하여 예정신고를 하는 사업자가 각 예정신고와 함께 매출․매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 못하는 경우에는 당해 예정신고기간이 속하는 과세기간의 확정신고와 함께 이를 제출할 수 있다. (1994. 12. 22 개정)

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우 (1999. 12. 28 신설)

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (1999. 12. 28 호번개정)

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때 (1999. 12. 28 호번개정)

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액 (1998. 12. 28 개정)

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액 (2003. 12. 30. 개정)

• 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 (2003. 12. 30. 개정)
• 나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 (2003. 12. 30. 개정)

○ 부가가치세법시행령 제70조 의 3 【가산세】

① 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정하는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다. (1994. 12. 31 개정)

② 법 제22조 제2항 제3호에서 󰡒대통령령이 정하는 사유󰡓라 함은 제60조 제1항 제2호의 규정에 의하여 제출하는 경우를 말한다. (1994. 12. 31 개정)

③ 법 제22조 제3항 단서 및 제4항 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액󰡓이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다. (1994. 12. 31 개정)

④ 법 제22조 제4항 제1호에서 󰡒대통령령이 정하는 경우󰡓라 함은 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우를 말한다. (1999. 12. 31 신설)

⑤ 법 제22조 제4항 제2호에서 󰡒대통령령이 정하는 경우󰡓라 함은 제60조 제1항 제1호 및 제1호의 2 내지 제1호의 4의 경우를 말한다. (2001. 12. 31 개정)

⑥ 법 제22조 제5항 제2호 산식에서 󰡒대통령령이 정하는 이자율󰡓이라 함은 1일 1만분의 3의 율을 말한다. (2002. 12. 30 개정)

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다. (1995. 12. 30 개정)

1. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 법 제32조의 2 제1항의 규정에 의한 신용카드매출전표등의 수취명세서(전자계산조직에 의하여 처리된 테이프 또는 디스켓을 포함하며, 이하 󰡒신용카드매출전표등수취명세서󰡓라 한다)를 국세기본법시행령 제25조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 (2003. 12. 30. 개정) 1의 2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등수취명세서를 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우 (2003. 12. 30. 개정) 1의 3. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등수취명세서를 국세기본법시행령 제25조 의 4의 규정에 의한 기한후 과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우 (2003. 12. 30. 개정) 1의 4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우 (2001. 12. 31 신설)

2. 법 제21조의 규정에 의한 경정에 있어서 사업자가 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서 또는 법 제32조의 2 제3항의 규정에 의하여 교부받은 신용카드매출전표 등을 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우 (1998. 12. 31 개정)

○ 국세기본법 제49조 【수정신고에 의한 감면】 관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한경과후 6월이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22 개정)

○ 국세기본법 제46조 【추가자진납부】

① 세법에 의하여 과세표준신고액에 상당하는 세액을 자진납부하는 국세에 관하여 제45조에 규정하는 과세표준수정신고서를 제출하는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준수정신고액에 상당하는 세액에 미달한 때에는 그 부족액과 세법이 정하는 가산세를 과세표준 수정신고서의 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 한다. (1999. 8. 31 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 추가하여 납부하여야 할 자가 이를 납부하지 아니한 때에는 제49조의 규정을 적용하지 아니한다. (1979. 12. 28 신설)

③ 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출하였으나 과세표준신고액에 상당하는 세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 자는 당해 세액과 세법이 정하는 가산세를 세무서장이 고지하기 전에 납부할 수 있다. (1999. 8. 31 신설)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003.4.12. 청구외 ○○건설(주)로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 2004년 1기 부가가치세 신고시 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 신고하고 매입세액을 공제 받았다가 이의 착오를 발견하고, 2004.8.25. 쟁점세금계산서의 매입과표 및 세액을 매입처별세금계산서합계표에서 차감하여 2004년 1기분에 대한 수정신고서를 제출하였으나, 가산세는 적용하지 아니하고 신고․납부하였음이 청구인과 처분청이 제출한 관련서류에 의하여 확인되고, 이의 사실관계에서는 당사자간에 다툼이 없다. 다만, 청구인은 쟁점사업장의 2004년 1기 부가가치세 당초 신고시 쟁점세금계산서를 매입처별세금계산서합계표에 계상하여 신고하였으나 과세표준수정신고서를 법정신고기한 경과 후 6월 이내에 제출하였으므로 매입처별세금계산서합계표불성실가산세, 신고불성실가산세, 납부불성실가산세 등이 적용되지 아니한다고 주장하고 있고, 처분청은 위 가산세 모두가 적용된다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 살펴본다.

(2) 먼저, 이 사건에 있어 매입처별세금계산서합계표불성실가산세가 적용되는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제22조 제4항 본문 단서에는 『매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액』에 대해서는 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과하지 아니하는 것으로 규정되어 있으며, 부가가치세법시행령 제70조 의 3 제3항에는 『법 제22조 제3항 단서 및 제4항 단서에서 󰡒대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액󰡓이라 함은 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다.』고 규정되어 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 청구인은 2004년 1기 확정신고시 2003년 1기분인 쟁점세금계산서의 공급가액을 매입처별세금계산서합계표에 포함하여 신고하였으나, 이는 과세기간의 분류를 잘못한 착오로 보여지고, 이는 쟁점세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 점으로 보아 부가가치세법시행령 제70조 의 3 제3항의 “교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액”에 해당된다 할 것이므로 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과하는 것은 부당(국심2004서3071, 2005.2.28., 같은 뜻)하다고 판단된다.

(3) 이 사건에 있어 신고불성실가산세가 적용되는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법 제49조 【수정신고에 의한 감면】에는 『관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한 경과 후 6월 이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.』고 규정되어 있다. 또한, 국세기본법 제46조 【추가자진납부】제1항에는 『세법에 의하여 과세표준신고액에 상당하는 세액을 자진납부하는 국세에 관하여 제45조에 규정하는 과세표준수정신고서를 제출하는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준수정신고액에 상당하는 세액에 미달한 때에는 그 부족액과 세법이 정하는 가산세를 과세표준 수정신고서의 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 한다.』고 규정하고 있으며 제2항에는 『제1항의 규정에 의하여 국세를 추가하여 납부하여야 할 자가 이를 납부하지 아니한 때에는 제49조의 규정을 적용하지 아니한다.』고 규정되어 있다. (나) 청구인은 쟁점사업장의 2004년 1기분 부가가치세 수정신고를 법정신고기한인 2004.7.25.부터 6월 이내인 2004.8.25. 수정신고를 하면서 가산세를 포함한 납부할 세액 5,268,367원(매입세액 4,981,302원, 신고불성실가산세 498,130원의 50%인 249,065원, 납부불성실가산세 38,000원)을 납부하여야 하나 청구인은 가산세를 제외한 금액 4,981,302원을 납부한 것이 처분청이 제출한 결정결의서 등에 의하여 확인되는바, 처분청은 위 법규정에 따라 청구인이 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에서 차지하는 비율에 상당하는 신고불성실가산세의 100분의 50에 상당하는 금액 235,493원(498,130원×4,981,302원/5,268,367원×0.5=235,493원)을 경감하여야 함에도 전부 부과하여 잘못되었다고 판단된다.

(4) 이 사건에 있어 납부불성실가산세가 적용되는지 여부에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제22조 제5항 제2호 가목에는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)에 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간을 곱하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율(3%)을 적용하여 납부불성실가산세를 부과하고, 나목에는 초과하여 환급받은 세액에 환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간을 곱하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율(3%)을 적용하여 납부불성실가산세를 부과하도록 규정되어 있으나, 국세기본법 제49조 에는 납부불성실가산세는 수정신고시에 감면되는 가산세에 규정되어 있지 아니하다. 따라서 처분청이 위 관련법규에 따라 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.