본점에서 매입한 재화를 지점이 판매하고 매출계상한 경우 세금계산서 발행 여부

○○세무서장이 2004.12.13. 청구법인에게 경정․고지한 부가가치세 2002년 제1기 18,619,550원, 2002년 제2기 4,502,210원, 2003년 제1기 15,868,620원, 2003년 제2기 2,709,430원, 2004년 제1기 12,120,690원, 2004년 제2기 726,240원, 합계 54,546,740원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재에서 금융업과 대형유통할인점(000-00-00000, ○○마트)을 운영하면서 산하에 ○○백화점(000-00-00000, 주유소, 농약, 비료, 사료 판매, 이하 “쟁점지점”이라 한다)과 ○○처리장(000-00-00000, 미곡, 농기계수리) 및 부○○지점(금융업, ○○마트)를 두고 각 사업장에서 해당 취급품목의 수익사업을 영위하고 있으며, 쟁점지점에서 판매하는 상품 중 조세특례제한법에 의하여 영세율이 적용되는 농약 및 비료와 사료(이하 “농업용기자재”라 한다)는 농협중앙회와 농협중앙회경기지역본부 (이하 “농협중앙회”라 한다)에서 구매하고 있으며, 농협중앙회는 쟁점지점에서 판매하는 농업용기자재는 판매장인 쟁점지점에 인도하고 영세율세금계산서는 농업용기자재를 구매하고 대금을 결재하는 청구법인의 사업자등록번호로 발행․교부 하였다. 청구법인은 부가가치세 신고시 농업용기자재 매입에 대하여 청구법인의 매입으로만 신고하고, 농업용기자재의 매출은 쟁점지점의 매출로 신고하였다. 처분청은 부가가치세 환급조사에서 청구법인이 총괄납부 사업자가 아니므로 청구법인의 사업자등록번호로 교부받은 세금계산서에 대하여 쟁점지점에 세금계산서를 발행․교부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였다 하여 2004.12.13. 청구법인에게 2002년 제1기부터 2004년 제2기 예정신고기간까지 본지점간 거래에 대한 매출누락으로 보아 세금계산서미교부가산세 및 영세율과세표준 신고불성실가산세 54,546,740원을 결정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.3.4. 이 건 심사청구를 하였다

• 가. 쟁점지점은 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록만 하였을 뿐 청구법인과 같은 마을 인근에 위치한 하나의 부서로 자재과에 속하고 구매 및 판매에 대한 총괄업무를 청구법인이 관리하면서 동일한 전산회계프로그램에 의하여 청구법인과 동일한 총계정 원장을 사용하고 있으며,
• 나. 농업용기자재는 농협중앙회에서 구매하여 쟁점지점에서 판매하므로 농협중앙회가 쟁점지점의 사업자등록번호로 세금계산서를 발행하여야 함에도 구매주문 및 대금 결제를 하는 청구법인의 사업자등록번호로 잘못발행 하였고
• 다. 농업용기자재 구매시 쟁점지점으로 직접 인도되어 판매하고 청구법인은 농업용기자재를 직접 판매하지 아니함에도 쟁점매입에 대한 세금계산서를 청구법인의 사업자등록번호로 교부받아 제출하고 매출로는 계상하지 아니하였다 하여 영세율과세표준 신고누락으로 보아 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

부가가치세는 사업장별․거래단계별로 과세하는 조세이므로 총괄납부사업자가 아닌 경우 본지점간 내부거래라 하더라도 세금계산서를 발행․교부하여야 하는 바, 청구 법인은 총괄납부사업자가 아니므로 쟁점지점에서 판매하는 상품매입에 대하여 청구법인의 사업자등록번호로 세금계산서를 교부받은 경우 쟁점지점에 매출세금계산서를 발행하여 교부하여야 함에도 청구법인의 매입으로만 신고하였으므로 영세율과세표준 신고누락으로 보아 가산세를 부과하는 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 구매 및 판매 업무를 총괄하면서 쟁점지점에서만 판매하는 농업용기자재 매입에 대한 세금계산서를 청구법인의 사업자등록번호로 교부받은 경우 쟁점지점에 세금계산서를 교부하지 아니하였다 하여 매출누락으로 부가가치세를 과세할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제54조 【세금계산서의 교부특례】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 단서의 규정에 의하여 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

3. 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2005년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법ㆍ 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는 것.

• 가. 비료관리법에 의한 비료로서 대통령령이 정하는 것.
• 나. 농약관리법에 의한 농약으로서 대통령령이 정하는 것.
• 마. 사료관리법에 의한 사료(부가가치세법 제12조 의 규정에 의하여 부가 가치세가 면제되는 것을 제외한다)

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세 표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 농업협동조합법 제8조 【부과금의 면제】 조합등과 중앙회이 업무 및 재산에 대하여는 국가 및 지방자치단체이 조세외의 부과금을 면제한다.

○ 농업협동조합법 제9조 【국가 및 공공단체의 협력등】

① 국가와 공공단체는 조합등과 중앙회의 자율성을 침해하여서는 아니된다.

② 국가와 공공단체는 조합등과 중앙회의 사업에 대하여 적극적으로 협력하여야 한다. 이 경우 국가와 공공단체는 필요한 경비를 보조 또는 융자할 수 있다.

③ 중앙회의 회장은 조합등과 중앙회의 발전을 위하여 필요한 사항에 관하여 국가와 공공단체에 의견을 제출할 수 있다. 이 경우 국가와 공공단체는 그 의견이 반영되도록 최대한 노력하여야 한다.

○ 농업협동조합법 제13조 【지역농업협동조합의 목적】 지역농업협도조합은 조합원의 농업생산성을 제고하고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술, 자금 및 정보등을 제공함으로써 조합원의 경제적․사회적․문화적 지위향상을 증대함을 목적으로 한다.

○ 부가46015-22,2001.01.05 항공기에 의한 국제화물운송용역 제공시 대금지급·결제 등은 본점에서 하고 화물조업은 지점에서 이루어지는 경우, 조업료 관련 세금계산서는 본점 또는 지점 어느 쪽에서도 교부받을 수 있음

○ 부가46015-5060,1999.12.28 둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 타인에게 직접 판매목적으로 다른 사업장에 재화를 반출하는 경우 세금계산서를 교부해야 함(총괄납부승인의 경우 제외)

○ 소비22601-33,1989.01.17 계약·발주·대금결제 등 거래는 본사에서 이뤄지고 재화는 공장에서 인도받는 경우 세금계산서는 양쪽 모두 교부받을 수 있음

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구법인은 농업협동조합법에 의하여 1979.7.16. 설립된 지역농업협동조합으로 농협중앙회의 지도감독을 받는 법인으로 농업용기자재는 농협중앙회에서 공급받아 판매하고 농협중앙회로부터 보조금을 받고 있으며, 청구법인의 산하에 아래 <표>와 같이 3개 지점이 있는 것으로 법인사업자기본사항조회 결과 확인된다. <표> 청구법인 산하 지점현황 법 인 명 대표자 사 업 장 사업자등록번호 취급품목

○○협동조합 (본소, 청구법인) 김○○

○○ ○○ ○○ 000-00-00000 금융사업

○○마트

○○주유소 (자재과, 쟁점지점) 김○○

○○ ○○ ○○ 000-00-00000 주유소,농약 비료, 사료

○○미곡처리장 (사업소) 김○○

○○ ○○ ○○ 000-00-00000 미곡 농기계수리

○○지소 (지소) 김○○

○○ ○○ ○○ 000-00-00000 금융사업

○○마트

• 나) 쟁점지점에서 판매하는 농업용기자재의 구매주문 및 대금결제 등 업무는 청구법인의 자재과에서 담당하고 있으며, 쟁점지점의 재고 및 매출액은 청구법인의 자재과에서 매일 관리하고 있는 것으로 청구법인의 일보 및 담당직원별 거래 내역조회표에 의하여 확인되며,
• 다) 쟁점지점의 매출액 등 거래내역 및 재고관리가 청구법인과 동일한 전산시스템에 의하여 하나의 총계정원장에 의하여 관리되고 있는 것으로 청구법인의 일보, 손익내역표, 품원장집계표 등에 의하여 확인되며, 청구법인이 구매주문한 농업용기자재는 쟁점지점으로 직접 인도되는 것으로 납품내역서 및 거래명세서상 쟁점지점에 근무하는 직원이 물품을 인수한 사실에 의하여 확인된다.
• 라) 농협중앙회는 2004.12.31.까지 실질적으로 농업용기자재에 대한 구매주문을 하고 대금결제를 하는 청구법인의 사업자등록번호로 세금계산서를 교부하였으나 청구법인의 세무조사에서 문제가 발생하자 2005년부터 쟁점지점의 사업자등록 번호로 세금계산서를 교부하고 있는 것으로 청구법인 및 쟁점지점의 매입세금 계산서에 의하여 확인되고 있다.

2. 판 단 이 건 관련법령 및 사실관계에 의하여 살펴보면, 첫째, 쟁점지점에서 판매하는 농업용기자재의 구매주문 및 대금결제를 청구법인이 수행하고 있고, 청구법인과 쟁점지점이 같은 마을 인근에 위치하여 매일 매출액 및 재고자산을 전산시스템에 의하여 청구법인과 쟁점지점이 하나의 장부조직에 의하여 관리되고 있으며, 쟁점지점의 일일 매출에 대한 매상도 청구법인이 직접관리하는 점 등으로 보아 쟁점지점은 하나의 독립된 사업장이라기 보다는 청구법인의 판매부서로 판단된다. 둘째, 청구법인과 쟁점지점은 같은 마을 인근에 위치하여 장부조직도 동일한 전산시스템에 의하여 하나의 총계정원장으로 집계되고 있으며, 쟁점지점에서 판매하는 상품의 구매주문 및 대금지급은 청구법인이 이행하고 구매주문 상품의 인도는 운송의 편의를 위하여 판매장소인 쟁점지점으로 직접인도하고 있으므로 판매용 재화가 청구법인의 사업장에서 쟁점지점으로 이동한다고 볼 수도 없다. 따라서 청구법인이 농업용기자재를 농협중앙회에서 구매하고 대금결제를 하더라도 운송의 편의를 위하여 농업용기자재는 실지 판매하는 쟁점지점으로 인도되는 경우 세금계산서는 청구법인 또는 쟁점지점 어느 쪽에서도 교부받을 수 있는 것이므로 이 건 부가가치세 부과는 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.(국세청 부가 46015-22, 2001.01.05. 재무부 소비 22601-33, 1989.01.17. 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다